stringtranslate.com

Эвриархеоты

Эвриархеоты (от древнегреческого εὐρύς eurús, «широкий, широкий») — царство архей . [3] Эвриархеоты весьма разнообразны и включают метаногенов , которые производят метан и часто встречаются в кишечнике; галобактерии , которые выживают при экстремальных концентрациях соли ; и некоторые чрезвычайно термофильные аэробы и анаэробы, которые обычно живут при температурах от 41 до 122 °C. Они отделены от других архей в основном на основе последовательностей рРНК и их уникальной ДНК-полимеразы. [4]

Описание

Эвриархеоты разнообразны по внешнему виду и метаболическим свойствам. Тип содержит организмы различных форм, включая как палочки, так и кокки . Эвриархеоты могут казаться грамположительными или грамотрицательными в зависимости от того, присутствует ли псевдомуреин в клеточной стенке. [5] Эвриархеоты также демонстрируют разнообразный образ жизни, включая метаногенов, галофилов, сульфатредукторов и экстремальных термофилов в каждом. [5] Другие живут в океане, взвешенные с планктоном и бактериями. Хотя эти морские эвриархеоты трудно культивировать и изучать в лаборатории, геномное секвенирование предполагает, что они являются подвижными гетеротрофами . [6]

Хотя ранее считалось, что эвриархеоты живут только в экстремальных условиях (с точки зрения температуры, содержания соли и/или pH), статья Корженкова и др., опубликованная в январе 2019 года, показала, что эвриархеоты также живут в умеренных условиях, таких как низкотемпературные кислые среды. В некоторых случаях эвриархеоты превосходили по численности присутствующие бактерии. [7] Эвриархеоты также были обнаружены в других умеренных условиях, таких как водные источники, болота, почва и ризосферы . [8] Некоторые эвриархеоты обладают высокой степенью адаптации; отряд, называемый Halobacteriales, обычно встречается в чрезвычайно соленых и богатых серой средах, но также может расти при концентрации соли, составляющей всего 2,5% в морской воде. [8] В ризосферах присутствие эвриархеоты, по-видимому, зависит от присутствия микоризных грибов ; более высокая популяция грибов коррелировала с более высокой частотой и разнообразием эвриархеот, в то время как отсутствие микоризных грибов коррелировало с отсутствием эвриархеот. [8]

Номенклатурный спор

В 2022 году предложенное царство Methanobacteriati было представлено в качестве допустимого названия для Euryarchaeota, которое было объявлено таксономически недействительным в соответствии с Международным кодексом номенклатуры прокариот [9] , который отдает приоритет первому описанию культивируемого вида/рода эвриархей (используя систематический суффикс -ati для царства). Это предложение предпочитают LPSN [10], перечисляя Euryarchaeota как недействительно опубликованный тип. [11]

Название Euryarchaeota в настоящее время также считается не имеющим статуса или обоснованности в соответствии с конкурентным SeqCode , который принимает описания некультивируемых таксонов, идентифицированных по данным о последовательностях. [12]

Euryarchaeota была указана в таксономическом браузере Национального центра биотехнологической информации (NCBI) [13] как текущее название типа (Euryarchaeota Garrity and Holt 2002 ) до сентября 2024 года, при этом Methanobacteriota рассматривалась как гетеротипический синоним. [14] С октября 2024 года перечислены названия Methanobacteriati для царства и Halobacteriota , Methanobacteriota и Thermoplasmatota для включенных типов. [15]

Таксон Euryarchaeota также указан в «Руководстве по систематике архей и бактерий» Берджи. [16]

Euryarchaeota/ Methanobacteriati не указана в качестве таксона в базе данных таксономии генома (GTDB), не применяя уровень царства, даже если ее можно было бы идентифицировать как кладу (Euryarchaeota ss).

Филогения

Другие филогенетические анализы предполагают, что археи клада DPANN также могут принадлежать к Euryarchaeota и что они могут даже быть полифилетической группой, занимающей различные филогенетические позиции внутри Euryarchaeota. Также ведутся споры о том, следует ли классифицировать тип Altiarchaeota в DPANN или Euryarchaeota. [20] Кладограмма, обобщающая это предложение, представлена ​​ниже. [21] [22] Группы, отмеченные в кавычках, являются линиями, отнесенными к DPANN, но филогенетически отделенными от остальных.

