stringtranslate.com

Ксеноп

Xenopus ( / ˈ z ɛ n ə p ə s / [1] [2] ) (греч., ξενος, xenos  = странный, πους, pous  = нога, широко известная как когтистая лягушка ) — род высоководных лягушек , аборигенных в страны Африки к югу от Сахары . В настоящее время в нем описано двадцать видов. Двумя наиболее известными видами этого рода являются Xenopus laevis и Xenopus тропический , которые обычно изучаются в качестве модельных организмов для биологии развития, клеточной биологии, токсикологии, нейробиологии, а также для моделирования заболеваний человека и врожденных дефектов. [3] [4] [5]

Род также известен своей полиплоидией : некоторые виды имеют до 12 наборов хромосом .

Характеристики

Xenopus laevis — довольно малоподвижное существо. Он невероятно вынослив и может жить до 15 лет. Иногда пруды, в которых обитает Xenopus laevis , пересыхают, что вынуждает его в засушливый сезон зарываться в ил, оставляя туннели для воздуха. Он может находиться в состоянии покоя до года. Если пруд пересыхает в сезон дождей, Xenopus laevis может мигрировать на большие расстояния в другой пруд, поддерживая гидратацию за счет дождей. Это искусный пловец, легко плавающий во всех направлениях. Он едва умеет прыгать, но умеет ползать. Большую часть времени он проводит под водой и выходит на поверхность, чтобы подышать. Дыхание осуществляется преимущественно через хорошо развитые легкие; кожное дыхание незначительное.

Описание

Все виды Xenopus имеют уплощенное, несколько яйцевидное и обтекаемое тело и очень скользкую кожу (из-за защитного слизистой оболочки). [6] Кожа лягушки гладкая, но сенсорный орган боковой линии имеет вид швов. Все лягушки отличные пловцы, у них мощные, полностью перепончатые пальцы на ногах, хотя перепонок на пальцах нет. Три пальца на каждой ноге имеют заметные черные когти .

Глаза лягушки расположены на макушке и смотрят вверх. Зрачки круглые . У них нет подвижных век , языка (скорее он полностью прикреплен к дну рта [6] ) или барабанных перепонок (аналогично Pipa pipa , обыкновенной суринамской жабе [7] ). [8]

В отличие от большинства земноводных, в их крови нет гаптоглобина . [8]

Поведение

Виды Xenopus полностью водные , хотя наблюдалось, что они мигрируют по суше в близлежащие водоемы во время засухи или сильного дождя. Обычно они встречаются в озерах , реках , болотах , выбоинах ручьев и искусственных водоемах. [8]

Взрослые лягушки обычно одновременно хищники и падальщики , и, поскольку их язык непригоден для использования, лягушки используют свои маленькие передние конечности, чтобы помочь в процессе питания. Поскольку у них также отсутствуют голосовые мешки , под водой они издают щелчки (краткие звуковые импульсы) (опять же похоже на Pipa pipa ). [7] Мужчины устанавливают иерархию социального доминирования, в которой преимущественно один мужчина имеет право сделать рекламный звонок. [9] Самки многих видов издают сигнал освобождения, а самки Xenopus laevis издают дополнительный сигнал, когда они сексуально восприимчивы и вскоре откладывают яйца. [10] Виды Xenopus также активны в сумеречные (или сумеречные ) часы. [8]

В период размножения у самцов на пальцах появляются гребнеобразные брачные подушечки (черного цвета), которые помогают схватить самку. Брачные объятия лягушек паховые, то есть самец обхватывает самку за талию. [8]

Разновидность

Самка Xenopus laevis с кучей свежеотложенных яиц и самец Xenopus тропический.

Существующие виды

Ископаемые виды

Описаны следующие ископаемые виды: [11]

Модельный организм для биологических исследований

Как и многие другие лягушки , их часто используют в лабораториях в качестве объектов исследований. [6] Эмбрионы и яйца Xenopus являются популярной модельной системой для широкого спектра биологических исследований. [4] [5] Это животное используется из-за его мощного сочетания экспериментальной послушности и тесной эволюционной связи с человеком, по крайней мере, по сравнению со многими модельными организмами. [4] [5]

Xenopus уже давно является важным инструментом для исследований in vivo в области молекулярной, клеточной биологии и биологии развития позвоночных животных. [5] Однако широкий спектр исследований Xenopus обусловлен дополнительным фактом, что бесклеточные экстракты , полученные из Xenopus , являются ведущей системой in vitro для изучения фундаментальных аспектов клеточной и молекулярной биологии. Таким образом, Xenopus представляет собой модельную систему позвоночных, которая позволяет проводить высокопроизводительный анализ функций генов in vivo и высокопроизводительную биохимию. Кроме того, ооциты Xenopus являются ведущей системой для изучения транспорта ионов и физиологии каналов. [4] Xenopus также является уникальной системой для анализа эволюции генома и дупликации всего генома у позвоночных, [12] поскольку разные виды Xenopus образуют плоидный ряд, образованный в результате межвидовой гибридизации . [13]

В 1931 году Ланселот Хогбен заметил, что самки Xenopus laevis овулировали при введении мочи беременных женщин. [14] Это привело к созданию теста на беременность, который позже был усовершенствован южноафриканскими исследователями Гиллелем Аббе Шапиро и Гарри Зваренштайном. [15] Самку лягушки Xenopus, которой вводили женскую мочу, поместили в банку с небольшим количеством воды. Если яйца через день оказались в воде, это означало, что женщина беременна. Через четыре года после первого теста на Xenopus коллега Зваренштайна, доктор Луи Босман, сообщил, что тест оказался точным более чем в 99% случаев. [16] С 1930-х по 1950-е годы тысячи лягушек были экспортированы по всему миру для использования в тестах на беременность. [17]

The Национальный ресурс Xenopus Морской биологической лаборатории представляет собой хранилище in vivo трансгенных и мутантных штаммов, а также учебный центр. [18]

Онлайн-база данных модельных организмов

Xenbase [19] — это база данных модельных организмов (MOD) как для Xenopus laevis , так и для Xenopus тропического . [20]

