stringtranslate.com

Мутация сдвига рамки считывания

Различные типы мутаций инделей. Панель C — это просто делеция, а не мутация сдвига рамки считывания.

Мутация со сдвигом рамки считывания (также называемая ошибкой кадрирования или сдвигом рамки считывания ) — это генетическая мутация, вызванная инделами ( вставками или делециями ) ряда нуклеотидов в последовательности ДНК, которая не делится на три. Из-за триплетной природы экспрессии генов кодонами вставка или делеция может изменить рамку считывания (группировку кодонов), что приведет к совершенно иной трансляции по сравнению с оригиналом. Чем раньше в последовательности происходит делеция или вставка, тем больше изменяется белок. [1] Мутация со сдвигом рамки считывания — это не то же самое, что полиморфизм одного нуклеотида , при котором нуклеотид заменяется, а не вставляется или удаляется. Мутация со сдвигом рамки считывания в целом приведет к тому, что считывание кодонов после мутации будет кодировать разные аминокислоты. Мутация со сдвигом рамки считывания также изменит первый стоп-кодон («UAA», «UGA» или «UAG»), встречающийся в последовательности. Создаваемый полипептид может быть аномально коротким или аномально длинным и, скорее всего, не будет функциональным. [2]

Мутации со сдвигом рамки считывания очевидны при тяжелых генетических заболеваниях, таких как болезнь Тея-Сакса ; они повышают восприимчивость к определенным видам рака и классам семейной гиперхолестеринемии ; в 1997 году [3] мутация со сдвигом рамки считывания была связана с устойчивостью к инфицированию ретровирусом ВИЧ. Мутации со сдвигом рамки считывания были предложены в качестве источника биологической новизны, как и в случае с предполагаемым созданием нейлоназы , однако эта интерпретация является спорной. Исследование Негоро и др. (2006) [4] показало, что мутация со сдвигом рамки считывания вряд ли была причиной, и что скорее замена двух аминокислот в активном центре предковой эстеразы привела к нейлоназе.

Фон

Информация, содержащаяся в ДНК, определяет функцию белка в клетках всех организмов. Транскрипция и трансляция позволяют передавать эту информацию для создания белков. Однако ошибка в прочтении этой информации может привести к неправильной функции белка и в конечном итоге вызвать заболевание, даже если клетка применяет различные корректирующие меры. Генетическая информация передается ДНК для синтеза белка в клетках. Неправильная интерпретация может привести к неправильной функции и заболеванию, несмотря на клеточные механизмы коррекции.

Модель центральной догмы

Центральная догма

В 1956 году Фрэнсис Крик описал поток генетической информации от ДНК к определенному расположению аминокислот для создания белка как центральную догму. [1] Для того, чтобы клетка правильно функционировала, белки должны быть произведены точно для структурной и каталитической активности. Неправильно созданный белок может иметь пагубные последствия для жизнеспособности клетки и в большинстве случаев привести к тому, что высший организм станет нездоровым из-за ненормальных клеточных функций. Чтобы гарантировать, что геном успешно передает информацию, в репликацию ДНК включены механизмы корректуры , такие как экзонуклеазы и системы исправления несоответствий . [1]

Транскрипция и перевод

Процесс перевода​

После репликации ДНК считывание выбранного раздела генетической информации осуществляется путем транскрипции . [1] Нуклеотиды, содержащие генетическую информацию, теперь находятся на одноцепочечной матрице-мессенджере, называемой мРНК . мРНК включена в субъединицу рибосомы и взаимодействует с рРНК . Генетическая информация, содержащаяся в кодонах мРНК, теперь считывается (декодируется) антикодонами тРНК. По мере считывания каждого кодона (триплета) аминокислоты соединяются до тех пор, пока не будет достигнут стоп-кодон (UAG, UGA или UAA). В этот момент полипептид (белок) синтезируется и высвобождается. [1] На каждые 1000 аминокислот, включенных в белок, не более одной является неправильной. Такая точность распознавания кодонов, сохраняющая важность правильной рамки считывания, достигается за счет правильного спаривания оснований на участке рибосомы А, активности гидролиза ГТФ EF-Tu (формы кинетической стабильности) и механизма корректуры при высвобождении EF-Tu. [1]

