myGrid

Консорциум myGrid производит и использует набор инструментов, призванных «помочь электронным ученым заниматься наукой и ладить с учеными». Эти инструменты поддерживают создание электронных лабораторий и используются в таких разнообразных областях, как системная биология , социальные науки , музыка , астрономия , ^[1] мультимедиа и химия . ^{[2] [3]}

Консорциум возглавляет Кэрол Гобл с факультета компьютерных наук Манчестерского университета , Великобритания.

Инструменты, производимые и используемые myGrid

Инструменты, разработанные консорциумом myGrid, включают:

• Рабочий стол Taverna для проектирования, редактирования и выполнения научных рабочих процессов ^{[4] [5] [6]}
• myExperiment для обмена рабочими процессами и связанными данными ^[7]
• Биокаталог - публичный реестр веб-сервисов для ученых-биологов ^[8]
• Seek ^{[9] [10]} создано в сотрудничестве с SysModb: База данных системной биологии микроорганизмов ^{[11] [12]} Поиск, совместное использование и обмен данными, моделями и процессами в системной биологии.
• MethodBox ^{[13] [14]} Просматривайте наборы данных и делитесь знаниями.
• RightField ^{[15] [16]} Распространение смысла ваших данных путем встраивания аннотаций онтологий в электронные таблицы.
• База данных почек и мочевых путей (KUPKB) ^{[17] [18] [19]}
• Рабочие процессы навсегда (wf4ever) ^{[20] [21]} Сохранение научных рабочих процессов

История

Консорциум состоит из трех отдельных этапов:

Фаза 1

Консорциум был сформирован в 2001 году, объединив сотрудников университетов Манчестера , Саутгемптона , Ньюкасла , Ноттингема и Шеффилда , Европейской лаборатории молекулярной биологии – Европейского института биоинформатики ^[22] (EMBL-EBI) в Кембридже, а также промышленных партнеров GlaxoSmithKline , Merck. KGaA , AstraZeneca , Sun Microsystems , IBM , GeneticXchange, Epistemics и Cerebra (ранее Network Inference). Британский исследовательский совет по инженерным и физическим наукам профинансировал первую фазу проекта на сумму 3,5 миллиона фунтов стерлингов. ^[23]

На сегодняшний день разработка Grid сосредоточена на основных вопросах хранения, вычислений и управления ресурсами, необходимых для того, чтобы сделать информацию и инструменты глобального научного сообщества доступными в высокопроизводительной среде. Однако с точки зрения электронной науки цель Grid состоит в том, чтобы создать среду сотрудничества и поддержки, которая позволяет географически распределенным ученым более эффективно достигать исследовательских целей. MyGrid будет проектировать, разрабатывать и демонстрировать функциональные возможности более высокого уровня по сравнению с существующей Grid-инфраструктурой, которые помогут ученым использовать сложные распределенные ресурсы.

В рамках проекта был разработан инструментарий электронной науки под названием Taverna ^{[4] [5] [6]} , который поддерживает:

• научный процесс экспериментального исследования, накопления фактов и усвоения результатов;
• использование учеными информации сообщества; и
• научное сотрудничество, позволяющее динамическим группам решать возникающие исследовательские проблемы.

В рамках проекта myGrid также был разработан myExperiment , позволяющий совместно использовать научные рабочие процессы из Taverna и других научных систем рабочих процессов .

Инструментальные средства Taverna поддерживают отдельных ученых, предоставляя средства персонализации, связанные с выбором ресурсов, управлением данными и внедрением процессов. Деятельность по проектированию и разработке будет основываться и оцениваться с использованием проблем биоинформатики, которая характеризуется высокораспределенным сообществом и множеством общих ресурсов инструментов. myGrid разработает две прикладные среды: одну, которая будет поддерживать отдельных ученых при анализе функциональных геномных данных, и другую, поддерживающую аннотацию базы данных шаблонов . Обе эти задачи требуют явного представления и реализации научных процессов и предъявляют сложные требования к производительности.

Фаза 2

На втором этапе, с 2006 по 2009 год, консорциум финансируется на сумму £2 млн ^[24] в рамках Open Middleware Infrastructure Institute . Членство консорциума было сконцентрировано в Манчестерском университете и EMBL-EBI .

