stringtranslate.com

Информатика генома мыши

Информатика генома мыши ( MGI ) — это бесплатная онлайн-база данных и биоинформатический ресурс, размещенный Лабораторией Джексона при финансовой поддержке Национального института исследования генома человека (NHGRI), Национального института рака (NCI) и Национального института Юнис Кеннеди Шрайвер. Здоровье детей и развитие человека (NICHD). [1] MGI обеспечивает доступ к данным по генетике, геномике и биологии лабораторных мышей для облегчения изучения здоровья и болезней человека. [2] [3] База данных объединяет несколько проектов, причем два крупнейших вклада поступили от базы данных генома мыши и базы данных экспрессии генов мыши (GXD). [4] По состоянию на 2018 год MGI содержит данные из более чем 230 000 публикаций. [5]

Ресурс MGI был впервые опубликован в Интернете в 1994 году [5] и представляет собой набор данных, инструментов и анализов, созданных и адаптированных для использования на лабораторных мышах , широко используемом модельном организме . Это «авторитетный источник официальных названий мышиных генов, аллелей и штаммов», который соответствует рекомендациям, установленным Международным комитетом по стандартизированной генетической номенклатуре мышей. [6] История и направленность исследовательских и производственных мощностей лаборатории Джексона позволяют получить огромные знания и глубину, которые исследователи могут использовать для продвижения своих исследований. Специальное сообщество исследователей мышей по всему миру также расширяет и вносит свой вклад в знания. Это незаменимый инструмент для любого исследователя, использующего мышь в качестве модельного организма для своих исследований, а также для исследователей, интересующихся генами, имеющими гомологию с генами мыши. На сайте MGI также доступны различные ресурсы для поддержки исследований на мышах, включая коллекции животных и бесплатное программное обеспечение для управления колониями. [7]

База данных генома мыши

База данных генома мыши собирает и обрабатывает всесторонние фенотипические и функциональные аннотации генов и аллелей мыши . [8] Это проект, финансируемый NHGRI , который вносит вклад в базу данных информатики генома мыши.

База данных экспрессии генов мышей

База данных экспрессии генов — это общественный ресурс, содержащий информацию об экспрессии развития мышей. [9]

История

Домашняя страница информатики генома мыши, как она появилась в 1994 году.

MGI возникла в результате проекта, финансируемого Национальным центром исследований генома человека в 1989 году, по объединению баз данных нескольких ученых из лаборатории Джексона и созданию инструмента для визуализации данных о геноме мыши. [10] Результат этого проекта, возглавляемого Джозефом Х. Надо, Ларри Э. Мобраатеном и Джананом Т. Эппигом, был назван «Энциклопедией мышиного генома» и раз в полгода распространялся на дискете примерно 300 ученым по всему миру. мир. [10] В 1992 году эта группа объединилась с командой, ответственной за разработку «Геномной базы данных мыши», возглавляемой Мюриэл Т. Дэвиссон и Томасом Х. Родериком, чтобы начать проект «Информатика генома мыши». [10] Результатом этого проекта стал первый онлайн-выпуск «Базы данных генома мыши» в 1994 году. [10]


Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ «Текущая поддержка финансирования MGI-MGI» . jax.org . Проверено 2 июня 2015 г.
  2. ^ Шоу Д. (май 2004 г.). «Поиск в ресурсах информатики генома мыши (MGI) для получения информации о биологии мыши от генотипа до фенотипа». Современные протоколы в биоинформатике . Глава 1: Раздел 1.7. дои : 10.1002/0471250953.bi0107s05. ISBN 0471250953. ПМК  5147750 . ПМИД  18428715.
  3. ^ Ци Д, Блейк Дж. А. , Кадин Дж. А., Ричардсон Дж. Э., Рингвальд М., Эппиг Дж. Т., Балт CJ (8–11 августа 2005 г.). Интеграция данных в базу данных информатики генома мыши (MGI) . Конференция по биоинформатике вычислительных систем, 2005. Семинары и тезисы стендовых докладов. IEEE. стр. 37–8. дои : 10.1109/CSBW.2005.48. ISBN 0-7695-2442-7.
  4. ^ «MGI-О ресурсе базы данных информатики генома мыши» . jax.org . Проверено 2 июня 2015 г.
  5. ^ Аб Лоу, М; Шоу, ДР (2018). Информатика генома мыши (MGI) — международный ресурс информации о лабораторных мышах . Методы молекулярной биологии. Том. 1757. стр. 141–161. дои : 10.1007/978-1-4939-7737-6_7. ISBN 978-1-4939-7736-9. ПМИД  29761459.
  6. ^ Домашняя страница номенклатуры мышей , получено 28 августа 2016 г.
  7. ^ Ивица Летунич. «OpenHelix: информатика генома мыши (MGI)». openhelix.com . Архивировано из оригинала 26 декабря 2017 года . Проверено 2 июня 2015 г.
  8. ^ Блейк, Джудит А .; Балт, Кэрол Дж.; Кадин, Джеймс А.; Ричардсон, Джоэл Э.; Эппиг, Джанан Т.; Группа базы данных генома мыши (январь 2011 г.). «База данных генома мыши (MGD): главный ресурс модельных организмов для геномики и генетики млекопитающих». Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных). Англия: D842-8. дои : 10.1093/nar/gkq1008. ПМК 3013640 . ПМИД  21051359. 
  9. ^ Фингер, Жаклин Х; Смит Констанс М; Хаямидзу Терри Ф; МакКрайт Ингеборг Дж; Эппиг Джанан Т; Кадин Джеймс А; Ричардсон Джоэл Э; Рингвальд Мартин (январь 2011 г.). «База данных экспрессии генов мыши (GXD): обновление 2011 г.». Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных). Англия: D835-41. дои : 10.1093/nar/gkq1132. ПМК 3013713 . ПМИД  21062809. 
  10. ^ abcd Эппиг Дж. Т., Ричардсон Дж. Э., Кадин Дж. А., Рингвальд М., Блейк Дж. А., Балт CJ (август 2015 г.). «Информатика генома мыши (MGI): размышления о 25 годах». Геном Мамм . 26 (7–8): 272–84. дои : 10.1007/s00335-015-9589-4. ПМЦ 4534491 . ПМИД  26238262. 

Внешние ссылки

Викиданные обладают свойством:
  • Идентификатор информатики генома мыши (P671) (см. Использование )