stringtranslate.com

PubChem

PubChem — это база данных химических молекул и их активности в биологических анализах . Система поддерживается Национальным центром биотехнологической информации (NCBI), компонентом Национальной медицинской библиотеки , которая является частью Национальных институтов здравоохранения США (NIH). Доступ к PubChem можно получить бесплатно через веб -интерфейс . Миллионы структур соединений и описательных наборов данных можно бесплатно загрузить через FTP . PubChem содержит множество описаний веществ и малых молекул с менее чем 100 атомами и 1000 связями. Более 80 поставщиков баз данных вносят свой вклад в растущую базу данных PubChem. [2]

История

PubChem был выпущен в 2004 году как компонент Программы молекулярных библиотек (MLP) NIH. По состоянию на ноябрь 2015 года PubChem содержит более 150 миллионов описаний веществ, предоставленных депозиторами, 60 миллионов уникальных химических структур и 225 миллионов результатов испытаний биологической активности (из более чем 1 миллиона экспериментов по анализу, проведенных на более чем 2 миллионах малых молекул, охватывающих почти 10 000 уникальных целевых последовательностей белков, которые соответствуют более чем 5000 генов). Он также содержит скрининговые анализы РНК-интерференции (РНКi), которые нацелены на более чем 15 000 генов. [3]

По состоянию на август 2018 года PubChem содержит 247,3 млн описаний веществ, 96,5 млн уникальных химических структур, предоставленных 629 источниками данных из 40 стран. Он также содержит 237 млн ​​результатов тестов биоактивности из 1,25 млн биологических анализов, охватывающих >10 000 целевых последовательностей белков. [4]

По состоянию на 2020 год, благодаря интеграции данных из более чем 100 новых источников, PubChem содержит более 293 миллионов описаний веществ, предоставленных депозиторами, 111 миллионов уникальных химических структур и 271 миллион точек данных о биологической активности из 1,2 миллиона экспериментов биологических анализов. [5]

Базы данных

PubChem состоит из трех динамически растущих основных баз данных. По состоянию на 5 ноября 2020 г. (количество BioAssays не изменилось):

Идет поиск

Поиск в базах данных возможен по широкому спектру свойств, включая химическую структуру, фрагменты названий, химическую формулу , молекулярную массу , XLogP , а также количество доноров и акцепторов водородных связей .

PubChem содержит собственный онлайн- редактор молекул с поддержкой SMILES /SMARTS и InChI , который позволяет импортировать и экспортировать все распространенные форматы химических файлов для поиска структур и фрагментов.

Каждое совпадение предоставляет информацию о синонимах, химических свойствах, химической структуре, включая строки SMILES и InChI, биологической активности, а также ссылки на структурно родственные соединения и другие базы данных NCBI, такие как PubMed .

В форме текстового поиска можно выполнять поиск по полям базы данных, добавляя имя поля в квадратных скобках к поисковому запросу. Числовой диапазон представлен двумя числами, разделенными двоеточием. Поисковые запросы и имена полей нечувствительны к регистру. Можно использовать скобки и логические операторы AND, OR и NOT. AND подразумевается, если оператор не используется.

Пример ( Правило пяти Липински ):

0:500[мв] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]

Поля базы данных

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Ким, Сонгхван; Тиссен, Пол А.; Ченг, Тиецзюнь; Чжан, Цзянь; Гиндулите, Аста; Болтон, Эван Э. (9 августа 2019 г.). «PUG-View: программный доступ к химическим аннотациям, интегрированным в PubChem». Журнал химинформатики . 11 (1): 56. doi : 10.1186/s13321-019-0375-2 . PMC 6688265. PMID  31399858 . 
  2. ^ "Исходная информация PubChem". Проект PubChem . США: Национальный центр биотехнологической информации.
  3. ^ Ким, Сонгхван; Тиссен, Пол А.; Ченг, Тиецзюнь; Ю, Бо; Шумейкер, Бенджамин А.; Ван, Цзияо; Болтон, Эван Э.; Ван, Яньли; Брайант, Стивен Х. (2016). «Литературная информация в PubChem: ассоциации между записями PubChem и научными статьями». Журнал химинформатики . 8 : Статья 32. doi : 10.1186/s13321-016-0142-6 . PMC 4901473. PMID  27293485 . 
  4. ^ ab "Результаты поиска для всех соединений" . Получено 28 января 2016 г.
  5. ^ abc Ким, Сонхван; Чен, Цзе; Ченг, Теджун; Гиндулит, Аста; Он, Цзя; Он, Сикиан; Ли, Цинлян; Шумейкер, Бенджамин А; Тиссен, Пол А; Ю, Бо; Заславский, Леонид; Чжан, Цзянь; Болтон, Эван Э (8 января 2021 г.). «PubChem в 2021 году: новый контент данных и улучшенные веб-интерфейсы». Исследования нуклеиновых кислот . 49 (Д1): Д1388–Д1395. дои : 10.1093/nar/gkaa971 . ПМЦ 7778930 . ПМИД  33151290. 
  6. ^ "all[filt] - PubChem Compound Results". Проект PubChem . США: Национальный центр биотехнологической информации . Получено 7 января 2011 г.
  7. ^ "all[filt] - PubChem Substance Results". Проект PubChem . США: Национальный центр биотехнологической информации . Получено 28 января 2016 г.
  8. ^ "all[filt] - PubChem Substance Results". Проект PubChem . США: Национальный центр биотехнологической информации . Получено 7 января 2011 г.
  9. ^ "all[filt] - PubChem BioAssay Results". Проект PubChem . США: Национальный центр биотехнологической информации . Получено 28 января 2016 г.
  10. ^ "all[filt] - PubChem BioAssay Results". Проект PubChem . США: Национальный центр биотехнологической информации . Получено 7 января 2011 г.
  11. ^ Ченг Т (ноябрь 2007 г.). «Вычисление коэффициентов распределения октанол-вода с помощью аддитивной модели со знаниями». Журнал химической информации и моделирования . 47 (6): 2140–2148. doi :10.1021/ci700257y. PMID  17985865.

Внешние ссылки

Wikidata обладает следующими свойствами:
  • PubChem CID (P662) (см. использование )
  • Идентификатор вещества PubChem (SID) (P2153) (см. применение )
  • БЕЗ ЭТИКЕТКИ (P2874) (см. применение )
У Scholia есть профиль для PubChem (Q278487).