Исследование генов болезней человека

Все методы исследования Xenopus (эмбрионы, бесклеточные экстракты и ооциты) обычно используются для прямых исследований генов заболеваний человека и для изучения фундаментальных научных знаний, лежащих в основе возникновения и прогрессирования рака. [21] Эмбрионы Xenopus для исследований in vivo функций генов заболеваний человека: Эмбрионы Xenopus большие, ими легко манипулировать, кроме того, за один день можно получить тысячи эмбрионов. Действительно, Xenopus был первым позвоночным животным, для которого были разработаны методы, позволяющие быстро анализировать функцию гена с использованием неправильной экспрессии (путем инъекции мРНК [22] ). Инъекция мРНК Xenopus привела к клонированию интерферона. [23] Более того, использование морфолино-антисмысловых олигонуклеотидов для нокдауна генов у эмбрионов позвоночных, которое сейчас широко используется, было впервые разработано Джанет Хисман с использованием Xenopus . [24]

В последние годы эти подходы сыграли важную роль в изучении генов болезней человека. Механизм действия нескольких генов, мутировавших при кистозных заболеваниях почек у человека (например, нефронофтизе ), был тщательно изучен на эмбрионах Xenopus , что пролило новый свет на связь между этими нарушениями, цилиогенезом и передачей сигналов Wnt . [25] Эмбрионы Xenopus также стали испытательной площадкой для проверки недавно обнаруженных генов болезней. Например, исследования на Xenopus подтвердили и выяснили роль PYCR1 в кутис-лаксе с прогероидными особенностями. [26]

Трансгенный Xenopus для изучения транскрипционной регуляции генов заболеваний человека: эмбрионы Xenopus развиваются быстро, поэтому трансгенез у Xenopus является быстрым и эффективным методом анализа геномных регуляторных последовательностей. В недавнем исследовании было обнаружено, что мутации в локусе SMAD7 связаны с колоректальным раком человека . Мутации лежат в консервативных, но некодирующих последовательностях, что позволяет предположить, что эти мутации влияют на паттерны транскрипции SMAD7 . Чтобы проверить эту гипотезу, авт. использовали трансгенез Xenopus и обнаружили, что этот геномный регион стимулирует экспрессию GFP в задней кишке. Более того, трансгенные продукты, полученные с использованием мутантной версии этой области, демонстрировали существенно меньшую экспрессию в задней кишке. [27]

Бесклеточные экстракты Xenopus для биохимических исследований белков, кодируемых генами болезней человека. Уникальным преимуществом системы Xenopus является то, что цитозольные экстракты содержат как растворимые цитоплазматические, так и ядерные белки (включая белки хроматина). В этом отличие от клеточных экстрактов, полученных из соматических клеток с уже отдельными клеточными компартментами. Экстракты яиц Xenopus предоставили многочисленные сведения об основах биологии клеток, оказывая особое влияние на деление клеток и связанные с ним транзакции ДНК (см. ниже).

Исследования экстрактов яиц Xenopus также дали важное представление о механизме действия генов заболеваний человека, связанных с генетической нестабильностью и повышенным риском развития рака, таких как атаксия-телеангиэктазия, наследственный рак молочной железы и яичников BRCA1 , синдром поломки Nbs1 Неймегена, синдром Ротмунда-Томсона RecQL4 . , онкоген c-Myc и белки FANC ( анемия Фанкони ). [28] [29] [30] [31] [32]

Ооциты Xenopus для изучения экспрессии генов и активности каналов, связанных с заболеваниями человека. Еще одним преимуществом Xenopus является способность быстро и легко анализировать активность белков-каналов и белков-переносчиков с использованием экспрессии в ооцитах. Это применение также привело к важному пониманию заболеваний человека, включая исследования, связанные с передачей трипаносом , [33] эпилепсией с атаксией и нейросенсорной глухотой [34], катастрофической сердечной аритмией ( синдром удлиненного интервала QT ) [35] и мегалэнцефалической лейкоэнцефалопатией. [36]

Редактирование генов с помощью системы CRISPR/CAS недавно было продемонстрировано у Xenopus тропического [37] [38] и Xenopus laevis . [39] Этот метод используется для скрининга воздействия генов человеческих заболеваний на Xenopus , и система достаточно эффективна для изучения эффектов внутри тех же эмбрионов, которые подверглись манипуляциям. [40]

Исследование фундаментальных биологических процессов

Передача сигнала : Эмбрионы Xenopus и бесклеточные экстракты широко используются для фундаментальных исследований в области передачи сигналов. Всего за последние несколько лет эмбрионы Xenopus предоставили решающую информацию о механизмах передачи сигналов TGF-beta и Wnt. Например, эмбрионы Xenopus были использованы для идентификации ферментов, которые контролируют убиквитинирование Smad4 [41] и для демонстрации прямых связей между сигнальными путями суперсемейства TGF-бета и другими важными сетями, такими как путь киназы MAP [42] и путь Wnt. . [43] Более того, новые методы с использованием экстрактов яиц выявили новые важные цели комплекса разрушения Wnt/GSK3. [44]

Деление клеток : экстракты яиц Xenopus позволили изучить многие сложные клеточные процессы in vitro . Поскольку яичный цитозоль может поддерживать последовательный цикл между митозом и интерфазой in vitro , он имеет решающее значение для разнообразных исследований клеточного деления. Например, впервые было обнаружено, что небольшая ГТФаза Ran регулирует межфазный ядерный транспорт, но экстракты яиц Xenopus выявили решающую роль Ran GTPase в митозе независимо от ее роли в межфазном ядерном транспорте. [45] Аналогичным образом, бесклеточные экстракты были использованы для моделирования сборки ядерной оболочки из хроматина, раскрывая функцию RanGTPase в регулировании повторной сборки ядерной оболочки после митоза. [46] Совсем недавно, используя экстракты яиц Xenopus , удалось продемонстрировать специфичную для митоза функцию ядерного ламина B в регуляции морфогенеза веретена [47] и идентифицировать новые белки, которые опосредуют прикрепление кинетохор к микротрубочкам. [48] ​​Бесклеточные системы в последнее время стали практическими исследовательскими инструментами, а ооциты Xenopus часто являются источником используемых экстрактов. Это дало значительные результаты в понимании митотических колебаний и микротрубочек . [49]

