stringtranslate.com

Дендрограмма

Дендрограмма иерархической кластеризации (UPGMA) с высотой узлов (адаптировано из данных последовательности бактериальной 5S рРНК [1] ).
Выходные данные дендрограммы для иерархической кластеризации морских провинций с использованием наличия/отсутствия видов губок. [2]
Дендрограмма Древа Жизни . Это филогенетическое дерево адаптировано из анализа рРНК Вёзе и др. [3] Вертикальная линия внизу представляет последнего универсального общего предка (LUCA).
Тепловая карта данных РНК-Seq, показывающая две дендрограммы на левом и верхнем полях.

Дендрограмма — это диаграмма , представляющая дерево . Это схематическое представление часто используется в различных контекстах:

Название «дендрограмма» происходит от двух древнегреческих слов δένδρον ( déndron ), что означает «дерево», и γράμμα ( grámma ), что означает «рисунок, математическая фигура». [7] [8]

Пример кластеризации

Для примера кластеризации предположим, что пять таксонов ( по ) были кластеризованы с помощью UPGMA на основе матрицы генетических расстояний . Иерархическая кластерная дендрограмма будет показывать столбец из пяти узлов, представляющих исходные данные (здесь отдельные таксоны), а остальные узлы представляют кластеры, к которым принадлежат данные, со стрелками, представляющими расстояние (несходство). Расстояние между объединенными кластерами монотонно, увеличиваясь с уровнем слияния: высота каждого узла на графике пропорциональна значению межгруппового различия между его двумя дочерними узлами (узлы справа представляют отдельные наблюдения, все нанесенные на график на нулевой высоте).

Смотрите также

Ссылки

Цитаты

  1. ^ Swofford DL, Olsen GJ, Waddell PJ, Hillis DM (1996). «Филогенетический вывод». В Hillis DM, Moritz C, Mable BK (ред.). Молекулярная систематика, 2-е издание . Sunderland, MA: Sinauer. стр. 407–514. ISBN 9780878932825.
  2. ^ Ван Соест Р., Бури-Эсно Н., Васелет Дж., Дорманн М., Эрпенбек Д., Де Вогд Н., Сантодоминго Н., Ванхорн Б., Келли М., Хупер Дж. (2012). «Глобальное разнообразие губок (Porifera)». ПЛОС ОДИН . 7 (4): е35105. Бибкод : 2012PLoSO...735105V. дои : 10.1371/journal.pone.0035105 . ПМЦ 3338747 . ПМИД  22558119. 
  3. ^ Woese, Carl R. ; Kandler, O ; Wheelis, M (1990). «К естественной системе организмов: предложение для доменов Archaea, Bacteria и Eucarya» (PDF) . Proc Natl Acad Sci USA . 87 (12): 4576–4579. Bibcode :1990PNAS...87.4576W. doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC 54159 . PMID  2112744. 
  4. ^ Эверитт, Брайан (1998). Словарь статистики . Кембридж, Великобритания: Cambridge University Press. стр. 96. ISBN 0-521-59346-8.
  5. ^ Уилкинсон, Леланд; Френдли, Майкл (май 2009 г.). «История тепловой карты кластеров». The American Statistician . 63 (2): 179–184. CiteSeerX 10.1.1.165.7924 . doi :10.1198/tas.2009.0033. S2CID  122792460. 
  6. ^ "Филогенетическое дерево (биология)". Encyclopedia Britannica . Получено 22.10.2018 .
  7. ^ Байи, Анатоль (1 января 1981). Краткое изложение греческого французского словаря . Париж: Хашетт. ISBN 2010035283. OCLC  461974285.
  8. ^ Байи, Анатоль. "Греко-французский словарь онлайн". www.tabularium.be . Получено 20 октября 2018 г. .

Источники

Внешние ссылки