stringtranslate.com

Международный комитет по таксономии вирусов

Международный комитет по таксономии вирусов ( ICTV ) авторизует и организует таксономическую классификацию и номенклатуру вирусов . [1] [2] [3] ICTV разрабатывает универсальную таксономическую схему для вирусов и, таким образом, имеет средства для надлежащего описания, наименования и классификации каждого таксона вируса. Члены Международного комитета по таксономии вирусов считаются экспертами -вирусологами . [4] ICTV был сформирован из Отдела вирусологии Международного союза микробиологических обществ и управляется им . [5] Детальная работа, такая как идентификация новых таксонов и установление границ видов, родов, семейств и т. д., обычно выполняется исследовательскими группами экспертов в семействах. [2]

История

Международный комитет по номенклатуре вирусов (ICNV) был создан в 1966 году на Международном конгрессе по микробиологии в Москве для стандартизации наименования таксонов вирусов. [6] ICVN опубликовал свой первый отчет в 1971 году. [6] Для вирусов, инфицирующих позвоночных , первый отчет включал 19 родов, 2 семейства и еще 24 неклассифицированные группы. [ необходима ссылка ]

В 1974 году ICNV был переименован в Международный комитет по таксономии вирусов. [6]

Организационная структура

Организация разделена на исполнительный комитет, который включает членов и руководителей с фиксированными выборными должностями, а также напрямую назначенных глав семи подкомитетов. Каждый глава подкомитета, в свою очередь, назначает многочисленные «исследовательские группы», каждая из которых состоит из одного председателя и переменного числа членов, посвященных таксономии определенного таксона, такого как отряд или семейство. Эту структуру можно визуализировать следующим образом: [7]

Исполнительный комитет
Подкомитеты

Цели

Целями Международного комитета по таксономии вирусов являются: [8] : §3 

  1. Разработать согласованную на международном уровне таксономию вирусов.
  2. Установить согласованные на международном уровне названия для таксонов вирусов.
  3. Доводить до сведения вирусологов принятые решения по классификации и номенклатуре вирусов путем проведения совещаний и публикации отчетов.
  4. Вести официальный индекс согласованных названий таксонов вирусов.
  5. Изучить воздействие вирусов на современное общество и их поведение.

Принципы номенклатуры

Основные принципы номенклатуры вирусов ICTV: [9] : §2.1 

Универсальная система классификации вирусов ICTV использует слегка измененную версию стандартной биологической системы классификации. Она распознает только порядок таксонов , семейство, подсемейство, род и вид. Когда неясно, как классифицировать вид в род, но его классификация в семействе ясна, он будет классифицирован как нераспределенный вид этого семейства. Многие таксоны остаются неранжированными. Также, по состоянию на 2005 год, последовательности GenBank были назначены 3142 «видам», которые не учитываются в отчете ICTV (однако из-за того, как работает GenBank, фактическое число надлежащих видов, вероятно, значительно меньше). [2] Ожидается, что число неидентифицированных вирусных последовательностей будет только увеличиваться, поскольку скорость секвенирования вирусов резко возрастет. [2]

ICTV добилась поразительных успехов в достижении стабильности с момента своего создания в 1962 году. Например, каждый род и семейство, признанные в 1980-х годах, продолжали использоваться по состоянию на 2005 год. [2]

Наименование и изменение таксонов

Предложения по новым названиям, изменениям названий, а также установлению и таксономическому размещению таксонов рассматриваются исполнительным комитетом ICTV в форме предложений. Все соответствующие подкомитеты и исследовательские группы ICTV консультируются перед принятием решения. [9] : §3.8,3.19 

Название таксона не имеет официального статуса до тех пор, пока оно не будет одобрено ICTV, и названия будут приняты только в том случае, если они связаны с одобренными иерархическими таксонами. [9] : §2.4,3.7  Если для таксона не предложено подходящего названия, таксон может быть одобрен, а название может остаться неопределенным до принятия приемлемого международного названия, когда оно будет предложено и одобрено ICTV. [ необходима цитата ] Названия не должны передавать значение таксона, которое, по-видимому, либо исключает вирусы, которые по праву являются членами этого таксона, либо исключает членов, которые могут однажды принадлежать этому таксону, либо включает вирусы, которые являются членами других таксонов. [9] : §3.17 

В вирусологии не существует принципа приоритета , поэтому название, используемое в настоящее время, не может быть признано недействительным путем заявления о приоритете. [9] : §3.10 

