stringtranslate.com

ФилоКод

Международный кодекс филогенетической номенклатуры , сокращенно называемый PhyloCode , представляет собой формальный набор правил, регулирующих филогенетическую номенклатуру . Его текущая версия специально разработана для регулирования наименования клад , оставляя управление названиями видов на усмотрение ранговых номенклатурных кодов ( ICN , ICNCP , ICNP , ICZN , ICVCN ).

PhyloCode связан с Международным обществом филогенетической номенклатуры (ISPN). [1] Сопутствующий том, Phylonyms , устанавливает 300 названий таксонов в рамках PhyloCode , которые служат примерами для тех, кто не знаком с кодом. [2] RegNum — это связанная онлайн-база данных для зарегистрированных названий клад. [3]

PhyloCode регулирует филогенетическую номенклатуру, предоставляя правила для принятия решения о том, какие ассоциации названий и определений считаются установленными, [4] какие из них будут считаться омонимами [5] или синонимами, [6] и какой из набора синонимов или омонимов будет считаться принятым (обычно тот, который зарегистрирован первым; см. ниже). PhyloCode регулирует только наименование клад , [7] а не парафилетических или полифилетических групп, и допускает использование только образцов , видов и апоморфий в качестве спецификаторов (якорей). [8]

Филогенетическая номенклатура

В отличие от ранговых номенклатурных кодов ( ICN , ICZN , ICNB ), PhyloCode не требует использования рангов , хотя опционально допускает их использование. [9] [10] Ранговые коды определяют таксоны с использованием ранга (например, род , семейство и т. д.) и, во многих случаях, типового образца или типового подтаксона . Точное содержание таксона, кроме типа, ранговыми кодами не указывается.

Напротив, в филогенетической номенклатуре содержание таксонов разграничивается с использованием определения, которое основано на филогении (т. е. предке и происхождении) и использует спецификаторы (например, виды, образцы, апоморфии) для указания фактических организмов . Формула определения указывает на предка. Определенный таксон, таким образом, является этим предком и всеми его потомками. Таким образом, содержание филогенетически определенного таксона опирается на филогенетическую гипотезу.

Ниже приведены примеры типов филогенетического определения (заглавные буквы обозначают спецификаторы): [11]

Возможны и другие типы определений, учитывающие не только филогенетические связи и апоморфии организмов, но и то, существуют ли родственные организмы .

В следующей таблице приведены примеры филогенетических определений кладов, которые также имеют ранги в традиционной номенклатуре. Когда все спецификаторы в определении на основе узлов являются существующими образцами или видами, как в следующем определении Mammalia, определяется коронная группа . (Традиционное определение Mammalia менее ограничительно, включая некоторые ископаемые группы за пределами коронной группы.) [12]

Версии

PhyloCode прошел через несколько ревизий. По состоянию на ноябрь 2023 года текущей версией является 6, опубликованная на сайте 8 июня 2020 года.

Организация

Как и в других номенклатурных кодексах, правила PhyloCode организованы в виде статей, которые в свою очередь организованы в виде глав. Каждая статья может также содержать примечания, примеры и рекомендации.

Оглавление

База данных регистрации

После внедрения PhyloCode будет связан с регистрационной базой данных , называемой RegNum, в которой будут храниться все названия клад и определения, которые будут считаться приемлемыми. [13] Есть надежда, что это предоставит общедоступный инструмент для связывания названий клад с определениями, которые затем можно будет связать с наборами субтаксонов или образцов через базы данных филогенетических деревьев (такие как TreeBASE ).

Однако, как планируется в настоящее время, наиболее важным применением RegNum станет решение о том, какой из ряда синонимов или омонимов будет считаться принятым: тот, у которого наименьший регистрационный номер, за исключением случаев консервации.

История

(Краткое изложение предисловия к PhyloCode . [14] )

PhyloCode возник на семинаре в Гарвардском университете в августе 1998 года, где были приняты решения о его объеме и содержании. Многие участники семинара, а также несколько других людей, которые впоследствии присоединились к проекту, работали в качестве консультативной группы. В апреле 2000 года черновик был опубликован в Интернете, и были запрошены комментарии научного сообщества.

Второй семинар состоялся в Йельском университете в июле 2002 года, на котором были внесены некоторые изменения в правила и рекомендации PhyloCode . Время от времени вносились и другие изменения.

В Первой международной встрече по филогенетической номенклатуре, которая проходила с 6 по 9 июля 2004 года в Париже , Франция , приняли участие около 70 систематических и эволюционных биологов из 11 стран. [15] Это была первая открытая многодневная конференция, полностью посвященная филогенетической номенклатуре, и она предоставила место для инаугурации новой ассоциации — Международного общества филогенетической номенклатуры (ISPN). Члены ISPN избирают Комитет по филогенетической номенклатуре (CPN), который взял на себя роль консультативной группы, курировавшей ранние этапы разработки PhyloCode.

