stringtranslate.com

Шкалы гидрофобности

Шкалы гидрофобности — это значения, которые определяют относительную гидрофобность или гидрофильность аминокислотных остатков. Чем положительнее значение, тем более гидрофобны аминокислоты, расположенные в этой области белка. Эти шкалы обычно используются для прогнозирования трансмембранных альфа-спиралей мембранных белков . При последовательном измерении аминокислот белка изменения в значении указывают на притяжение определенных областей белка к гидрофобной области внутри липидного бислоя .

Гидрофобный или гидрофильный характер соединения или аминокислоты — это его гидропатический характер, [1] гидропатичность или гидропатия.

Гидрофобность и гидрофобный эффект

Водородные связи между молекулами жидкой воды

Гидрофобный эффект представляет собой тенденцию воды исключать неполярные молекулы. Эффект возникает из-за разрыва высокодинамичных водородных связей между молекулами жидкой воды. Полярные химические группы, такие как группа ОН в метаноле, не вызывают гидрофобного эффекта. Однако чистая углеводородная молекула, например гексан , не может принимать или отдавать водородные связи воде. Введение гексана в воду вызывает разрыв сети водородных связей между молекулами воды. Водородные связи частично восстанавливаются путем построения водной «клетки» вокруг молекулы гексана, подобной той, что образуется в клатратных гидратах при более низких температурах. Подвижность молекул воды в «клетке» (или сольватной оболочке ) сильно ограничена. Это приводит к значительным потерям поступательной и вращательной энтропии молекул воды и делает процесс неблагоприятным с точки зрения свободной энергии системы. [2] [3] [4] [5] С точки зрения термодинамики гидрофобный эффект представляет собой изменение свободной энергии воды, окружающей растворенное вещество. [6] Положительное изменение свободной энергии окружающего растворителя указывает на гидрофобность, тогда как отрицательное изменение свободной энергии подразумевает гидрофильность. Таким образом, гидрофобный эффект может быть не только локализован, но и разложен на энтальпийные и энтропийные вклады.

Типы шкал гидрофобности аминокислот

Таблица, сравнивающая четыре различные шкалы гидрофобности аминокислотного остатка в белке, где наиболее гидрофобные аминокислоты находятся вверху

Разработано несколько различных шкал гидрофобности. [3] [1] [7] [8] [9] На сайте Expasy Protscale перечислено в общей сложности 22 шкалы гидрофобности. [10]

Между четырьмя шкалами, показанными в таблице, имеются четкие различия. [11] И вторая, и четвертая шкалы помещают цистеин как наиболее гидрофобный остаток, в отличие от двух других шкал. Это различие обусловлено различными методами, используемыми для измерения гидрофобности. Метод, используемый для получения шкал Джанина и Роуза и др., заключался в исследовании белков с известными трехмерными структурами и определении гидрофобного характера как тенденции к нахождению остатка внутри белка, а не на его поверхности. [12] [13] Поскольку цистеин образует дисульфидные связи, которые должны находиться внутри глобулярной структуры, цистеин оценивается как наиболее гидрофобный. Первая и третья шкалы выведены из физико-химических свойств боковых цепей аминокислот. Эти шкалы в основном являются результатом изучения структур аминокислот. [14] [1] Бисвас и др. разделили шкалы на основе метода, используемого для получения шкалы, на пять различных категорий. [3]

Методы разбиения

Наиболее распространенным методом измерения гидрофобности аминокислот является распределение между двумя несмешивающимися жидкими фазами. Для имитации внутренней части белка наиболее широко используются различные органические растворители. Однако органические растворители слабо смешиваются с водой, и характеристики обеих фаз изменяются, что затрудняет получение чистой шкалы гидрофобности. [3] Нозаки и Танфорд предложили первую основную шкалу гидрофобности для девяти аминокислот. [15] В качестве органических растворителей используются этанол и диоксан, и была рассчитана свободная энергия переноса каждой аминокислоты. Нежидкие фазы также можно использовать с методами распределения, такими как мицеллярные фазы и паровые фазы. Были разработаны две шкалы с использованием мицеллярных фаз. [16] [17] Фендлер и др. измерили распределение 14 радиоактивно меченых аминокислот с использованием мицелл додецилсульфата натрия (SDS) . Кроме того, сродство боковой цепи аминокислот к воде измерялось с использованием паровых фаз. [14] Паровые фазы представляют собой простейшие неполярные фазы, поскольку они не взаимодействуют с растворенным веществом. [18] Потенциал гидратации и его корреляция с появлением аминокислот на поверхности белков были изучены Вольфенденом. Водные и полимерные фазы использовались при разработке новой шкалы разделения. [19] Методы разделения имеют много недостатков. Во-первых, трудно имитировать внутреннюю часть белка. [20] [21] Кроме того, роль самосольватации делает использование свободных аминокислот очень сложным. Более того, водородные связи, которые теряются при переносе в органические растворители, не восстанавливаются, но часто находятся внутри белка. [22]

