WHAT IF — это компьютерная программа, используемая в самых разных областях вычислительных ( in silico ) исследований макромолекулярной структуры. Программное обеспечение обеспечивает гибкую среду для отображения, манипулирования и анализа малых и больших молекул , белков , нуклеиновых кислот и их взаимодействий. [1] [2]
Первая версия программного обеспечения WHAT IF была разработана Гертом Вриндом в 1987 году в Университете Гронингена , Гронинген , Нидерланды. [2] Большая часть его разработки происходила в 1989–2000 годах в Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL) в Гейдельберге , Германия. Другими участниками являются Крис Сандер и Вольфганг Кабш. [3] В 2000 году поддержка программного обеспечения была переведена в Голландский центр молекулярной и биомолекулярной информатики (CMBI) в Неймегене , Нидерланды. [1] Оно доступно для внутреннего использования или в качестве веб-ресурса. [4] По состоянию на февраль 2022 года [обновлять]оригинальная статья, описывающая WHAT IF, была процитирована более 4000 раз.
WHAT IF предоставляет гибкую среду для отображения, манипулирования и анализа малых молекул , белков, нуклеиновых кислот и их взаимодействий. Одним из заметных применений было обнаружение многих миллионов ошибок (часто небольших, но иногда катастрофических) в файлах Protein Data Bank (PDB). [5] WHAT IF также предоставляет среду для: моделирования гомологии третичных структур белков и четвертичных структур ; проверки структур белков, в частности, тех, которые депонированы в PDB; исправления структур белков ; визуализации макромолекул и их партнеров по взаимодействию (например, липидов , лекарств , ионов и воды ) и интерактивного манипулирования макромолекулами.
WHAT IF совместим с несколькими другими пакетами программного обеспечения для биоинформатики , включая YASARA и Jmol . [1]