stringtranslate.com

Пептидилтрансферазный центр

Пептидилтрансферазный центр ( EC 2.3.2.12) представляет собой рибозим аминоацилтрансферазы (фермент РНК), расположенный в большой субъединице рибосомы . Он образует пептидные связи между соседними аминокислотами в процессе трансляции биосинтеза белка . [1] Он также отвечает за гидролиз пептидил-тРНК, что позволяет высвобождать синтезированную пептидную цепь в конце трансляции. [2] Активность пептидилтрансферазы не опосредована никакими рибосомальными белками, а полностью рибосомальной РНК (рРНК). Пептидилтрансферазный центр является важным доказательством, подтверждающим гипотезу Мира РНК . [2]

У прокариот рибосомальная субъединица 50S ( компонент 23S ) содержит пептидилтрансферазный центр и действует как рибозим. Пептидилтрансферазный центр на субъединице 50S находится на нижних кончиках (акцепторных концах) тРНК A- и P-сайтов. [ 3] : 1062 

У эукариот рибосомальная субъединица 60S ( компонент 28S ) содержит пептидилтрансферазный центр и действует как рибозим.

Пептидилтрансферазы не ограничиваются трансляцией, но существует относительно немного ферментов с этой функцией. [ необходима цитата ]

Механизм

Субстратами для реакции пептидилтрансферазы являются две молекулы тРНК : одна в пептидильном сайте , несущая растущую пептидную цепь, и другая в аминоацильном сайте , несущая аминокислоту, которая будет добавлена ​​к цепи. Пептидильная цепь и входящая аминокислота прикреплены к своим соответствующим тРНК посредством эфирных связей с атомом кислорода на 3'-концах этих тРНК. [3] : 437–8  3'-концы всех тРНК имеют универсально консервативную последовательность CCA. [4] Выравнивание между концами CCA связанной с рибосомой пептидилтРНК и аминоацильной тРНК в пептидилтрансферазном центре способствует образованию пептидной связи, обеспечивая правильную ориентацию для протекания реакции. [5] Эта реакция происходит посредством нуклеофильного замещения. Аминогруппа аминоацильной тРНК атакует концевую карбонильную группу пептидилтРНК. Реакция протекает через тетраэдрический промежуточный продукт и потерю тРНК P-сайта в качестве уходящей группы. [2]

При гидролизе пептидил-тРНК используется тот же механизм, но с молекулой воды в качестве нуклеофила. [2]

Ингибиторы антибиотиков

Следующие ингибиторы синтеза белка воздействуют на центр пептидилтрансферазы:

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Tirumalai MR, Rivas M, Tran Q, Fox GE (декабрь 2021 г.). «Центр пептидилтрансферазы: окно в прошлое». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 85 (4): e0010421. doi :10.1128/MMBR.00104-21. PMC  8579967. PMID  34756086 .
  2. ^ abcd Polacek N, Mankin AS (январь 2005). "Рибосомальный пептидилтрансферазный центр: структура, функция, эволюция, ингибирование". Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology . 40 (5): 285–311. doi :10.1080/10409230500326334. PMID  16257828.
  3. ^ ab Garrett RH, Grisham CM (2012). Биохимия (5-е изд.). Belmont CA: Brooks/Cole. ISBN 978-1-133-10629-6.
  4. ^ Hou YM (апрель 2010 г.). «Добавление CCA к тРНК: последствия для контроля качества тРНК». IUBMB Life . 62 (4): 251–260. doi :10.1002/iub.301. PMC 2848691. PMID  20101632 . 
  5. ^ Moore PB, Steitz TA (февраль 2003 г.). «После структур рибосомы: как работает пептидилтрансфераза?». РНК . 9 (2): 155–159. doi :10.1261/rna.2127103. PMC 1370378. PMID  12554855 . 
  6. ^ Gu Z, Harrod R, Rogers EJ, Lovett PS (июнь 1994 г.). «Лидирующие пептиды антипептидилтрансферазы генов устойчивости к хлорамфениколу, регулируемых ослаблением». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 91 (12): 5612–5616. Bibcode : 1994PNAS...91.5612G. doi : 10.1073/pnas.91.12.5612 . PMC 44046. PMID  7515506 . 
  7. ^ Long KS, Hansen LH, Jakobsen L, Vester B (апрель 2006 г.). «Взаимодействие производных плевромутилина с центром рибосомальной пептидилтрансферазы». Antimicrobial Agents and Chemotherapy . 50 (4): 1458–1462. doi : 10.1128 /AAC.50.4.1458-1462.2006. PMC 1426994. PMID  16569865. 
  8. ^ Kaiser G. "Ингибиторы синтеза белка: анимация механизма действия макролидов. Классификация агентов". Pharmamotion . Общественный колледж округа Балтимор. Архивировано из оригинала 26 декабря 2008 г. Получено 31 июля 2009 г.

Внешние ссылки