OpenChrom поддерживает только анализ и представление хроматографических и масс-спектрометрических данных. Он не имеет возможностей для сбора данных или управления оборудованием поставщика. OpenChrom построен на платформе Eclipse Rich Client Platform (RCP), поэтому он доступен для различных операционных систем, например Microsoft Windows , macOS и Linux . Он распространяется по лицензии Eclipse Public License 1.0 (EPL). Сторонние библиотеки разделены на отдельные пакеты и выпускаются по различным лицензиям, совместимым с OSI .
История
ChemClipse версия 0.7.0
OpenChrom был разработан Филиппом Венигом в рамках его докторской диссертации в Гамбургском университете , Германия. [5] Основное внимание в диссертации уделялось применению методов распознавания образов к наборам данных, записанным с помощью аналитического пиролиза в сочетании с хроматографией и масс-спектрометрией (Py-GC/MS). [6] [7]
OpenChrom выиграл премию Thomas Krenn Open Source Award 2010 [8], а также премию Eclipse Community Award 2011. [9] Разработчики также являются членами-основателями рабочей группы Eclipse Science. [10] После успешной коммерциализации контрактной разработки и услуг вокруг проекта OpenChrom, поставщик Lablicate усилил приверженность свободному/свободному/открытому программному обеспечению , выпустив ChemClipse в октябре 2016 года, который служит основой для всех продуктов OpenChrom. [11]
Поддерживаемые форматы данных
Каждый поставщик системы хранит записанные данные анализа в своем собственном формате . Это затрудняет сравнение наборов данных из разных систем и поставщиков. Кроме того, это большой недостаток для межлабораторных испытаний. Цель OpenChrom — изначально поддерживать широкий спектр различных форматов данных масс-спектрометрии . [12] OpenChrom заботится о том, чтобы файлы необработанных данных не могли быть изменены в соответствии с надлежащей лабораторной практикой . Чтобы помочь ученым, OpenChrom поддерживает несколько открытых форматов для импорта и экспорта результатов анализа. Кроме того, OpenChrom предлагает свой собственный формат с открытым исходным кодом (*.ocb), который позволяет сохранять отредактированную хроматограмму, а также пики и результаты идентификации.
^ OpenChrom: кроссплатформенное программное обеспечение с открытым исходным кодом для масс-спектрометрического анализа хроматографических данных , Филип Вениг, Юрген Одерматт, BMC Bioinformatics ; 2010 ; doi :10.1186/1471-2105-11-405
^ Softwarebasierte Verfahren zur datenbankgestützten Identifizierungorganischer Substanzen mittels mittels mittelscher Pyrolyse gekoppelt mit Gaschromatographie/Massenspektrometrie (Py-GC/MS) , Филип Вениг, Диссертация ; 2012 ; DNB-IDN 1027167683
^ Постоптимизация данных Py-GC/MS: пример использования нового цифрового фильтра химического шумоподавления (NOISERA) для повышения качества данных с использованием программного обеспечения OpenChrom для масс-спектрометрии , Филип Вениг, Журнал аналитического и прикладного пиролиза ; 2011 ; doi :10.1016/j.jaap.2011.05.013
^ Характеристика пахучих выделений с использованием нового программного обеспечения для идентификации пиков в хемометрических моделях газовой хроматографии – наборы данных масс-спектрометрии , KR Murphy, P. Wenig, G. Parcsi, T. Skov, RM Stuetz, Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems ; 2012 ; doi :10.1016/j.chemolab.2012.07.006
^ Вернер Фишер: Победитель премии Томаса Кренна за открытый исходный код 2010 г.
↑ Eclipse Foundation : Объявление победителей конкурса Eclipse Community Awards, Санта-Клара, Калифорния — 21 марта 2011 г.
^ Диана Купфер: Взгляд на рабочую группу по науке об Eclipse, 11 июня 2014 г.
^ Филип Вениг: выпуск ChemClipse 0.7.0, 2 октября 2016 г.
^ Домбровски, Лукаш (2015-08-07). «Обзор бесплатного программного обеспечения для обработки данных в хроматографии». Mediterranean Journal of Chemistry . 4 (4): 193–200. doi : 10.13171/mjc.4.4.2015.15.09.16.35/dabrowski .
