Пиреноиды — это субклеточные микрокомпартменты, обнаруженные в хлоропластах многих водорослей [ 1] и в одной группе наземных растений — роголистниках [2] . Пиреноиды связаны с работой механизма концентрации углерода (CCM). Их основная функция — действовать как центры фиксации углекислого газа (CO 2 ), создавая и поддерживая богатую CO 2 среду вокруг фотосинтетического фермента рибулозо-1,5-бисфосфаткарбоксилазы/оксигеназы (RuBisCO). Таким образом, пиреноиды, по-видимому, играют роль, аналогичную роли карбоксисом у цианобактерий .
Водоросли ограничены водной средой, даже в водных местообитаниях, и это влияет на их способность получать доступ к CO2 для фотосинтеза. CO2 диффундирует в 10 000 раз медленнее в воде, чем в воздухе, и также медленно уравновешивается. Результатом этого является то, что вода, как среда, часто легко истощается от CO2 и медленно получает CO2 из воздуха. Наконец, CO2 уравновешивается с бикарбонатом (HCO3− ) при растворении в воде, и делает это на основе зависимости от pH . Например, в морской воде pH таков, что растворенный неорганический углерод (DIC) в основном находится в форме HCO3− . Конечным результатом этого является низкая концентрация свободного CO2 , которой едва достаточно для того, чтобы водорослевый RuBisCO работал на четверти своей максимальной скорости , и, таким образом, доступность CO2 иногда может представлять собой серьезное ограничение фотосинтеза водорослей.
Пиреноиды были впервые описаны в 1803 году Воше [3] (цитируется в Brown et al. [4] ). Термин был впервые введен Шмитцем [5], который также наблюдал, как хлоропласты водорослей формируются de novo во время деления клеток, что привело Шимпера к предположению, что хлоропласты были автономными, и к предположению, что все зеленые растения произошли через «объединение бесцветного организма с организмом, равномерно окрашенным хлорофиллом». [6] На основе этих пионерских наблюдений Мерешковский в конце концов предложил в начале 20-го века симбиогенетическую теорию и генетическую независимость хлоропластов.
В последующие полвека фикологи часто использовали пиреноид в качестве таксономического маркера, но физиологи долго не могли оценить важность пиреноидов в водном фотосинтезе. Классическая парадигма, которая преобладала до начала 1980-х годов, состояла в том, что пиреноид был местом синтеза крахмала. [7] Микроскопические наблюдения были легко обманчивы, поскольку крахмальная оболочка часто охватывает пиреноиды. Открытие мутантов с дефицитом пиреноидов с нормальными зернами крахмала в зеленой водоросли Chlamydomonas reinhardtii [8] , а также мутантов без крахмала с идеально сформированными пиреноидами [9] в конечном итоге дискредитировало эту гипотезу.
Только в начале 1970-х годов была выяснена белковая природа пиреноида, когда пиреноиды были успешно выделены из зеленой водоросли [10] и показано, что до 90% из них состоит из биохимически активного RuBisCO. В последующее десятилетие появлялось все больше и больше доказательств того, что водоросли способны накапливать внутриклеточные пулы DIC и преобразовывать их в CO 2 в концентрациях, намного превышающих концентрацию в окружающей среде. Баджер и Прайс впервые предположили, что функция пиреноида аналогична функции карбоксисомы у цианобактерий, поскольку связана с активностью CCM. [11] Активность CCM у водорослевых и цианобактериальных фотобионтов лишайниковых ассоциаций была также идентифицирована с использованием газообмена и дискриминации изотопов углерода [12] и связана с пиреноидом Палмквистом [13] и Баджером и др. [14] Позднее Роголистник CCM был охарактеризован Смитом и Гриффитсом. [15]
С тех пор пиреноид изучался в более широком контексте поглощения углерода водорослями, но до сих пор не получил точного молекулярного определения.
