stringtranslate.com

Список баз данных по нейронауке

Доступно несколько онлайновых баз данных по нейронауке , которые предоставляют информацию об экспрессии генов , нейронах , макроскопической структуре мозга и неврологических или психиатрических расстройствах. Некоторые базы данных содержат описательные и числовые данные, некоторые — о функциях мозга, другие предлагают доступ к «сырым» данным визуализации, таким как посмертные срезы мозга или 3D- изображения МРТ и фМРТ . Некоторые сосредоточены на человеческом мозге, другие — на нечеловеческом.

Поскольку число баз данных, которые стремятся распространять информацию о структуре, развитии и функционировании мозга, возросло, возросла и потребность в сборе самих этих ресурсов. В результате теперь существуют базы данных нейробиологических баз данных, некоторые из которых достигают более 3000 записей. [1]

Базы данных нейронауки

Базы данных нейронауки

Агрегаторы статей по нейронауке

Нейробиологическая лента RightRelevance. [48]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ "Количество записей, использующих поисковый запрос 'database'". neuinfo.org . NIF . Получено 25 января 2015 г. .
  2. ^ Szechtman H, Dvorkin-Gheva A, Gomez-Marin A (21 сентября 2022 г.). «Дополнительные данные для «Виртуальной библиотеки поведенческих показателей в стандартных условиях – Спонтанная активность грызунов в открытом поле во время повторного тестирования и после лечения лекарственными средствами или поражения мозга»». База данных GigaScience. doi : 10.5524/102261. {{cite journal}}: Цитировать журнал требует |journal=( помощь )CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  3. ^ Lein ES, Hawrylycz MJ, Ao N, Ayres M, Bensinger A, Bernard A и др. (январь 2007 г.). «Геномный атлас экспрессии генов в мозге взрослой мыши». Nature . 445 (7124): 168–76. Bibcode :2007Natur.445..168L. doi :10.1038/nature05453. PMID  17151600. S2CID  4421492.
  4. ^ Jack CR, Bernstein MA, Fox NC, Thompson P, Alexander G, Harvey D и др. (апрель 2008 г.). «Инициатива нейровизуализации болезни Альцгеймера (ADNI): методы МРТ». Журнал магнитно-резонансной томографии . 27 (4): 685–91. doi :10.1002/jmri.21049. PMC 2544629. PMID  18302232 . 
  5. ^ Amunts K, Lepage C, Borgeat L, Mohlberg H, Dickscheid T, Rousseau MÉ и др. (июнь 2013 г.). «BigBrain: трехмерная модель человеческого мозга сверхвысокого разрешения». Science . 340 (6139): 1472–5. Bibcode :2013Sci...340.1472A. doi :10.1126/science.1235381. PMID  23788795. S2CID  14122170.
  6. ^ Кемптон М.Дж., Геддес Дж.Р., Эттингер У., Уильямс С.К., Грасби П.М. (сентябрь 2008 г.). «Метаанализ, база данных и метарегрессия 98 исследований структурной визуализации при биполярном расстройстве». Архивы общей психиатрии . 65 (9): 1017–32. doi : 10.1001/archpsyc.65.9.1017 . PMID  18762588.
  7. ^ Vaccarino AL, Dharsee M, Strother S, Aldridge D, Arnott SR, Behan B, Dafnas C, Dong F, Edgecombe K, El-Badrawi R, El-Emam K, Gee T, Evans SG, Javadi M, Jeanson F, Lefaivre S, Lutz K, MacPhee FC, Mikkelsen J, Mikkelsen T, Mirotchnick N, Schmah T, Studzinski CM, Stuss DT, Theriault E, Evans KR (2018). "Brain-CODE: безопасная нейроинформатическая платформа для управления, объединения, совместного использования и анализа многомерных нейронаучных данных". Frontiers in Neuroinformatics . 12 : 28. doi : 10.3389/fninf.2018.00028 . ISSN  1662-5196. PMC 5974337. PMID 29875648  . 
  8. ^ Serag A, Aljabar P, Ball G, Counsell SJ, Boardman JP, Rutherford MA и др. (февраль 2012 г.). «Построение согласованного пространственно-временного атласа высокой четкости развивающегося мозга с использованием адаптивной ядерной регрессии». NeuroImage . 59 (3): 2255–65. doi :10.1016/j.neuroimage.2011.09.062. PMID  21985910. S2CID  9747334.