Эмбриональное развитие : Эмбрионы Xenopus широко используются в биологии развития. Краткое изложение последних достижений, достигнутых исследованиями Xenopus за последние годы, включает:

  1. Эпигенетика спецификации клеточных судеб [50] и справочные карты эпигенома [51]
  2. микроРНК в формировании рисунка зародышевого листка и развитии глаз [52] [53]
  3. Связь между передачей сигналов Wnt и теломеразой [54]
  4. Развитие сосудистой сети [55]
  5. Морфогенез кишечника [56]
  6. Контактное ингибирование и миграция клеток нервного гребня [57] и образование нервного гребня из плюрипотентных клеток бластулы [58]
  7. Судьба развития – Роль Notch : Дорски и др. в 1995 году выявили паттерн экспрессии, за которым следует подавление [59]

Репликация ДНК : Бесклеточные экстракты Xenopus также поддерживают синхронную сборку и активацию источников репликации ДНК. Они сыграли важную роль в характеристике биохимической функции пререпликативного комплекса, включая белки MCM. [60] [61]

Реакция на повреждение ДНК : бесклеточные экстракты сыграли важную роль в раскрытии сигнальных путей, активируемых в ответ на двухцепочечные разрывы ДНК (ATM), остановку репликационной вилки (ATR) или межцепочечные сшивки ДНК (белки FA и ATR). Примечательно, что несколько механизмов и компонентов этих путей передачи сигнала были впервые идентифицированы у Xenopus . [30] [62] [63]

Апоптоз : ооциты Xenopus представляют собой удобную модель для биохимических исследований апоптоза. Недавно ооциты были использованы для изучения биохимических механизмов активации каспазы-2; важно то, что этот механизм консервативен у млекопитающих. [64]

Регенеративная медицина . В последние годы огромный интерес к биологии развития подогревается перспективами регенеративной медицины. Ксенопус также сыграл здесь свою роль. Например, экспрессия семи факторов транскрипции в плюрипотентных клетках Xenopus сделала эти клетки способными развиваться в функциональные глаза при имплантации в эмбрионы Xenopus , что дает потенциальное понимание восстановления дегенерации или повреждения сетчатки. [65] В совершенно другом исследовании эмбрионы Xenopus использовались для изучения влияния натяжения тканей на морфогенез, [66] проблема, которая будет иметь решающее значение для тканевой инженерии in vitro . Виды Xenopus являются важными модельными организмами для изучения регенерации спинного мозга, поскольку, хотя Xenopus способны к регенерации на личиночных стадиях, они теряют эту способность на раннем метаморфозе. [67]

Физиология : Направленное движение мультиреснитчатых клеток необходимо для развития и гомеостаза в центральной нервной системе, дыхательных путях и яйцеводе. Мультиреснитчатые клетки эпидермиса Xenopus недавно были разработаны как первый испытательный стенд in vivo для исследования живых клеток таких мерцательных тканей, и эти исследования предоставили важную информацию о биомеханическом и молекулярном контроле направленного биения. [68] [69]

Актин . Еще одним результатом применения бесклеточных экстрактов ооцитов Xenopus стало улучшение понимания актина. [49]

Скрининг малых молекул для разработки новых методов лечения

Поскольку огромные объемы материала легко получить, все методы исследования Xenopus в настоящее время используются для скрининга на основе малых молекул.

Химическая генетика роста сосудов у головастиков Xenopus : Учитывая важную роль неоваскуляризации в прогрессировании рака, эмбрионы Xenopus недавно были использованы для идентификации новых малых молекул, ингибиторов роста кровеносных сосудов. Примечательно, что соединения, идентифицированные в Xenopus , были эффективны на мышах. [70] [71] Примечательно, что эмбрионы лягушки заняли видное место в исследовании, в котором использовались эволюционные принципы для выявления нового агента, разрушающего сосуды, который может иметь химиотерапевтический потенциал. [72] Эта работа была опубликована в газете New York Times Science Times [73]

In vivo тестирование потенциальных эндокринных разрушителей на трансгенных эмбрионах Xenopus ; Недавно был разработан высокопроизводительный анализ нарушений работы щитовидной железы с использованием трансгенных эмбрионов Xenopus . [74]

Скрининг малых молекул в экстрактах яиц Xenopus : Экстракты яиц обеспечивают готовый анализ молекулярно-биологических процессов и могут быть быстро проверены. Этот подход был использован для идентификации новых ингибиторов протеасомно-опосредованной деградации белков и ферментов репарации ДНК. [75] [76]

Генетические исследования

Хотя Xenopus laevis является наиболее часто используемым видом для исследований в области биологии развития , генетические исследования, особенно перспективные генетические исследования, могут быть осложнены их псевдотетраплоидным геномом . Xenopus тропический представляет собой более простую модель для генетических исследований, имея диплоидный геном.

Методы нокдауна экспрессии генов

Экспрессию генов можно снизить различными способами, например, используя антисмысловые олигонуклеотиды, нацеленные на определенные молекулы мРНК. ДНК-олигонуклеотиды, комплементарные специфическим молекулам мРНК, часто химически модифицируются для повышения их стабильности in vivo . Химические модификации, используемые для этой цели, включают фосфоротиоат, 2'-O-метил, морфолино, фосфорамидат МЭА и фосфорамидат DEED. [77]

Морфолиноолигонуклеотиды

Морфолиноолигонуклеотиды используются как в X. laevis , так и в X. тропических для исследования функции белка путем наблюдения за результатами устранения активности белка. [77] [78] Например, таким образом был проверен набор генов X.tropicis . [79]

Морфолиноолигонуклеотиды (МО) представляют собой короткие антисмысловые олигонуклеотиды, состоящие из модифицированных нуклеотидов. МО могут подавлять экспрессию генов, ингибируя трансляцию мРНК, блокируя сплайсинг РНК или ингибируя активность и созревание микроРНК. МО оказались эффективными инструментами нокдауна в экспериментах по биологии развития и реагентами, блокирующими РНК, для клеток в культуре. МО не разрушают свои РНК-мишени, а вместо этого действуют через механизм стерической блокировки, независимый от РНКазы H. Они остаются стабильными в клетках и не вызывают иммунных реакций. Микроинъекции МО ранним эмбрионам Xenopus могут целенаправленно подавлять экспрессию генов.

