Вирус Плайя-де-Оро ( OROV ) — вероятный вид ортохантавируса , обнаруженный у грызунов Oryzomys couesi и Sigmodon mascotensis в мексиканском штате Колима . Первый считается основным хозяином . Определены последовательности частей РНК - генома вируса ; они отличаются на 7–10% по аминокислотному составу и на 22–24% по нуклеотидному составу от близкородственных вирусов.
Вирус Плайя де Оро был идентифицирован как новый вид в 2008 году и наиболее тесно связан с вирусами Bayou , Catacamas , Muleshoe и Black Creek Canal , обнаруженными у других видов Oryzomys и Sigmodon . Вирус Catacamas обнаружен в другой популяции Oryzomys couesi , и наличие разных вирусов у этих двух видов использовалось в качестве аргумента для классификации двух популяций хозяина как отдельных видов.
Вирус Плайя-де-Оро был впервые выявлен у грызунов, собранных в 2004 году в рамках обследования диких млекопитающих в Плайя-де-Оро в Мансанильо , Колима , западная Мексика. Открытие было опубликовано в 2008 году Ён-Кю Чу и его коллегами. [1] Среди 600 мелких млекопитающих антитела против вируса хантавируса Sin Nombre были обнаружены у 23 особей (из 358 исследованных) Oryzomys couesi , рисовой крысы , которая была наиболее распространенным обнаруженным видом, у шести (из 87) хлопковой крысы Sigmodon mascotensis и у одной (из 77) карликовой мыши Baiomys musculus . Кроме того, двенадцать O. couesi и одна S. mascotensis дали РНК хантавируса . Вирусы были обнаружены у самцов чаще, чем у самок. [2] Поскольку последовательности аминокислот в секвенированных частях генома вируса отличались на целых 7–10 % от близкородственных хантавирусов, Чу и его коллеги идентифицировали вирус, обнаруженный в Плайя-де-Оро, как новый вид, названный вирусом Плайя-де-Оро или OROV. Хотя авторы не смогли доказать, что вирус соответствовал всем критериям для определения нового вида вируса, они утверждали, что, вероятно, он этим критериям соответствовал. [3] В настоящее время он рассматривается как вероятный вид в роде Hantavirus . [4]
Геном хантавирусов состоит из трех сегментов одноцепочечной отрицательно-полярной РНК (см. РНК-вирус: Репликация ), называемых большим (L), средним (M) и малым (S) сегментами. [2] Весь сегмент S и фрагмент сегмента M были секвенированы. [5]
S-сегмент состоит из 1953 оснований, из которых 1287 (начиная с позиции 43) кодируют белок нуклеокапсида . Кроме того, в середине этой последовательности (начиная с позиции 122) находится вторая открытая рамка считывания из 192 оснований, как и у нескольких других хантавирусов. Среди трех образцов O. couesi последовательность в этом сегменте отличалась всего на 1%, и все изменения были молчаливыми мутациями . Аминокислоты S-сегмента отличаются на 7–10% от аминокислот родственных хантавирусов: вируса Байу (BAYV; от болотной рисовой крысы Oryzomys palustris ), вируса Катакамас (CATV; от гондурасской популяции Oryzomys couesi ) и вируса канала Блэк-Крик (BCCV; от хлопковой крысы Sigmodon hispidus ). Нуклеотидная последовательность отличается на 24% от этих вирусов. [5]
Среди 1537-основных фрагментов последовательности сегмента M было обнаружено несколько вариабельных участков, включая некоторые немолчащие мутации. Последовательность отличается на 8–10% от BAYV, CATV и BCCV по аминокислотам и на 22% по нуклеотидам. [5]
Поскольку OROV часто встречается у Oryzomys couesi , Чу и коллеги предположили, что он является основным хозяином вируса и что инфекции у Sigmodon mascotensis являются результатом распространения между этими двумя видами грызунов, которые встречаются близко друг к другу. [6] Хантавирусный легочный синдром , заболевание, вызываемое хантавирусами, такими как вирус Sin Nombre, никогда не регистрировался в Мексике, но антитела против хантавирусов были обнаружены в образцах крови человека в Юкатане , а различные дикие грызуны, как известно, являются резервуарами видов хантавирусов. [7] Таким образом, существует потенциальный риск заражения OROV у людей. [8] До открытия OROV в Мексике был идентифицирован один вид хантавируса — вирус каньона Эль Моро от мелкого грызуна Reithrodontomys megalotis . [9]
Согласно филогенетическому анализу, основанному на последовательностях сегментов S и M, OROV наиболее тесно связан с кладой, образованной BAYV, CATV, BCCV и вирусом Muleshoe (MUL; от хлопковой крысы-хищника). [10] В 2009 году Пит Маес и его коллеги предложили объединить близкородственные BAYV, BCCV и MUL в один вид. [11] Чу и его коллеги были удивлены, обнаружив, что один и тот же вид, Oryzomys couesi , является носителем разных вирусов (OROV и CATV), хотя отметили, что подвиды, инфицированные этими двумя вирусами, были разными. [12] В 2010 году Делтон Хансон и его коллеги предположили на основе различных линий доказательств, включая наличие разных хантавирусов, что западно-мексиканские популяции Oryzomys couesi представляют собой другой вид, Oryzomys mexicanus . [13]