Линия SARS-CoV-2 B.1.617

Линия вируса COVID-19

Линия B.1.617 является линией SARS-CoV-2 , вируса, вызывающего COVID-19 . ^[1] Впервые она привлекла международное внимание в конце марта 2021 года после того, как недавно созданный INSACOG провел секвенирование генома положительных образцов в различных индийских штатах. Анализ образцов из Махараштры показал, что по сравнению с декабрем 2020 года наблюдалось увеличение доли образцов с мутациями E484Q и L452R . ^[2] Линия B.1.617 позже была названа новостными СМИ двойным мутантом . ^[3]

Линия B.1.617 имеет три подлинии согласно номенклатуре PANGO :

• B.1.617.1 (вариант каппа), впервые обнаружен в Индии в декабре 2020 г.
• B.1.617.2 (вариант Дельта), впервые обнаружен в Индии в конце 2020 г.
• B.1.617.3, впервые обнаружен в январе 2021 г. ^[4]

Мутации

«Шиповидный» белок SARS-CoV-2

Вот некоторые из распространенных мутаций, присутствующих в белке шипа линии B.1.617. Не все сублинии B.1.617 имеют одинаковые мутации:

• L452R . Замена в позиции 452, замена лейцина на аргинин , обеспечивает более сильное сродство белка шипа к рецептору ACE2 и снижает способность распознавания иммунной системы. ^{[5] [6]} Эти мутации, если рассматривать их по отдельности, не являются уникальными для варианта; скорее, их одновременное возникновение является уникальным. ^{[5] [7]} Эта мутация присутствует во всех трех сублиниях B.1.617.
• T478K. Замена в позиции 478, замена треонина на лизин , ^[8] обнаружена только в линии B.1.617.2. ^[9]
• E484Q . Замена в позиции 484, замена глутаминовой кислоты на глутамин , придает линии B.1.617 более сильный связывающий потенциал с рецептором ACE2 человека , а также лучшую способность уклоняться от иммунной системы хозяина по сравнению с другими вариантами. Эта мутация отсутствует в геноме B.1.617.2. ^[10]
• D614G . Замена в позиции 614, замена аспарагиновой кислоты на глицин , встречается и в других высококонтагиозных линиях, таких как B.1.1.7 , B.1.351 и P.1 . ^[11]
• P681R . Замена в позиции 681, замена пролина на аргинин , которая, по словам Уильяма А. Хаселтина , может усиливать инфекционность варианта на уровне клеток «путем облегчения расщепления белка-предшественника S до активной конфигурации S1/S2». ^[10] Эта мутация присутствует во всех трех сублиниях B.1.617.

История

Согласно одному источнику, первая последовательность генома B.1.617 была отправлена ​​в GISAID осенью 2020 года. ^[12] Команда PANGO, которая вручную курировала филогенетическое дерево SARS-CoV-2, отметила, что самая ранняя последовательность была от 7 декабря 2020 года. Они предложили новое обозначение для варианта, содержащего мутации в белке спайка, включая G142D, L452R, E484Q, D614G, P681R и другие, и этому варианту была присвоена линия PANGO B.1.617 1 апреля 2021 года. ^[13] Они пересмотрели филогенетическое дерево, включив в него три сублинии B.1.617 21 апреля 2021 года, заметив, что не все последовательности генома, назначаемые инструментом PANGOLIN, содержали один и тот же набор мутаций. ^[14]

До середины апреля 2021 года Индия представила больше всего геномов B.1.617, за ней по частоте следовали Великобритания и США. На основании информации о геноме, линия B.1.617 была впервые обнаружена в Великобритании 22 февраля 2021 года, а в США — 23 февраля 2021 года. ^[12]

После обнаружения 77 случаев линии B.1.617 в Великобритании в середине апреля 2021 года, Министерство здравоохранения Англии обозначило линию как вариант, находящийся под исследованием. ^[15] Менее чем через два месяца вариант Delta стал доминирующим вариантом в Великобритании, и исследователи заявили о предварительных данных, свидетельствующих о том, что риск госпитализации для Delta может быть повышен по сравнению с ранее доминирующим вариантом Alpha. ^[16]