Правила для таксонов

Разновидность

С 2020 года [10] Вирусный кодекс требует использования биномиальных названий для новых видов: род, за которым следует видовой эпитет. [9] : §3.21  Название вида должно обеспечивать соответствующую однозначную идентификацию вида. [9] : §3.22 

До этого действовала более либеральная система наименований: название вида должно состоять из как можно меньшего количества слов, но не должно состоять только из имени хозяина и слова « вирус» . Цифры, буквы или их комбинации могут использоваться в качестве эпитетов видов , если такие цифры и буквы уже широко используются. Однако вновь назначенные серийные номера, буквы или их комбинации не являются приемлемыми в качестве эпитетов видов. Если серия цифр или букв уже существует, она может быть продолжена. [ необходима цитата ]

Генера

Род вируса — это группа родственных видов, которые разделяют некоторые существенные свойства и часто различаются только диапазоном хозяев и вирулентностью. Название рода должно состоять из одного слова, заканчивающегося суффиксом -virus . Утверждение нового рода должно сопровождаться утверждением типового вида . [9] : §3.24 

Подсемейства

Подсемейство — это группа родов, имеющих определенные общие признаки. Таксон должен использоваться только тогда, когда это необходимо для решения сложной иерархической проблемы. Название подсемейства должно состоять из одного слова, заканчивающегося суффиксом -virinae . [ 9] : §3.24 

Семьи

Семейство — это группа родов, независимо от того, организованы ли они в подсемейства или нет, разделяющих некоторые общие черты друг с другом. Название семейства должно быть одним словом, заканчивающимся на суффикс -viridae . [ 9] : §3.24 

Заказы

Порядок — это группа семейств, разделяющих некоторые общие признаки. Название порядка должно быть одним словом, заканчивающимся суффиксом -viraliales . [ 9] : §3.24 

Правила для субвирусных агентов

Правила, касающиеся классификации вирусов, также применяются к классификации вироидов . Формальными окончаниями для таксонов вироидов являются слово viroid для видов, суффикс -viroid для родов, суффикс -viroinae для подсемейств, если этот таксон необходим, и -viroidae для семейств. [9] : §3.26  Похожая система используется для спутников и вириформных организмов, заменяя -vir- в обычных окончаниях таксонов на -satellit- и -viriform- . [9] : §3.26  [ когда? ]

Ретротранспозоны считаются вирусами в классификации и номенклатуре. Прионы не классифицируются как вирусы, но им присваивается произвольная классификация, которая кажется полезной для работников в определенных областях. [ необходима цитата ]

Правила орфографии

  1. В формальной таксономической терминологии принятые названия отрядов, семейств, подсемейств и родов вирусов печатаются курсивом, а первые буквы названий пишутся с заглавной буквы. [11]
  2. Названия видов печатаются курсивом и имеют первую букву первого слова заглавной. Другие слова не пишутся с заглавной буквы, если только они не являются именами собственными или частями имен собственных.
  3. В официальном употреблении название таксона должно предшествовать названию таксономической единицы.

Классификация вирусов, обнаруженных метагеномикой

Признавая важность вирусной метагеномики, ICTV признает, что геномы, собранные из метагеномных данных, представляют собой реальные вирусы, и призывает к их официальной классификации в соответствии с теми же процедурами, которые используются для вирусов, выделенных и охарактеризованных с использованием классических подходов вирусологии. [12] [13]

ICTV сообщает

ICTV публиковал отчеты по таксономии вирусов примерно дважды в десятилетие с 1971 года (перечислены ниже - «Отчеты»). Девятый отчет ICTV был опубликован в декабре 2011 года; [14] его содержимое теперь доступно бесплатно на веб-сайте ICTV. [15] Начиная с 2017 года десятый отчет ICTV будет публиковаться онлайн на веб-сайте ICTV [16] [17] и будет доступен бесплатно с отдельными главами, обновляемыми на постоянной основе. Таксономия 2018 года доступна онлайн, [18] включая загружаемую таблицу Excel всех признанных видов.

