stringtranslate.com

Питовирус

Питовирус , впервые описанный в статье 2014 года, представляет собой род гигантского вируса, известного из двух видов: Pithovirus sibericum , который заражает амеб [1] [2] и Pithovirus Massiliensis . [3] Это вирус на основе ДНК , принадлежащий к кладе нуклеоцитоплазматических больших ДНК-вирусов . Открытие 2014 года было сделано, когда жизнеспособный образец был найден в ледяном керне возрастом 30 000 лет,добытом из вечной мерзлоты в Сибири , Россия.

Описание

Для описания нового вида было выбрано название рода Pithovirus , отсылка к большим контейнерам для хранения в древней Греции, известным как пифои . Образец питовируса имеет длину примерно 1,5  мкм (1500 нм ) и диаметр 0,5 мкм (500 нм), что делает его самым крупным вирусом, когда-либо обнаруженным. Он на 50% больше по размеру, чем Pandoraviridae , предыдущие крупнейшие известные вирусы, [4] и больше, чем Ostreococcus , самая маленькая эукариотическая клетка, хотя Пандоравирус имеет самый большой вирусный геном, содержащий от 1,9 до 2,5 мегабаз ДНК . [5]

Питовирус имеет толстую овальную стенку с отверстием на одном конце. Внутренне его структура напоминает соты . [1]

Геном питовируса содержит 467 различных генов , что больше , чем у типичного вируса, но гораздо меньше, чем 2556 предполагаемых последовательностей, кодирующих белок, обнаруженных у пандоравируса . [4] Таким образом, его геном гораздо менее плотно упакован, чем у любого другого известного вируса. Две трети его белков не похожи на белки других вирусов. Несмотря на физическое сходство с пандоравирусом , последовательность генома питовируса показывает, что он едва связан с этим вирусом, но больше напоминает представителей Marseilleviridae , Megaviridae и Iridoviridae . [6] Все эти семейства содержат крупные икосаэдрические вирусы с ДНК-геномами. Геном питовируса имеет 36% содержания GC , как и у мегавирусов , в отличие от более чем 61% у пандоравирусов. [7]

Репликация

Геном питовируса представляет собой одну кольцевую двухцепочечную ДНК ( дцДНК ) хромосому длиной около 610 000 пар оснований (п.н.), кодирующую примерно 467 открытых рамок считывания (ORF), которые транслируются в 467 различных белков. [8] Геном кодирует все белки, необходимые для производства мРНК ; эти белки присутствуют в очищенных вирионах. [6] Таким образом, питовирус проходит весь цикл репликации в цитоплазме хозяина , а не при более типичном методе захвата ядра хозяина. [1] [6] [9]

Открытие

Pithovirus sibericum был обнаружен в образце вечной мерзлоты Сибири возрастом 30 000 лет Шанталь Абергель и Жан-Мишель Клавери из Университета Экс-Марсель . [1] [10] Вирус был обнаружен на глубине 30 м (100 футов) под поверхностью отложений позднего плейстоцена . [2] [6] Это было обнаружено, когда образцы берегов реки, собранные в 2000 году, подверглись воздействию амеб . [11] Амебы начали умирать, и при обследовании было обнаружено, что они содержат гигантские образцы вируса. Авторы заявили, что идея исследовать образцы вечной мерзлоты на наличие новых вирусов у них возникла после того, как они прочитали об эксперименте, в ходе которого двумя годами ранее было возрождено семя Silene stenophylla того же возраста . [1] Результаты исследований питовируса были опубликованы в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences в марте 2014 года. [ 4] [7]

Хотя вирус безвреден для человека, его жизнеспособность после тысячелетней заморозки вызвала опасения, что глобальное изменение климата и буровые работы в тундре могут привести к обнаружению ранее не обнаруженных и потенциально патогенных вирусов. [4] Однако другие ученые оспаривают, что этот сценарий представляет собой реальную угрозу. [1]

Современный вид этого рода, Pithovirus Massiliensis , был выделен в 2016 году. Основные особенности, такие как порядок ORF и гены-сироты (ORFans), хорошо консервативны между двумя известными видами. [3]

Эволюция

Скорость мутации генома оценивается в 2,23 × 10 -6 замен/участок/год. [12] Авторы предположили, что два известных питовируса разошлись около двухсот тысяч лет назад.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ abcdef Йонг, Эд (3 марта 2014 г.). «Гигантский вирус воскрес из 69 000-летнего льда». Природа . дои : 10.1038/nature.2014.14801. S2CID  87146458.
  2. ^ Аб Морель, Ребекка (3 марта 2014 г.). «Гигантский вирус возрастом 30 000 лет «возвращается к жизни»». Новости BBC .
  3. ^ аб Левассер А, Андреани Дж, Делерс Дж, Бу Халил Дж, Роберт С, Ла Скола Б, Рауль Д (июль 2016 г.). «Сравнение современного и ископаемых питовирусов показывает его генетическую консервацию и эволюцию». Геном Биол Эвол . 8 (8): 2333–9. дои : 10.1093/gbe/evw153. ПМК 5010891 . ПМИД  27389688. 
  4. ^ abcd Сиручек, Стефан (3 марта 2014 г.). «Древний «гигантский вирус» возродился из вечной мерзлоты Сибири». Национальная география . Архивировано из оригинала 4 марта 2014 года.
  5. ↑ Брамфилд, Джефф (18 июля 2013 г.). «Самый большой в мире вирус может иметь древние корни». Национальное общественное радио .
  6. ^ abcd Раканьелло, Винсент (4 марта 2014 г.). «Питовирус: больше, чем Пандоравирус, с меньшим геномом». Блог вирусологии .
  7. ^ аб Лежандр, М.; Бартоли, Дж.; Шмакова Л.; Джуди, С.; Лабади, К.; Адрайт, А.; Лескот, М.; Пуаро, О.; Берто, Л.; Брюли, К.; Коут, Ю.; Ривкина Е.; Абергель, К.; Клавери, Ж.-М. (март 2014 г.). «Тридцатитысячелетний дальний родственник гигантских икосаэдрических ДНК-вирусов с морфологией пандоравируса». Учеб. Натл. акад. наук. США 111 (11): 4274–9. Бибкод : 2014PNAS..111.4274L. дои : 10.1073/pnas.1320670111 . ПМЦ 3964051 . ПМИД  24591590.  
  8. ^ «Питовирус сибирский». Швейцарский институт биоинформатики (SIB) . Проверено 10 марта 2014 г.
  9. ↑ Коглан, Энди (3 марта 2014 г.). «Самый крупный вирус, возрожденный из вечной мерзлоты каменного века». НовыйУченый . Архивировано из оригинала 5 марта 2014 года.
  10. ↑ Паппас, Стефани (16 сентября 2015 г.). «Замороженный гигантский вирус все еще заразен спустя 30 000 лет». Yahoo Новости . Проверено 20 сентября 2015 г.
  11. ↑ Циммер, Карл (3 марта 2014 г.). «Из сибирских льдов возродился вирус». Нью-Йорк Таймс .
  12. ^ Дюшен, С; Холмс, ЕС (2018). «Оценка скорости эволюции гигантских вирусов с использованием древних геномов». Вирус Эвол . 4 (1): вей006. дои : 10.1093/ve/vey006 . ПМЦ 5829572 . ПМИД  29511572. 

Внешние ссылки