Второе международное совещание по филогенетической номенклатуре проходило с 28 июня 2006 года по 2 июля 2006 года в Йельском университете ( Нью-Хейвен , Коннектикут , США). [16]

Третья международная встреча по филогенетической номенклатуре состоялась с 21 по 22 июля 2008 года в Университете Далхаузи ( Галифакс , Новая Шотландия , Канада). [17]

PhyloCode вступил в силу с публикацией сопутствующего тома Phylonyms в 2020 году. [18]

Влияния

Теоретическая основа PhyloCode была разработана в серии статей де Кейроса и Готье , [19] [20] [21], которые были предвосхищены более ранними предположениями о том, что название таксона может быть определено путем ссылки на часть филогенетического дерева . [22] [23]

Когда это было возможно, авторы PhyloCode использовали проект BioCode [24] , который пытался объединить ранговый подход в единый код в качестве модели. Таким образом, организация PhyloCode , часть его терминологии и формулировки определенных правил получены из BioCode . Другие правила получены из одного или нескольких ранговых кодов, в частности, ботанических [25] [26] [27] и зоологических [28] [29] кодов. Однако многие правила в PhyloCode не имеют аналогов в каком-либо коде, основанном на таксономических рангах, из-за фундаментальных различий в дефиниционных основах альтернативных систем. Обратите внимание, что PhyloCode не регулирует названия видов, чьи правила доступности, типизации и т. д. по-прежнему регулируются обязательным традиционным Кодексом номенклатуры.

Будущее

PhyloCode является спорным и вызвал значительную критику со стороны некоторых таксономистов. [30] Несмотря на то, что PhyloCode был представлен десятилетия назад, число сторонников его широкого принятия по -прежнему невелико, а публикация литературы по PhyloCode застопорилась в середине 2010-х годов [31] , прежде чем ускориться после публикации Phylonyms в 2020 году и запуска Bulletin of Phylogenetic Nomenclature, который представляет собой журнал, посвященный публикации номенклатурных актов (особенно определений названий таксонов), действительных в соответствии с PhyloCode . [32] [33] Чтобы быть действительными в соответствии с PhyloCode, названия таксонов и связанные с ними определения должны быть зарегистрированы в базе данных RegNum.

Список опубликованных критических замечаний по поводу PhyloCode , а также список опровержений можно найти на сайте ISPN.