Как и все антисмысловые подходы, разные МО могут иметь разную эффективность и могут вызывать нецелевые, неспецифические эффекты. Часто необходимо протестировать несколько МО, чтобы найти эффективную целевую последовательность. Для демонстрации специфичности используются строгие меры контроля, [78] в том числе:

Xenbase предоставляет доступный для поиска каталог, содержащий более 2000 МО, которые специально использовались в исследованиях Xenopus. Данные доступны для поиска по последовательности, символу гена и различным синонимам (используемым в различных публикациях). [80] Xenbase сопоставляет МО с последними геномами Xenopus в GBrowse, прогнозирует «нецелевые» попадания и перечисляет всю литературу по Xenopus , в которой было опубликовано морфолино.

Рекомендации

  1. ^ "Ксеноп". Британский словарь английского языка Lexico . Издательство Оксфордского университета . Архивировано из оригинала 22 марта 2020 г.
  2. ^ "Ксеноп". Словарь Merriam-Webster.com . Проверено 21 января 2016 г.
  3. ^ Ненни М.Дж., Фишер М.Е., Джеймс-Зорн С., Пеллс Т.Дж., Понферрада В., Чу С. и др. (2019). «Xenbase: содействие использованию Xenopus для моделирования заболеваний человека». Границы в физиологии . 10 : 154. doi : 10.3389/fphys.2019.00154 . ПМК 6399412 . ПМИД  30863320. 
  4. ^ abcd Уоллингфорд Дж.Б., Лю К.Дж., Чжэн Ю. (март 2010 г.). «Ксеноп». Современная биология . 20 (6): Р263–Р264. дои : 10.1016/j.cub.2010.01.012 . ПМИД  20334828.
  5. ^ abcd Харланд РМ, Грейнджер РМ (декабрь 2011 г.). «Исследования Xenopus: метаморфизованные генетикой и геномикой». Тенденции в генетике . 27 (12): 507–515. дои :10.1016/j.tig.2011.08.003. ПМК 3601910 . ПМИД  21963197. 
  6. ^ abc «Обучающий модуль IACUC — Xenopus laevis» . Университет Аризоны. Архивировано из оригинала 26 июня 2010 г. Проверено 11 октября 2009 г.
  7. ^ ab Корни C (2006). Ночные животные . Гринвуд Пресс. п. 19. ISBN 978-0-313-33546-4.
  8. ^ abcde Пассмор Н.И., Каррутерс В.К. (1979). Южноафриканские лягушки . Йоханнесбург: Издательство Университета Витватерсранда. стр. 42–43. ISBN 0-85494-525-3.
  9. ^ Тобиас М.Л., Корк А., Корш Дж., Инь Д., Келли Д.Б. (ноябрь 2010 г.). «Вокальный конкурс самцов лягушек Xenopus laevis». Поведенческая экология и социобиология . 64 (11): 1791–1803. дои : 10.1007/s00265-010-0991-3. ПМК 3064475 . ПМИД  21442049. 
  10. ^ Тобиас М.Л., Вишванатан С.С., Келли Д.Б. (февраль 1998 г.). «Реппинг, женский восприимчивый призыв, инициирует дуэты самца и самки у южноафриканской когтистой лягушки». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (4): 1870–1875. Бибкод : 1998PNAS...95.1870T. дои : 10.1073/pnas.95.4.1870 . ЧВК 19205 . ПМИД  9465109. 
  11. ^ [ Ксенопус ] на Fossilworks.org
  12. ^ Сессия AM, Уно Ю, Квон Т, Чепмен Дж.А., Тойода А., Такахаши С. и др. (октябрь 2016 г.). «Эволюция генома аллотетраплоидной лягушки Xenopus laevis». Природа . 538 (7625): 336–343. Бибкод : 2016Natur.538..336S. дои : 10.1038/nature19840. ПМК 5313049 . ПМИД  27762356. 
  13. ^ Шмид М., Эванс Б.Дж., Богарт Дж.П. (2015). «Полиплоидия у амфибий». Цитогенетические и геномные исследования . 145 (3–4): 315–330. дои : 10.1159/000431388 . ПМИД  26112701.
  14. ^ Хогбен Л., Чарльз Э., Слом Д. (1931). «Исследования гипофиза. 8. Связь гипофиза с метаболизмом кальция и функцией яичников у Xenopus». Журнал экспериментальной биологии . 8 : 345–54. дои : 10.1242/jeb.8.4.345.
  15. ^ Элкан Э.Р. (декабрь 1938 г.). «Тест на беременность Ксенопуса». Британский медицинский журнал . 2 (4067): 1253–1274.2. дои : 10.1136/bmj.2.4067.1253. ПМК 2211252 . ПМИД  20781969. 
  16. ↑ Диагностика беременности, Луи П. Босман, Британский медицинский журнал 1937; 2:939, 6 ноября 1937 г.
  17. ^ Нувер Р. (16 мая 2013 г.). «Врачи использовали живых африканских лягушек в качестве тестов на беременность». Смитсоновский институт.com . Проверено 30 октября 2018 г.
  18. ^ "Национальный ресурс Xenopus". Морская биологическая лаборатория . Проверено 5 апреля 2022 г.
  19. ^ Карими К., Фортрид Дж. Д., Лотай В. С., Бернс К. А., Ван Д. З., Фишер М. Е. и др. (январь 2018 г.). «Xenbase: база данных геномных, эпигеномных и транскриптомных модельных организмов». Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д861–Д868. дои : 10.1093/nar/gkx936. ПМЦ 5753396 . ПМИД  29059324. 
