stringtranslate.com

Streptomyces albidoflavus

Streptomyces albidoflavus — вид бактерий из рода Streptomyces , выделенный из почвы в Польше . [1] [3] [4] [5] Streptomyces albidoflavus производит дибутилфталат и стрептотрицины. [6] [7]

Малая некодирующая РНК

Бактериальные малые РНК участвуют в посттранскрипционной регуляции. С помощью глубокого секвенирования был проанализирован транскриптом S. albidoflavus в конце экспоненциального роста. Было идентифицировано 63 малых РНК. Экспрессия 11 из них была подтверждена с помощью Нозерн-блоттинга. Было показано, что sRNA присутствуют только у видов Streptomyces . [8]

sRNA scr4677 ( Streptomyces coelicolor sRNA 4677) расположена в межгенной области между геном антисигма-фактора SCO4677 и предполагаемым регуляторным геном белка SCO4676 . Экспрессия scr4677 требует активности SCO4677 , а сама sRNA scr4677, по-видимому, влияет на уровни транскриптов, связанных с SCO4676 . [9]

Были идентифицированы цели двух некодирующих РНК S. albidoflavus . Было показано, что некодирующая РНК глутаминсинтетазы I модулирует продукцию антибиотиков. [10] Малая РНК scr5239 ( мРНК Streptomyces coelicolor выше SCO5239) имеет две цели. Она ингибирует экспрессию агаразы DagA путем прямого спаривания оснований с кодирующей областью dagA и подавляет трансляцию метионинсинтазы metE (SCO0985) на 5'-конце ее открытой рамки считывания . [11] [12]

Синтез жирных кислот

Кристаллическая структура доступна для S -малонилтрансферазы [ацил-переносящего белка] S. albidoflavus . ACP S -MT S. albidoflavus участвует как в синтезе жирных кислот II, так и в поликетидсинтазе и структурно похож на аналог Escherichia coli . [13]

Использование в биотехнологии

Штаммы S. albidoflavus продуцируют различные антибиотики , включая актинородин , метиленомицин , ундецилпродигиозин , [14] и перимицин . [15] [16] Некоторые штаммы S. albidoflavus могут быть использованы для экспрессии гетерологичных белков . [17]

восстановление ДНК

Гомолог Ku - SCF55.25c. Он содержит домен, подобный щелочной фосфатазе креветок (SAP-подобный) на С-конце . S. albidoflavus производит (предположительно) однодоменный белок SC9H11.09c, который гомологичен NucDom LigD, который является общим для многих бактериальных LigD. ( LigD - это подсемейство ДНК-лигаз . У бактерий многие, но не все LigD имеют дополнительные нуклеазные домены, ответвляющиеся от повсеместно присутствующего центрального лигазного домена. Если он присутствует - как в этом случае - нуклеазный домен является расширением N-конца .) [18]

