Пентатрикопептидный повтор (PPR) представляет собой мотив из 35 аминокислот . Белки, содержащие пентатрикопептидный повтор, представляют собой семейство белков, обычно встречающихся в растительном мире. Они отличаются наличием тандемных вырожденных мотивов PPR [1] и относительным отсутствием интронов в генах, кодирующих их. [2]
Около 450 таких белков были идентифицированы в геноме Arabidopsis , и еще 477 в геноме риса . [3] Несмотря на большой размер семейства белков, генетические данные свидетельствуют о том, что избыточность функций между белками PPR в Arabidopsis незначительна или отсутствует вовсе . [2]
Назначение белков PPR в настоящее время является предметом спора. Было показано, что значительная часть белков Arabidopsis взаимодействует (часто по существу) с митохондриями и другими органеллами [2] и что они, возможно, участвуют в редактировании РНК . [4] Однако для осуществления этого редактирования требуется много транс-белков, и исследования продолжают изучать, какие белки необходимы. [5]
Структура PPR была решена. Она сворачивается в структуру спираль-поворот-спираль , похожую на те, что обнаружены в тетратрикопептидном повторе. Несколько повторов белка образуют кольцо вокруг одноцепочечной молекулы РНК в чувствительном к последовательности способе, напоминающем эффекторы TAL . [6]
Примеры
Гены человека, кодирующие белки, содержащие этот повтор, включают:
Ссылки
- ^ Mingler MK, Hingst AM, Clement SL, Yu LE, Reifur L, Koslowsky DJ (ноябрь 2006 г.). «Идентификация пентатрикопептидных повторяющихся белков в Trypanosoma brucei». Mol. Biochem. Parasitol . 150 (1): 37–45. doi :10.1016/j.molbiopara.2006.06.006. PMID 16837079.
- ^ abc Люрин С, Андрес С, Обург С, Беллауи М, Биттон Ф, Брюйер С, Кабош М, Дебаст С, Гуальберто Дж, Хоффманн Б, Лечарни А, Ле Рет М, Мартин-Маньетт МЛ, Миро Х, Петерс Н, Реноу Дж. П., Сюрек Б., Таконнат Л., Смолл I (август 2004 г.). «Полногеномный анализ повторяющихся белков пентатрикопептида Arabidopsis показывает их важную роль в биогенезе органелл». Растительная клетка . 16 (8): 2089–103. дои : 10.1105/tpc.104.022236. ПМК 519200 . ПМИД 15269332.
- ^ O'Toole N, Hattori M, Andres C, Iida K, Lurin C, Schmitz-Linneweber C, Sugita M, Small I (июнь 2008 г.). «О расширении семейства генов пентатрикопептидного повтора в растениях». Mol. Biol. Evol . 25 (6): 1120–8. doi : 10.1093/molbev/msn057 . PMID 18343892.
- ^ Kotera E, Tasaka M, Shikanai T (январь 2005 г.). «Пентатрикопептидный повторяющийся белок необходим для редактирования РНК в хлоропластах». Nature . 433 (7023): 326–30. Bibcode :2005Natur.433..326K. doi :10.1038/nature03229. PMID 15662426. S2CID 4416316.
- ^ Такенака М., Вербицкий Д., Церманн А., Бреннике А. (июнь 2010 г.). «Обратный генетический скрининг идентифицирует пять PPR-белков Е-класса, участвующих в редактировании РНК в митохондриях Arabidopsis Thaliana». J Биол Хим . 285 (35): 27122–27129. дои : 10.1074/jbc.M110.128611 . ПМЦ 2930711 . ПМИД 20566637.
- ^ Yin P, Li Q, Yan C, Liu Y, Liu J, Yu F и др. (декабрь 2013 г.). «Структурная основа модульного распознавания одноцепочечной РНК белками PPR». Nature . 504 (7478): 168–71. Bibcode :2013Natur.504..168Y. doi :10.1038/nature12651. PMID 24162847. S2CID 4471801.