Методы определения доступной площади поверхности

Шкалы гидрофобности также можно получить, вычислив площади поверхности, доступные растворителю, для аминокислотных остатков в расширенной полипептидной цепи [22] или в альфа-спирали и умножив площади поверхности на эмпирические параметры сольватации для соответствующих типов атомов. [3] Дифференциальная шкала гидрофобности площади поверхности, доступной растворителю, основанная на белках как уплотненных сетях вблизи критической точки, из-за самоорганизации путем эволюции, была построена на основе асимптотического степенного (самоподобного) поведения. [23] [24] Эта шкала основана на биоинформатическом обзоре 5526 структур высокого разрешения из Protein Data Bank. Эта дифференциальная шкала имеет два сравнительных преимущества: (1) она особенно полезна для обработки изменений во взаимодействиях вода-белок, которые слишком малы, чтобы быть доступными для обычных расчетов силового поля, и (2) для гомологичных структур она может давать корреляции с изменениями свойств только из-за мутаций в аминокислотных последовательностях, без определения соответствующих структурных изменений, как in vitro, так и in vivo.

Хроматографические методы

Обращенно-фазовая жидкостная хроматография (RPLC) является наиболее важным хроматографическим методом для измерения гидрофобности растворенного вещества. [3] [25] Неполярная неподвижная фаза имитирует биологические мембраны. Использование пептидов имеет много преимуществ, поскольку разделение не расширяется концевыми зарядами в RPLC. Кроме того, образование вторичных структур предотвращается за счет использования коротких последовательностей пептидов. Дериватизация аминокислот необходима для облегчения их разделения в фазу, связанную с C18. Другая шкала была разработана в 1971 году и использовала удерживание пептидов на гидрофильном геле. [26] В качестве подвижной фазы в этой конкретной шкале использовались 1-бутанол и пиридин, а в качестве эталонного значения использовался глицин. Плиска и его коллеги [27] использовали тонкослойную хроматографию для связи значений подвижности свободных аминокислот с их гидрофобностью. Около десяти лет назад была опубликована другая шкала гидрофильности, эта шкала использовала нормально-фазовую жидкостную хроматографию и показала удерживание 121 пептида на колонке с амидом-80. [28] Абсолютные значения и относительные рейтинги гидрофобности, определяемые хроматографическими методами, могут зависеть от ряда параметров. Эти параметры включают площадь поверхности и диаметр пор кремнезема, выбор и pH водного буфера, температуру и плотность связи цепей неподвижной фазы. [3]

Сайт-направленный мутагенез

Этот метод использует технологию рекомбинантной ДНК и дает фактическое измерение стабильности белка. В своих подробных исследованиях направленного мутагенеза Утани и его коллеги заменили 19 аминокислот на Trp49 триптофансинтазы, и он измерил свободную энергию разворачивания. Они обнаружили, что повышенная стабильность прямо пропорциональна увеличению гидрофобности до определенного предела размера. Главным недостатком метода направленного мутагенеза является то, что не все 20 встречающихся в природе аминокислот могут заменить один остаток в белке. Более того, эти методы имеют проблемы со стоимостью и полезны только для измерения стабильности белка. [3] [29]

Методы физических свойств

Шкала гидрофобности всего остатка Уимли-Уайта

Шкалы гидрофобности, разработанные методами физических свойств , основаны на измерении различных физических свойств. Примерами являются парциальная молярная теплоемкость, температура перехода и поверхностное натяжение. Физические методы просты в использовании и гибки с точки зрения растворенного вещества. Самая популярная шкала гидрофобности была разработана путем измерения значений поверхностного натяжения для встречающихся в природе 20 аминокислот в растворе NaCl. [30] Основным недостатком измерений поверхностного натяжения является то, что разорванные водородные связи и нейтрализованные заряженные группы остаются на границе раздела раствор-воздух. [3] [1] Другой метод физических свойств включает измерение свободной энергии сольватации. [31] Свободная энергия сольватации оценивается как произведение доступности атома для растворителя и параметра атомной сольватации. Результаты показывают, что свободная энергия сольватации снижается в среднем на 1 ккал/остаток при складывании. [3]

График гидропатии по шкале октанола для всего остатка L-субъединицы фотосинтетического реакционного центра Rhodobacter sphaeroides.

