stringtranslate.com

Рам Самудрала

Рам Самудрала — профессор вычислительной биологии и биоинформатики в Университете Буффало , США. [3] Он исследует сворачивание белков , структуру, функции, взаимодействие, дизайн и эволюцию. [4]

Образование и карьера

Самудрала получил степень бакалавра в области вычислительной науки и генетики в Университете Уэслиана штата Огайо в качестве стипендиата Уэслиана, а также защитил докторскую диссертацию по вычислительной биологии у Джона Моулта в Университете Мэриленда в 1997 году в качестве стипендиата по технологиям жизни. [ необходима ссылка ]

С 1997 по 2000 год он был постдокторантом у Майкла Левитта в Стэнфордском университете . В 2001 году Самудрала стал первым преподавателем, принятым на работу в Вашингтонский университет в рамках Инициативы по передовым технологиям в области инфекционных заболеваний, созданной законодательным собранием штата Вашингтон «в качестве моста между передовыми исследованиями и образованием и новой экономической деятельностью». [5] В 2006 году он был повышен до должности доцента. В 2014 году он стал профессором и руководителем отдела биоинформатики в Государственном университете Нью-Йорка в Буффало. [6]

Исследовать

Исследования Самудралы сосредоточены на протеомике , и он регулярно принимал участие в задачах по предсказанию структуры белка CASP с момента их создания. Его работа с Молтом и Левиттом относится к первым улучшениям слепого предсказания структуры белка как в сравнительном, так и в свободном от шаблонов моделировании. [7] [8] [9] Вместе с Молтом он первым разработал и применил вероятностные и графовые методы для точного предсказания взаимодействий при сравнительном моделировании структур белка. [10] [11] Вместе с Левиттом он разработал комбинированный иерархический подход для предсказания структуры de novo [12], а также базу данных Decoys 'R' Us для оценки функций дискриминации. [13]

В Университете Вашингтона исследовательская группа Самудралы разработала ряд алгоритмов и модулей веб-сервера для прогнозирования структуры белка, [14] функции, [15] и взаимодействия [16], известных как Protinfo. [17] [18] Затем группа применила эти методы к протеомам организмов, создав структуру, известную как Bioverse [19] [20] для изучения взаимосвязей между атомными, молекулярными, геномными, протеомными, системными и организменными мирами. Структура Bioverse выполняет анализы и прогнозы на основе данных геномной последовательности для аннотирования и понимания взаимодействия последовательности белка, структуры и функции, как на уровне отдельной молекулы, так и на уровне систем. Структура была использована для аннотирования готовой последовательности генома риса, опубликованной в 2005 году. [21]

Группа Самудралы также применила эти методы к открытию лекарств , что привело к созданию платформы Computational Analysis of Novel Drug Opportunities (CANDO), которая ранжирует терапевтические средства для всех показаний, выполняя многомасштабный анализ сигнатур взаимодействия соединений и протеома. [22] [23] [24] [25] Сочетание новых методов стыковки и/или их использование на платформе CANDO привело к проспективно подтвержденным прогнозам предполагаемых лекарств против лихорадки денге, [26] [27] кариеса зубов, герпеса, волчанки и малярии [28] вместе с соавторами, специализирующимися на конкретных показаниях. [29]

Другие области применения включают прогнозирование устойчивости/восприимчивости к препаратам ВИЧ; [30] нанобиотехнологию, где небольшие многофункциональные пептиды, связывающиеся с неорганическими субстратами, проектируются с помощью вычислений; [31] [32] [33] и интерактомику нескольких организмов, включая проект «Питательный рис для мира » (NRW). [34]

Награды и почести

В 2002 году Самудрала получил премию Searle Scholar Award, которая финансирует выдающихся молодых ученых [1] , а в 2003 году был назван одним из лучших молодых новаторов мира ( TR100 ) по версии MIT Technology Review [2] [35] [36]. В 2005 году он получил премию NSF CAREER Award [37] , которая присуждается «выдающимся ученым и инженерам, которые демонстрируют исключительный потенциал лидерства на передовых рубежах знаний». В 2008 году он получил премию Alberta Heritage Foundation for Medical Research Visiting Scientist Award и был награжден почетными дипломами от городов Касма и Яутан , Перу , за свою работу по открытию вакцин. В 2010 году он получил премию NIH Director's Pioneer Award за платформу открытия лекарств CANDO. [23] [22] В 2019 году Самудрала была удостоена награды NIH NCATS ASPIRE Design Challenge Award, [38] [6] за которой в 2022 году последовал главный приз NIH NCATS ASPIRE Reduction-to-Practice Award. [39] [40] [41]

