Отборочные группы чемпионата Европы УЕФА среди юношей до 21 года 2006 года , где это было возможно, соответствовали отборочным группам чемпионата мира 2006 года из 7 и 6 команд среди взрослых европейских сборных. Исключениями были Андорра , Фарерские острова , Лихтенштейн и Северная Ирландия ; ни одна из них не выставила сборную до 21 года. Германия , чьим взрослым сборным не нужно было проходить отбор на чемпионат мира (так как они будут хозяевами), была добавлена в одну из групп из 5 команд, созданных из-за отсутствия вышеупомянутых стран.
48 европейских национальных сборных до 21 года были разделены на восемь групп (шесть групп по 6 человек + одна группа из 5 человек + одна группа из 7 человек). Восемь победителей групп играли с восемью командами, занявшими вторые места в группах, в двухматчевых матчах дома и на выезде, чтобы определить восемь команд, прошедших квалификацию.
Распределение команд по отборочным группам было основано на распределении в отборочных группах чемпионата мира по футболу FIFA 2006 с некоторыми изменениями, отражающими отсутствие некоторых стран:
Это был последний раз, когда данная схема группировки применялась для квалификационных групп U21.
Победители групп в ответном матче играли дома.