Сдвиг рамки может также происходить во время профазы трансляции, производя различные белки из перекрывающихся открытых рамок считывания, таких как ретровирусные белки gag-pol-env . Это довольно распространено у вирусов , а также встречается у бактерий и дрожжей (Farabaugh, 1996). Обратная транскриптаза , в отличие от РНК-полимеразы II , считается более сильной причиной возникновения мутаций со сдвигом рамки. В экспериментах только 3–13% всех мутаций со сдвигом рамки произошли из-за РНК-полимеразы II. У прокариот частота ошибок, вызывающих мутации со сдвигом рамки, находится всего лишь где-то в диапазоне от 0,0001 до 0,00001. [5]

Существует несколько биологических процессов, которые помогают предотвратить мутации со сдвигом рамки. Происходят обратные мутации, которые изменяют мутированную последовательность обратно к исходной последовательности дикого типа . Другая возможность исправления мутации — использование супрессорной мутации . Это компенсирует эффект исходной мутации, создавая вторичную мутацию, сдвигая последовательность, чтобы позволить считывать правильные аминокислоты. Направляющая РНК также может использоваться для вставки или удаления уридина в мРНК после транскрипции, это позволяет получить правильную рамку считывания. [1]

Важность триплета кодона

Трехбуквенный код, кодон

Кодон — это набор из трех нуклеотидов , триплет, который кодирует определенную аминокислоту . Первый кодон устанавливает рамку считывания, посредством которой начинается новый кодон. Последовательность аминокислотной основы белка определяется смежными триплетами. [6] Кодоны играют ключевую роль в трансляции генетической информации для синтеза белков. Рамка считывания устанавливается, когда начинается трансляция мРНК, и сохраняется по мере считывания одного триплета к другому. Чтение генетического кода подчиняется трем правилам, которые отслеживают кодоны в мРНК. Во-первых, кодоны считываются в направлении от 5' к 3'. Во-вторых, кодоны не перекрываются, и сообщение не имеет пробелов. Последнее правило, как указано выше, заключается в том, что сообщение транслируется в фиксированной рамке считывания. [1]

Пример различных типов точечных мутаций

Механизм

Мутации со сдвигом рамки считывания могут возникать случайно или быть вызваны внешним стимулом. Обнаружение мутаций со сдвигом рамки считывания может происходить несколькими различными методами. Сдвиги рамки считывания — это всего лишь один тип мутаций, который может привести к неполным или неправильным белкам, но они составляют значительный процент ошибок в ДНК. В неизмененном гене кодоны (триплеты нуклеотидов) последовательно интерпретируются, причем каждый кодон кодирует определенную аминокислоту. Это известно как стандартная рамка считывания. Однако в случаях мутаций со сдвигом рамки считывания в последовательность ДНК вставляется дополнительный нуклеотид (или больше), нарушая типичную рамку считывания и вызывая сдвиг в последовательности.

Эта вставка вызывает сдвиг в рамке считывания из-за триплетной природы генетического кода. Например, добавление дополнительной «A» приводит к сдвигу последовательности, запуская считывание совершенно другого набора кодонов. Это отклонение в генетической информации заставляет рибосому, которая считывает мРНК для синтеза белка, неправильно интерпретировать генетические данные. Следовательно, генерируется совершенно другой ряд аминокислот, что приводит к генерации измененной последовательности белка. В большинстве случаев новая рамка считывания приводит к ранней встрече со стоп-кодоном, что приводит к образованию укороченного и обычно неактивного белка. Эта форма мутации называется ранним стоп-кодоном или бессмысленной мутацией.

Генетические или экологические

Это генетическая мутация на уровне нуклеотидных оснований. Почему и как происходят мутации со сдвигом рамки считывания, постоянно ищут. Было проведено экологическое исследование, в частности, производство мутаций со сдвигом рамки считывания, вызванных УФ- излучением, ДНК-полимеразами с дефицитом 3′ → 5′ экзонуклеазной активности. Нормальная последовательность 5′ GTC GTT TTA CAA 3′ была изменена на GTC GTT T TTA CAA (MIDT) из GTC GTT C TTA CAA (MIDC) для изучения сдвигов рамки считывания. Мутантные ферменты ДНК-полимеразы E. coli pol I Kf и T7 , лишенные 3′ → 5′ экзонуклеазной активности, производят ревертанты, вызванные УФ-излучением, с более высокой частотой, чем их аналоги, обладающие экзонуклеазной активностью. Данные показывают, что потеря корректурной активности увеличивает частоту сдвигов рамки считывания, вызванных УФ-излучением. [7]