  9. ^ Szalkai B, Kerepesi C, Varga B, Grolmusz V (февраль 2017 г.). «Параметризуемые консенсусные коннектомы из проекта Human Connectome: Budapest Reference Connectome Server v3.0». Cognitive Neurodynamics . 11 (1): 113–116. arXiv : 1602.04776 . doi :10.1007/s11571-016-9407-z. PMC 5264751 . PMID  28174617. 
  10. ^ Laird AR, Lancaster JL, Fox PT (2005). «BrainMap: социальная эволюция базы данных карт человеческого мозга» (PDF) . Нейроинформатика . 3 (1): 65–78. doi :10.1385/ni:3:1:065. PMID  15897617.
  11. ^ Mikula S, Trotts I, Stone JM, Jones EG (март 2007 г.). «Интернет-совместимое картирование мозга высокого разрешения и виртуальная микроскопия». NeuroImage . 35 (1): 9–15. doi :10.1016/j.neuroimage.2006.11.053. PMC 1890021 . PMID  17229579. 
  12. ^ Окано Х, Сасаки Э, Ямамори Т, Ирики А, Симогори Т, Ямагути Ю, Касаи К, Мияваки А (ноябрь 2016 г.). «Мозг / MINDS: Японский национальный проект мозга для нейронауки мартышек». Нейрон . 92 (3): 582–590. дои : 10.1016/j.neuron.2016.10.018 . ПМИД  27809998.
  13. ^ Нильсен, ФА (2003). База данных Brede: небольшая база данных для функциональной нейровизуализации NeuroImage 19(2), представленная на 9-й Международной конференции по функциональному картированию человеческого мозга, 19–22 июня 2003 г., Нью-Йорк.
  14. ^ Пападопулос Орфанос Д., Мишель В., Шварц Ю., Пинель П., Морено А., Ле Бихан Д., Фруэн В. (январь 2017 г.). «База данных Brainomics/Localizer». НейроИмидж . 144 (Часть Б): 309–314. doi :10.1016/j.neuroimage.2015.09.052. PMID  26455807. S2CID  13004274.
  15. ^ Петерсен, Питер Кристиан; Эрнандес, Мишель; Бужаки, Дьёрдь (2020). «Банк данных лаборатории Бужаки – Публичные электрофизиологические наборы данных от бодрствующих животных». doi :10.5281/zenodo.4307883. {{cite journal}}: Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
  16. ^ «Банк данных лаборатории Бузаки».
  17. ^ Tyszka JM, Pauli WM (ноябрь 2016 г.). «In vivo разграничение подразделений комплекса миндалевидного тела человека в групповом шаблоне с высоким разрешением». Human Brain Mapping . 37 (11): 3979–3998. doi :10.1002/hbm.23289. PMC 5087325. PMID 27354150  . 
  18. ^ Shafto MA, Tyler LK, Dixon M, Taylor JR, Rowe JB, Cusack R и др. (октябрь 2014 г.). «Протокол исследования Кембриджского центра старения и нейронауки (Cam-CAN): поперечное, пожизненное, многопрофильное исследование здорового когнитивного старения». BMC Neurology . 14 (6): 204. doi : 10.1186/s12883-014-0204-1 . PMC 4219118 . PMID  25412575. 
  19. ^ Кларк К, Вендт Б, Смит К, Фрейманн Дж, Кирби Дж, Коппель П и др. (декабрь 2013 г.). «Архив изображений рака (TCIA): поддержание и эксплуатация общедоступного информационного хранилища». Журнал цифровой визуализации . 26 (6): 1045–57. doi :10.1007/s10278-013-9622-7. PMC 3824915. PMID  23884657 . 
  20. ^ Сато А, Секине Ю, Сарута С, Нишибе Х, Морита Н, Сато Ю, Садаката Т, Шинода Ю, Кодзима Т, Фуруичи Т (октябрь 2008 г.). «База данных транскриптома развития мозжечка (CDT-DB): профилирование пространственно-временной экспрессии генов во время постнатального развития мозжечка мыши». Нейронные сети . 21 (8): 1056–69. doi :10.1016/j.neunet.2008.05.004. ПМИД  18603407.
  21. ^ Van Horn JD, Grethe JS, Kostelec P, Woodward JB, Aslam JA, Rus D, Rockmore D, Gazzaniga MS (2001) Функциональный центр данных магнитно-резонансной томографии (fMRIDC): проблемы и преимущества крупномасштабного создания баз данных исследований нейровизуализации Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 29 августа;356(1412):1323-39
