Одноволновая аномальная дифракция (SAD) — это метод, используемый в рентгеновской кристаллографии , который облегчает определение структуры белков или других биологических макромолекул, позволяя решать фазовую проблему . В отличие от многоволновой аномальной дифракции (MAD), SAD использует один набор данных на одной подходящей длине волны.
По сравнению с MAD, SAD имеет более слабую фазирующую способность и требует модификации плотности для разрешения фазовой неоднозначности. [1] Этот недостаток не так важен, как главное преимущество SAD: минимизация времени, проводимого кристаллом в пучке, что снижает потенциальный радиационный ущерб молекуле при сборе данных. SAD также позволяет более широкий выбор тяжелых атомов и может проводиться без синхротронного пучка. [1] Сегодня селен-SAD обычно используется для экспериментального фазирования из-за разработки методов включения селенометионина в рекомбинантные белки.
SAD иногда называют «одноволновой аномальной дисперсией» , но в этом методе не используются дисперсионные различия, поскольку данные собираются на одной длине волны.
Смотрите также
Ссылки
- ^ ab "Словарь общих терминов, используемых в PHENIX". phenix-online.org .
MAD: [...] Различия в аномальном рассеянии вокруг края позволяют вычислять фазовые углы без фазовой неоднозначности, присутствующей в экспериментах SAD, хотя модификация плотности обычно все еще будет необходима для получения легко интерпретируемой карты. [...] Несмотря на большую мощность, фазирование MAD несколько снизило свою популярность по сравнению с SAD из-за более ограниченного выбора тяжелых атомов, сложности избежания радиационного повреждения и необходимости в синхротронном пучке. [...] SAD: [...] SAD часто выполняется с белком, включенным в селенометионин, но можно использовать любой аномально рассеивающий атом (включая серу, если данные очень высокого качества).
Дальнейшее чтение
- WA Hendrickson (1985). «Анализ структуры белка с помощью дифракционных измерений на нескольких длинах волн». Trans. ACA Vol 21.
- J Karle (1980). «Некоторые разработки в области аномальной дисперсии для структурного исследования макромолекулярных систем в биологии». Международный журнал квантовой химии: Симпозиум по квантовой биологии 7, 357–367.
- J. Karle (1989). «Линейный алгебраический анализ структур с одним преобладающим типом аномального рассеивателя». Acta Crystallogr . A45, 303–307.
- A. Pahler, JL Smith & WA Hendrickson (1990). «Вероятностное представление фазовой информации из многоволновой аномальной дисперсии». Acta Crystallogr . A46, 537–540.
- Т. К. Тервиллигер (1994). «Поэтапность MAD: байесовские оценки FA» Acta Crystallogr . Д50, 11–16.
- TC Terwilliger (1994). «MAD-фазирование: обработка дисперсионных различий как информации об изоморфной замене» Acta Crystallogr . D50, 17–23.
- R. Fourme, W. Shepard, R. Kahn, G l'Hermite & IL de La Sierra (1995). «Метод многоволнового аномального контраста растворителя (MASC) в макромолекулярной кристаллографии». J. Synchrotron Rad . 2, 36–48.
- E. de la Fortelle и G. Bricogne (1997) «Уточнение параметров тяжелых атомов с максимальным правдоподобием для методов множественной изоморфной замены и многоволновой аномальной дифракции». Методы в энзимологии 276, 472–494.
- WA Hendrickson и CM Ogata (1997) «Определение фазы с помощью многоволновых аномальных дифракционных измерений». Методы в энзимологии 276, 494–523.
- J. Bella & MG Rossmann (1998). «Общий алгоритм фазирования для множественных данных MAD и MIR» Acta Crystallogr. D54, 159–174.
- JM Guss, EA Merritt, RP Phizackerley, B. Hedman, M. Murata, KO Hodgson и HC Freeman (1989). «Определение фазы с помощью многоволновой рентгеновской дифракции: кристаллическая структура основного синего медного белка из огурцов». Science 241, 806–811.
- Б. Виджаякумар и Д. Велмуруган (2013). «Использование ионов европия для фазирования SAD лизоцима на длине волны Cu Kα» Acta Crystallogr . F69, 20–24.
- JP Rose и BC Wang (2016) «Фазирование SAD: история, текущее влияние и будущие возможности» Архив Biochem Biophys 602, 80-94.
Внешние ссылки
- Фазирование MAD — подробное руководство с примерами, иллюстрациями и ссылками.
Компьютерные программы
- Пакет SSRL Absorb Package — Brennan S, Cowan PL (1992). «Набор программ для расчета характеристик поглощения, отражения и дифракции рентгеновских лучей для различных материалов на произвольных длинах волн». Rev. Sci. Instrum . 63 (1): 850. Bibcode : 1992RScI...63..850B. doi : 10.1063/1.1142625.
- CHOOCH — Эванс Г., Петтифер Р. Ф. (2001). "CHOOCH: программа для получения факторов аномального рассеяния из спектров рентгеновской флуоресценции". J. Appl. Crystallogr . 34 (1): 82–86. doi :10.1107/S0021889800014655.
- Shake-and-Bake ( SnB ) — Smith GD, Nagar B, Rini JM, Hauptman HA, Blessing RH (1998). «Использование Snb для определения аномальной рассеивающей субструктуры». Acta Crystallogr D. 54 ( Pt 5): 799–804. Bibcode : 1998AcCrD..54..799S. doi : 10.1107/S0907444997018805. PMID 9757093.
- SHELX — Sheldrick GM (1998). "SHELX: приложения к макромолекулам". В S Fortier (ред.). Прямые методы решения макромолекулярных структур . Дордрехт: Kluwer Academic Publishers. стр. 401–411. ISBN 0-7923-4949-0.
Учебники и примеры
- Эванс, Гвиндаф (октябрь 1994 г.). «Метод многоволновой аномальной дифракции с использованием синхротронного излучения при оптимальных энергиях рентгеновских лучей: применение в кристаллографии белков». Кандидатская диссертация . Университет Уорика.
