stringtranslate.com

Грациликуты

Gracilicutes ( лат . gracilis , тонкий, и Cutis , кожа, относится к клеточной стенке) — клада бактериальной филогении. [2]

Традиционно результаты окрашивания по Граму чаще всего использовались в качестве инструмента классификации, поэтому до появления молекулярной филогении Королевство Монера (так тогда были известны домены Бактерии и Археи ) было разделено на четыре типа : [1] [3]

От этой системы классификации отказались в пользу трехдоменной системы , основанной на молекулярной филогении , начатой ​​К. Везе. [5] [6]

Используя нарисованные от руки схемы, а не стандартный молекулярно-филогенетический анализ, Gracilicutes был возрожден в 2006 году Кавальер-Смитом как инфракид, содержащий типы Spirochaetota , Sphingobacteria (FCB), Planctobacteria (PVC) и Proteobacteria . [7] Это грамотрицательная клада, ответвившаяся от других бактерий незадолго до эволюционной потери внешней мембраны или капсулы и сразу после эволюции жгутиков . [7] В частности, этот автор предположил нетрадиционное древо жизни, поместив Chloroflexota рядом с источником жизни, а Archaea - как близкого родственника Actinomycetota . Этот таксон не является общепринятым и придерживается трехдоменной системы. [8]

Таксон под названием Hydrobacteria был определен в 2009 году на основе молекулярно-филогенетического анализа основных генов. Это контрастирует с другой основной группой эубактерий , называемой Terrabacteria . [9] Некоторые исследователи использовали название Gracilicutes вместо Hydrobacteria , но это не согласуется с отмеченным выше оригинальным описанием Gracilicutes Гиббонса и Мюррея, которое включало цианобактерии и не соответствовало трехдоменной системе . Также, как отмечалось выше, использование Gracilicutes Кавальером-Смитом может быть отклонено, поскольку оно представляло собой серьезное изменение более раннего таксономического названия, не было основано на статистическом анализе и не соответствовало трехдоменной системе . Самые последние геномные анализы подтвердили разделение бактерий на два основных супертипа, соответствующие Terrabacteria и Hydrobacteria . [10] [11]

Отношения

Филогенетическое древо согласно филогенетическому анализу Баттистуцци и Хеджеса (2009) выглядит следующим образом и с калибровкой молекулярных часов . [9]

Недавние филогенетические анализы показали, что протеобактерии представляют собой парафилетический тип, который может включать несколько недавно открытых типов-кандидатов и другие типы, такие как Acidobacteriota , Chrysiogenota , Deferribacterota и, возможно, Aquificota . Это предполагает, что Gracilicutes или Hydrobacteria как клада могут включать в себя несколько кандидатов, более тесно связанных с Proteobacteria, Spirochaetes, группой PVC и группой FCB, чем с бактериями из клады Terrabacteria . Некоторые из этих типов были отнесены к протеобактериям. Например, Кавальер-Смит в своем предложении о 6 царствах включил в состав протеобактерий Acidobacteriota , Aquiificota , Chrysiogenota и Deferribacterota . [7]

Филогенетический анализ выявил примерно следующую филогению между основными и некоторыми более близкородственными типами. [12] [13] [14] [15]

Согласно филогенетическому анализу Хуга (2016), взаимоотношения могли быть следующими. [16]

Согласно филогенетическому анализу Чжу (2019), связи могут быть следующими: [15]

На следующем графике показана версия древа жизни Кавальер-Смита , показывающая статус Грациликутов. Однако это дерево не подтверждается каким-либо молекулярным анализом, поэтому его не следует считать филогенетическим.