Ссылки

  1. ^ "Международное общество филогенетической номенклатуры (веб-сайт)". Phylonames.org . Получено 2010-07-07 .
  2. ^ Лорен, М.; Брайант, Х.Н. (2009). «Третье заседание Международного общества филогенетической номенклатуры: отчет». Zoologica Scripta . 38 (3): 333–337. doi :10.1111/j.1463-6409.2008.00379.x. S2CID  221171579.
  3. ^ "RegNum". Музей Флориды . Получено 4 апреля 2019 г.
  4. ^ "Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - Глава II. Публикация". Ohiou.edu . Получено 2010-07-07 .
  5. ^ "Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - статья 13: Омонимия". ohiou.edu . Получено 2010-07-07 .
  6. ^ "Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b, статья 14: Синонимия". Ohiou.edu . Получено 2010-07-07 .
  7. ^ "Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - правило 1.1". Ohiou.edu . Получено 2010-07-07 .
  8. ^ "Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - статья 11. Спецификаторы и квалифицирующие положения". Ohiou.edu . Получено 2010-07-07 .
  9. ^ "Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - статья 3. Иерархия и ранг". Ohiou.edu . Получено 2010-07-07 .
  10. ^ Хотя следует отметить, что PhyloCode не допускает изменения названия таксона при изменении его ранга, в то время как коды, основанные на рангах, требуют этого по крайней мере для некоторых названий.
  11. ^ "Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - статья 9. Общие требования к установлению названий клад". Ohiou.edu . Получено 2010-07-07 .
  12. ^ Андерсон, Джейсон С. (2002). «Использование известных названий в филогенетической номенклатуре: ответ Лорину». Systematic Biology . 51 (5): 822–827. doi : 10.1080/10635150290102447 . PMID  12396594.
  13. ^ «ФилоКод: Статья 8».
  14. ^ "Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - Предисловие". Ohiou.edu . Получено 2010-07-07 .
  15. ^ Лорен, М.; PD Кантино (2004). «Первое международное совещание по филогенетической номенклатуре: отчет». Zool. Scr . 33 (5): 475–479. doi :10.1111/j.0300-3256.2004.00176.x. S2CID  86552807.
  16. ^ Лорен, М.; PD Кантино (2007). «Второе заседание Международного общества филогенетической номенклатуры: отчет». Zool. Scr . 36 : 109–117. doi :10.1111/j.1463-6409.2006.00268.x. S2CID  222198538.
  17. ^ Лорен, М.; Брайант, Х. Н. (май 2009 г.). «Третье заседание Международного общества филогенетической номенклатуры: отчет». Zoologica Scripta . 38 (3): 333–337. doi :10.1111/j.1463-6409.2008.00379.x. S2CID  221171579.
  18. ^ de Queiroz. K., Cantino. PD, Gauthier. JA eds. (2020). Филонимы: компаньон PhyloCode . CRC Press Boca Raton, FL
  19. ^ de Queiroz, K.; J. Gauthier (1990). «Филогения как центральный принцип в таксономии: филогенетические определения названий таксонов». Syst. Zool . 39 (4). Society of Systematic Biologists: 307–322. doi :10.2307/2992353. JSTOR  2992353.
  20. ^ де Кейрос, К.; Ж. Готье (1992). «Филогенетическая таксономия». Annu. Rev. Ecol. Syst . 23 : 449–480. doi :10.1146/annurev.es.23.110192.002313.
  21. ^ де Кейрос, К.; Ж. Готье (1994). «К филогенетической системе биологической номенклатуры». Trends Ecol. Evol . 9 (1): 27–31. doi :10.1016/0169-5347(94)90231-3. PMID  21236760.
  22. ^ Гриффитс, Грэм К. Д. «Об основах биологической систематики». Acta biotheoretica 23, № 3-4 (1974): 85-131.
  23. ^ Гизелин, МТ (1984).«Определение», «характер» и другие двусмысленные термины». Syst. Zool . 33 (1). Society of Systematic Biologists: 104–110. doi : 10.2307/2413135. JSTOR  2413135.
  24. ^ Greuter, W.; DL Hawksworth; J. McNeill; A. Mayo; A. Minelli; PHA Sneath; BJ Tindall; P. Trehane; P. Tubbs (1998). «Проект Биокода (1997): перспективные международные правила для научных названий организмов». Таксон . 47 (1). Международная ассоциация по таксономии растений (IAPT): 127–150. doi :10.2307/1224030. JSTOR  1224030.
  25. ^ Гройтер, В.; Ф. Р. Барри; Его Величество Бурдет; В.Г. Чалонер; В. Демулен; Д. Л. Хоксворт; премьер-министр Йоргенсен; Дж. Макнил; Д.Х. Николсон; ПК Сильва; П. Трехан (1994). Международный кодекс ботанической номенклатуры (Токийский кодекс) . Koeltz Scientific Books, Кенигштайн, Германия. ISBN 1-878762-66-4.
  26. ^ Greuter, W.; FR Barrie; HM Burdet; V. Demoulin; TS Filgueiras; DL Hawksworth; J. McNeill; DH Nicolson; PC Silva; JE Skog; P. Trehane; NJ Turland (2000). Международный кодекс ботанической номенклатуры (Кодекс Сент-Луиса) . Koeltz Scientific Books, Кёнигштайн, Германия.
  27. ^ Макнил, Дж.; Ф. Р. Барри; Его Величество Бурдет; В. Демулен; Д.Л. Хоксворт; К. Мархольд; Д.Х. Николсон; Дж. Прадо; ПК Сильва; Дж. Э. Ског; Дж. Х. Виерсема; Нью-Джерси Терланд (2006). Международный кодекс ботанической номенклатуры (Венский кодекс) . Гантнер, Руггель, Лихтенштейн. ISBN 3-906166-48-1.
  28. ^ Международная комиссия по зоологической номенклатуре (1985). Международный кодекс зоологической номенклатуры (3-е изд.). Международный траст зоологической номенклатуры. ISBN 0-85301-006-4.
  29. ^ Международная комиссия по зоологической номенклатуре (1999). Международный кодекс зоологической номенклатуры (4-е изд.). Международный траст зоологической номенклатуры. ISBN 0-85301-006-4.
  30. ^ Никсон, Кевин К.; Карпентер, Джеймс М.; Стивенсон, Деннис В. (2003). «Филокод фатально ошибочен, а «линнеевская» система может быть легко исправлена». The Botanical Review . 69 (1): 111–120. doi :10.1663/0006-8101(2003)069[0111:TPIFFA]2.0.CO;2 . Получено 12 февраля 2024 г.
  31. ^ Брауэр, Эндрю ВЗ (2020). «Умер по прибытии: посмертная оценка «филогенетической номенклатуры», 20+ лет спустя». Кладистика . 36 (6): 627–637. doi : 10.1111/cla.12432 . S2CID  224927279.
  32. ^ Queiroz, Kevin De; Cantino, Philip D.; Gauthier, Jacques A. (27 мая 2020 г.). Филонимы: дополнение к PhyloCode. CRC Press. ISBN 9781138332935.
  33. ^ Лорен, Мишель (3 августа 2023 г.). Появление PhyloCode: продолжающаяся эволюция биологической номенклатуры. CRC Press. doi : 10.1201/9781003092827. ISBN 978-1-003-09282-7.

Литература

Внешние ссылки