Существует значительное разнообразие в морфологии и ультраструктуре пиреноидов между видами водорослей. Общей чертой всех пиреноидов является сфероидальный матрикс, состоящий в основном из RuBisCO. [10] У большинства организмов, содержащих пиреноиды, матрикс пиреноида пересекается тилакоидными мембранами, которые находятся в непрерывности со стромальными тилакоидами. У одноклеточной красной водоросли Porphyridium purpureum отдельные тилакоидные мембраны, по-видимому, пересекают пиреноид; [16] у зеленой водоросли Chlamydomonas reinhardtii множественные тилакоиды сливаются на периферии пиреноида, образуя более крупные трубочки, которые пересекают матрикс. [17] [18] В отличие от карбоксисом, пиреноиды не очерчены белковой оболочкой (или мембраной). Крахмальная оболочка часто образуется или откладывается на периферии пиреноидов, даже если этот крахмал синтезируется в цитозоле, а не в хлоропласте. [19]
При исследовании с помощью просвечивающей электронной микроскопии матрица пиреноида выглядит как приблизительно круглая электронно-плотная гранулярная структура внутри хлоропласта. Ранние исследования предполагали, что RuBisCO организован в кристаллические массивы в пиреноидах диатомовых водорослей Achnanthes brevipes [20] и динофлагеллят Prorocentrum micans . [21] Однако недавние исследования показали, что RuBisCO в матрице пиреноида зеленой водоросли Chlamydomonas не находится в кристаллической решетке, а вместо этого матрица ведет себя как разделенная на фазы, подобная жидкости органелла. [22]
Мутагенные исследования Chlamydomonas показали, что малая субъединица RuBisCO важна для сборки пиреноидной матрицы, [23] и что две альфа-спирали малой субъединицы RuBisCO, экспонированные растворителю, являются ключевыми для этого процесса. [24] Было показано, что сборка RuBisCO в пиреноид требует внутренне неупорядоченного белка повтора связывания RuBisCO EPYC1, который, как предполагалось, «связывает» несколько голоферментов RuBisCO вместе для формирования пиреноидной матрицы. [25] Было показано, что EPYC1 и RubisCO вместе достаточны для восстановления разделенных фазами капель, которые демонстрируют свойства, схожие с пиреноидами C. reinhardtii in vivo, что дополнительно подтверждает «линкерную» роль EPYC1. [26]
Протеом пиреноида Chlamydomonas был охарактеризован [27] , а локализация и белок-белковые взаимодействия десятков пиреноидов-ассоциированных белков были систематически определены. [28] Белки, локализованные в пиреноиде, включают активазу RuBisCO, [29] нитратредуктазу [30] и нитритредуктазу [31] .
В Chlamydomonas высокомолекулярный комплекс из двух белков (LCIB/LCIC) образует дополнительный концентрический слой вокруг пиреноида, снаружи крахмальной оболочки, и в настоящее время предполагается, что это действует как барьер для утечки CO 2 или для повторного захвата CO 2 , который выходит из пиреноида. [32]
У Porphyridium и Chlamydomonas имеется один очень заметный пиреноид в одном хлоропласте, видимый с помощью светового микроскопа. Напротив, у диатомовых водорослей и динофлагеллят может быть несколько пиреноидов. Было замечено, что пиреноид Chlamydomonas делится делением во время деления хлоропласта. [33] [22] В редких случаях, когда деление не происходило, пиреноид, по-видимому, образовывался de novo. [22] Пиреноиды частично растворялись в строме хлоропласта во время каждого деления клетки, и этот пул растворенных компонентов может конденсироваться в новый пиреноид в случаях, когда он не наследуется делением.
Считается, что ограничение фермента, фиксирующего CO 2 , в субклеточном микроотсеке в сочетании с механизмом доставки CO 2 в этот участок повышает эффективность фотосинтеза в водной среде. Наличие CCM благоприятствует карбоксилированию по сравнению с расточительной оксигенацией с помощью RuBisCO. Молекулярная основа пиреноида и CCM была охарактеризована довольно подробно в модельной зеленой водоросли Chlamydomonas reinhardtii .