  20. ^ "База данных модельного организма Xenopus" . Xenbase.org .
  21. ^ Хардвик LJ, Филпотт А (декабрь 2015 г.). «Друг онколога: как Xenopus способствует исследованию рака». Биология развития . Моделирование человеческого развития и болезней в Xenopus. 408 (2): 180–187. дои : 10.1016/j.ydbio.2015.02.003. ПМЦ 4684227 . ПМИД  25704511. 
  22. ^ Гердон Дж. Б., Лейн CD, Woodland HR, Марбе Дж. (сентябрь 1971 г.). «Использование яиц и ооцитов лягушки для изучения информационной РНК и ее трансляции в живых клетках». Природа . 233 (5316): 177–182. Бибкод : 1971Natur.233..177G. дои : 10.1038/233177a0. PMID  4939175. S2CID  4160808.
  23. ^ Рейнольдс Ф.Х., Премкумар Э., Пита П.М. (декабрь 1975 г.). «Активность интерферона, вызываемая трансляцией информационной РНК интерферона человека в бесклеточных рибосомальных системах и в ооцитах Xenopus». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 72 (12): 4881–4885. Бибкод : 1975PNAS...72.4881R. дои : 10.1073/pnas.72.12.4881 . ПМЦ 388836 . ПМИД  1061077. 
  24. ^ Хисман Дж., Кофрон М., Уайли С. (июнь 2000 г.). «Сигнальная активность бета-катенина, анализируемая у раннего эмбриона Xenopus: новый антисмысловой подход». Биология развития . 222 (1): 124–134. дои : 10.1006/dbio.2000.9720 . ПМИД  10885751.
  25. ^ Шефер Т., Пютц М., Лиенкамп С., Ганнер А., Бергбрейтер А., Рамачандран Х. и др. (декабрь 2008 г.). «Генетическое и физическое взаимодействие между продуктами генов NPHP5 и NPHP6». Молекулярная генетика человека . 17 (23): 3655–3662. doi : 10.1093/hmg/ddn260. ПМК 2802281 . ПМИД  18723859. 
  26. ^ Реверсейд Б, Эсканде-Бейяр Н, Димопулу А, Фишер Б, Чнг СК, Ли Ю и др. (сентябрь 2009 г.). «Мутации в PYCR1 вызывают слабость кожи с прогероидными свойствами». Природная генетика . 41 (9): 1016–1021. дои : 10.1038/ng.413. PMID  19648921. S2CID  10221927.
  27. ^ Питтман А.М., Наранхо С., Уэбб Э., Бродерик П., Липс Э.Х., ван Везель Т. и др. (июнь 2009 г.). «Риск колоректального рака в 18q21 вызван новым вариантом, изменяющим экспрессию SMAD7». Геномные исследования . 19 (6): 987–993. дои : 10.1101/гр.092668.109. ПМЦ 2694486 . ПМИД  19395656. 
  28. ^ Жуков В., Гроен А.С., Прохорова Т., Герсон Р., Уайт Е., Родригес А. и др. (ноябрь 2006 г.). «Гетеродимер BRCA1/BARD1 модулирует зависимую от ран сборку митотического веретена». Клетка . 127 (3): 539–552. дои : 10.1016/j.cell.2006.08.053 . PMID  17081976. S2CID  17769149.
  29. ^ Ю З., Бейлис Дж. М., Джонсон С. А., Дилворт С. М., Хантер Т. (ноябрь 2007 г.). «Быстрая активация АТМ на фланкирующих двухцепочечные разрывы ДНК». Природная клеточная биология . 9 (11): 1311–1318. дои : 10.1038/ncb1651. PMID  17952060. S2CID  17389213.
  30. ^ аб Бен-Йехойада М., Ван Л.К., Козеков И.Д., Риццо С.Дж., Готтесман М.Э., Готье Дж. (сентябрь 2009 г.). «Передача сигналов контрольной точки от одной межцепочечной сшивки ДНК». Молекулярная клетка . 35 (5): 704–715. doi :10.1016/j.molcel.2009.08.014. ПМЦ 2756577 . ПМИД  19748363. 
  31. ^ Собек А., Стоун С., Ландэ I, де Грааф Б., Хоатлин М.Э. (сентябрь 2009 г.). «Белок анемии Фанкони FANCM контролируется FANCD2 и путями ATR/ATM». Журнал биологической химии . 284 (38): 25560–25568. дои : 10.1074/jbc.M109.007690 . ПМЦ 2757957 . ПМИД  19633289. 
  32. ^ Домингес-Сола Д., Ин С.И., Грандори С., Руджеро Л., Чен Б., Ли М. и др. (июль 2007 г.). «Нетранскрипционный контроль репликации ДНК с помощью c-Myc». Природа . 448 (7152): 445–451. Бибкод : 2007Natur.448..445D. дои : 10.1038/nature05953. PMID  17597761. S2CID  4422771.
  33. ^ Дин С., Маркетти Р., Кирк К., Мэтьюз К.Р. (май 2009 г.). «Семейство поверхностных транспортеров передает сигнал дифференцировки трипаносом». Природа . 459 (7244): 213–217. Бибкод : 2009Natur.459..213D. дои : 10.1038/nature07997. ПМЦ 2685892 . ПМИД  19444208. 
  34. ^ Бокенхауэр Д., Физер С., Станеску Х.К., Бандулик С., Здебик А.А., Райхольд М. и др. (май 2009 г.). «Эпилепсия, атаксия, нейросенсорная глухота, тубулопатия и мутации KCNJ10». Медицинский журнал Новой Англии . 360 (19): 1960–1970. doi : 10.1056/NEJMoa0810276. ПМЦ 3398803 . ПМИД  19420365. 
  35. ^ Густина А.С., Трюдо MC (август 2009 г.). «Рекомбинантный N-концевой домен полностью восстанавливает ворота дезактивации в калиевых каналах hERG, мутантных по синдрому N-укороченного и длинного QT». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 106 (31): 13082–13087. Бибкод : 2009PNAS..10613082G. дои : 10.1073/pnas.0900180106 . ПМЦ 2722319 . ПМИД  19651618. 
