stringtranslate.com

СЕТМАР

Гистон-лизин N-метилтрансфераза SETMAR — это фермент , который у человека кодируется геном SETMAR . [ 3] [4] [5] [6]

Функция

SETMAR содержит домен SET , который передает свою активность метилтрансферазы гистонов Lys-4 и Lys-36 гистона H3 , оба из которых являются специфическими метками для эпигенетической активации. Он был идентифицирован как репарационный белок, поскольку он опосредует диметилирование Lys-36 в местах двухцепочечных разрывов , сигнал, усиливающий репарацию NHEJ . [7] [8]

У человекообразных приматов , включая людей, есть версия белка, слитая с транспозазой Mariner/Tc1 . Эта область слияния обеспечивает способность белка связываться с ДНК, а также некоторую нуклеазную активность. Транспозазная активность утрачивается из-за наличия нескольких инактивирующих мутаций, [9] включая мутацию D610N. [10] [11] Однако одомашненный домен транспозазы сохраняет свою способность связываться с элементами повтора Mariner в геноме. [12] [13] [14] [15] Было обнаружено, что SETMAR влияет на экспрессию и сплайсинг генов, близких к элементам повтора Mariner или содержащих их, посредством своих функций в метилировании гистонов. [12] [13] [15] Было показано, что как домены SET, посредством своей метилтрансферазной активности, [7] [8] [16] , так и домены Mariner, посредством своей ДНК-связывающей [17] и нуклеазной активности, [18] [19] [20] [21] [16] SETMAR действуют в процессе негомологичного соединения концов (NHEJ) для восстановления двухцепочечных разрывов ДНК.