Текущая модель биофизического CCM, основанная на пиреноиде [34] [35], рассматривает активный транспорт бикарбоната из внеклеточной среды в окрестности RuBisCO через транспортеры на плазматической мембране , мембране хлоропласта и мембранах тилакоидов . Считается, что карбоангидразы в периплазме, а также в цитоплазме и строме хлоропласта способствуют поддержанию внутриклеточного пула растворенного неорганического углерода, в основном в форме бикарбоната. Затем предполагается, что этот бикарбонат закачивается в просвет транспиреноидных тилакоидов, где резидентная карбоангидраза, как предполагается, преобразует бикарбонат в CO 2 и насыщает RuBisCO карбоксилирующим субстратом. Вероятно, что разные группы водорослей развили разные типы ККМ, но обычно считается, что ККМ водорослей формируется вокруг комбинации карбоангидраз, переносчиков неорганического углерода и некоторого отсека для упаковки RuBisCO.
Пиреноиды являются высокопластичными структурами, и степень упаковки RuBisCO коррелирует с состоянием индукции CCM. У Chlamydomonas , когда CCM подавлен, например, когда клетки поддерживаются в среде, богатой CO2 , пиреноид мал, а матрикс неструктурирован. [36] У динофлагеллят Gonyaulax локализация RuBisCO в пиреноиде находится под циркадным контролем: когда клетки фотосинтетически активны в течение дня, RuBisCO собирается в несколько хлоропластов в центре клеток; ночью эти структуры исчезают. [37]
CCM водорослей индуцируется, и индукция CCM обычно является результатом условий низкого содержания CO2 . Индукция и регуляция CCM хламидомонады недавно были изучены с помощью транскриптомного анализа, который показал, что один из трех генов активируется или подавляется в ответ на изменение уровня CO2 в окружающей среде. [38] Чувствительность к CO2 у хламидомонады включает «главный переключатель», который был совместно открыт двумя лабораториями. [39] [40] Этот ген, Cia5/Ccm1, влияет на более чем 1000 генов, реагирующих на CO2 [41] , а также обуславливает степень упаковки RuBisCO в пиреноиде.
CCM индуцируется только в периоды низких уровней CO2 , и именно существование этих триггерных уровней CO2 , ниже которых индуцируются CCM, заставило исследователей задуматься о вероятном времени возникновения механизмов, подобных пиреноиду.
Существует несколько гипотез относительно происхождения пиреноидов. С ростом крупной наземной флоры после колонизации суши предками водорослей Charophyte , уровень CO 2 резко упал, с сопутствующим увеличением концентрации O 2 в атмосфере. Было высказано предположение, что это резкое падение уровня CO 2 послужило эволюционным драйвером развития CCM и, таким образом, привело к появлению пиреноидов [42], тем самым гарантируя, что скорость поставки CO 2 не станет ограничивающим фактором для фотосинтеза в условиях снижения уровня CO 2 в атмосфере .
Однако были предложены альтернативные гипотезы. Прогнозы прошлых уровней CO 2 предполагают, что они могли ранее упасть так же резко низко, как это было во время экспансии наземных растений: приблизительно 300 млн лет назад, в протерозойскую эру . [43] В таком случае могло быть похожее эволюционное давление, которое привело к развитию пиреноида, хотя в этом случае пиреноид или пиреноидоподобная структура могли развиться и быть утрачены по мере того, как уровни CO 2 затем повышались, только чтобы быть приобретенными или развитыми снова в период колонизации суши растениями. Доказательства множественных приобретений и потерь пиреноидов в течение относительно коротких геологических промежутков времени были обнаружены у роголистников. [2]
Пиреноиды обнаружены в линиях водорослей, [1] независимо от того, был ли хлоропласт унаследован от одного эндосимбиотического события (например, зеленые и красные водоросли , но не глаукофиты ) или нескольких эндосимбиотических событий ( диатомовые водоросли , динофлагелляты , кокколитофориды , криптофиты , хлорарахниофиты и эвгленозои ). Однако некоторые группы водорослей вообще лишены пиреноидов: «высшие» красные водоросли и экстремофильные красные водоросли , роды зеленых водорослей Chloromonas и Mougeotiopsis , [44] и « золотые водоросли ». Пиреноиды обычно считаются плохими таксономическими маркерами и могли эволюционировать независимо много раз. [45]