  36. ^ Дуарри А., Тейхидо О., Лопес-Эрнандес Т., Шепер Г.К., Барьер Х., Бур I и др. (декабрь 2008 г.). «Молекулярный патогенез мегалэнцефалической лейкоэнцефалопатии с подкорковыми кистами: мутации в MLC1 вызывают дефекты складки». Молекулярная генетика человека . 17 (23): 3728–3739. дои : 10.1093/hmg/ddn269. ПМК 2581428 . ПМИД  18757878. 
  37. ↑ Blitz IL, Бизингер Дж., Се X, Чо К.В. (декабрь 2013 г.). «Биаллельная модификация генома эмбрионов F (0) Xenopus тропического с использованием системы CRISPR / Cas». Бытие . 51 (12): 827–834. дои :10.1002/dvg.22719. ПМК 4039559 . ПМИД  24123579. 
  38. ^ Накаяма Т., Фиш М.Б., Фишер М., Омен-Хаджагос Дж., Томсен Г.Х., Грейнджер Р.М. (декабрь 2013 г.). «Простой и эффективный целенаправленный мутагенез, опосредованный CRISPR/Cas9, у Xenopus тропического». Бытие . 51 (12): 835–843. дои :10.1002/dvg.22720. ПМЦ 3947545 . ПМИД  24123613. 
  39. ^ Ван Ф, Ши Z, Цуй Ю, Го X, Ши ЮБ, Чэнь Ю (14 апреля 2015 г.). «Целевое разрушение генов Xenopus laevis с использованием CRISPR/Cas9». Клетка и биологические науки . 5 (1): 15. дои : 10.1186/s13578-015-0006-1 . ПМЦ 4403895 . ПМИД  25897376. 
  40. ^ Бхаттачарья Д., Марфо К.А., Ли Д., Лейн М., Хоха М.К. (декабрь 2015 г.). «CRISPR/Cas9: недорогой и эффективный инструмент с потерей функции для скрининга генов болезней человека у Xenopus». Биология развития . Моделирование человеческого развития и болезней в Xenopus. 408 (2): 196–204. дои : 10.1016/j.ydbio.2015.11.003. ПМЦ 4684459 . ПМИД  26546975. 
  41. ^ Дюпон С., Мамиди А., Корденонси М., Монтаньнер М., Заккинья Л., Адорно М. и др. (январь 2009 г.). «FAM/USP9x, деубиквитинирующий фермент, необходимый для передачи сигналов TGFbeta, контролирует моноубиквитинирование Smad4». Клетка . 136 (1): 123–135. дои : 10.1016/j.cell.2008.10.051 . PMID  19135894. S2CID  16458957.
  42. ^ Корденонси М., Монтаньнер М., Адорно М., Заккинья Л., Мартелло Г., Мамиди А. и др. (февраль 2007 г.). «Интеграция передачи сигналов TGF-бета и Ras/MAPK посредством фосфорилирования p53». Наука . 315 (5813): 840–843. Бибкод : 2007Sci...315..840C. дои : 10.1126/science.1135961 . PMID  17234915. S2CID  83962686.
  43. ^ Фуэнтеальба LC, Эйверс Э., Икеда А., Уртадо С., Курода Х., Пера Э.М., Де Робертис Э.М. (ноябрь 2007 г.). «Интеграция сигналов формирования паттернов: Wnt/GSK3 регулирует длительность сигнала BMP/Smad1». Клетка . 131 (5): 980–993. дои : 10.1016/j.cell.2007.09.027. ПМК 2200633 . ПМИД  18045539. 
  44. ^ Ким НГ, Сюй С, Гумбинер Б.М. (март 2009 г.). «Идентификация мишеней комплекса разрушения пути Wnt в дополнение к бета-катенину». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 106 (13): 5165–5170. Бибкод : 2009PNAS..106.5165K. дои : 10.1073/pnas.0810185106 . ПМК 2663984 . ПМИД  19289839. 
  45. ^ Калаб П., Пралле А., Исакофф Э.Ю., Хилд Р., Вейс К. (март 2006 г.). «Анализ градиента, регулируемого RanGTP, в митотических соматических клетках». Природа . 440 (7084): 697–701. Бибкод : 2006Natur.440..697K. дои : 10.1038/nature04589. PMID  16572176. S2CID  4398374.
  46. ^ Цай М.Ю., Ван С., Хайдингер Дж.М., Шумейкер Д.К., Адам С.А., Голдман Р.Д., Чжэн Ю. (март 2006 г.). «Митотическая матрица ламина B, индуцированная RanGTP, необходимая для сборки веретена». Наука . 311 (5769): 1887–1893. Бибкод : 2006Sci...311.1887T. дои : 10.1126/science.1122771. PMID  16543417. S2CID  12219529.
  47. ^ Ма Л., Цай М.Ю., Ван С., Лу Б., Чен Р., Йейтс-младший и др. (март 2009 г.). «Требования к нуделю и динеину для сборки матрицы веретена ламина B». Природная клеточная биология . 11 (3): 247–256. дои : 10.1038/ncb1832. ПМЦ 2699591 . ПМИД  19198602. 
  48. ^ Эмануэле MJ, Stukenberg PT (сентябрь 2007 г.). «Xenopus Cep57 — это новый компонент кинетохор, участвующий в прикреплении микротрубочек». Клетка . 130 (5): 893–905. дои : 10.1016/j.cell.2007.07.023 . PMID  17803911. S2CID  17520550.
  49. ^ ab Noireaux V, Лю AP (июнь 2020 г.). «Новый век бесклеточной биологии». Ежегодный обзор биомедицинской инженерии . Ежегодные обзоры . 22 (1): 51–77. doi : 10.1146/annurev-bioeng-092019-111110 . PMID  32151150. S2CID  212652742.