Этап 3

В декабре 2008 года Исследовательский совет по инженерным и физическим наукам Великобритании одобрил предложение команды о продлении гранта. Грант на сумму 1,15 млн фунтов стерлингов ^[25] стартовал в январе 2009 года. Членами команды myGrid для Фазы 3 являются Манчестерский университет и Университет Саутгемптона . Проект организован по 4 темам: Управление знаниями для электронной науки, Управление метаданными в электронных лабораториях, Разработка, управление и внедрение научных рабочих процессов, а также Социальные вычисления для электронных ученых. Тема социальных вычислений ориентирована на виртуальную исследовательскую среду myExperiment ^[7] (VRE) для социального курирования и обмена объектами научных исследований .

Рекомендации

1. Крюк, Р.Н.; Романьелло, М.; Уллгрен, М.; Ярвеляйнен, П.; Майсала, С.; Оиттинен, Т.; Саволайнен, В.; Солин, О.; Тюнеля, Дж.; Перон, М.; Иззо, К.; Лича, Т. (2008). «ESO Reflex: графический механизм рабочего процесса для выполнения рецептов». Семинар по калибровке приборов ESO 2007 г. Симпозиумы астрофизики ESO Европейская Южная обсерватория. п. 169. дои : 10.1007/978-3-540-76963-7_23. ISBN 978-3-540-76962-0.
2. Стивенс, РД ; Робинсон, Эй Джей; Гобл, Калифорния (2003). «MyGrid: Персонализированная биоинформатика на информационной сетке». Биоинформатика . 19 : i302–i304. doi : 10.1093/биоинформатика/btg1041 . ПМИД  12855473.
3. Стивенс, РД ; Типни, HJ; Роу, CJ; Оинн, ТМ; Сенгер, М.; Лорд, PW; Гобл, Калифорния ; Брасс, А .; Тассабехджи, М. (2004). «Изучение синдрома Вильямса-Бойрена с использованием myGrid». Биоинформатика . 20 : i303–i310. doi : 10.1093/биоинформатика/bth944. ПМИД  15262813.
4. Халл, Д.; Уолстенкрофт, К.; Стивенс, Р .; Гобл, Калифорния ; Покок, MR; Ли, П.; Оинн, Т. (2006). «Таверна: Инструмент для построения и запуска рабочих процессов сервисов». Исследования нуклеиновых кислот . 34 (проблема с веб-сервером): W729–W732. дои : 10.1093/nar/gkl320. ПМЦ 1538887 . ПМИД  16845108. 
5. Оинн, Т.; Гринвуд, М.; Аддис, М.; Альпдемир, Миннесота; Феррис, Дж.; Гловер, К.; Гобл, К. ; Годерис, А.; Халл, Д.; Марвин, Д.; Ли, П.; Лорд, П.; Покок, MR; Сенгер, М.; Стивенс, Р.; Випат, А.; Роу, К. (2006). «Таверна: Уроки создания рабочей среды для наук о жизни» (PDF) . Параллелизм и вычисления: практика и опыт . 18 (10): 1067–1100. дои : 10.1002/cpe.993. S2CID  10219281.
6. Оинн, Т.; Ли, П.; Келл, Д.Б .; Гобл, Калифорния ; Годерис, А.; Гринвуд, М.; Халл, Д.; Стивенс, Р .; Тури, Д.; Чжао, Дж. (2007). «Taverna/MyGrid: согласование системы рабочих процессов с сообществом медико-биологических наук». Рабочие процессы для электронной науки . стр. 300–319. дои : 10.1007/978-1-84628-757-2_19. ISBN 978-1-84628-519-6.
7. Гобл, Калифорния ; Бхагат, Дж.; Алексеев С.; Круикшанк, Д.; Михаэлидис, Д.; Ньюман, Д.; Боркум, М.; Беххофер, С.; Роос, М.; Ли, П.; Де Рур, Д. (2010). «MyExperiment: репозиторий и социальная сеть для обмена рабочими процессами биоинформатики». Исследования нуклеиновых кислот . 38 (проблема с веб-сервером): W677–W682. дои : 10.1093/nar/gkq429. ПМК 2896080 . ПМИД  20501605. 
