stringtranslate.com

Эукариотическая большая рибосомальная субъединица (60S)

Рибосомные частицы обозначаются в соответствии с их коэффициентами седиментации в единицах Сведберга . Субъединица 60S является большой субъединицей эукариотических 80S рибосом , а другим основным компонентом является эукариотическая малая рибосомная субъединица (40S) . Она структурно и функционально связана с субъединицей 50S прокариотических рибосом 70S . [1] [2] [3] [4] [5] [6] Однако субъединица 60S намного больше прокариотической 50S субъединицы и содержит много дополнительных белковых сегментов, а также сегментов расширения рибосомной РНК .

Общая структура

Характерные особенности большой субъединицы, показанной ниже в «Вид короны», включают центральный выступ (CP) и два стебля, которые названы в соответствии с их бактериальными белковыми компонентами (стебель L1 слева, если смотреть со стороны интерфейса субъединицы, и L7/L12 справа). Существует три сайта связывания для тРНК , A-сайт, P-сайт и E-сайт (подробнее см. статью о трансляции белков ). Ядро субъединицы 60S образовано 28S рибосомной РНК (сокращенно 28S рРНК), которая гомологична прокариотической 23S рРНК , которая также вносит вклад в активный сайт ( пептидилтрансферазный центр, PTC) рибосомы. [2] [4] Ядро рРНК украшено десятками белков. На рисунке «Кристаллическая структура эукариотической 60S рибосомальной субъединицы T. thermophila » ядро ​​рибосомной РНК представлено в виде серой трубки, а сегменты расширения показаны красным. Белки, гомологи которых имеются у эукариот, архей и бактерий, показаны синими лентами. Белки, общие только для эукариот и архей, показаны оранжевыми лентами, а белки, специфичные для эукариот, показаны красными лентами.

Кристаллическая структура эукариотической рибосомальной субъединицы 60S из T. thermophila
  • Субъединица 60S, вид со стороны интерфейса субъединицы, идентификаторы PDB 4A17, 4A19
    Субъединица 60S , вид со стороны интерфейса субъединицы, идентификаторы PDB 4A17, 4A19
  • Субъединица 60S, вид со стороны, открытой для растворителя, идентификаторы PDB 4A17, 4A19
    Субъединица 60S , вид со стороны, открытой для растворителя, идентификаторы PDB 4A17, 4A19

60S рибосомальные белки

Таблица "60S рибосомальные белки" показывает отдельные белковые складки субъединицы 60S, окрашенные в соответствии с сохранением, как указано выше. Специфичные для эукариот расширения, варьирующиеся от нескольких остатков или петель до очень длинных альфа-спиралей и дополнительных доменов, выделены красным цветом. [2]

Исторически для рибосомальных белков использовались разные номенклатуры. Например, белки нумеровались в соответствии с их миграционными свойствами в экспериментах по гель-электрофорезу . Поэтому разные названия могут относиться к гомологичным белкам из разных организмов, в то время как одинаковые названия не обязательно обозначают гомологичные белки. Таблица «60S рибосомальные белки» содержит перекрестные ссылки на названия человеческих рибосомальных белков с дрожжевыми, бактериальными и архейными гомологами. [7] Дополнительную информацию можно найти в базе данных генов рибосомальных белков (RPG). [7]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ 60S+Рибосома+Субъединицы в рубриках медицинских предметов Национальной медицинской библиотеки США (MeSH)
  2. ^ abcd Клинге, С; Фойгтс-Хоффманн, Ф; Лейбундгут, М; Арпагаус, С; Бан, Н (2011). «Кристаллическая структура эукариотической 60S рибосомальной субъединицы в комплексе с фактором инициации 6». Science . 334 (6058): 941–948. Bibcode :2011Sci...334..941K. doi :10.1126/science.1211204. PMID  22052974. S2CID  206536444.
  3. ^ ab Ben-Shem, A; Garreau; de Loubresse, N; Melnikov, S; Jenner, L; Yusupova, G; Yusupov, M (декабрь 2011 г.). «Структура эукариотической рибосомы при разрешении 3,0 Å». Science . 334 (6062): 1524–1529. Bibcode :2011Sci...334.1524B. doi : 10.1126/science.1212642 . PMID  22096102. S2CID  9099683.
  4. ^ ab Ban, N; Nissen, P; Hansen, J; Moore, PB; Steitz, TA (август 2000 г.). «Полная атомная структура большой рибосомальной субъединицы с разрешением 2,4 А». Science . 289 (5481): 905–920. Bibcode :2000Sci...289..905B. doi :10.1126/science.289.5481.905. PMID  10937989.
  5. ^ Cate, JH; Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Earnest, TN; Noller, HF (сентябрь 1999 г.). "Рентгеновские кристаллические структуры функциональных комплексов рибосомы 70S". Science . 285 (5436): 2095–2104. doi :10.1126/science.285.5436.2095. PMID  10497122.
  6. ^ Юсупов, ММ; Юсупова, ГЗ; Бауком, А; Либерман, К; Эрнест, ТН; Кейт, Дж. Х.; Ноллер, Х. Ф. (май 2001 г.). «Кристаллическая структура рибосомы при разрешении 5,5 А». Science . 292 (5518): 883–896. Bibcode :2001Sci...292..883Y. doi : 10.1126/science.1060089 . PMID  11283358. S2CID  39505192.
  7. ^ abc Накао, А; Ёсихама, М; Кенмочи, Н (2004). "RPG: база данных генов рибосомальных белков". Nucleic Acids Res . 32 (90001): D168–70. doi :10.1093/nar/gkh004. PMC 308739. PMID  14681386 . 
  8. ^ Структура 'T. thermophila,' белков из структур большой субъединицы PDBS 417, 4A19
  9. ^ Номенклатура согласно базе данных генов рибосомальных белков применяется к H. sapiens и T. thermophila.
  10. ^ Ban, Nenad; Beckmann, Roland; Cate, Jamie HD; Dinman, Jonathan D; Dragon, François; Ellis, Steven R; Lafontaine, Denis LJ; Lindahl, Lasse; Liljas, Anders; Lipton, Jeffrey M; McAlear, Michael A; Moore, Peter B; Noller, Harry F; Ortega, Joaquin; Panse, Vikram Govind; Ramakrishnan, V; Spahn, Christian MT; Steitz, Thomas A; Tchorzewski, Marek; Tollervey, David; Warren, Alan J; Williamson, James R; Wilson, Daniel; Yonath, Ada; Yusupov, Marat (2014). «Новая система наименования рибосомальных белков». Current Opinion in Structural Biology . 24. Elsevier BV: 165–169. doi :10.1016/j.sbi.2014.01.002. ISSN 0959-440X  . PMC 4358319. PMID  24524803. 
  11. ^ Ёсихама, Маки; Уэчи, Тамайо; Асакава, Шуичи; Кавасаки, Каухико (2002). «Гены рибосомальных белков человека: секвенирование и сравнительный анализ 73 генов». Genome Research . 12 (3): 379–390. doi :10.1101/gr.214202. PMC 155282. PMID  11875025 . 
  12. ^ EAB означает сохраняющийся у эукариот, архей и бактерий, EA означает сохраняющийся у эукариот и архей, а E означает белок, специфичный для эукариот.
  13. ^ Традиционно рибосомальные белки именовались в соответствии с их кажущейся молекулярной массой в гель-электрофорезе, что привело к различным названиям гомологичных белков из разных организмов. RPG предлагает единую номенклатуру для генов рибосомальных белков на основе гомологии.
  14. ^ RPL28 не имеет обнаруживаемого гомолога в дрожжах.

Внешние ссылки