Третья филогения, 53 маркерных белка на основе GTDB 08-RS214. [23] [24] [25]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Woese CR, Kandler O, Wheelis ML (июнь 1990 г.). «К естественной системе организмов: предложение для доменов Archaea, Bacteria и Eucarya». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 87 (12): 4576–9. Bibcode : 1990PNAS ...87.4576W. doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC  54159. PMID  2112744.
  2. ^ Кастель CJ, Банфилд JF (2018). «Основные новые микробные группы расширяют разнообразие и изменяют наше понимание древа жизни». Cell . 172 (6): 1181–1197. doi : 10.1016/j.cell.2018.02.016 . PMID  29522741.
  3. ^ Hogan CM (2010). E. Monosson, C. Cleveland (ред.). "Archaea". Энциклопедия Земли . Национальный совет по науке и окружающей среде . Получено 18 августа 2017 г.
  4. ^ Lincoln SA, Wai B, Eppley JM, Church MJ, Summons RE, DeLong EF (июль 2014 г.). «Планктонные эвриархеоты являются значительным источником архейных тетраэфирных липидов в океане». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (27): 9858–63. Bibcode : 2014PNAS..111.9858L. doi : 10.1073/pnas.1409439111 . PMC 4103328. PMID  24946804 . 
  5. ^ ab Garrity GM, Holt JG (2015). "Euryarchaeota phy. nov.". В Whitman WB (ред.). Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria . John Wiley & Sons . doi :10.1002/9781118960608. ISBN 9781118960608.
  6. ^ Iverson V, Morris RM, Frazar CD, Berthiaume CT, Morales RL, Armbrust EV (февраль 2012 г.). «Распутывание геномов из метагеномов: выявление некультивируемого класса морских эвриархеот». Science . 335 (6068): 587–90. Bibcode :2012Sci...335..587I. doi :10.1126/science.1212665. PMID  22301318. S2CID  31381073.
  7. ^ Корженков АА, Тощаков СВ, Барджела Р, Гиббард Х, Феррер М, Теплюк АВ, Джонс ДЛ, Кубланов ИВ, Голышин ПН, Голышина ОВ (январь 2019). "Археи доминируют в микробном сообществе в экосистеме с низкой и умеренной температурой и экстремальной кислотностью". Микробиом . 7 (1): 11. doi : 10.1186/s40168-019-0623-8 . PMC 6350386 . PMID  30691532. 
  8. ^ abc Bomberg M, Timonen S (октябрь 2007 г.). «Распределение крен- и эуриархеот в микоризосферах сосны обыкновенной и гумусе бореальных лесов». Microbial Ecology . 54 (3): 406–16. Bibcode :2007MicEc..54..406B. doi :10.1007/s00248-007-9232-3. PMID  17334967. S2CID  19425171.
  9. ^ Гёкер, Маркус; Орен, Аарон (2024-01-22). «Действительная публикация названий двух доменов и семи царств прокариот». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 74 (1). doi :10.1099/ijsem.0.006242. ISSN  1466-5026.
  10. ^ LPSN: Kingdom Methanobacteriati. Получено 25 сентября 2024 г.
  11. ^ LPSN: Phylum "Euryarchaeota". Получено 25 сентября 2024 г.
  12. ^ SeqCode Registry: «Euryarchaeota». Получено 25 сентября 2024 г.
  13. ^ Sayers; et al. "Euryarchaeota (дерево)". Таксономический браузер . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 25.09.2024 .Архивировано 25.09.2024 в Wayback Machine
  14. ^ Sayers; et al. "Euryarchaeota". Таксономический браузер . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 25.09.2024 .Архивировано 25.09.2024 в Wayback Machine
  15. ^ Sayers; et al. "Methanobacteriati". Таксономический браузер . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 2024-10-10 .
  16. ^ Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria: AZ Listing. Последнее обновление: 27 марта 2017 г. Wiley Online Library, John Wiley & Sons, Inc. Получено 25 сентября 2024 г.
  17. ^ "The LTP" . Получено 23 февраля 2021 г. .
  18. ^ "Дерево LTP_all в формате newick" . Получено 23 февраля 2021 г. .
  19. ^ "LTP_12_2021 Release Notes" (PDF) . Получено 23 февраля 2021 г. .
  20. ^ ab Нина Домбровски, Джун-Хо Ли, Том А. Уильямс, Пьер Оффре, Аня Спанг (2019). Геномное разнообразие, образ жизни и эволюционное происхождение архей DPANN. Природа.
  21. ^ ab Jordan T. Bird, Brett J. Baker, Alexander J. Probst, Mircea Podar, Karen G. Lloyd (2017). Культурно-независимые геномные сравнения выявляют экологические адаптации для Altiarchaeales. Frontiers.
  22. ^ ab Кавальер-Смит, Томас; Чао, Эма Э-Юнг (2020). «Многодоменные рибосомальные белковые деревья и планктобактериальное происхождение неомуры (эукариоты, архебактерии)». Protoplasma . 257 (3): 621–753. doi :10.1007/s00709-019-01442-7. PMC 7203096 . PMID  31900730. 
  23. ^ "GTDB release 08-RS214". База данных таксономии генома . Получено 6 декабря 2021 г.
  24. ^ "ar53_r214.sp_label". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
  25. ^ "История таксона". База данных таксономии генома . Получено 6 декабря 2021 г.
  26. ^ Аня Спанг, Ева Ф. Касерес, Тейс Дж. Г. Эттема: Геномное исследование разнообразия, экологии и эволюции архейной области жизни. В: Science Volume 357 Issue 6351, eaaf3883, 11 августа 2017 г., doi:10.1126/science.aaf3883
  27. ^ Иногда неправильно пишут Theinoarchaea: Catherine Badel, Gaël Erauso, Annika L. Gomez, Ryan Catchpole, Mathieu Gonnet, Jacques Oberto, Patrick Forterre, Violette Da Cunha: Глобальное распространение и эволюционная история семейства плазмид архей pT26‐2. В: Environmental Microbiology. sfam 10 сентября 2019 г. doi:10.1111/1462-2920.14800
  28. ^ NCBI: Candidatus Poseidoniia (класс)

Дальнейшее чтение

Внешние ссылки

На Викискладе есть медиафайлы по теме Euryarchaeota .