Клетки эукариотических организмов тщательно подразделяются на функционально различные мембранные компартменты. Некоторые основные компоненты эукариотических клеток: внеклеточное пространство , плазматическая мембрана , цитоплазма , ядро , митохондрии , аппарат Гольджи , эндоплазматический ретикулум (ЭР), пероксисома , вакуоли , цитоскелет , нуклеоплазма , ядрышко , ядерный матрикс и рибосомы .
Бактерии также имеют субклеточные локализации, которые могут быть разделены при фракционировании клетки. Наиболее распространенные локализации, о которых идет речь, включают цитоплазму , цитоплазматическую мембрану (также называемую внутренней мембраной у грамотрицательных бактерий), клеточную стенку (которая обычно толще у грамположительных бактерий) и внеклеточную среду. Цитоплазма, цитоплазматическая мембрана и клеточная стенка являются субклеточными локализациями, тогда как внеклеточная среда, очевидно, таковой не является. Большинство грамотрицательных бактерий также содержат внешнюю мембрану и периплазматическое пространство . В отличие от эукариот, большинство бактерий не содержат связанных с мембраной органелл, однако есть некоторые исключения (например, магнитосомы ). [1]
Экспериментально определенные субклеточные местоположения белков можно найти в UniProtKB, Compartments и в нескольких более специализированных ресурсах, таких как база данных секретома молочнокислых бактерий.
Существует также несколько баз данных субклеточного расположения с вычислительными прогнозами , например, база знаний по грибковому секретому и субклеточному протеому - версия 2 (архив 10.04.2016 на Wayback Machine (FunSecKB2)), база знаний по растительному секретому и субклеточному протеому (архив 06.04.2016 на Wayback Machine (PlantSecKB)), MetazSecKB (архив 06.04.2016 на Wayback Machine) для субклеточного расположения белков человека и животных и ProtSecKB для субклеточного расположения белков всех протистов.
Proteome Analyst — это свободно доступный веб-сервер и онлайн-инструментарий для прогнозирования субклеточной локализации белков. [2]