Генетика

Геном состоит из одной линейной молекулы, и хотя можно было бы ожидать, что Ku будет выполнять функцию поддержания конечного состояния, до сих пор ничего подобного не наблюдалось. [18]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ ab LPSN bacterio.net
  2. ^ Информация о штамме Streptomyces albidoflavus
  3. ^ ab UniProt
  4. ^ ab Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen [1]
  5. ^ Swiontek Brzezinska, M.; Jankiewicz, U.; Burkowska, A. (2013). «Очистка и характеристика противогрибковых компонентов Streptomyces albidoflavus». Applied Biochemistry and Microbiology . 49 (5): 451. doi :10.1134/S0003683813050025. S2CID  17097515.
  6. ^ Рой, РН; Ласкар, С.; Сен, СК (2006). «Дибутилфталат, биоактивное соединение, продуцируемое Streptomyces albidoflavus 321.2». Микробиологические исследования . 161 (2): 121–6. doi : 10.1016/j.micres.2005.06.007 . PMID  16427514.
  7. ^ Стюарт Шапиро (1989). Регуляция вторичного метаболизма у актиномицетов . CRC Press. ISBN 0-8493-6927-4.
  8. ^ Vockenhuber MP, Sharma CM, Statt MG, Schmidt D, Xu Z, Dietrich S, et al. (Май 2011). «Глубокая идентификация малых некодирующих РНК в Streptomyces coelicolor на основе секвенирования». RNA Biology . 8 (3): 468–77. doi :10.4161/rna.8.3.14421. PMC 3218513 . PMID  21521948. 
  9. ^ Moody MJ, Jones SE, Elliot MA (2014-01-01). "Сложная внутриоперонная динамика, опосредованная малой РНК в Streptomyces coelicolor". PLOS ONE . 9 (1): e85856. Bibcode : 2014PLoSO...985856H. doi : 10.1371/journal.pone.0085856 . PMC 3896431. PMID  24465751 . 
  10. ^ Д'Алия Д., Низельт К., Стейгеле С., Мюллер Дж., Вербург И., Такано Э. (февраль 2010 г.). «Некодирующая РНК глютаминсинтетазы I модулирует выработку антибиотиков у Streptomyces coelicolor A3 (2)». Журнал бактериологии . 192 (4): 1160–4. дои : 10.1128/JB.01374-09. ПМК 2812974 . ПМИД  19966003. 
  11. ^ Vockenhuber MP, Suess B (февраль 2012 г.). «Streptomyces coelicolor sRNA scr5239 ингибирует экспрессию агаразы путем прямого спаривания оснований с кодирующей областью dagA». Микробиология . 158 (Pt 2): 424–435. doi : 10.1099/mic.0.054205-0 . PMID  22075028.
  12. ^ Vockenhuber MP, Heueis N, Suess B (2015-01-01). "Идентификация metE как второй цели sRNA scr5239 в Streptomyces coelicolor". PLOS ONE . ​​10 (3): e0120147. Bibcode :2015PLoSO..1020147V. ​​doi : 10.1371/journal.pone.0120147 . PMC 4365011 . PMID  25785836. 
  13. ^ Уайт, Стивен В.; Чжэн, Цзе; Чжан, Юн-Мэй; Рок, Чарльз О. (2005). «Структурная биология биосинтеза жирных кислот типа II». Annual Review of Biochemistry . 74 (1). Annual Reviews : 791–831. doi :10.1146/annurev.biochem.74.082803.133524. ISSN  0066-4154. PMID  15952903.
  14. ^ Brian P, Riggle PJ, Santos RA, Champness WC (июнь 1996 г.). «Глобальная отрицательная регуляция синтеза антибиотиков Streptomyces coelicolor, опосредованная предполагаемой системой передачи сигнала, кодируемой absA». Журнал бактериологии . 178 (11): 3221–31. doi :10.1128/jb.178.11.3221-3231.1996. PMC 178074. PMID  8655502 . 
  15. ^ Liu CM, McDaniel LE, Schaffner CP (март 1972). «Фунгимицин, биогенез его ароматической части». Журнал антибиотиков . 25 (3): 187–8. doi : 10.7164/antibiotics.25.187 . PMID  5034814.
  16. ^ Lee CH, Schaffner CP (май 1969). «Перимицин. Структура некоторых продуктов деградации». Tetrahedron . 25 (10): 2229–32. doi :10.1016/S0040-4020(01)82770-8. PMID  5788396.
  17. ^ "Streptomyces coelicolor". John Innes Center. Архивировано из оригинала 19 октября 2005 года . Получено 25 января 2010 года .
  18. ^ ab Pitcher, Robert S.; Brissett, Nigel C.; Doherty, Aidan J. (2007). «Негомологичное соединение концов у бактерий: микробная перспектива». Annual Review of Microbiology . 61 (1). Annual Reviews : 259–282. doi : 10.1146/annurev.micro.61.080706.093354. ISSN  0066-4227. PMID  17506672.

Дальнейшее чтение

Внешние ссылки


  • в
  • т
  • е