Молекулярное фенотипирование описывает метод количественной оценки генов-репортеров путей, т.е. предварительно выбранных генов, которые модулируются специфическими метаболическими и сигнальными путями , с целью определения активности этих путей. [1] [2]
В большинстве случаев молекулярное фенотипирование количественно определяет изменения экспрессии гена- репортера пути , чтобы охарактеризовать модуляцию активности пути, вызванную возмущениями, такими как терапевтические агенты или стресс в клеточной системе in vitro . В таких контекстах измерения в ранних временных точках часто более информативны, чем более поздние наблюдения, поскольку они фиксируют первичный ответ на возмущение клеточной системы. [3] Интегрированное с количественными изменениями фенотипа , вызванными возмущением, молекулярное фенотипирование может идентифицировать пути, которые способствуют фенотипическим изменениям.
В настоящее время молекулярное фенотипирование использует секвенирование РНК и экспрессию мРНК для вывода активности путей. Другие технологии и считывания, такие как масс-спектрометрия и уровни белкового изобилия или фосфорилирования, также могут быть потенциально использованы. [4]
Текущие данные свидетельствуют о том, что путем количественной оценки экспрессии гена- репортера пути молекулярное фенотипирование способно кластеризовать соединения на основе профилей путей и одновременно анализировать ассоциации между активностью путей и фенотипами заболеваний. [5] Более того, молекулярное фенотипирование может быть применимо к соединениям с целым рядом специфичностей связывания и способно сортировать ложноположительные результаты, полученные в результате скрининговых анализов с высоким содержанием. Более того, молекулярное фенотипирование позволяет интегрировать данные, полученные из моделей in vitro и in vivo , а также данные пациентов в процесс разработки лекарств. [ необходима цитата ]