Рекомендации

  1. ^ аб Гиббонс Н.Э., Мюррей Р.Г. (январь 1978 г.). «Предложения по высшим таксонам бактерий». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 28 (1): 1–6. дои : 10.1099/00207713-28-1-1 .
  2. ^ Буссау Б., Геген Л., Гуи М. (октябрь 2008 г.). «Учет горизонтального переноса генов объясняет противоречивые гипотезы относительно положения aquiificales в филогении бактерий». Эволюционная биология BMC . 8 : 272. дои : 10.1186/1471-2148-8-272 . ПМК 2584045 . PMID  18834516. Учет горизонтального переноса генов объясняет противоречивые гипотезы относительно положения Aquiificales в филогении бактерий. 
  3. ^ Криг Н.Р., Холт Дж.К., ред. (1984). Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 1 (1-е изд.). Балтимор: Уильямс и Уилкинс.
  4. ^ Мюррей Р.Г. (1984). «Высшие таксоны, или место всему...?». В Krieg NR, Холт Дж.К. (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 1 (1-е изд.). Балтимор: Уильямс и Уилкинс. стр. 31–34.
  5. ^ Woese CR (июнь 1987 г.). «Бактериальная эволюция». Микробиологические обзоры . 51 (2): 221–271. doi :10.1128/MMBR.51.2.221-271.1987. ПМК 373105 . ПМИД  2439888. 
  6. ^ Бреннер DJ, Криг Н.А., Стейли Дж.Т. (26 июля 2005 г.) [1984 (Williams & Wilkins)]. «Вводные очерки». В Гаррити GM (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии. Том. 2А (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. п. 304. ИСБН 978-0-387-24143-2. Британская библиотека №. GBA561951.
  7. ^ abc Cavalier-Smith T (июль 2006 г.). «Укоренение древа жизни путем анализа переходов». Биология Директ . 1:19 . дои : 10.1186/1745-6150-1-19 . ПМК 1586193 . ПМИД  16834776. 
  8. ^ Криг Н.Р., Людвиг В., Уитмен В.Б., Хедлунд Б.П., Пастер Б.Дж., Стейли Дж.Т. и др. (24 ноября 2010 г.) [1984 (Уильямс и Уилкинс)]. «Bacteroidetes, Spirochaetes, Tenericutes (Mollicutes), Acidobacteria, Fibrobacteres, Fusobacteria, Dictyoglomi, Gemmatimonadetes, Lentisphaerae, Verrucomicrobia, Chlamydiae и Planctomycetes». В Гаррити GM (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии. Том. 4 (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. п. 908. ИСБН 978-0-387-95042-6. Британская библиотека №. GBA561951.
  9. ^ ab Battistuzzi FU, Hedges SB (февраль 2009 г.). «Основная клада прокариот с древними приспособлениями к жизни на суше». Молекулярная биология и эволюция . 26 (2): 335–343. дои : 10.1093/molbev/msn247 . ПМИД  18988685.
  10. ^ Коулман Г.А., Давин А.А., Махендрараджа Т.А., Санто Л.Л., Спанг А., Хугенхольц П. и др. (май 2021 г.). «Укорененная филогения решает раннюю бактериальную эволюцию». Наука . 372 (6542): eabe0511. doi : 10.1126/science.abe0511. hdl : 1983/51e9e402-36b7-47a6-91de-32b8cf7320d2 . PMID  33958449. S2CID  233872903.
  11. ^ Леонард Р.Р., Соваж Э., Лупо В., Перрин А., Сирджакобс Д., Шарлье П. и др. (февраль 2022 г.). «Был ли последний общий предок бактерий монодермом?». Гены . 13 (2): 376. doi : 10.3390/genes13020376 . ПМК 8871954 . ПМИД  35205421. 
  12. ^ Анантараман К., Браун К.Т., Хуг Л.А., Шэрон И., Кастель С.Дж., Пробст А.Дж. и др. (октябрь 2016 г.). «Тысячи микробных геномов проливают свет на взаимосвязанные биогеохимические процессы в системе водоносных горизонтов». Природные коммуникации . 7 : 13219. Бибкод : 2016NatCo...713219A. doi : 10.1038/ncomms13219. ПМК 5079060 . ПМИД  27774985. 
  13. ^ Коулман Г.А., Давин А.А., Махендрараджа Т.А., Санто Л.Л., Спанг А., Хугенхольц П., Сёллёси Г.Дж., Уильямс Т.А. (май 2021 г.). «Укорененная филогения решает раннюю бактериальную эволюцию». Наука . Нью-Йорк, штат Нью-Йорк 372 (6542). doi : 10.1126/science.abe0511. hdl : 1983/51e9e402-36b7-47a6-91de-32b8cf7320d2 . PMID  33958449. S2CID  233872903.
  14. ^ Ринке С., Швентек П., Щирба А., Иванова Н.Н., Андерсон И.Дж., Ченг Дж.Ф. и др. (Июль 2013). «Понимание филогении и кодирующего потенциала микробной темной материи». Природа . 499 (7459): 431–437. Бибкод :2013Natur.499..431R. дои : 10.1038/nature12352 . hdl : 10453/27467 . PMID  23851394. S2CID  4394530.
  15. ^ аб Чжу К., Май У., Пфайффер В., Янссен С., Асникар Ф., Сандерс Дж.Г. и др. (декабрь 2019 г.). «Филогеномика 10 575 геномов обнаруживает эволюционную близость между доменами бактерий и архей». Природные коммуникации . 10 (1): 5477. Бибкод : 2019NatCo..10.5477Z. дои : 10.1038/s41467-019-13443-4. ПМК 6889312 . ПМИД  31792218. 
  16. ^ Хуг Л.А., Бейкер Б.Дж., Анантараман К., Браун КТ, Пробст А.Дж., Кастель С.Дж. и др. (апрель 2016 г.). «Новый взгляд на древо жизни». Природная микробиология . 1 (5): 16048. doi : 10.1038/nmicrobiol.2016.48 . PMID  27572647. S2CID  3833474.