StarBase (биологическая база данных)

StarBase ^[2] — это база данных для расшифровки miRNA - мРНК , miRNA-днРНК, ^[3] miRNA -мнкРНК, miRNA-циклРНК, ^[3] miRNA- псевдоген , белок-днРНК, ^[4] белок-нкРНК, белок-мРНК взаимодействий и сетей ceRNA ^[5] из данных CLIP-Seq ( HITS-CLIP , PAR-CLIP , iCLIP , CLASH) и секвенирования деградома . ^{[1] [6]} StarBase предоставляет веб-инструменты miRFunction и ceRNAFunction для прогнозирования функции некодирующих РНК (miRNA, днРНК, псевдогенов) и генов, кодирующих белки, из регуляторных сетей miRNA и ceRNA ^[7] . StarBase также разработала платформу анализа панраковых заболеваний для расшифровки сетей анализа панраковых заболеваний lncRNA, miRNA, ceRNA и РНК-связывающих белков (RBP) путем анализа клинических и экспрессионных профилей 14 типов рака (включая более шести тысяч образцов) из портала данных The Cancer Genome Atlas (TCGA).

Смотрите также

• База данных микроРНК и целевых микроРНК
• МикроРНК
• Секвенирование деградома

Ссылки

1. Yang, Jian-Hua; Li Jun-Hao; Shao Peng; Zhou Hui; Chen Yue-Qin; Qu Liang-Hu (январь 2011 г.). "starBase: база данных для изучения карт взаимодействия микроРНК-мРНК из данных Argonaute CLIP-Seq и Degradome-Seq". Nucleic Acids Res . 39 (выпуск базы данных). Англия: D202-9. doi : 10.1093/nar/gkq1056. PMC  3013664. PMID  21037263 .
2. "starBase или ENCORI: Расшифровка энциклопедии РНК-взаимодействий". rnasysu.com .
3. "LncRNABase miRNA-lncRNA взаимодействия: расшифровка карт взаимодействия miRNA-lncRNA". starbase.sysu.edu.cn . Архивировано из оригинала 2013-09-22.
4. "Взаимодействия RBP-LncRNA, starBase: расшифровка карт взаимодействия РНК-LncRNA". starbase.sysu.edu.cn . Архивировано из оригинала 2013-09-22.
5. "CeRNABase starBase: Расшифровка регуляторных сетей ceRNA из данных CLIP-Seq (PAR-CLIP, HITS-CLIP, iCLIP, CLASH). Конкурирующие эндогенные РНК (CeRNA)". Архивировано из оригинала 22.09.2013 . Получено 08.12.2013 .
6. Li, JH; Liu, S; Zhou, H; Qu, LH; Yang, JH (1 декабря 2013 г.). "starBase v2.0: декодирование сетей взаимодействия miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA и белок-РНК из крупномасштабных данных CLIP-Seq". Nucleic Acids Research . 42 (1): D92-7. doi :10.1093/nar/gkt1248. PMC 3964941. PMID  24297251 . 
7. "Pan-Cancer ceRNA Regulatory Network. StarBase: Расшифровка карт взаимодействия miRNA-target, miRNA-ceRNA и белок-РНК из данных CLIP-Seq(PAR-CLIP, HITS-CLIP, iCLIP, CLASH)". starbase.sysu.edu.cn . Архивировано из оригинала 15 марта 2014 г. Получено 13 января 2022 г.

Внешние ссылки

• «Добро пожаловать в starBase». Архивировано из оригинала 2011-02-22.