Ссылки

  1. ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000170364 – Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  3. ^ Robertson HM, Zumpano KL (декабрь 1997 г.). «Молекулярная эволюция древнего морского транспозона Hsmar1 в геноме человека». Gene . 205 (1–2): 203–217. doi :10.1016/S0378-1119(97)00472-1. PMID  9461395.
  4. ^ «Ген Энтреза: домен SETМАР SET и ген слияния транспозазы Маринера».
  5. ^ Tellier M (декабрь 2021 г.). «Структура, активность и функция лизинметилтрансферазы белка SETMAR». Life . 11 (12): 1342. Bibcode :2021Life...11.1342T. doi : 10.3390/life11121342 . PMC 8704517 . PMID  34947873. 
  6. ^ Lié O, Renault S, Augé-Gouillou C (апрель 2022 г.). «SETMAR, случай приматов, кооптированных генов: к новым перспективам». Mobile DNA . 13 (1): 9. doi : 10.1186/s13100-022-00267-1 . PMC 8994322. PMID  35395947 . 
  7. ^ ab Lee SH, Oshige M, Durant ST, Rasila KK, Williamson EA, Ramsey H и др. (декабрь 2005 г.). «Протеин SET-домена Metnase опосредует интеграцию чужеродной ДНК и связывает интеграцию с негомологичным восстановлением соединения концов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 102 (50): 18075–18080. Bibcode : 2005PNAS..10218075L. doi : 10.1073/pnas.0503676102 . PMC 1312370. PMID  16332963 . 
  8. ^ ab Fnu S, Williamson EA, De Haro LP, Brenneman M, Wray J, Shaheen M и др. (январь 2011 г.). «Метилирование лизина 36 гистона H3 усиливает восстановление ДНК путем негомологичного соединения концов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (2): 540–545. Bibcode : 2011PNAS..108..540F. doi : 10.1073/pnas.1013571108 . PMC 3021059. PMID  21187428 . 
  9. ^ Теллье М., Чалмерс Р. (2020-01-10). «Компенсация ингибирования сверхпродукции транспозона Hsmar1 в Escherichia coli с использованием ряда конститутивных промоторов». Mobile DNA . 11 (1): 5. doi : 10.1186/s13100-020-0200-5 . PMC 6954556. PMID  31938044 . 
  10. ^ Miskey C, Papp B, Mátés L, Sinzelle L, Keller H, Izsvák Z, Ivics Z (июнь 2007 г.). «Древний мореплаватель снова отправляется в плавание: транспозиция человеческого элемента Hsmar1 реконструированной транспозазой и активность белка SETMAR на концах транспозона». Молекулярная и клеточная биология . 27 (12): 4589–4600. doi :10.1128/MCB.02027-06. PMC 1900042. PMID  17403897 . 
  11. ^ Liu D, Bischerour J, Siddique A, Buisine N, Bigot Y, Chalmers R (февраль 2007 г.). «Человеческий белок SETMAR сохраняет большую часть активности предковой транспозазы Hsmar1». Молекулярная и клеточная биология . 27 (3): 1125–1132. doi :10.1128/MCB.01899-06. PMC 1800679. PMID  17130240 . 
  12. ^ ab Tellier M, Chalmers R (январь 2019 г.). «Человеческая SETMAR — это специфичная для последовательности ДНК гистон-метилаза с широким эффектом на транскриптом». Nucleic Acids Research . 47 (1): 122–133. doi :10.1093/nar/gky937. PMC 6326780. PMID  30329085 . 
  13. ^ ab Antoine-Lorquin A, Arensburger P, Arnaoty A, Asgari S, Batailler M, Beauclair L, et al. (Май 2021). «Два повторяющихся мотива, обогащенных в некоторых энхансерах и точках начала репликации, связаны изоформами SETMAR в клетках толстой кишки человека». Genomics . 113 (3): 1589–1604. doi : 10.1016/j.ygeno.2021.03.032 . PMID  33812898. S2CID  233028866.
  14. ^ Miskei M, Horváth A, Viola L, Varga L, Nagy É, Feró O и др. (2021-01-01). «Полногеномное картирование сайтов связывания белка SETMAR, полученного из транспозазы, в геноме человека». Computational and Structural Biotechnology Journal . 19 : 4032–4041. doi : 10.1016/j.csbj.2021.07.010. PMC 8327481. PMID 34377368  . 
  15. ^ ab Chen Q, Bates AM, Hanquier JN, Simpson E, Rusch DB, Podicheti R и др. (май 2022 г.). «Структурный и общегеномный анализы показывают, что транспозонный белок SETMAR изменяет транскрипцию и сплайсинг». Журнал биологической химии . 298 (5): 101894. doi : 10.1016 /j.jbc.2022.101894 . PMC 9062482. PMID  35378129. 
  16. ^ ab Tellier M, Chalmers R (август 2019 г.). «Роль белка SETMAR (метназа) человека в незаконной рекомбинации ДНК и восстановлении негомологичного соединения концов». DNA Repair . 80 : 26–35. doi : 10.1016/j.dnarep.2019.06.006. PMC 6715855. PMID  31238295 . 
  17. ^ Beck BD, Park SJ, Lee YJ, Roman Y, Hromas RA, Lee SH (апрель 2008 г.). «Человеческий Pso4 — это партнер по связыванию метназы (SETMAR), который регулирует функцию метназы при репарации ДНК». Журнал биологической химии . 283 (14): 9023–9030. doi : 10.1074/jbc.M800150200 . PMC 2431028. PMID  18263876 . 
  18. ^ Hromas R, Wray J, Lee SH, Martinez L, Farrington J, Corwin LK и др. (декабрь 2008 г.). «Человеческий белок набора и транспозазы Metnase взаимодействует с ДНК-лигазой IV и повышает эффективность и точность негомологичного соединения концов». DNA Repair . 7 (12): 1927–1937. doi :10.1016/j.dnarep.2008.08.002. PMC 2644637 . PMID  18773976. 
  19. ^ Beck BD, Lee SS, Williamson E, Hromas RA, Lee SH (май 2011). «Биохимическая характеристика эндонуклеазной активности метназы и ее роль в восстановлении NHEJ». Биохимия . 50 (20): 4360–4370. doi :10.1021/bi200333k. PMC 3388547. PMID  21491884 . 
  20. ^ Mohapatra S, Yannone SM, Lee SH, Hromas RA, Akopiants K, Menon V и др. (июнь 2013 г.). «Обрезка поврежденных 3'-выступов двухцепочечных разрывов ДНК эндонуклеазами Metnase и Artemis». DNA Repair . 12 (6): 422–432. doi :10.1016/j.dnarep.2013.03.005. PMC 3660496. PMID 23602515  . 
  21. ^ Kim HS, Chen Q, Kim SK, Nickoloff JA, Hromas R, Georgiadis MM, Lee SH (апрель 2014 г.). «Каталитический мотив DDN необходим для функций Metnase при восстановлении и перезапуске репликации с помощью негомологичного соединения концов (NHEJ)». Журнал биологической химии . 289 (15): 10930–10938. doi : 10.1074/jbc.M113.533216 . PMC 4036204. PMID  24573677 . 

Дальнейшее чтение