  50. ^ Аккерс Р.К., ван Херинген С.Дж., Якоби Ю.Г., Янссен-Мегенс Э.М., Франсойс К.Дж., Стунненберг Х.Г., Винстра Г.Дж. (сентябрь 2009 г.). «Иерархия приобретения H3K4me3 и H3K27me3 в пространственной регуляции генов у эмбрионов Xenopus». Развивающая клетка . 17 (3): 425–434. doi :10.1016/j.devcel.2009.08.005. ПМК 2746918 . ПМИД  19758566. 
  51. ^ Онтелес С., ван Круйсберген I, Георгиу Г., ван Херинген С.Дж., Богданович О., Листер Р., Винстра Г.Дж. (декабрь 2015 г.). «Эмбриональная транскрипция контролируется материнским состоянием хроматина». Природные коммуникации . 6 : 10148. Бибкод : 2015NatCo...610148H. дои : 10.1038/ncomms10148. ПМЦ 4703837 . ПМИД  26679111. 
  52. ^ Уокер Дж.К., Харланд Р.М. (май 2009 г.). «МикроРНК-24а необходима для подавления апоптоза в развивающейся нервной сетчатке». Гены и развитие . 23 (9): 1046–1051. дои : 10.1101/gad.1777709. ПМК 2682950 . ПМИД  19372388. 
  53. ^ Роза А., Спаньоли FM, Бриванлу А.Х. (апрель 2009 г.). «Семейство миР-430/427/302 контролирует спецификацию мезендодермальной судьбы посредством видоспецифического выбора мишени». Развивающая клетка . 16 (4): 517–527. дои : 10.1016/j.devcel.2009.02.007 . ПМИД  19386261.
  54. ^ Пак Дж.И., Вентайчер А.С., Хонг Дж.И., Чой Дж., Джун С., Шкрели М. и др. (июль 2009 г.). «Теломераза модулирует передачу сигналов Wnt путем ассоциации с хроматином целевого гена». Природа . 460 (7251): 66–72. Бибкод : 2009Natur.460...66P. дои : 10.1038/nature08137. ПМЦ 4349391 . ПМИД  19571879. 
  55. ^ Де Вал С., Чи NC, Медоуз С.М., Миновицкий С., Андерсон Дж.П., Харрис И.С. и др. (декабрь 2008 г.). «Комбинаторная регуляция экспрессии эндотелиальных генов с помощью факторов транскрипции ets и forkhead». Клетка . 135 (6): 1053–1064. дои : 10.1016/j.cell.2008.10.049. ПМК 2782666 . ПМИД  19070576. 
  56. ^ Ли Ю, Рэнкин С.А., Синнер Д., Кенни А.П., Криг П.А., Зорн А.М. (ноябрь 2008 г.). «Sfrp5 координирует спецификацию и морфогенез передней кишки, противодействуя как канонической, так и неканонической передаче сигналов Wnt11». Гены и развитие . 22 (21): 3050–3063. дои : 10.1101/gad.1687308. ПМЦ 2577796 . ПМИД  18981481. 
  57. ^ Кармона-Фонтейн С., Мэтьюз Х.К., Курияма С., Морено М., Данн Г.А., Парсонс М. и др. (декабрь 2008 г.). «Контактное торможение локомоции in vivo контролирует направленную миграцию нервного гребня». Природа . 456 (7224): 957–961. Бибкод : 2008Natur.456..957C. дои : 10.1038/nature07441. ПМЦ 2635562 . ПМИД  19078960. 
  58. ^ Буитраго-Дельгадо Э., Нордин К., Рао А., Гири Л., Лабонн С. (июнь 2015 г.). «НЕЙРОРАВИТИЕ. Общие регуляторные программы предполагают сохранение потенциала на стадии бластулы в клетках нервного гребня». Наука . 348 (6241): 1332–1335. дои : 10.1126/science.aaa3655. ПМЦ 4652794 . ПМИД  25931449. 
  59. ^ Гайано Н., Фишелл Г. (2002). «Роль метки в продвижении судьбы глиальных и нервных стволовых клеток». Ежегодный обзор неврологии . Ежегодные обзоры . 25 (1): 471–490. doi : 10.1146/annurev.neuro.25.030702.130823. PMID  12052917. S2CID  15691580.
  60. ^ Цудзи Т., Лау Э., Чан Г.Г., Цзян В. (декабрь 2008 г.). «Роль Dbf4/Drf1-зависимой киназы Cdc7 в контроле контрольных точек повреждения ДНК». Молекулярная клетка . 32 (6): 862–869. doi :10.1016/j.molcel.2008.12.005. ПМЦ 4556649 . ПМИД  19111665. 
  61. ^ Сюй X, Рошетт П.Дж., Фейисса Э.А., Су ТВ, Лю Ю (октябрь 2009 г.). «MCM10 опосредует ассоциацию RECQ4 с геликазным комплексом MCM2-7 во время репликации ДНК». Журнал ЭМБО . 28 (19): 3005–3014. дои : 10.1038/emboj.2009.235. ПМК 2760112 . ПМИД  19696745. 
  62. ^ Рэшле М., Книпшеер П., Книпшир П., Энойу М., Ангелов Т., Сан Дж. и др. (сентябрь 2008 г.). «Механизм репликационно-связанной репарации межцепочечных сшивок ДНК». Клетка . 134 (6): 969–980. дои : 10.1016/j.cell.2008.08.030. ПМЦ 2748255 . ПМИД  18805090. 
  63. ^ Макдугалл Калифорния, Бюн Т.С., Ван С., Йи MC, Цимприч К.А. (апрель 2007 г.). «Структурные детерминанты активации контрольно-пропускных пунктов». Гены и развитие . 21 (8): 898–903. дои : 10.1101/gad.1522607. ПМК 1847708 . ПМИД  17437996. 
  64. ^ Натт Л.К., Бучакджян М.Р., Ган Э., Дарбанди Р., Юн С.Ю., Ву JQ и др. (июнь 2009 г.). «Метаболический контроль апоптоза ооцитов, опосредованный 14-3-3-зета-регулируемым дефосфорилированием каспазы-2». Развивающая клетка . 16 (6): 856–866. doi :10.1016/j.devcel.2009.04.005. ПМК 2698816 . ПМИД  19531356. 