Недавние заявки

Паллисер и Парри изучили около 100 шкал и обнаружили, что их можно использовать для определения местоположения B-цепей на поверхности белков. [32] Шкалы гидрофобности также использовались для прогнозирования сохранности генетического кода. [33] Тринкье наблюдал новый порядок оснований, который лучше отражает консервативный характер генетического кода. [3] Они считали, что новый порядок оснований урацил-гуанин-цистозин-аденин (UGCA) лучше отражает консервативный характер генетического кода по сравнению с обычно наблюдаемым порядком UCAG. [3]

Шкала гидрофобности всего остатка Уимли–Уайта

Шкалы гидрофобности целых остатков Уимли–Уайта имеют значение по двум причинам. Во-первых, они включают вклады пептидных связей, а также боковых цепей, предоставляя абсолютные значения. Во-вторых, они основаны на прямых, экспериментально определенных значениях для свободных энергий переноса полипептидов.

Были измерены две шкалы гидрофобности всего остатка:

На сайте Стивена Х. Уайта [34] представлен пример шкал гидрофобности целых остатков, показывающий свободную энергию переноса ΔG (ккал/моль) из воды в интерфейс POPC и в н-октанол. [34] Затем эти две шкалы используются вместе для построения графиков гидропатии целых остатков. [34] График гидропатии, построенный с использованием ΔG woct − ΔG wif, показывает благоприятные пики на абсолютной шкале, которые соответствуют известным спиралям TM. Таким образом, графики гидропатии целых остатков иллюстрируют, почему трансмембранные сегменты предпочитают трансмембранное расположение, а не поверхностное. [35] [36] [37] [38]

Шкалы на основе структуры белка Бандйопадхайя-Мелера

Большинство существующих шкал гидрофобности выведены из свойств аминокислот в их свободных формах или как части короткого пептида. Шкала гидрофобности Бандйопадхайя-Мелера была основана на разделении аминокислот в контексте структуры белка. Структура белка представляет собой сложную мозаику различных диэлектрических сред, образованных расположением различных аминокислот. Следовательно, различные части структуры белка, скорее всего, будут вести себя как растворители с различными диэлектрическими значениями. Для простоты каждая структура белка рассматривалась как несмешивающаяся смесь двух растворителей, внутренней и внешней части белка. Локальная среда вокруг отдельной аминокислоты (называемая «микросредой») была вычислена как для внутренней, так и для внешней части белка. Соотношение дает относительную шкалу гидрофобности для отдельных аминокислот. Вычисление было обучено на кристаллических структурах белка с высоким разрешением. Этот количественный дескриптор для микросреды был выведен из коэффициента распределения октанол-вода (известного как фрагментарные константы Реккера), широко используемого для фармакофоров. Эта шкала хорошо коррелирует с существующими методами, основанными на разбиении и вычислениях свободной энергии. Преимущество этой шкалы в том, что она более реалистична, так как находится в контексте реальных структур белка. [9]

Шкала, основанная на краевом угле смачивания нанокапель воды

Контактные углы нанокапли воды на искусственных бета-слоях с различными боковыми цепями аминокислот
Система моделирования МД и структура искусственной бета-складывающейся двумерной пептидной сети, состоящей из объединенных R-боковых цепей.

В области инженерии гидрофобность (или способность к смачиванию ) плоской поверхности (например, столешницы на кухне или кастрюли) можно измерить с помощью угла контакта капли воды. Команда Университета Небраски-Линкольна недавно разработала вычислительный подход, который может связать молекулярную шкалу гидрофобности аминокислотных цепей с углом контакта нанокапель воды. [39] Команда построила плоские сети, состоящие из объединенных аминокислотных боковых цепей с нативной структурой белка бета-листа. Используя моделирование молекулярной динамики, команда может измерить угол контакта нанокапель воды на плоских сетях (caHydrophobicity).

