Очистка РНК из биологических образцов
Экстракция РНК — это очистка РНК из биологических образцов. Эта процедура осложняется повсеместным присутствием в клетках и тканях ферментов рибонуклеаз , которые могут быстро разрушать РНК. [1] В молекулярной биологии для выделения РНК из образцов используется несколько методов , наиболее распространенным из которых является экстракция тиоцианатом гуанидиния, фенолом и хлороформом . [2] [3] Метод лизиса и элюирования на основе фильтровальной бумаги отличается высокой производительностью. [4]
Экстракция РНК в жидком азоте, обычно с использованием ступки и пестика (или специальных стальных устройств, известных как тканевые измельчители), также полезна для предотвращения активности рибонуклеазы.
Загрязнение РНКазой
Извлечение РНК в экспериментах по молекулярной биологии значительно осложняется присутствием вездесущих и устойчивых РНКаз, которые разрушают образцы РНК. Некоторые РНКазы могут быть чрезвычайно выносливыми, и их инактивация трудна по сравнению с нейтрализацией ДНКаз . Помимо высвобождаемых клеточных РНКаз, в окружающей среде присутствует несколько РНКаз. В ходе эволюции РНКазы приобрели множество внеклеточных функций в различных организмах. [5] [6] [7] Например, РНКаза 7, член суперсемейства РНКаз А , секретируется кожей человека и служит мощной антипатогенной защитой. [8] [9] Для этих секретируемых РНКаз ферментативная активность может даже не быть необходимой для выполнения функции РНКазы . Например, иммунные РНКазы действуют путем дестабилизации клеточных мембран бактерий. [10] [11]
Чтобы противостоять этому, оборудование, используемое для выделения РНК, обычно тщательно очищают, хранят отдельно от обычного лабораторного оборудования и обрабатывают различными агрессивными химикатами, разрушающими РНКазы. По той же причине экспериментаторы уделяют особое внимание тому, чтобы не касаться оборудования голой кожей.
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Пирсон С.Н., Батлер Дж.Н. (2007). «Экстракция РНК из тканей млекопитающих» . Циркадные ритмы . Методы молекулярной биологии . Том. 362. стр. 315–27. дои : 10.1007/978-1-59745-257-1_22. ISBN 978-1-58829-417-3. ПМИД 17417019.
- ^ Хомчинский П., Сакки Н. (2006). «Одностадийный метод выделения РНК путем кислой экстракции тиоцианатом гуанидиния, фенола и хлороформа: двадцать с чем-то лет спустя». Нат Проток . 1 (2): 581–5. дои : 10.1038/nprot.2006.83. PMID 17406285. S2CID 28653075.
- ^ Берд IM (2005). «Экстракция РНК из клеток и тканей». Методы Мол. Мед . 108 : 139–48. дои : 10.1385/1-59259-850-1:139. ISBN 1-59259-850-1. ПМИД 16028681.
- ^ Бумажная карточка с высокопроизводительным фильтром для экстракции РНК FortiusBio
- ^ Россье, О.; Дао, Дж.; Чианчиотто, НП (2009). «Секретируемая РНКаза типа II Legionella pneumophila способствует оптимальному внутриклеточному заражению Hartmannella vermiformis». Микробиология . 155 (3): 882–890. дои : 10.1099/mic.0.023218-0. ПМЦ 2662391 . ПМИД 19246759.
- ^ Лухтала, Н.; Паркер, Р. (2010). «Рибонуклеазы семейства T2: древние ферменты с разнообразными ролями». Тенденции биохимических наук . 35 (5): 253–259. doi :10.1016/j.tibs.2010.02.002. ПМЦ 2888479 . ПМИД 20189811.
- ^ Дайер, К.Д.; Розенберг, Х.Ф. (2006). «РНКаза - суперсемейство: создание разнообразия и врожденная защита хозяина». Молекулярное разнообразие . 10 (4): 585–597. дои : 10.1007/s11030-006-9028-2. PMID 16969722. S2CID 20922592.
- ^ Хардер, Дж. (2002). «РНКаза 7, новый антимикробный белок врожденной иммунной защиты здоровой кожи человека». Журнал биологической химии . 277 (48): 46779–46784. дои : 10.1074/jbc.M207587200 . ПМИД 12244054.
- ^ Кётен, Б.; Симански, М.; Глейзер, Р.; Подщун Р.; Шредер, Дж. М.; Хардер, младший (2009). «РНКаза 7 способствует защите кожи от Enterococcus faecium». ПЛОС ОДИН . 4 (7): е6424. Бибкод : 2009PLoSO...4.6424K. дои : 10.1371/journal.pone.0006424 . ПМЦ 2712763 . ПМИД 19641608.
- ^ Хуан, Ю.-К.; Лин, Ю.-М.; Чанг, Т.-В.; Ву, С.-Ж.; Ли, Ю.-С.; Чанг, доктор медицины -Т.; Чен, К.; У, С.-Х.; Ляо, Ю.-Д. (2006). «Гибкие и кластеризованные остатки лизина рибонуклеазы 7 человека имеют решающее значение для проницаемости мембран и антимикробной активности». Журнал биологической химии . 282 (7): 4626–4633. дои : 10.1074/jbc.M607321200 . ПМИД 17150966.
- ^ Розенберг, HF (2008). «РНКаза-а-рибонуклеазы и защита хозяина: развивающаяся история». Журнал биологии лейкоцитов . 83 (5): 1079–87. дои : 10.1189/jlb.1107725. ПМЦ 2692241 . ПМИД 18211964.
Внешние ссылки
Двухфазная промывка для решения повсеместной проблемы переноса примесей в коммерческих наборах для экстракции нуклеиновых кислот; Эрик Джу, Даан Уиттерс и Рустем Ф. Исмагилов; Природа, Научные отчеты, 2020.