  65. ^ Вициан А.С., Солессио ЕС, Лю Ю, Зубер М.Е. (август 2009 г.). «Поколение функциональных глаз из плюрипотентных клеток». ПЛОС Биология . 7 (8): e1000174. дои : 10.1371/journal.pbio.1000174 . ПМЦ 2716519 . ПМИД  19688031. 
  66. ^ Дзамба Б.Дж., Якаб К.Р., Марсден М., Шварц М.А., Дезимоун Д.В. (март 2009 г.). «Адгезия кадгерина, натяжение тканей и неканоническая передача сигналов Wnt регулируют организацию матрикса фибронектина». Развивающая клетка . 16 (3): 421–432. doi :10.1016/j.devcel.2009.01.008. ПМЦ 2682918 . ПМИД  19289087. 
  67. ^ Битти М.С., Бреснахан Дж.К., Лопате Дж. (октябрь 1990 г.). «Метаморфоза изменяет реакцию на перерезку спинного мозга у лягушек Xenopus laevis». Журнал нейробиологии . 21 (7): 1108–1122. дои : 10.1002/neu.480210714. ПМИД  2258724.
  68. ^ Парк Т.Дж., Митчелл Б.Дж., Абитуа П.Б., Кинтнер С., Уоллингфорд Дж.Б. (июль 2008 г.). «Растрепанный контроль апикальной стыковки и плоской поляризации базальных телец в клетках мерцательного эпителия». Природная генетика . 40 (7): 871–879. дои : 10.1038/ng.104. ПМЦ 2771675 . ПМИД  18552847. 
  69. ^ Митчелл Б., Джейкобс Р., Ли Дж., Чиен С., Кинтнер С. (май 2007 г.). «Механизм положительной обратной связи управляет полярностью и движением подвижных ресничек». Природа . 447 (7140): 97–101. Бибкод : 2007Natur.447...97M. дои : 10.1038/nature05771. PMID  17450123. S2CID  4415593.
  70. ^ Келин Р.Э., Бенцигер-Тоблер Н.Е., Детмар М., Брендли А.В. (июль 2009 г.). «Скрининг химической библиотеки in vivo у головастиков Xenopus выявил новые пути, участвующие в ангиогенезе и лимфангиогенезе». Кровь . 114 (5): 1110–1122. doi : 10.1182/blood-2009-03-211771. ПМЦ 2721788 . ПМИД  19478043. 
  71. ^ Ню А., Кох М., Вандевельде В., Шнайдер М., Фишер С., Диес-Хуан А. и др. (сентябрь 2008 г.). «Роль VEGF-D и VEGFR-3 в лимфангиогенезе развития, хемикогенетическое исследование на головастиках Xenopus». Кровь . 112 (5): 1740–1749. дои : 10.1182/кровь-2007-08-106302 . PMID  18474726. S2CID  14663578.
  72. ^ Ча Х.Дж., Байром М., Мид П.Е., Эллингтон А.Д., Уоллингфорд Дж.Б., Маркотт Э.М. (1 января 2012 г.). «Эволюционно перепрофилированные сети показали, что хорошо известный противогрибковый препарат тиабендазол является новым агентом, разрушающим сосуды». ПЛОС Биология . 10 (8): e1001379. дои : 10.1371/journal.pbio.1001379 . ПМК 3423972 . ПМИД  22927795. 
  73. ^ Циммер С (21 августа 2012 г.). «Генные тесты в дрожжевой помощи при раке». Нью-Йорк Таймс .
  74. ^ Фини Дж.Б., Ле Мевель С., Турк Н., Палмье К., Залко Д., Краведи Дж.П., Деменейкс Б.А. (август 2007 г.). «Многолуночный флуоресцентный экран in vivo для мониторинга нарушения гормонов щитовидной железы у позвоночных». Экологические науки и технологии . 41 (16): 5908–5914. Бибкод : 2007EnST...41.5908F. дои : 10.1021/es0704129. ПМИД  17874805.
  75. ^ Дюпре А., Бойе-Шатне Л., Саттлер Р.М., Моди А.П., Ли Дж.Х., Николетт М.Л., Копелович Л., Джасин М., Баер Р., Полл Т.Т., Готье Дж. (февраль 2008 г.). «Прямой химико-генетический скрининг выявил ингибитор комплекса Mre11-Rad50-Nbs1». Химическая биология природы . 4 (2): 119–25. дои : 10.1038/nchembio.63. ПМК 3065498 . ПМИД  18176557. 
  76. ^ Ландэ I, Собек А, Стоун С, Лашапель А, Хоатлин М.Э. (февраль 2009 г.). «Новый бесклеточный скрининг идентифицирует мощный ингибитор пути анемии Фанкони». Международный журнал рака . 124 (4): 783–92. дои : 10.1002/ijc.24039 . PMID  19048618. S2CID  33589304.
  77. ^ ab Dagle JM, Weeks DL (декабрь 2001 г.). «Стратегии снижения экспрессии генов на основе олигонуклеотидов». Дифференциация; Исследования биологического разнообразия . 69 (2–3): 75–82. дои : 10.1046/j.1432-0436.2001.690201.x. ПМИД  11798068.
  78. ^ аб Блюм М., Де Робертис Э.М., Уоллингфорд Дж.Б., Ньерс С. (октябрь 2015 г.). «Морфолино: антисмысл и чувствительность». Развивающая клетка . 35 (2): 145–149. дои : 10.1016/j.devcel.2015.09.017 . ПМИД  26506304.
  79. ^ Рана А.А., Колларт С., Гилкрист М.Дж., Смит Дж.К. (ноябрь 2006 г.). «Определение групп синфенотипов у Xenopus тропического с использованием антисмысловых морфолиноолигонуклеотидов». ПЛОС Генетика . 2 (11): е193. doi : 10.1371/journal.pgen.0020193 . ПМЦ 1636699 . ПМИД  17112317. 
    «Ансенопус тропический экран морфолино». Институт Гердона. 4 марта 2014 г. Архивировано из оригинала 12 июня 2018 г. . Проверено 17 января 2007 г.
  80. ^ Ксенбаза

Внешние ссылки