stringtranslate.com

SYBR Зеленый I

SYBR Green I ( SG ) — асимметричный цианиновый краситель [1], используемый в качестве красителя нуклеиновых кислот в молекулярной биологии . Семейство красителей SYBR производится компанией Molecular Probes Inc. , которая в настоящее время принадлежит Thermo Fisher Scientific . SYBR Green I связывается с ДНК . Полученный комплекс ДНК-краситель лучше всего поглощает синий свет с длиной волны 497 нанометров (λ max = 497 нм) и излучает зеленый свет (λ max = 520 нм). Краситель преимущественно связывается с двухцепочечной ДНК, но окрашивает одноцепочечную (ss) ДНК с меньшей эффективностью. SYBR Green также может окрашивать РНК с меньшей эффективностью, чем ssDNA.

Образец спермы сельди, окрашенный SYBR Green в кювете, освещенной синим светом в эпифлуоресцентном микроскопе . SYBR Green в образце связывается с ДНК спермы и, после связывания, флуоресцирует, выделяя зеленый свет при освещении синим светом
Спектрограмма SYBR Green I

Использует

SYBR Green находит применение в нескольких областях биохимии и молекулярной биологии . Он используется в качестве красителя для количественной оценки двухцепочечной ДНК в некоторых методах количественной ПЦР . [2] Он также используется для визуализации ДНК в гель-электрофорезе . Более высокие концентрации SYBR Green можно использовать для окрашивания агарозных гелей с целью визуализации присутствующей ДНК. Помимо маркировки чистых нуклеиновых кислот, SYBR Green также можно использовать для маркировки ДНК внутри клеток для проточной цитометрии и флуоресцентной микроскопии . В этих случаях может потребоваться обработка РНКазой для снижения фона от РНК в клетках.

Было опубликовано комплексное исследование красителей ДНК на основе тиазолового оранжевого, включающее SYBR Safe, SYBR Green, PicoGreen, SYTO-16, SYTO-9 и новое производное TOPhBu. Здесь синтез этих соединений опубликован и охарактеризован спектроскопически для количественной оценки их усиления флуоресценции при связывании с двухцепочечной ДНК. Способность красителей обнаруживать ДНК при низких концентрациях оценивалась с использованием двух новых метрик: абсолютного усиления флуоресценции (AFE) и относительного усиления флуоресценции (RFE). Они были протестированы в экспериментах по количественной ПЦР, показавших некоторые важные различия в чувствительности и эффективности количественной ПЦР, которые облегчают выбор маркеров ДНК для аналитических целей. [3] Это исследование показало, что Sybr Green демонстрирует самое высокое усиление флуоресценции (AFE) и предоставило наилучшую характеристику для методов ПЦР. Вторым лучшим оказался TOPhBu, который близок по значениям к Sybr Green.

Безопасность

SYBR Green I позиционируется как замена бромистому этидию , потенциальному мутагену человека , поскольку он безопаснее в работе и не имеет сложных проблем с утилизацией отходов бромистого этидия. Однако любая небольшая молекула, способная связывать ДНК с высокой степенью сродства, является потенциальным канцерогеном , включая SYBR Green.

В исследовании с использованием теста Эймса , который измеряет способность химических веществ вызывать мутации, при анализе в той же концентрации SYBR Green I оказался примерно в 30 раз менее мутагенным, чем бромистый этидий. [4]

Похожие цианиновые красители

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Zipper H; Brunner H; Bernhagen J; Vitzthum F (2004). "Исследования интеркаляции ДНК и поверхностного связывания с помощью SYBR Green I, определение его структуры и методологические последствия". Nucleic Acids Research . 32 (12): e103. doi :10.1093/nar/gnh101. PMC  484200. PMID  15249599 .
  2. ^ Mackay IM; Arden KE; Nitsche A (март 2002 г.). «ПЦР в реальном времени в вирусологии». Nucleic Acids Res . 30 (6): 1292–305. doi :10.1093/nar/30.6.1292. PMC 101343. PMID  11884626 . 
  3. ^ Домахиди, Фаркас; Ковач, Беатрикс; Чери, Левенте; Катона, Гергели; Рожа, Балаж; и др. (19 июня 2024 г.). «Комплексное исследование красителей ДНК на основе тиазола апельсина». ХимФотоХим . дои : 10.1002/cptc.202400080 . ISSN  2367-0932. В данной статье использован текст из этого источника, доступный по лицензии CC BY 4.0.
  4. ^ Singer VL; Lawlor TE; Yue S (февраль 1999). "Сравнение мутагенности геля нуклеиновой кислоты SYBR Green I и мутагенности бромистого этидия в анализе обратной мутации сальмонеллы/млекопитающих микросом (тест Эймса)". Mutation Research . 439 (1): 37–47. Bibcode : 1999MRGTE.439...37S. doi : 10.1016/s1383-5718(98)00172-7. PMID  10029672.