В биохимии лигаза — это фермент , который может катализировать соединение ( связывание ) двух молекул путем образования новой химической связи . Обычно это происходит посредством гидролиза небольшой боковой химической группы на одной из молекул, что обычно приводит к образованию новых связей CO, CS или CN. Например, ДНК-лигаза может соединять два комплементарных фрагмента нуклеиновой кислоты, образуя фосфодиэфирные связи, и восстанавливать одноцепочечные разрывы, возникающие в двухцепочечной ДНК во время репликации.
В общем, лигаза катализирует следующую реакцию дегидратации, соединяя таким образом молекулы A и B:
А-ОН + ВН → А–В + Н 2 О
Названия лигаз противоречивы, поэтому эти ферменты обычно известны под несколькими разными названиями. Как правило, общие названия лигаз включают слово «лигаза», например, в ДНК-лигазе , ферменте, обычно используемом в лабораториях молекулярной биологии для соединения фрагментов ДНК . Однако во многих общих названиях вместо этого используется термин «синтетаза» или «синтаза», поскольку они используются для синтеза новых молекул. [1] Существуют также некоторые лигазы, которые используют название «карбоксилаза», чтобы указать, что фермент специфически катализирует реакцию карбоксилирования .
Обратите внимание: биохимическая номенклатура иногда отличала синтетазы от синтаз , а иногда рассматривала эти слова как синонимы . [2] Обычно эти два термина используются как взаимозаменяемые и оба используются для описания лигаз.
Лигазы классифицируются как EC 6 в классификации ферментов EC . Лигазы можно разделить на шесть подклассов:
Некоторые лигазы связываются с биологическими мембранами в виде периферических мембранных белков или закрепляются через одну трансмембранную спираль [3] , например, некоторые белки, родственные убиквитинлигазе .
В слове « лигаза» используются комбинированные формы lig- ( от латинского глагола ligāre , «связывать» или «связывать вместе») + -аза (обозначающая фермент), что дает «связывающий фермент».