С другой стороны, предыдущие исследования показывают, что минимум избыточного химического потенциала твердосферического растворенного вещества по отношению к объему демонстрирует линейную зависимость от значения косинуса угла контакта. [40] На основе вычисленных избыточных химических потенциалов чисто отталкивающего растворенного вещества Уикса-Чандлера-Андерсена размером с метан по отношению к объему, вычисляются экстраполированные значения значения косинуса угла контакта (ccHydrophobicity), которые можно использовать для количественной оценки гидрофобности боковых цепей аминокислот с полным смачиванием.

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ abcd Кайт, Джек; Дулиттл, Рассел Ф. (май 1982). «Простой метод отображения гидропатического характера белка». Журнал молекулярной биологии . 157 (1). Elsevier BV: 105–32. CiteSeerX 10.1.1.458.454 . doi :10.1016/0022-2836(82)90515-0. PMID  7108955. 
  2. ^ Танфорд, К., Гидрофобный эффект (Нью-Йорк: Wiley.1980).
  3. ^ abcdefghijkl Бисвас, Каллол М.; ДеВидо, Дэниел Р.; Дорси, Джон Г. (2003). «Оценка методов измерения гидрофобности и взаимодействий аминокислот». Журнал хроматографии A. 1000 ( 1–2). Elsevier BV: 637–655. doi :10.1016/s0021-9673(03)00182-1. ISSN  0021-9673. PMID  12877193.
  4. ^ В. Каузманн, Adv. Protein Chem. 14 (1959) 1.
  5. ^ Charton, Marvin; Charton, Barbara I. (1982). «Структурная зависимость параметров гидрофобности аминокислот». Журнал теоретической биологии . 99 (4). Elsevier BV: 629–644. Bibcode : 1982JThBi..99..629C. doi : 10.1016/0022-5193(82)90191-6. ISSN  0022-5193. PMID  7183857.
  6. ^ Шауперл, М; Подевиц, М; Вальднер, Б. Дж.; Лидл, КР (2016). «Энтальпийный и энтропийный вклады в гидрофобность». Журнал химической теории и вычислений . 12 (9): 4600–10. doi :10.1021/acs.jctc.6b00422. PMC 5024328. PMID  27442443 . 
  7. ^ Eisenberg D (июль 1984). «Трехмерная структура мембранных и поверхностных белков». Annu. Rev. Biochem . 53 : 595–623. doi :10.1146/annurev.bi.53.070184.003115. PMID  6383201.
  8. ^ Rose, GD; Wolfenden, R (1993). «Водородные связи, гидрофобность, упаковка и сворачивание белков». Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure . 22 (1). Annual Reviews: 381–415. doi :10.1146/annurev.bb.22.060193.002121. ISSN  1056-8700. PMID  8347995.
  9. ^ ab Bandyopadhyay, D., Mehler, EL (2008). «Количественное выражение гетерогенности белка: реакция боковых цепей аминокислот на их локальное окружение». Белки: структура, функция и биоинформатика . 72 (2): 646–659. doi :10.1002/prot.21958. PMID  18247345. S2CID  20929779.{{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  10. ^ "Expasy - ProtScale". web.expasy.org .
  11. ^ «Шкалы гидрофобности».
  12. ^ Жанин, Жоэль (1979). «Поверхностные и внутренние объемы в глобулярных белках». Nature . 277 (5696). Springer Science and Business Media LLC: 491–492. Bibcode :1979Natur.277..491J. doi :10.1038/277491a0. ISSN  0028-0836. PMID  763335. S2CID  4338901.
  13. ^ Rose, G.; Geselowitz, A.; Lesser, G.; Lee, R.; Zehfus, M. (1985-08-30). «Гидрофобность аминокислотных остатков в глобулярных белках». Science . 229 (4716). Американская ассоциация содействия развитию науки (AAAS): 834–838. Bibcode :1985Sci...229..834R. doi :10.1126/science.4023714. ISSN  0036-8075. PMID  4023714.
  14. ^ ab Wolfenden, R.; Andersson, L.; Cullis, PM; Southgate, CCB (1981). «Сродство боковых цепей аминокислот к растворяющей воде». Биохимия . 20 (4). Американское химическое общество (ACS): 849–855. doi :10.1021/bi00507a030. ISSN  0006-2960. PMID  7213619.