База данных ICTVdb

ICTVdb — это база данных видов и изолятов, которая была предназначена для использования в качестве дополнения к базе данных таксономии ICTV. Разработка ICTVdB поддерживается ICTV с 1991 года и изначально была предназначена для содействия таксономическим исследованиям. База данных классифицирует вирусы, основываясь в первую очередь на их химических характеристиках, геномном типе, репликации нуклеиновой кислоты , болезнях, векторах и географическом распространении, среди прочих характеристик. [ необходима ссылка ]

База данных была разработана в Австралийском национальном университете при поддержке Национального научного фонда США и спонсировалась Американской коллекцией типовых культур . Она использует систему языка описания таксономии ( DELTA ), мировой стандарт для обмена таксономическими данными, разработанный в Австралийской организации научных и промышленных исследований (CSIRO). DELTA способна хранить широкий спектр данных и переводить их на язык, подходящий для традиционных отчетов и веб-публикаций. Например, ICTVdB сама по себе не содержит информацию о геномной последовательности, но может преобразовывать данные DELTA в формат NEXUS. [19] Она также может обрабатывать большие объемы входных данных и подходит для составления длинных списков свойств вирусов, текстовых комментариев и изображений.

ICTVdB развился в плане концепции и возможностей, став крупным справочным ресурсом и исследовательским инструментом; в 1999 году он получал более 30 000 общих онлайн-посещений в день со своего основного сайта в Австралийском национальном университете и двух зеркальных сайтов, базирующихся в Великобритании и Соединенных Штатах. [20]

В 2011 году ICTV решила приостановить проект и веб-сайт ICTVdb. Это решение было принято после того, как стало очевидно, что таксономия, представленная на сайте, устарела на много лет, и что часть информации на сайте была неточной из-за проблем с тем, как база данных запрашивалась и обрабатывалась для поддержки вывода на естественном языке веб-сайта ICTVdb. ICTV начала обсуждение того, как лучше всего исправить эти проблемы, но решила, что временные рамки для обновлений и исправления ошибок были достаточно длительными, поэтому лучше закрыть сайт, чем продолжать публиковать неточную информацию. [ необходима цитата ] По состоянию на август 2013 года база данных остается приостановленной. [3] Согласно некоторым мнениям, «ICTV также должна продвигать использование публичной базы данных для замены базы данных ICTV в качестве хранилища первичных метаданных отдельных вирусов и должна публиковать выдержки из отчетов ICTV в этой базе данных, чтобы они были «открытыми». [3] База данных была восстановлена ​​в 2017 году. [17]

