Порог статистической значимости для генетических ассоциаций
В исследованиях ассоциаций по всему геному , общегеномная значимость (сокращенно GWS ) является определенным порогом для определения статистической значимости зарегистрированной ассоциации между данным однонуклеотидным полиморфизмом (SNP) и данным признаком . Наиболее общепринятым порогом является p < 5 × 10−8 , который основан на выполнении поправки Бонферрони для всех независимых общих SNP по всему геному человека . [1] Если в исследовании ассоциаций по всему геному обнаруживается, что p -значение ниже этого порога, нулевая гипотеза об отсутствии истинной ассоциации SNP, как правило, отклоняется. [2] Однако этот порог подвергался некоторой критике, и исследование 2012 года показало, что значительное количество ассоциаций со значениями p чуть выше этого порога являются подлинными, воспроизводимыми ассоциациями. Авторы этого исследования пришли к выводу, что их открытие «...предполагает возможное ослабление текущего порога GWS». [3] Совсем недавно было высказано предположение, что общепринятый порог следует изменить, чтобы учесть растущую распространенность низкочастотных генетических вариантов в исследованиях ассоциаций по всему геному. [4]
Ссылки
- ^ Xu, ChangJiang; Tachmazidou, Ioanna; Walter, Klaudia; Ciampi, Antonio; Zeggini, Eleftheria; Greenwood, Celia MT ; the UK10K Consortium (апрель 2014 г.). «Оценка общегеномной значимости для исследований по секвенированию всего генома: общегеномная значимость редких вариантов». Genetic Epidemiology . 38 (4): 281–290. doi :10.1002/gepi.21797. PMC 4489336 . PMID 24676807.
{{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка ) - ^ Редер, Кэтрин; Вассерман, Ларри (ноябрь 2009 г.). «Уровни значимости генома и взвешенная проверка гипотез». Статистическая наука . 24 (4): 398–413. doi :10.1214/09-STS289. ISSN 0883-4237. PMC 2920568. PMID 20711421 .
- ^ Панагиоту, Орестис А.; Иоаннидис, Джон ПА; для проекта Genome-Wide Significance Project (февраль 2012 г.). «Каким должен быть порог значимости для всего генома? Эмпирическая репликация пограничных генетических ассоциаций». Международный журнал эпидемиологии . 41 (1): 273–286. doi : 10.1093/ije/dyr178 . ISSN 0300-5771. PMID 22253303.
- ^ Fadista, João; Manning, Alisa K.; Florez, Jose C.; Groop, Leif (август 2016 г.). «(Знаменитый) порог P-значения GWAS пересмотрен и обновлен для низкочастотных вариантов». European Journal of Human Genetics . 24 (8): 1202–1205. doi :10.1038/ejhg.2015.269. ISSN 1476-5438. PMC 4970684 . PMID 26733288.
