stringtranslate.com

Домен RING на пальце

В молекулярной биологии домен пальца RING (сокращение от Really Interesting New Gene ) представляет собой структурный домен белка типа « цинковый палец », который содержит аминокислотный мотив C 3 HC 4 , который связывает два катиона цинка (семь цистеинов и один гистидин) . расположены непоследовательно). [2] [3] [4] [5] Этот белковый домен содержит от 40 до 60 аминокислот. Многие белки, содержащие RING-палец, играют ключевую роль в пути убиквитинирования .

Цинковые пальцы

Домены цинкового пальца (Znf) представляют собой относительно небольшие белковые мотивы , которые связывают один или несколько атомов цинка и которые обычно содержат множество пальцеобразных выступов, которые образуют тандемные контакты с молекулой-мишенью. Они связывают ДНК , РНК , белковые и/или липидные субстраты. [6] [7] [8] [9] [10] Их связывающие свойства зависят от аминокислотной последовательности пальцевых доменов и линкера между пальцами, а также от структур более высокого порядка и количества пальцев. Домены Znf часто встречаются в кластерах, где пальцы могут иметь разную специфичность связывания. Существует множество суперсемейств мотивов Znf, различающихся как по последовательности, так и по структуре. Они демонстрируют значительную универсальность в способах связывания, даже между членами одного и того же класса (например, некоторые связывают ДНК, другие белки), указывая тем самым, что мотивы Znf представляют собой стабильные каркасы, которые развили специализированные функции. Например, Znf-содержащие белки участвуют в транскрипции генов , трансляции, транспортировке мРНК, организации цитоскелета , развитии эпителия, клеточной адгезии , сворачивании белков , ремоделировании хроматина и чувствительности к цинку. [11] Цинк-связывающие мотивы представляют собой стабильные структуры и редко претерпевают конформационные изменения при связывании с мишенью.

Некоторые домены пальцев цинка разошлись так, что они все еще сохраняют свою основную структуру, но утратили способность связывать цинк, используя другие средства, такие как солевые мостики или связывание с другими металлами, для стабилизации пальцеобразных складок.

Функция

Многие домены RING-пальцев одновременно связывают ферменты убиквитинирования и их субстраты и, следовательно, функционируют как лигазы . Убиквитинирование, в свою очередь, нацелено на деградацию белка-субстрата. [12] [13] [14]

Состав

Домен RING-пальца имеет консенсусную последовательность C -X 2 - C -X [9-39] - C -X [1-3] - H -X [2-3] - C -X 2 - C -X [4] -48] -С - Х 2 - С . [2] где:

Ниже приводится схематическое изображение структуры домена пальца RING: [2]

 хххххх хххх хххх хххх CCCC х\/хх\/х х Zn xx Zn x С/\HC/\С хххх ххххххххххх

Примеры

Примеры генов человека , которые кодируют белки, содержащие домен RING-пальца, включают:

AMFR , BARD1 , BBAP , BFAR, BIRC2 , BIRC3 , BIRC7 , BIRC8, BMI1 , BRAP , BRCA1 , CBL , CBLB , CBLC , CBLL1 , CHFR , CNOT4 , COMMD3, DTX1 , DTX2 , DTX3 , DTX3L , DTX4 , DZIP3 , ХГЧВ , HLTF , HOIL-1 , IRF2BP2 , LNX1 , LNX2, LONRF1, LONRF2, LONRF3, МАРТ1, МАРТ10, МАРТ2 , МАРТ3, МАРТ4, МАРТ5 , МАРТ6 , МАРТ7 , МАРТ8, МАРТ9, MDM2 , MEX3A, MEX3B , MEX3C, 3Д , МГРН1, MIB1 , MID1 , MID2 , MKRN1, MKRN2, MKRN3 , MKRN4, MNAT1 , MYLIP , NFX1 , NFX2, PCGF1 , PCGF2 , PCGF3, PCGF4 , PCGF5 , PCGF6 , PDZRN3 , PDZRN4, PEX10 , PHRF1, PJA1 , PJA2 , МЛ , ПМЛ- RAR, PXMP3 , RAD18 , RAG1 , RAPSN , RBCK1 , RBX1 , RC3H1 , RC3H2, RCHY1 , RFP2, RFPL1, RFPL2, RFPL3, RFPL4B , RFWD2 , RFWD3, RING1 , RNF2 , RNF4 , RNF5 , RNF6, RNF7 , RNF8 , 10 , РНФ11 , РНФ12 , РНФ13 , РНФ14 , РНФ19А , РНФ20 , РНФ24 , РНФ25 , РНФ26 , РНФ32 , РНФ38 , РНФ39 , РНФ40 , РНФ41 , РНФ43 , РНФ44, РНФ55 , РНФ71 , РНФ103,РНФ111 , РНФ113А , РНФ113Б, РНФ121, РНФ122 , РНФ123, РНФ125 , РНФ126, РНФ128, РНФ130 , РНФ133, РНФ135, РНФ138, РНФ139 , РНФ141, РНФ144А , РНФ145, РНФ146, 148 , РНФ149, РНФ150, РНФ151, РНФ152, РНФ157 , РНФ165, RNF166, RNF167, RNF168, RNF169, RNF170, RNF175, RNF180, RNF181, RNF182, RNF185, RNF207, RNF213, RNF215 , RNFT1, SH3MD4, SH3RF1 , SH3RF2 , SYVN1 , TIF1, TMEM118, РС , ТРАФ2 , ТРАФ3 , ТРАФ4 , ТРАФ5 , TRAF6 , TRAF7, TRAIP , TRIM2, TRIM3 , TRIM4 , TRIM5 , TRIM6 , TRIM7 , TRIM8, TRIM9 , TRIM10, TRIM11 , TRIM13 , TRIM15 , TRIM17 , TRIM21 , TRIM22 , TRIM23 , TRIM24 , TRIM25 , TRIM26 , TRIM27 , TRIM28 , ТРИМ31 , TRIM32 , TRIM33 , TRIM34, TRIM35, TRIM36, TRIM38, TRIM39 , TRIM40, TRIM41, TRIM42, TRIM43 , TRIM45, TRIM46 , TRIM47, TRIM48, TRIM49, TRIM50, TRIM52 , TRIM54 , TRIM55 , TRIM56, TRIM59, ТРИМ60, ТРИМ61, TRIM62 , TRIM63 , TRIM65, TRIM67, TRIM68 , TRIM69 , TRIM71, TRIM72, TRIM73, TRIM74, TRIML1, TTC3 , UHRF1 , UHRF2 , VPS11 , VPS8, ZNF179, ZNF294, ZNF313, ZNF364, ZNF451 , , ЗНФБ7, ЗНРФ1 , ЗНРФ2, ZNRF3, ZNRF4 и ZSWIM2.

