Анализ репрезентативных различий ( RDA ) — это метод, используемый в биологических исследованиях для поиска различий в последовательностях двух геномных или кДНК- образцов. Геномы или кДНК-последовательности из двух образцов (например, ракового образца и нормального образца) амплифицируются с помощью ПЦР , а различия анализируются с помощью субтрактивной ДНК-гибридизации . Эта технология была дополнительно усовершенствована благодаря разработке анализа репрезентативных олигонуклеотидных микроматриц (ROMA) , который использует технологию матриц для выполнения таких анализов. Этот метод также может быть адаптирован для обнаружения различий в метилировании ДНК, как показано в анализе репрезентативных различий, чувствительном к метилированию (MS-RDA). [1]
Этот метод основан на ПЦР для дифференциальной амплификации негомологичных участков ДНК между переваренными фрагментами двух почти идентичных видов ДНК, которые называются «драйверной» и «тестерной» ДНК. Обычно тестерная ДНК содержит интересующую последовательность, которая негомологична драйверной ДНК. Когда два вида смешиваются, драйверная последовательность добавляется в избытке к тестерной. Во время ПЦР двухцепочечные фрагменты сначала денатурируют при ~95 °C, а затем повторно отжигаются при воздействии температуры отжига. Поскольку последовательности драйвера и тестера почти идентичны, избыток фрагментов драйверной ДНК будет отжигаться с гомологичными фрагментами ДНК из вида тестера. Это блокирует амплификацию ПЦР, и увеличения гомологичных фрагментов не происходит. Однако фрагменты, которые различаются между двумя видами, не будут отжигаться с комплементарным аналогом и будут амплифицированы с помощью ПЦР. По мере выполнения большего количества циклов RDA пул уникальных копий фрагментов последовательности будет расти быстрее, чем фрагменты, обнаруженные в обоих видах.