  15. ^ Ю. Нодзаки, К. Танфорд, Дж. Биол. хим. 246 (1971) 2211.
  16. ^ Фендлер, Янош Х.; Ном, Фарук; Надьвари, Джозеф (1975). «Компартментализация аминокислот в агрегатах поверхностно-активных веществ». Журнал молекулярной эволюции . 6 (3). Springer Science and Business Media LLC: 215–232. Bibcode : 1975JMolE...6..215F. doi : 10.1007/bf01732358. ISSN  0022-2844. PMID  1206727. S2CID  2394979.
  17. ^ Leodidis, Epaminondas B.; Hatton, T. Alan. (1990). «Аминокислоты в обратных мицеллах AOT. 2. Гидрофобный эффект и водородные связи как движущие силы для межфазной солюбилизации». Журнал физической химии . 94 (16). Американское химическое общество (ACS): 6411–6420. doi :10.1021/j100379a047. ISSN  0022-3654.
  18. ^ Шарп, Ким А.; Николс, Энтони; Фридман, Ричард; Хониг, Барри (1991-10-08). «Извлечение гидрофобных свободных энергий из экспериментальных данных: связь с фолдингом белков и теоретическими моделями». Биохимия . 30 (40). Американское химическое общество (ACS): 9686–9697. doi :10.1021/bi00104a017. ISSN  0006-2960. PMID  1911756.
  19. ^ Заславский, Б. Ю.; Местечкина, Н. М.; Михеева, Л. М.; Рогожин, СВ (1982). "Измерение относительной гидрофобности боковых цепей аминокислот методом распределения в водной двухфазной полимерной системе: шкала гидрофобности для неполярных и ионогенных боковых цепей". Журнал хроматографии A . 240 (1). Elsevier BV: 21–28. doi :10.1016/s0021-9673(01)84003-6. ISSN  0021-9673.
  20. ^ С. Дамодоран, КБ Сонг, Журнал биологической химии 261 (1986) 7220.
  21. ^ Бен-Наим, А. (1990-02-15). «Влияние растворителя на ассоциацию белков и сворачивание белков». Биополимеры . 29 (3). Wiley: 567–596. doi :10.1002/bip.360290312. ISSN  0006-3525. PMID  2331515. S2CID  25691137.
  22. ^ ab Chothia, Cyrus (1976). «Природа доступных и скрытых поверхностей в белках». Журнал молекулярной биологии . 105 (1). Elsevier BV: 1–12. doi :10.1016/0022-2836(76)90191-1. ISSN  0022-2836. PMID  994183.
  23. ^ Moret, MA; Zebende, GF (2007-01-19). "Гидрофобность аминокислот и доступная площадь поверхности". Physical Review E. 75 ( 1). Американское физическое общество (APS): 011920. Bibcode : 2007PhRvE..75a1920M. doi : 10.1103/physreve.75.011920. ISSN  1539-3755. PMID  17358197.
  24. ^ Филлипс, Дж. К. (2009-11-20). «Масштабирование и самоорганизованная критичность в белках: Лизоцимек». Physical Review E. 80 ( 5). Американское физическое общество (APS): 051916. Bibcode : 2009PhRvE..80e1916P. doi : 10.1103/physreve.80.051916. ISSN  1539-3755. PMID  20365015.
  25. ^ Ходжес, Роберт С.; Чжу, Бин-Янь; Чжоу, Нянь Э.; Мант, Колин Т. (1994). «Обращенно-фазовая жидкостная хроматография как полезный зонд гидрофобных взаимодействий, участвующих в сворачивании и стабильности белков». Журнал хроматографии A. 676 ( 1). Elsevier BV: 3–15. doi :10.1016/0021-9673(94)80452-4. ISSN  0021-9673. PMID  7921179.
  26. ^ Абодерин, Акинтола А. (1971). «Эмпирическая шкала гидрофобности для α-аминокислот и некоторые ее приложения». Международный журнал биохимии . 2 (11). Elsevier BV: 537–544. doi :10.1016/0020-711x(71)90023-1. ISSN  0020-711X.
  27. ^ Плишка, Владимир; Шмидт, Манфред; Фошер, Жан-Люк (1981). «Коэффициенты распределения аминокислот и гидрофобные параметры π их боковых цепей, измеренные методом тонкослойной хроматографии». Журнал хроматографии A. 216. Elsevier BV: 79–92. doi :10.1016/s0021-9673(00)82337-7. ISSN  0021-9673.