8. Бхагат, Дж.; Танох, Ф.; Нзуобонтане, Э.; Лоран, Т.; Орловский Дж.; Роос, М.; Уолстенкрофт, К.; Алексеев С.; Стивенс, Р.; Петтифер, С.; Лопес, Р.; Гобл, Калифорния (2010). «Биокаталог: универсальный каталог веб-сервисов для наук о жизни». Исследования нуклеиновых кислот . 38 (проблема с веб-сервером): W689–W694. дои : 10.1093/nar/gkq394. ПМК 2896129 . ПМИД  20484378. 
9. Вольстенкрофт, К.; Оуэн, С.; Дю Пре, Ф.; Кребс, О.; Мюллер, В.; Гобл, К. ; Снуп, Дж.Л. (2011). «ПОИСК». Методы системной биологии . Методы энзимологии. Том. 500. стр. 629–655. дои : 10.1016/B978-0-12-385118-5.00029-3. ISBN 9780123851185. ПМИД  21943917.
10. «Ищите науку | Для поиска, обмена и обмена данными, моделями и процессами в системной биологии» . Проверено 21 июня 2012 г.
11. Бут, ИК (2007). «SysMO: Назад в будущее». Обзоры природы Микробиология . 5 (8): 566. doi : 10.1038/nrmicro1719 . ПМИД  17632975.
12. "О программе | SysMO-DB" . Проверено 21 июня 2012 г.
13. Тью, С.; Джарвис, П.; Эйнсворт, Дж.; Бьюкен, И. (2010). «Атлас и методология ожирения: на пути к открытой системе для обмена рабочими процессами сбора данных в области общественного здравоохранения». Исследования в области медицинских технологий и информатики . 160 (Часть 1): 496–500. ПМИД  20841736.
14. "Домашняя страница MethodBox" . Архивировано из оригинала 18 сентября 2011 года . Проверено 21 июня 2012 г.
15. Вольстенкрофт, К.; Оуэн, С.; Хорридж, М.; Кребс, О.; Мюллер, В.; Сноп, Дж.Л.; Дю Пре, Ф.; Гобл, К. (2011). «RightField: встраивание аннотаций онтологий в электронные таблицы». Биоинформатика . 27 (14): 2021–2022. doi : 10.1093/биоинформатика/btr312 . ПМИД  21622664.
16. "RightField.org.uk | SysMO-DB" . Проверено 21 июня 2012 г.
17. Кляйн, Дж.; Юпп, С.; Мулос, П.; Фернандес, М.; Баффин-Мейер, Б.; Каземайу, А.; Чаая, Р.; Чаронис, А.; Баскандс, Ж.-Л.; Стивенс, Р.; Шанстра, JP (2012). «КУПКБ: новое веб-приложение для доступа к мультиомным данным о заболеваниях почек». Журнал ФАСЭБ . 26 (5): 2145–2153. дои : 10.1096/fj.11-194381 . PMID  22345404. S2CID  16645167.
18. Юпп, С.; Кляйн, Дж.; Шанстра, Дж.; Стивенс, Р. (2011). «Развитие базы знаний о почках и мочевыводящих путях». Журнал биомедицинской семантики . 2 (Дополнение 2): S7. дои : 10.1186/2041-1480-2-S2-S7 . ПМК 3102896 . ПМИД  21624162. 
19. «База знаний о почках и мочевыводящих путях» . Проверено 21 июня 2012 г.
20. "Дом - wf4ever" . Проверено 21 июня 2012 г.
21. Беххофер, С.; Бьюкен, И.; Де Рур, Д .; Миссье, П.; Эйнсворт, Дж.; Бхагат, Дж.; Коуч, П.; Круикшанк, Д.; Делдерфилд, М.; Данлоп, И.; Гэмбл, М.; Михаэлидис, Д.; Оуэн, С.; Ньюман, Д.; Суфи, С.; Гобл, К. (2011). «Почему ученым недостаточно связанных данных» (PDF) . Компьютерные системы будущего поколения . 29 (2): 599. doi :10.1016/j.future.2011.08.004. S2CID  16783450.
22. "Проект myGrid в EBI" . Архивировано из оригинала 10 ноября 2012 года.
23. «myGrid: Непосредственная поддержка электронного ученого GR/R67743/01» . Проверено 20 июня 2012 г.
24. «myGrid: узел OMII-UK (mymes: промежуточное программное обеспечение myGrid для электронных ученых) EP/D044324/1» . Проверено 20 июня 2012 г.
25. «myGrid: платформа для обновления электронной биологии EP/G026238/1» . Проверено 20 июня 2012 г.