Университет был основан в 1983 году и уделяет особое внимание экономике и менеджменту, а также предлагает курсы по праву, языкам, литературе, науке и инженерии. В двух кампусах обучается более 15 000 студентов: кампус Мочоу (названный в честь близлежащего озера Мочоу ) в Гулоу , кампус Пукоу на южном склоне горы Лао .
Август 1983 г. Нанкинская школа финансов и торговли была основана с одобрения правительства провинции Цзянсу. Под надзором муниципального правительства Нанкина школа была профессиональной, предлагая 2-3 года обучения с выдачей сертификата.
Май 1987 г. Нанкинская школа финансов и торговли была передана в совместное управление Китайского национального аудиторского управления (CNAO), муниципального правительства Нанкина и Комитета по образованию Цзянсу. В том же году она была переименована в Нанкинский аудиторский институт.
Декабрь 1990 г. Нанкинский аудиторский институт находился под прямым руководством CNAO и совместным управлением CNAO, правительства провинции Цзянсу и муниципального правительства Нанкина, при этом CNAO был главным руководителем. Институт по-прежнему находится на уровне технической академии и принимает студентов со всего Китая.
Февраль 1993 г. Нанкинский аудиторский институт был преобразован в университет.
Июнь 1997 г. С одобрения Комитета по выдаче степеней провинции Цзянсу Нанкинский аудиторский институт получил лицензию на присуждение степени бакалавра.
Февраль 2000 г. Нанкинский аудиторский институт был передан под прямое руководство Комитета по образованию провинции Цзянсу.
Апрель 2002 г. С одобрения правительства провинции Цзянсу Нанкинский финансовый колледж был объединен с Нанкинский аудиторский институт, таким образом родился новый Нанкинский аудиторский университет.
Август 2011 г. Министерство образования, Министерство финансов, Национальное контрольно-ревизионное управление и Народное правительство провинции Цзянсу совместно строят Нанкинский аудиторский университет.
В 2015 году университет изменил свое название с Нанкинского аудиторского колледжа на Нанкинский аудиторский университет.
