stringtranslate.com

База данных ориентаций белков в мембранах

База данных ориентаций белков в мембранах ( OPM ) содержит пространственные положения структур мембранных белков относительно липидного бислоя . [1] [2] [3] [4] Положения белков рассчитываются с использованием неявной модели сольватации липидного бислоя. [5] [6] Результаты расчетов были проверены с помощью экспериментальных исследований пространственного расположения трансмембранных и периферических белков в мембранах. [4] [7] [8] [9] [10] [11] [12]

Структуры белков взяты из Protein Data Bank . OPM также обеспечивает структурную классификацию мембранно-ассоциированных белков по семействам и суперсемействам, топологию мембраны , четвертичную структуру белков в мембранно-связанном состоянии и тип целевой мембраны для каждого белка. Координатные файлы с рассчитанными границами мембран доступны для загрузки. Сайт позволяет визуализировать белковые структуры с мембранными граничными плоскостями через Jmol .

База данных широко использовалась в экспериментальных и теоретических исследованиях мембрано-ассоциированных белков. [13] [14] [15] [16] [17] Однако структуры многих мембрано-ассоциированных белков не включаются в базу данных, если их пространственное расположение в мембране не может быть вычислительно предсказано из трехмерной структуры. Это тот случай, когда все мембрано-заякоривающие части белков ( амфифильные альфа-спирали , открытые неполярные остатки или липидированные аминокислотные остатки ) отсутствуют в экспериментальных структурах. [4] База данных также не включает структуры с более низким разрешением только с атомами основной цепи, предоставленные Protein Data Bank . Рассчитанные пространственные расположения структур белков с более низким разрешением в липидном бислое можно найти в других ресурсах, таких как PDBTM. [18]