Рекомендации

  1. ^ Барлоу П.Н., Луизи Б., Милнер А., Эллиотт М., Эверетт Р. (март 1994 г.). «Структура домена C3HC4 методом 1H-спектроскопии ядерного магнитного резонанса. Новый структурный класс цинковых пальцев». Дж. Мол. Биол . 237 (2): 201–11. дои : 10.1006/jmbi.1994.1222. ПМИД  8126734.
  2. ^ abc Borden KL, Freemont PS (1996). «Домен RING-пальца: недавний пример семейства последовательностей-структур». Курс. Мнение. Структура. Биол . 6 (3): 395–401. дои : 10.1016/S0959-440X(96)80060-1. ПМИД  8804826.
  3. ^ Хэнсон И.М., Пустка А., Троусдейл Дж. (1991). «Новые гены в области класса II главного комплекса гистосовместимости человека». Геномика . 10 (2): 417–24. дои : 10.1016/0888-7543(91)90327-Б. ПМИД  1906426.
  4. ^ Фримонт PS, Хэнсон IM, Троусдейл Дж (1991). «Новый мотив последовательности, богатой цистеином». Клетка . 64 (3): 483–4. дои : 10.1016/0092-8674(91)90229-R . ПМИД  1991318.
  5. ^ Ловеринг Р., Хэнсон И.М., Борден К.Л., Мартин С., О'Рейли Нью-Джерси, Эван Джи, Рахман Д., Паппин DJ, Троусдейл Дж., Фримонт PS (1993). «Идентификация и предварительная характеристика белкового мотива, связанного с цинковым пальцем». Учеб. Натл. акад. наук. США . 90 (6): 2112–6. Бибкод : 1993PNAS...90.2112L. дои : 10.1073/pnas.90.6.2112 . ПМК 46035 . ПМИД  7681583. 
  6. ^ Клюг А (1999). «Пептиды цинковых пальцев для регуляции экспрессии генов». Дж. Мол. Биол . 293 (2): 215–8. дои : 10.1006/jmbi.1999.3007. ПМИД  10529348.
  7. ^ Холл ТМ (2005). «Множественные способы распознавания РНК белками цинковых пальцев». Курс. Мнение. Структура. Биол . 15 (3): 367–73. doi :10.1016/j.sbi.2005.04.004. ПМИД  15963892.
  8. ^ Браун Р.С. (2005). «Белки с цинковыми пальцами: контроль над РНК». Курс. Мнение. Структура. Биол . 15 (1): 94–8. doi :10.1016/j.sbi.2005.01.006. ПМИД  15718139.
  9. ^ Гамсьегер Р., Лью К.К., Лафлин Ф.Е., Кроссли М., Маккей Дж.П. (2007). «Липкие пальцы: цинковые пальцы как мотив распознавания белков». Тенденции биохимии. Наука . 32 (2): 63–70. doi :10.1016/j.tibs.2006.12.007. ПМИД  17210253.
  10. ^ Мэтьюз Дж. М., Сунде М. (2002). «Цинковые пальцы — складки на много раз». ИУБМБ Жизнь . 54 (6): 351–5. дои : 10.1080/15216540216035 . PMID  12665246. S2CID  22109146.
  11. ^ Лейти Дж.Х., Ли Б.М., Райт П.Е. (2001). «Белки цинковых пальцев: новое понимание структурного и функционального разнообразия». Курс. Мнение. Структура. Биол . 11 (1): 39–46. дои : 10.1016/S0959-440X(00)00167-6. ПМИД  11179890.
  12. ^ Лорик К.Л., Дженсен Дж.П., Фанг С., Онг А.М., Хатакеяма С., Вайсман А.М. (1999). «КОЛЬЦЕВЫЕ пальцы опосредуют убиквитинирование, зависимое от убиквитин-конъюгирующего фермента (E2)». Учеб. Натл. акад. наук. США . 96 (20): 11364–9. Бибкод : 1999PNAS...9611364L. дои : 10.1073/pnas.96.20.11364 . ЧВК 18039 . ПМИД  10500182. 
  13. ^ Жоазейро, Калифорния, Вайсман А.М. (2000). «Белки RING Finger: медиаторы активности убиквитинлигазы». Клетка . 102 (5): 549–52. дои : 10.1016/S0092-8674(00)00077-5 . ПМИД  11007473.
  14. ^ Фримонт PS (2000). «КОЛЬЦО на разрушение?». Курс. Биол . 10 (2): Р84–7. дои : 10.1016/S0960-9822(00)00287-6 . ПМИД  10662664.

Внешние ссылки

В эту статью включен текст из общественного достояния Pfam и InterPro : IPR001841.