  28. ^ Пласс, Моника; Валько, Клара; Абрахам, Майкл Х (1998). «Определение дескрипторов растворенных веществ производных трипептидов на основе данных удерживания высокопроизводительной градиентной жидкостной хроматографии». Журнал хроматографии A. 803 ( 1–2). Elsevier BV: 51–60. doi :10.1016/s0021-9673(97)01215-6. ISSN  0021-9673.
  29. ^ Ютани, К.; Огасахара, К.; Цудзита, Т.; Сугино, И. (1987-07-01). «Зависимость конформационной стабильности от гидрофобности аминокислотного остатка в серии вариантных белков, замещенных в уникальном положении субъединицы альфа-триптофансинтазы». Труды Национальной академии наук США . 84 ​​(13). Труды Национальной академии наук: 4441–4444. Bibcode : 1987PNAS...84.4441Y. doi : 10.1073/pnas.84.13.4441 . ISSN  0027-8424. PMC 305105. PMID 3299367  . 
  30. ^ Булл, Генри Б.; Бриз, Кит (1974). «Поверхностное натяжение растворов аминокислот: шкала гидрофобности остатков аминокислот». Архивы биохимии и биофизики . 161 (2). Elsevier BV: 665–670. doi :10.1016/0003-9861(74)90352-x. ISSN  0003-9861. PMID  4839053.
  31. ^ Эйзенберг, Дэвид; Маклахлан, Эндрю Д. (1986). «Энергия сольватации при сворачивании и связывании белков». Nature . 319 (6050). Springer Science and Business Media LLC: 199–203. Bibcode :1986Natur.319..199E. doi :10.1038/319199a0. ISSN  0028-0836. PMID  3945310. S2CID  21867582.
  32. ^ Паллисер, Кристофер К.; Парри, Дэвид АД (2000). «Количественное сравнение способности гидропатических весов распознавать поверхностные ?-цепи в белках». Белки: структура, функция и генетика . 42 (2). Wiley: 243–255. doi :10.1002/1097-0134(20010201)42:2<243::aid-prot120>3.0.co;2-b. ISSN  0887-3585. PMID  11119649. S2CID  23839522.
  33. ^ Г . Тринкье, Ю.-Х. Санеджуанд, Белок Eng. 11 (1998) 153.
  34. ^ abc Уайт, Стивен (29.06.2006). "Экспериментально определенные шкалы гидрофобности". Калифорнийский университет в Ирвайне . Получено 12.06.2009 .
  35. ^ Wimley, William C.; White, Stephen H. (1996). «Экспериментально определенная шкала гидрофобности для белков на мембранных интерфейсах». Nature Structural & Molecular Biology . 3 (10). Springer Science and Business Media LLC: 842–848. doi :10.1038/nsb1096-842. ISSN  1545-9993. PMID  8836100. S2CID  1823375.
  36. ^ Wimley, William C.; Creamer, Trevor P.; White, Stephen H. (1996). «Энергии сольватации боковых цепей аминокислот и остова в семействе пентапептидов хозяин-гость». Биохимия . 35 (16). Американское химическое общество (ACS): 5109–5124. doi :10.1021/bi9600153. ISSN  0006-2960. PMID  8611495.
  37. ^ Уайт Ш. и Уимли В. К. (1998). Биохимия. Биофиз. Acta 1376:339-352.
  38. ^ Уайт, Стивен Х.; Уимли, Уильям К. (1999). «Сворачивание и стабильность мембранных белков: физические принципы». Ежегодный обзор биофизики и биомолекулярной структуры . 28 (1). Ежегодные обзоры: 319–365. doi :10.1146/annurev.biophys.28.1.319. ISSN  1056-8700. PMID  10410805.
  39. ^ Чжу, Чунцинь; Гао, Юруй; ​​Ли, Хуэй; Мэн, Шэн; Ли, Лэй; Франциско, Джозеф С.; Цзэн, Сяо Чэн (2016). «Характеристика гидрофобности боковых цепей аминокислот в белковой среде посредством измерения угла контакта нанокапли воды на плоской пептидной сети». Труды Национальной академии наук . 113 (46 ) : 12946–12951. Bibcode : 2016PNAS..11312946Z. doi : 10.1073/pnas.1616138113 . PMC 5135335. PMID  27803319. 
  40. ^ Godawat, R; Jamadagni, S. N; Garde, S (2009). «Характеристика гидрофобности интерфейсов с использованием образования полостей, связывания растворенных веществ и корреляций с водой». Труды Национальной академии наук . 106 (36): 15119–15124. doi : 10.1073/pnas.0902778106 . PMC 2741215. PMID  19706896 . 

Внешние ссылки