Mendosicutes (неравномерное окрашивание по Граму, «метаногенные бактерии», теперь известные как метаногены и классифицируемые как археи )
От этой системы классификации отказались в пользу трехдоменной системы , основанной на молекулярной филогении , начатой К. Везе. [5] [6]
Используя нарисованные от руки схемы, а не стандартный молекулярно-филогенетический анализ, Gracilicutes был возрожден в 2006 году Кавальер-Смитом как инфракид, содержащий типы Spirochaetota , Sphingobacteria (FCB), Planctobacteria (PVC) и Proteobacteria . [7] Это грамотрицательная клада, ответвившаяся от других бактерий незадолго до эволюционной потери внешней мембраны или капсулы и сразу после эволюции жгутиков . [7] В частности, этот автор предположил нетрадиционное древо жизни, поместив Chloroflexota рядом с источником жизни, а Archaea - как близкого родственника Actinomycetota . Этот таксон не является общепринятым и придерживается трехдоменной системы. [8]
Таксон под названием Hydrobacteria был определен в 2009 году на основе молекулярно-филогенетического анализа основных генов. Это контрастирует с другой основной группой эубактерий , называемой Terrabacteria . [9] Некоторые исследователи использовали название Gracilicutes вместо Hydrobacteria , но это не согласуется с отмеченным выше оригинальным описанием Gracilicutes Гиббонса и Мюррея, которое включало цианобактерии и не соответствовало трехдоменной системе . Также, как отмечалось выше, использование Gracilicutes Кавальером-Смитом может быть отклонено, поскольку оно представляло собой серьезное изменение более раннего таксономического названия, не было основано на статистическом анализе и не соответствовало трехдоменной системе . Самые последние геномные анализы подтвердили разделение бактерий на два основных супертипа, соответствующие Terrabacteria и Hydrobacteria . [10] [11]
Отношения
Филогенетическое древо согласно филогенетическому анализу Баттистуцци и Хеджеса (2009) выглядит следующим образом и с калибровкой молекулярных часов . [9]
Недавние филогенетические анализы показали, что протеобактерии представляют собой парафилетический тип, который может включать несколько недавно открытых типов-кандидатов и другие типы, такие как Acidobacteriota , Chrysiogenota , Deferribacterota и, возможно, Aquificota . Это предполагает, что Gracilicutes или Hydrobacteria как клада могут включать в себя несколько кандидатов, более тесно связанных с Proteobacteria, Spirochaetes, группой PVC и группой FCB, чем с бактериями из клады Terrabacteria . Некоторые из этих типов были отнесены к протеобактериям. Например, Кавальер-Смит в своем предложении о 6 царствах включил в состав протеобактерий Acidobacteriota , Aquiificota , Chrysiogenota и Deferribacterota . [7]
Филогенетический анализ выявил примерно следующую филогению между основными и некоторыми более близкородственными типами. [12] [13] [14] [15]
Согласно филогенетическому анализу Хуга (2016), взаимоотношения могли быть следующими. [16]
Согласно филогенетическому анализу Чжу (2019), связи могут быть следующими: [15]
На следующем графике показана версия древа жизни Кавальер-Смита , показывающая статус Грациликутов. Однако это дерево не подтверждается каким-либо молекулярным анализом, поэтому его не следует считать филогенетическим.
Рекомендации
^ аб Гиббонс Н.Э., Мюррей Р.Г. (январь 1978 г.). «Предложения по высшим таксонам бактерий». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 28 (1): 1–6. дои : 10.1099/00207713-28-1-1 .
^ Буссау Б., Геген Л., Гуи М. (октябрь 2008 г.). «Учет горизонтального переноса генов объясняет противоречивые гипотезы относительно положения aquiificales в филогении бактерий». Эволюционная биология BMC . 8 : 272. дои : 10.1186/1471-2148-8-272 . ПМК 2584045 . PMID 18834516. Учет горизонтального переноса генов объясняет противоречивые гипотезы относительно положения Aquiificales в филогении бактерий.
^ Криг Н.Р., Холт Дж.К., ред. (1984). Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 1 (1-е изд.). Балтимор: Уильямс и Уилкинс.
^ Мюррей Р.Г. (1984). «Высшие таксоны, или место всему...?». В Krieg NR, Холт Дж.К. (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 1 (1-е изд.). Балтимор: Уильямс и Уилкинс. стр. 31–34.
^ Бреннер DJ, Криг Н.А., Стейли Дж.Т. (26 июля 2005 г.) [1984 (Williams & Wilkins)]. «Вводные очерки». В Гаррити GM (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии. Том. 2А (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. п. 304. ИСБН978-0-387-24143-2. Британская библиотека №. GBA561951.
^ abc Cavalier-Smith T (июль 2006 г.). «Укоренение древа жизни путем анализа переходов». Биология Директ . 1:19 . дои : 10.1186/1745-6150-1-19 . ПМК 1586193 . ПМИД 16834776.
^ Криг Н.Р., Людвиг В., Уитмен В.Б., Хедлунд Б.П., Пастер Б.Дж., Стейли Дж.Т. и др. (24 ноября 2010 г.) [1984 (Уильямс и Уилкинс)]. «Bacteroidetes, Spirochaetes, Tenericutes (Mollicutes), Acidobacteria, Fibrobacteres, Fusobacteria, Dictyoglomi, Gemmatimonadetes, Lentisphaerae, Verrucomicrobia, Chlamydiae и Planctomycetes». В Гаррити GM (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии. Том. 4 (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. п. 908. ИСБН978-0-387-95042-6. Британская библиотека №. GBA561951.
^ ab Battistuzzi FU, Hedges SB (февраль 2009 г.). «Основная клада прокариот с древними приспособлениями к жизни на суше». Молекулярная биология и эволюция . 26 (2): 335–343. дои : 10.1093/molbev/msn247 . ПМИД 18988685.
^ Коулман Г.А., Давин А.А., Махендрараджа Т.А., Санто Л.Л., Спанг А., Хугенхольц П. и др. (май 2021 г.). «Укорененная филогения решает раннюю бактериальную эволюцию». Наука . 372 (6542): eabe0511. doi : 10.1126/science.abe0511. hdl : 1983/51e9e402-36b7-47a6-91de-32b8cf7320d2 . PMID 33958449. S2CID 233872903.
^ Леонард Р.Р., Соваж Э., Лупо В., Перрин А., Сирджакобс Д., Шарлье П. и др. (февраль 2022 г.). «Был ли последний общий предок бактерий монодермом?». Гены . 13 (2): 376. doi : 10.3390/genes13020376 . ПМК 8871954 . ПМИД 35205421.
^ Анантараман К., Браун К.Т., Хуг Л.А., Шэрон И., Кастель С.Дж., Пробст А.Дж. и др. (октябрь 2016 г.). «Тысячи микробных геномов проливают свет на взаимосвязанные биогеохимические процессы в системе водоносных горизонтов». Природные коммуникации . 7 : 13219. Бибкод : 2016NatCo...713219A. doi : 10.1038/ncomms13219. ПМК 5079060 . ПМИД 27774985.
^ Коулман Г.А., Давин А.А., Махендрараджа Т.А., Санто Л.Л., Спанг А., Хугенхольц П., Сёллёси Г.Дж., Уильямс Т.А. (май 2021 г.). «Укорененная филогения решает раннюю бактериальную эволюцию». Наука . Нью-Йорк, штат Нью-Йорк 372 (6542). doi : 10.1126/science.abe0511. hdl : 1983/51e9e402-36b7-47a6-91de-32b8cf7320d2 . PMID 33958449. S2CID 233872903.