Личная жизнь

Самудрала также является музыкантом, который опубликовал и записал работы под псевдонимом TWISTED HELICES. [42] В 1994 году он опубликовал « Философию свободной музыки» , [43] в которой предсказал, как простота копирования и передачи цифровой информации через Интернет приведет к беспрецедентным нарушениям законов об авторских правах и новым моделям распространения музыки и других цифровых медиа. [44] [45] [46] О его работе в этой области сообщалось еще в 1997 году различными средствами массовой информации, включая Billboard , [47] и The New York Times . [48]

Ссылки

  1. ^ Профиль премии Searle Scholar Award для Рама Самудралы
  2. ^ ab MIT Technology Review Profile называет Рама Самудралу одним из лучших молодых новаторов мира
  3. ^ Персональный веб-сайт Рама Самудралы.
  4. ^ Группа вычислительной биологии Самудрала
  5. ^ Розет Б. Финансирование перспективного видения. University Week, 1 марта 2001 г. Архивировано 04.06.2011 в Wayback Machine
  6. ^ биографические данные Аба Рама Самудралы
  7. ^ Samudrala R, Pedersen JT, Zhou H, Luo R, Fidelis K, Moult J. Противостояние проблеме взаимосвязанных структурных изменений в сравнительном моделировании белков. Proteins: Structure, Function, and Genetics 23: 327-336, 1995.
  8. ^ Самудрала Р., Молт Дж. Обработка контекстной чувствительности в белковых структурах с использованием теории графов: добросовестное предсказание. Белки: структура, функция и генетика 29S: 43-49, 1997.
  9. ^ Samudrala R, Xia Y, Huang ES, Levitt M. Ab initio предсказание структуры белка с использованием комбинированного иерархического подхода. Proteins: Structure, Function, and Genetics S3: 194-198, 1999.
  10. ^ Samudrala R, Moult J. Условная дискриминационная функция вероятности, зависящая от расстояния всех атомов, для предсказания структуры белка. Журнал молекулярной биологии 275: 893-914, 1998.
  11. ^ Samudrala R, Moult J. Графово-теоретический алгоритм для сравнительного моделирования структуры белка. Журнал молекулярной биологии 279: 287-302, 1998.
  12. ^ Xia Y, Huang ES, Levitt M, Samudrala R. Ab initio построение третичных структур белков с использованием иерархического подхода. Журнал молекулярной биологии 300: 171-185, 2000.
  13. ^ Samudrala R, Levitt M. Decoys 'R' Us: База данных неправильных конформаций белков для улучшения предсказания структуры белков. Protein Science 9: 1399-1401, 2000.
  14. ^ Лю Т., Хорст Дж., Самудрала Р. Новый метод прогнозирования и использования ограничений расстояния высокой точности для уточнения прогноза структуры белка. Белки: структура, функция и биоинформатика 77: 220-234, 2009.
  15. ^ Ван К., Хорст Дж., Ченг Г., Никл Д., Самудрала Р. Метафункциональные сигнатуры белков, полученные путем объединения информации о последовательности, структуре, эволюции и свойствах аминокислот. PLoS Computational Biology 4: e1000181, 2008.
  16. ^ Kittichotirat W, Guerquin M, Bumgarner R, Samudrala R. Protinfo PPC: веб-сервер для предсказания белковых комплексов на атомном уровне. Nucleic Acids Research 37: W519-W525, 2009.
  17. ^ Hung LH, Samudrala R. PROTINFO: Прогнозирование вторичной и третичной структуры белка. Nucleic Acids Research 31: 3296-3299, 2003.
  18. ^ Hung LH, Ngan SC, Liu T, Samudrala R. PROTINFO: Новые алгоритмы для улучшенного предсказания структуры белка. Nucleic Acids Research 33: W77-W80, 2005.
  19. ^ Макдермотт Дж., Самудрала Р. BIOVERSE: Функциональная, структурная и контекстная аннотация белков и протеомов. Nucleic Acids Research 31: 3736-3737, 2003.
  20. ^ McDermott J, Guerquin M, Frazier Z, Chang AN, Samudrala R. BIOVERSE: Улучшения в структуре для структурных, функциональных и контекстных аннотаций белков и протеомов. Nucleic Acids Research 33: W324-W325, 2005.
  21. ^ Ю Дж, Ван Дж, Лин В, Ли С, Ли Х, Чжоу Дж, ..., Макдермотт Дж, Самудрала Р, Ван Дж, Вонг ГК. Геномы Oryza sativa: история дупликаций. PLoS Biology 3: e38, 2005.
  22. ^ ab Minie M, Chopra G, Sethi G, Horst J, White G, Roy A, Hatti K, Samudrala R. CANDO и бесконечный фронт открытия лекарств. «Drug Discovery Today» 19: 1353-1363, 2014.
  23. ^ ab Вычислительный анализ возможностей новых лекарств (CANDO)
  24. ^ Sethi G, Chopra G, Samudrala R. Многомасштабное моделирование взаимосвязей между классами белков и поведением лекарств при всех заболеваниях с использованием платформы CANDO. Mini Reviews in Medicinal Chemistry , 2015. в печати.
  25. ^ Хорст JA, Лоренци A, Бернард B, Самудрала R. Вычислительное многоцелевое открытие лекарств. «Полифармакология» 263-301, 2012.
  26. ^ Костин Дж. М., Дженвитисук Э., Лок СМ., Ханспергер Э., Конрадс КА., Фонтейн КА., Риз К. Р., Россманн МГ., Изерн С., Самудрала Р., Майкл С. Ф. Структурная оптимизация и de novo разработка пептидов, ингибирующих проникновение вируса денге. PLoS Neglected Tropical Diseases 4: e721, 2010.
  27. ^ Николсон КО, Костин ДжМ, Роу ДК, Лин Л, Дженвитисук Э, Самудрала Р, Изерн С, Майкл СФ. Ингибиторы проникновения вируса блокируют усиление антителозависимого денге in vitro. Antiviral Research 89: 71-74, 2011.
  28. ^ Jenwitheesuk E, Horst JA, Rivas K, Van Voorhis WC, Samudrala R. Новые парадигмы для открытия лекарств: вычислительный многоцелевой скрининг. Trends in Pharmacological Sciences 29: 62-71, 2008.
  29. ^ Вычислительный анализ возможностей новых лекарств (CANDO) показания и сотрудничество
  30. ^ Jenwitheesuk E, Wang K, Mittler J, Samudrala R. PIRSpred: Веб-сервер для надежного прогнозирования устойчивости/восприимчивости к ингибиторам белка ВИЧ-1. Trends in Microbiology 13: 150-151, 2005.
  31. ^ Цементомиметики — создание цементоподобного биоминерализованного микрослоя с помощью пептидов, полученных из амелогенина. Gungormus M, Oren EE, Horst JA, Fong H, Hnilova M, Somerman MJ, Snead ML, Samudrala R, Tamerler C, Sarikaya M. International Journal of Oral Sciences 2: 69-77, 2012.
  32. ^ Орен Э.Э., Тамерлер С., Сахин Д., Хнилова М., Секер УОС, Сарикайя М., Самудрала Р. Новый основанный на знаниях подход к разработке неорганических связывающих пептидов. Биоинформатика 23: 2816-2822, 2007.
  33. ^ Эванс Дж. С., Самудрала Р., Уолш ТР., Орен Э. Э., Тамерлер К. Молекулярный дизайн полипептидов, связывающихся с неорганическими соединениями. Бюллетень MRS 33: 514-518, 2008.
  34. ^ Сайт «Питательный рис для мира»
  35. ^ Куриан В. 10 индийских новаторов в списке Массачусетского технологического института. The Hindu Business Line, 4 октября 2003 г.
  36. ^ 10 индийского происхождения в технологическом обзоре Массачусетского технологического института. Hindustan Times, 1 марта 2007 г. Архивировано 23 августа 2010 г. на Wayback Machine
  37. ^ Премия «КАРЬЕРА»
  38. ^ Инициатива NIH HEAL выдает награды исследователям UB за разработку не вызывающих привыкания обезболивающих средств, 30 сентября 2019 г.
  39. ^ "Победители конкурса NCATS ASPIRE Reduction-to-Practice Challenge 2020". NIH . 28 октября 2021 г. Получено 5 мая 2023 г.
  40. ^ «Исследователи школы Якобса принимают вызов ASPIRE». Университет в Буффало . 21 февраля 2023 г. Получено 21 июля 2023 г.
  41. ^ «Samudrala, Falls Get Funding for Various Research Projects». Университет в Буффало . 4 апреля 2023 г. Получено 21 июля 2023 г.
  42. ^ СКРУЧЕННЫЕ СПИРАЛИ
  43. ^ Философия свободной музыки
  44. ^ Самудрала Р. Будущее музыки, 1997
  45. ^ История революции: Napster и музыкальная индустрия. MusicDish, 2000
  46. ^ Шульман Б.М. Песня, услышанная во всем мире: последствия авторских прав для MP3 и будущее цифровой музыки. Harvard Journal of Law and Technology 12: 3, 1999. Архивировано 09.04.2012 в Wayback Machine
  47. ↑ Рис Д. Индустрия борется с дилеммой MP3. Billboard, 18 июля 1998 г.
  48. ^ Наполи Л. Поклонники MP3 навязали этот вопрос. The New York Times, 16 декабря 1998 г.

Внешние ссылки