  22. ^ "Hippocampome". hippocampome.org . Получено 10 августа 2016 г. .
  23. ^ Wheeler DW, White CM, Rees CL, Komendantov AO, Hamilton DJ, Ascoli GA (сентябрь 2015 г.). "Hippocampome.org: база знаний о типах нейронов в гиппокампе грызунов". eLife . 4 : e09960. doi : 10.7554/eLife.09960 . PMC 4629441 . PMID  26402459. 
  24. ^ Ahmad S, Wu W, Wu Z, Thung KH, Liu S, Lin W, Li G, Wang L, Yap PT (2023). «Многогранные атласы человеческого мозга в младенчестве». Nature Methods . 20 (1): 55–64. doi :10.1038/s41592-022-01703-z. PMC 9834057. PMID 36585454.  S2CID 247600108  . 
  25. ^ Lüsebrink F, Mattern H, Yakupov R, Acosta-Cabronero J, Ashtarayeh M, Oeltze-Jafra S, Speck O (май 2021 г.). «Комплексный набор данных МРТ всего мозга in vivo сверхвысокого разрешения как человеческий фантом». Scientific Data . 8 (1): 138. Bibcode :2021NatSD...8..138L. doi : 10.1038/s41597-021-00923-w . PMC 8149725 . PMID  34035308. 
  26. ^ Амунтс К, Зиллес К (декабрь 2015 г.). «Архитектурное картирование человеческого мозга за пределами Бродмана». Neuron . 88 (6): 1086–1107. doi : 10.1016/j.neuron.2015.12.001 . PMID  26687219.
  27. ^ Zilles K, Amunts K (февраль 2010 г.). «Столетие карты Бродмана — концепция и судьба». Nature Reviews. Neuroscience . 11 (2): 139–45. doi :10.1038/nrn2776. PMID  20046193. S2CID  5278040.
  28. ^ "Домашняя страница Атласа Кимата" . Атлас Кимата . Кембриджский университет . Проверено 11 декабря 2015 г.
  29. ^ Кемптон М.Дж., Сальвадор З., Мунафо М.Р., Геддес Дж.Р., Симмонс А., Франгу С. и др. (июль 2011 г.). «Структурные нейровизуализационные исследования при большом депрессивном расстройстве. Метаанализ и сравнение с биполярным расстройством». Архивы общей психиатрии . 68 (7): 675–90. doi : 10.1001/archgenpsychiatry.2011.60 . PMID  21727252.см. также базу данных МРТ на сайте www.depressiondatabase.org
  30. ^ Симогори Т, Абэ А, Го Ю, Хашикава Т, Киши Н, Кикучи СС, Кита Ю, Ниими К, Нисибе Х, Окуно М, Сага К, Сакураи М, Сато М, Серидзава Т, Судзуки С, Такахаши Э, Танака М, Тацумото С, Токи М, УМ, Ван Й, Виндак КДж, Ямагиши Х, Ямашита К, Йода Т., Ёсида А.С., Ёсида С., Ёсимото Т., Окано Х. (март 2018 г.). «Цифровой атлас генов мозга новорожденной обыкновенной мартышки». Неврологические исследования . 128 : 1–13. doi :10.1016/j.neures.2017.10.009. PMID  29111135. S2CID  3735944.
  31. ^ Rosen GD, Williams AG, Capra JA, Connolly MT, Cruz B, Lu L, Airey DC, Kulkarni K, Williams RW (2000) Библиотека мозга мыши @ www.mbl.org. Международная конференция по геному мыши 14: 166. www.mbl.org.
  32. ^ Winnubst, Johan; Bas, Erhan; ​​Ferreira, Tiago A.; Wu, Zhuhao; Economo, Michael N.; Edson, Patrick; Arthur, Ben J.; Bruns, Christopher; Rokicki, Konrad; Schauder, David; Olbris, Donald J.; Murphy, Sean D.; Ackerman, David G.; Arshadi, Cameron; Baldwin, Perry (2019-09-19). «Реконструкция 1000 проекционных нейронов выявляет новые типы клеток и организацию дальних связей в мозге мыши». Cell . 179 (1): 268–281.e13. doi :10.1016/j.cell.2019.07.042. ISSN  1097-4172. PMC 6754285 . PMID  31495573. 
  33. ^ Трипати, Шриджой; Геркин, Ричард. «НейроЭлектро». www.neuroelectro.org . Проверено 10 августа 2016 г.
  34. ^ Ascoli GA, Donohue DE, Halavi M (август 2007 г.). «NeuroMorpho.Org: центральный ресурс по нейрональной морфологии». Журнал нейронауки . 27 (35): 9247–51. doi :10.1523/JNEUROSCI.2055-07.2007. PMC 6673130. PMID  17728438 . 
  35. ^ Mirsky JS, Nadkarni PM, Healy MD, Miller PL, Shepherd GM (июль 1998 г.). «Инструменты баз данных для интеграции и поиска данных о свойствах мембран, коррелирующих с морфологией нейронов». Journal of Neuroscience Methods . 82 (1): 105–21. doi : 10.1016/S0165-0270(98)00049-1 . PMID  10223520. S2CID  12871618.
