Изобарические метки для относительного и абсолютного количественного определения ( iTRAQ ) — это метод изобарной маркировки, используемый в количественной протеомике с помощью тандемной масс-спектрометрии для определения количества белков из разных источников в одном эксперименте. [1] [2] [3] Он использует молекулы, меченые стабильными изотопами , которые могут быть ковалентно связаны с N-концом и боковыми аминогруппами белков.
Метод ITRAQ основан на ковалентной маркировке N-концевых и боковых цепей аминов пептидов из белковых переваров с помощью меток различной массы. В настоящее время в основном используются два реагента: 4-плекс и 8-плекс, которые можно использовать для маркировки всех пептидов из разных образцов/обработок. [ требуется цитата ] Затем эти образцы объединяются и обычно фракционируются с помощью жидкостной хроматографии и анализируются с помощью тандемной масс-спектрометрии (МС/МС). Затем выполняется поиск в базе данных с использованием данных фрагментации для идентификации меченых пептидов и, следовательно, соответствующих белков. Фрагментация прикрепленной метки генерирует низкомолекулярный репортерный ион, который можно использовать для относительной количественной оценки пептидов и белков, из которых они произошли.
На уровне пептидов сигналы репортерных ионов каждого спектра МС/МС позволяют рассчитать относительное содержание (соотношение) пептида(ов), идентифицированного этим спектром. [ необходима ссылка ] Содержание репортерных ионов может состоять из более чем одного сигнала в данных МС/МС, и сигналы должны быть каким-то образом интегрированы из спектра гистограммы.
На уровне белка комбинированные соотношения пептидов белка представляют собой относительное количественное определение этого белка.
Спектры МС/МС можно анализировать с помощью программного обеспечения, которое находится в свободном доступе: i-Tracker [4] и jTraqX [5] [6].