Ссылки

1. "Lineage B.1.617". Линии PANGO . Получено 12 июня 2021 г.
2. «Секвенирование генома INSACOG выявило варианты, вызывающие беспокойство, и новый вариант в Индии». Пресс-информационное бюро правительства Индии . 24 марта 2021 г.
3. "Covid-19: Двойной мутационный вариант подпитывает страхи". The Telegraph онлайн . 17 марта 2021 г.
4. "Lineage B.1.617.3". cov-lineages.org . Получено 10 июля 2021 г. .
5. Starr, Tyler N.; Greaney, Allison J.; Dingens, Adam S.; Bloom, Jesse D. (апрель 2021 г.). «Полная карта мутаций RBD SARS-CoV-2, которые избегают моноклонального антитела LY-CoV555 и его коктейля с LY-CoV016». Cell Reports Medicine . 2 (4): 100255. doi : 10.1016/j.xcrm.2021.100255 . ISSN  2666-3791. PMC 8020059. PMID 33842902  . 
6. Чжан, Вэньцзюань; Дэвис, Брайан Д.; Чен, Стефани С.; Синкуир Мартинес, Хорхе М.; Пламмер, Жасмин Т.; Вейл, Эрик (6 апреля 2021 г.). «Появление нового варианта SARS-CoV-2 в Южной Калифорнии». JAMA . 325 (13): 1324–1326. doi : 10.1001/jama.2021.1612 . PMC 7879386 . PMID  33571356. 
7. Коши, Джейкоб (8 апреля 2021 г.). «Коронавирус | Индийский штамм «двойного мутанта» под названием B.1.617». The Hindu . Получено 19 апреля 2021 г. Хотя эти мутации по отдельности были обнаружены в нескольких других вариантах коронавируса, присутствие обеих этих мутаций вместе впервые было обнаружено в некоторых геномах коронавирусов из Индии.
8. Гринвуд, Майкл (30 марта 2021 г.). «Мутация T478K вируса SARS-CoV-2 распространяется с пугающей скоростью в Мексике». Медицинские новости . Получено 6 сентября 2021 г. Мутация T478K представляет собой замену незаряженной аминокислоты треонина на положительно заряженный лизин в позиции 478...
9. Delphine Planas (8 июля 2021 г.). «Сниженная чувствительность варианта SARS-CoV-2 Delta к нейтрализации антителами». Nature . 596 (7871): 276–280. Bibcode :2021Natur.596..276P. doi : 10.1038/s41586-021-03777-9 . PMID  34237773. S2CID  235775860. Мутация T478K в RBD уникальна для варианта Delta...
10. Haseltine, William. «Индийский вариант SARS-CoV-2 обнаружен в Калифорнии. Впереди еще большая опасность?». Forbes . Получено 20 апреля 2021 г.
11. "Варианты SARS-CoV-2, вызывающие беспокойство по состоянию на 3 июня 2021 г.". Европейский центр профилактики и контроля заболеваний . Архивировано из оригинала 11 июня 2021 г.
12. "Экспертная реакция на случаи варианта B.1.617 ('индийский вариант'), расследуемые в Великобритании". Science Media Centre . Получено 20 апреля 2021 г.
13. "Предложенная новая подлиния B.1, циркулирующая в Индии #38". GitHub . Получено 2 апреля 2021 г.
14. "Потенциальные последовательности, которые следует включить в B.1.617 #49". GitHub . Получено 28 февраля 2021 г. .
15. «Подтвержденные случаи разновидностей COVID-19, выявленные в Великобритании». www.gov.uk. 15 апреля 2021 г. Архивировано из оригинала 16 апреля 2021 г.  В данной статье используется текст, опубликованный в соответствии с лицензией British Open Government License  v3.0:
16. «Подтвержденные случаи вариантов COVID-19, выявленных в Великобритании». www.gov.uk. 3 июня 2021 г. Архивировано из оригинала 4 июня 2021 г.  В данной статье используется текст, опубликованный в соответствии с лицензией British Open Government License  v3.0: