Программа ShelXle [2] представляет собой графический пользовательский интерфейс для программы уточнения структуры SHELXL. [3] ShelXle объединяет редактор с подсветкой синтаксиса для связанных с SHELXL файлов .ins (входных) и .res (выходных) с интерактивным графическим дисплеем для визуализации трехмерной структуры, включая карты электронной плотности (Fo) и разностной плотности (Fo-Fc).
Обзор
ShelXle может отображать карты электронной плотности, как макромолекулярная программа Coot , но больше предназначена для более мелких молекул. Существует ряд превосходных графических пользовательских интерфейсов (GUI) для уточнения кристаллической структуры малых молекул с помощью SHELX (например, WINGX, [4] Olex2 , [5] XSEED, [6] PLATON и SYSTEM-S, [7] и программы Bruker XP и XSHELL)
ShelXle — это свободное программное обеспечение , распространяемое по лицензии GNU LGPL. Оно доступно на веб-сайте ShelXle или на SourceForge . [8] [9] Двоичные файлы доступны для Windows, macOS и дистрибутивов Linux SuSE , Debian и Ubuntu . Двоичный файл для Windows распространяется с установщиком NSIS .
Функции
- Редактор с подсветкой синтаксиса и автодополнением кода для инструкций SHELX.
- Нажатие на атом в представлении структуры устанавливает текстовый курсор на строку, содержащую этот атом.
- Расположение атомов в структурном представлении из редактора.
- Режим переименования с поддержкой остатков и неупорядоченных частей и свободных переменных .
Архитектура программы
ShelXle использует Qt (фреймворк) . Он полностью написан на C++ и не использует никаких скриптовых языков . Для уточнения он вызывает внешний двоичный файл SHELXL, который также может быть SHELXH, SHELXLMP от Джорджа М. Шелдрика или XL от Брукера.
ШЕЛКС
SHELX [3] разрабатывается Джорджем М. Шелдриком с конца 1960-х годов. Важными выпусками являются SHELX76 и SHELX97. Он все еще разрабатывается, но выпускаются обычно после десяти лет тестирования. Академические пользователи могут свободно загружать программы SHELX после регистрации. [10]
Внешние ссылки
- Веб-сайт ShelXle
- Форум поддержки ShelXle на xrayforum.co.uk
- ShelXle на Sourceforge
Ссылки
- ^ https://www.shelxle.org/shelx/chlg/changelog.php.
- ^ Хюбшле, Кристиан Б.; Шелдрик, Джордж М.; Диттрих, Биргер (12 ноября 2011 г.). «ShelXle: графический пользовательский интерфейс Qt для SHELXL». Журнал прикладной кристаллографии . 44 (6): 1281–1284. doi :10.1107/S0021889811043202. PMC 3246833. PMID 22477785 .
- ^ ab Sheldrick, George M. (21 декабря 2007 г.). «Краткая история SHELX». Acta Crystallographica Section A. 64 ( 1): 112–122. Bibcode :2008AcCrA..64..112S. doi : 10.1107/S0108767307043930 . PMID 18156677.
- ^ Фарругия, Луис Дж. (1 августа 1999 г.). «Комплект WinGX для кристаллографии малых молекул». Журнал прикладной кристаллографии . 32 (4): 837–838. doi :10.1107/S0021889899006020.
- ^ Доломанов, Олег В.; Бурхис, Люк Дж.; Джилдеа, Ричард Дж.; Ховард, Джудит АК; Пушманн, Хорст (24 января 2009 г.). «OLEX2: полная программа решения, уточнения и анализа структуры». Журнал прикладной кристаллографии . 42 (2): 339–341. doi :10.1107/S0021889808042726.
- ^ Барбур, Леонард Дж. (2001). «X-Seed — Программный инструмент для супрамолекулярной кристаллографии». J. Supramol. Chem . 1 (4–6): 189–19. doi :10.1016/S1472-7862(02)00030-8.
- ^ Спек, Энтони Л. (20 января 2009 г.). «Проверка структуры в химической кристаллографии». Acta Crystallographica Section D. 65 ( 2): 148–155. doi :10.1107/S090744490804362X. PMC 2631630. PMID 19171970 .
- ^ "Страница загрузки ShelXle". www.shelxle.org . Получено 15.09.2021 .
- ^ "ShelXle". SourceForge . Получено 2021-09-15 .
- ^ "Домашняя страница SHELX". shelx.uni-goettingen.de . Получено 06.09.2016 .