Отчеты

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Кинг, Эндрю MQ; Лефковиц, Э.; Адамс, М.Дж.; Карстенс, Э.Б. (2012). Классификация и номенклатура вирусов: Девятый доклад Международного комитета по таксономии вирусов. Elsevier. ISBN 978-0-12-384684-6. Архивировано из оригинала 10 декабря 2017 . Получено 13 апреля 2017 .
  2. ^ abcde Fauquet, CM; Fargette, D. (2005 ) . "Международный комитет по таксономии вирусов и 3142 нераспределенных вида". Virology Journal . 2 : 64. doi : 10.1186/1743-422X-2-64 . PMC 1208960. PMID  16105179. 
  3. ^ abc Gibbs, AJ (2013). «Вирусной таксономии нужна генеральная уборка; эпоха ее исследований закончилась». Virology Journal . 10 : 254. doi : 10.1186/1743-422X-10-254 . PMC 3751428. PMID  23938184 . 
  4. ^ "Банковские разнообразные данные – Истоки ICTVdB". 13 ноября 2005 г. Архивировано из оригинала 13 ноября 2005 г. Получено 6 апреля 2018 г.
  5. ^ "Международный союз микробиологических обществ (IUMS)". Архивировано из оригинала 30 сентября 2007 г. Получено 22 июня 2006 г.
  6. ^ abc Kuhn, Jens H. (2021). «Таксономия вирусов». Энциклопедия вирусологии . 1 : 28–37. doi :10.1016/B978-0-12-809633-8.21231-4. ISBN 9780128145166. ЧМЦ  7157452 .
  7. ^ "Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)". ictv.global . Получено 13 сентября 2023 г. .
  8. ^ «Устав Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV)». ICTV . Март 2023 г.
  9. ^ abcdefghijklm "Международный кодекс классификации и номенклатуры вирусов (ICVCN)". ICTV . Март 2021 г.
  10. ^ Chappell, Bill (1 августа 2022 г.). «Критики говорят, что «оспы обезьян» — расистское название. Но в ближайшее время оно никуда не денется». NPR . Получено 18 декабря 2023 г. И хотя ICTV заявляет, что официальное название вируса оспы обезьян может измениться в течение следующего года или двух, пересмотр не станет ответом на текущую вспышку. Вместо этого это часть широкого обзора соглашений об именовании всех видов вирусов, включая оспы обезьян, после того, как ICTV приняла изменения в 2020 г. для стандартизации своего формата наименования.
  11. ^ Али, Мухаммад (2016). «К последовательной номенклатуре вирусов растений». Virologica Sinica . 31 (3): 197–198. doi :10.1007/s12250-016-3741-5. PMC 8193424. PMID 27052507.  S2CID 10162214  . 
  12. ^ Симмондс П., Адамс М.Дж., Бенко М., Брейтбарт М. , Бристер Дж.Р., Карстенс Э.Б., Дэвисон А.Дж., Делварт Э., Горбаленья А.Е., Харрах Б., Халл Р., Кинг AMQ, Кунин Е.В., Крупович М., Кун Дж.Х., Лефковиц Э.Дж., Ниберт МЛ, Ортон Р., Руссинк М.Дж., Сабанадзович С., Салливан М.Б., Саттл Калифорния, Теш Р.Б., ван дер Влугт Р.А., Варсани А., Зербини Ф.М. (2017). «Заявление о консенсусе: таксономия вирусов в эпоху метагеномики» (PDF) . Обзоры природы Микробиология . 15 (3): 161–168. дои : 10.1038/nrmicro.2016.177 . PMID  28134265. Архивировано (PDF) из оригинала 23 июля 2018 г. Получено 18 октября 2019 г.
  13. ^ Адамс М.Дж., Лефковиц Э.Дж., Кинг А.М., Харрах Б., Харрисон Р.Л., Ноулз Н.Дж., Кропински А.М., Крупович М., Кун Дж.Х., Мушегян А.Р., Ниберт М.Л., Сабанадзович С., Санфасон Х., Сидделл С.Г., Симмондс П., Варсани А., Зербини FM, Ортон Р.Дж., Смит Д.Б., Горбаленя А.Е., Дэвисон А.Дж. (2017). «50 лет Международному комитету по таксономии вирусов: прогресс и перспективы» (PDF) . Архив вирусологии . 162 (5): 1441–1446. дои : 10.1007/s00705-016-3215-y . PMID  28078475. Архивировано (PDF) из оригинала 23 июля 2018 г. Получено 17 сентября 2019 г.
  14. ^ Кинг, Эндрю М.К. и др., ред. (2012). Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов: девятый отчет Международного комитета по таксономии вирусов. Лондон: Academic Press. ISBN 978-0123846846. Архивировано из оригинала 11 сентября 2014 . Получено 9 декабря 2014 .
  15. ^ ab "Virus Taxonomy: The Classification and Nomenclature of Viruses; The 9th Report of the ICTV (2011)". Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Архивировано из оригинала 2 апреля 2019 года . Получено 18 октября 2019 года .– не включает содержание части III (содержит устав и Кодекс ICTV)
  16. ^ ab "Virus Taxonomy: The Classification and Nomenclature of Viruses; The 10th Report of the ICTV". Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Архивировано из оригинала 1 июля 2019 года . Получено 18 октября 2019 года .
  17. ^ ab Lefkowitz, EJ; Dempsey, DM; Hendrickson, RC; Orton, RJ; Siddell, SG; Smith, DB (4 января 2018 г.). «Таксономия вирусов: база данных Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV)». Nucleic Acids Research . 46 (D1): D708–D717. doi :10.1093/nar/gkx932. PMC 5753373. PMID  29040670 . 
  18. ^ "Текущий выпуск таксономии ICTV". Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Архивировано из оригинала 4 марта 2018 года . Получено 18 октября 2019 года .
  19. ^ Maddison DR, Swofford DL, Maddison WP (декабрь 1997 г.). «NEXUS: расширяемый формат файла для систематической информации». Syst. Biol . 46 (4): 590–621. doi : 10.1093/sysbio/46.4.590 . PMID  11975335. S2CID  30267491.
  20. ^ "Банковские разнообразные данные - Истоки ICTVdB". 13 ноября 2005 г. Архивировано из оригинала 13 ноября 2005 г. Получено 18 октября 2019 г.

Внешние ссылки

Wikidata имеет свойство:
  • БЕЗ ЭТИКЕТКИ (P1076) (см. применение )