stringtranslate.com

База данных рибосомальной РНК SILVA

SILVA — это база данных рибосомальной РНК [1] [2] [3], созданная в сотрудничестве между Группой микробной геномики Института морской микробиологии Макса Планка в Бремене, Германия, Кафедрой микробиологии Мюнхенского технического университета и Ribocon. [4] [5]

Выпуск 117 базы данных (январь 2014 г.) содержал более 4 000 000 последовательностей малых субъединиц (SSU - 16S / 18S ) и 400 000 последовательностей больших субъединиц (LSU - 23S / 28S ). [6] [ проверка не удалась ] Последовательности предоставляются в виде файлов для программной среды ARB. [4]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Кристиан Кваст, Элмар Прюссе, Пелин Йилмаз, Ян Геркен, Тимми Швир, Пабло Ярза, Йорг Пеплис, Франк Оливер Глёкнер (2013). Проект базы данных генов рибосомальной РНК SILVA: улучшенная обработка данных и веб-инструменты. Nucleic Acids Research 41 (D1): D590-D596. doi :10.1093/nar/gks1219 [ необходим сторонний источник ]
  2. ^ Пелин Йылмаз; Лаура Вегенер Парфри ; Пабло Ярса; Ян Геркен; Эльмар Прюссе; Кристиан Кваст; Тимми Швеер; Йорг Пеплиес; Вольфганг Людвиг; Фрэнк Оливер Глёкнер (2014). Таксономические основы «SILVA» и «Проект живых деревьев для всех видов (LTP)». Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Д1): Д643–Д648. дои : 10.1093/нар/gkt1209 . ПМК 3965112 . ПМИД  24293649. 
  3. ^ Elmar Pruesse, Christian Quast, Katrin Knittel, Bernhard M. Fuchs, Wolfgang Ludwig, Jörg Peplies, Frank Oliver Glöckner (2007). SILVA: всеобъемлющий онлайн-ресурс для качественно проверенных и выровненных данных о последовательностях рибосомальной РНК, совместимых с ARB. Nucleic Acids Research 35 (21): 7188-7196. doi :10.1093/nar/gkm864 [ необходим сторонний источник ]
  4. ^ ab Silva. Ribocon GmbH. Доступно в ноябре 2016 г.
  5. ^ Экологическая биоинформатика. Группа микробной геномики и биоинформатики, Институт морской микробиологии Макса Планка. Доступно в ноябре 2016 г. [ необходим сторонний источник ]
  6. ^ Марк П. Хеппнер, Ларс Э. Барквист, Пол П. Гарднер (2014). Введение в базы данных РНК. Методы в молекулярной биологии 1097 : 107–123. doi :10.1007/978-1-62703-709-9_6.

Внешние ссылки