Ссылки

  1. ^ ST NetWatch: Базы данных белков, архив 2013-06-02 в обзоре Wayback Machine OPM в списке трансдукции сигналов NetWatch от Science
  2. ^ Ломизе, Михаил А.; Ломизе, Андрей Л.; Погожева, Ирина Д.; Мосберг, Генри И. (2006). "OPM: Orientations of Proteins in Membranes database" (PDF) . Биоинформатика . 22 (5): 623–625. doi : 10.1093/bioinformatics/btk023 . PMID  16397007.
  3. ^ Ломизе, Андрей Л.; Погожева, Ирина Д.; Ломизе, Михаил А.; Мосберг, Генри И. (2006). «Позиционирование белков в мембранах: вычислительный подход» (PDF) . Protein Science . 15 (6): 1318–1333. doi :10.1110/ps.062126106. PMC 2242528 . PMID  16731967. 
  4. ^ abc Ломизе, Андрей Л; Погожева, Ирина Д.; Ломизе, Михаил А.; Мосберг, Генри И. (2007). "Роль гидрофобных взаимодействий в позиционировании периферических белков в мембранах" (PDF) . BMC Structural Biology . 7 (44): 44. doi : 10.1186/1472-6807-7-44 . PMC 1934363 . PMID  17603894. 
  5. ^ Ломизе, АЛ; Погожева, ИД; Мосберг, HI (2011). «Модель анизотропного растворителя липидного бислоя. 1. Параметризация дальнодействующей электростатики и эффектов первой сольватной оболочки». Журнал химической информации и моделирования . 51 (4): 918–929. doi :10.1021/ci2000192. PMC 3089899. PMID  21438609 . 
  6. ^ Ломизе, АЛ; Погожева, ИД; Мосберг, HI (2011). «Модель анизотропного растворителя липидного бислоя. 2. Энергетика внедрения малых молекул, пептидов и белков в мембраны». Журнал химической информации и моделирования . 51 (4): 930–946. doi :10.1021/ci200020k. PMC 3091260. PMID  21438606 . 
  7. ^ Malmberg, Nathan J.; Falke, Joseph J. (2005). «Использование насыщения мощности ЭПР для анализа геометрии мембранной стыковки периферических белков: применение к доменам C2». Annu Rev Biophys Biomol Struct . 34 : 71–90. doi :10.1146/annurev.biophys.34.040204.144534. PMC 3637887. PMID  15869384 . 
  8. ^ Спенсер, Эндрю Г.; Турессон, Элизабет; Отто, Джеймс К.; Сонг, Инсок; Смит, Тим; ДеВитт, Дэвид Л.; Гаравито, Р. Майкл; Смит, Уильям Л. (1999). «Домены связывания мембран простагландиновых эндопероксидных H-синтаз 1 и 2. Пептидное картирование и мутационный анализ». J Biol Chem . 274 (46): 32936–32942. doi : 10.1074/jbc.274.46.32936 . PMID  10551860.
  9. ^ Латроп, Брайан; Гэдд, Марта; Билтонен, Родни Л.; Рул, Гордон С. (2001). «Изменения сродства к Ca 2+ при активации фосфолипазы A 2 Agkistrodon piscivorus piscivorus ». Биохимия . 40 (11): 3264–3272. doi :10.1021/bi001901n. PMID  11258945.
  10. ^ Кутателадзе, Татьяна; Овердуин, Михаил (2001). «Структурный механизм стыковки эндосом доменом FYVE». Science . 291 (5509): 1793–1796. Bibcode :2001Sci...291.1793K. doi :10.1126/science.291.5509.1793. PMID  11230696.
  11. ^ Татулиан, Сурен А.; Цинь, Шань; Панде, Абхай Х.; Хе, Сяомей (2005). «Позиционирование мембранных белков с помощью новых подходов к белковой инженерии и биофизике». J Mol Biol . 351 (5): 939–947. doi :10.1016/j.jmb.2005.06.080. PMID  16055150.
  12. ^ Христова, Калина; Уимли, Уильям К.; Мишра, Винод К.; Анантхарамия, ГМ; Сегрест, Джере П.; Уайт, Стивен Х. (2 июля 1999 г.). «Амфипатическая α-спираль на мембранном интерфейсе: структурное исследование с использованием нового метода рентгеновской дифракции». J Mol Biol . 290 (1): 99–117. doi :10.1006/jmbi.1999.2840. PMID  10388560. S2CID  5704597.
  13. ^ Парк, Юнгки; Хелмс, Фолькхард (2007). «О выводе шкал предрасположенности для прогнозирования экспонированных трансмембранных остатков спиральных мембранных белков». Биоинформатика . 23 (6): 701–708. doi : 10.1093/bioinformatics/btl653 . PMID  17237049.
  14. ^ Марш, Дерек; Йост, Миха; Пеггион, Кристина; Тониоло, Клаудио (2007). «Спиновые метки TOAC в остове аламетицина: исследования ЭПР в липидных мембранах». Biophys. J. 92 (2): 473–481. Bibcode :2007BpJ....92..473M. doi :10.1529/biophysj.106.092775. PMC 1751395 . PMID  17056731.  
  15. ^ Пунта, Марко; Форрест, Люси Р.; Бигелоу, Генри; Керницкий, Эндрю; Лю, Цзиньфэн; Рост, Буркхард (2007). «Методы прогнозирования мембранных белков». Методы . 41 (4): 460–474. doi :10.1016/j.ymeth.2006.07.026. PMC 1934899. PMID  17367718 . 
  16. ^ Черезов, В; Ямасита, Э; Лю, В; Жалнина М; Крамер, Вашингтон; Кэффри, М. (8 декабря 2006 г.). «В мезоструктуре транспортера кобаламина, BtuB, с разрешением 1,95 Ангстрем». Дж. Мол. Биол. 364 (4): 716–734. дои : 10.1016/j.jmb.2006.09.022. ПМК 1808586 . ПМИД  17028020.  
  17. ^ Пали, Тибор; Баштовый, Денис; Марш, Дерек (2006). «Стехиометрия липидных взаимодействий с трансмембранными белками — выведенная из трехмерных структур». Protein Sci. 15 (5): 1153–1161. doi :10.1110/ps.052021406. PMC 2242517 . PMID  16641489.  
  18. ^ "PDBTM: Protein Data Bank of Transmembrane Proteins". Архивировано из оригинала 2013-12-25 . Получено 2007-06-20 .