  36. ^ Marcus DS, Wang TH, Parker J, Csernansky JG, Morris JC, Buckner RL (сентябрь 2007 г.). «Серия исследований визуализации с открытым доступом (OASIS): данные поперечного МРТ у молодых, средних, недементированных и дементированных пожилых людей». Журнал когнитивной нейронауки . 19 (9): 1498–507. doi :10.1162/jocn.2007.19.9.1498. PMID  17714011. S2CID  10840552.
  37. ^ Фогельштейн, Джошуа Т. (18.11.2011). «Вопросы и ответы: Что такое проект Open Connectome?». Neural Systems & Circuits . 1 (1): 16. doi : 10.1186/2042-1001-1-16 . ISSN  2042-1001. PMC 3278382. PMID 22329952  . 
  38. ^ Юсель, Массачусетс, Такер, С., Чой, Дж., Боас, Д.А. (2020), Данные – openfnirs , получены 18 апреля 2024 г.
  39. ^ Poldrack RA, Barch DM, Mitchell JP, Wager TD, Wagner AD, Devlin JT, Cumba C, Koyejo O, Milham MP (июль 2013 г.). «На пути к открытому обмену данными фМРТ на основе задач: проект OpenfMRI». Frontiers in Neuroinformatics . 7 (12): 12. doi : 10.3389/fninf.2013.00012 . PMC 3703526. PMID  23847528 . 
  40. ^ Niso G, Rogers C, Moreau JT, Chen LY, Madjar C, Das S и др. (январь 2016 г.). «OMEGA: Открытый архив MEG». NeuroImage . 124 (Pt B): 1182–7. doi :10.1016/j.neuroimage.2015.04.028. PMID  25896932. S2CID  29021506.
  41. ^ Labus JS, Naliboff B, Kilpatrick L, Liu C, Ashe-McNalley C, dos Santos IR и др. (январь 2016 г.). «Сеть визуализации боли и интероцепции (PAIN): мультимодальное, многосайтовое хранилище изображений мозга для хронических соматических и висцеральных болевых расстройств». NeuroImage . 124 (Pt B): 1232–7. doi :10.1016/j.neuroimage.2015.04.018. PMC 4627849 . PMID  25902408. 
  42. ^ Conrad MS, Sutton BP, Dilger RN, Johnson RW (сентябрь 2014 г.). "In vivo трехмерная магнитно-резонансная томография на основе усредненного сбора мозга новорожденного поросенка (Sus scrofa)". PLOS ONE . ​​9 (9): e107650. Bibcode :2014PLoSO...9j7650C. doi : 10.1371/journal.pone.0107650 . PMC 4177841 . PMID  25254955. 
  43. ^ Wang L, Alpert KI, Calhoun VD, Cobia DJ, Keator DB, King MD и др. (январь 2016 г.). «SchizConnect: посредничество в базах данных нейровизуализации по шизофрении и связанным с ней расстройствам для крупномасштабной интеграции». NeuroImage . 124 (Pt B): 1155–67. doi :10.1016/j.neuroimage.2015.06.065. PMC 4651768 . PMID  26142271. 
  44. ^ Obeid I, Picone J (2016-05-13). "Корпус данных ЭЭГ больницы университета Темпл". Frontiers in Neuroscience . 10 : 196. doi : 10.3389/fnins.2016.00196 . PMC 4865520. PMID  27242402 . 
  45. ^ Lüsebrink F, Sciarra A, Mattern H, Yakupov R, Speck O (март 2017 г.). "1-взвешенный in vivo набор данных МРТ всего человеческого мозга со сверхвысоким изотропным разрешением 250 мкм". Scientific Data . 4 (170032): 170032. Bibcode :2017NatSD...470032L. doi :10.1038/sdata.2017.32. PMC 5349250 . PMID  28291265. 
  46. ^ Gorgolewski KJ, Varoquaux G, Rivera G, Schwartz Y, Ghosh SS, Maumet M, Nichols TE, Poldrack RA, Poline JB, Yarkoni T, Margulies DS (октябрь 2014 г.). "NeuroVault.org: веб-репозиторий для сбора и распространения необработанных статистических карт человеческого мозга". bioRxiv 10.1101/010348 . 
  47. ^ Гарднер Д., Акил Х., Асколи ГА., Боуден Д.М., Баг В., Донохью Д.Е. и др. (сентябрь 2008 г.). «Информационная структура нейронауки: среда данных и знаний для нейронауки». Нейроинформатика . 6 (3): 149–60. doi :10.1007/s12021-008-9024-z. PMC 2661130. PMID  18946742 . 
  48. ^ "Right Relevance: Neuroscience". www.rightrelevance.com . Right Relevance . Получено 10 августа 2016 г.