Обнаружение

Флуоресценция

Эффекты соседних оснований и вторичной структуры для обнаружения частоты мутаций сдвига рамки были подробно исследованы с использованием флуоресценции . Флуоресцентно маркированная ДНК с помощью аналогов оснований позволяет изучать локальные изменения последовательности ДНК. [8] Исследования эффектов длины цепи праймера показывают, что равновесная смесь четырех конформаций гибридизации наблюдалась, когда основания шаблона вытягивались в виде выпуклости, т. е. структуры, фланкированной с обеих сторон дуплексной ДНК. Напротив, двухпетлевая структура с необычной неуложенной конформацией ДНК на ее нисходящем крае наблюдалась, когда выдвинутые основания располагались на стыке праймера и шаблона, показывая, что несоответствия могут быть изменены соседней вторичной структурой ДНК. [9]

Секвенирование

Делеционная мутация изменяет каждый последующий кодон и может привести к преждевременной остановке синтеза белка за счет образования стоп-кодона .

Секвенирование по Сэнгеру и пиросеквенирование — два метода, которые использовались для обнаружения мутаций со сдвигом рамки считывания, однако, вероятно, что полученные данные не будут самого высокого качества. Тем не менее, 1,96 миллиона инделей были идентифицированы с помощью секвенирования по Сэнгеру, которые не пересекаются с другими базами данных. Когда наблюдается мутация со сдвигом рамки считывания, ее сравнивают с Базой данных мутаций генома человека (HGMD), чтобы определить, оказывает ли мутация повреждающее воздействие. Это делается путем рассмотрения четырех характеристик. Во-первых, соотношения между затронутой и сохраненной ДНК, во-вторых, местоположения мутации относительно транскрипта, в-третьих, соотношения сохраненных и затронутых аминокислот и, наконец, расстояния от инделя до конца экзона . [ 10]

Массовое параллельное секвенирование — это новый метод, который можно использовать для обнаружения мутаций. Используя этот метод, можно секвенировать до 17 гигабаз одновременно, в отличие от ограниченных диапазонов для секвенирования по Сэнгеру, которые составляют всего около 1 килобазы. Для выполнения этого теста доступно несколько технологий, и его рассматривают для использования в клинических приложениях. [11] При тестировании на различные карциномы современные методы позволяют просматривать только один ген за раз. Массовое параллельное секвенирование может одновременно тестировать на различные мутации, вызывающие рак, в отличие от нескольких конкретных тестов. [12] Эксперимент по определению точности этого нового метода секвенирования протестировал 21 ген и не дал ложноположительных результатов для мутаций со сдвигом рамки считывания. [13]

Диагноз

Патент США (5,958,684) от 1999 года, выданный Leeuwen, подробно описывает методы и реагенты для диагностики заболеваний, вызванных или связанных с геном, имеющим соматическую мутацию, приводящую к мутации со сдвигом рамки. Методы включают предоставление образца ткани или жидкости и проведение генного анализа на мутацию со сдвигом рамки или белка из этого типа мутации. Нуклеотидная последовательность подозреваемого гена предоставляется из опубликованных последовательностей генов или из клонирования и секвенирования подозреваемого гена. Затем предсказывается аминокислотная последовательность, кодируемая геном. [14] Секвенирование NA: секвенирование по Сэнгеру или секвенирование следующего поколения (NGS) можно использовать для прямого секвенирования ДНК и выявления вставок или делеций. Полимеразная цепная реакция (ПЦР): ПЦР можно использовать для амплификации определенной области, содержащей мутацию, для последующего анализа. Мультиплексная лигированно-зависимая амплификация зонда (MLPA): MLPA — это метод, используемый для обнаружения вариаций числа копий и небольших вставок или делеций. Сравнительная геномная гибридизация (CGH): CGH используется для обнаружения хромосомных дисбалансов, которые могут включать крупные вставки или делеции.

Частота

Несмотря на правила, которые управляют генетическим кодом и различными механизмами, присутствующими в клетке для обеспечения правильной передачи генетической информации в процессе репликации ДНК, а также во время трансляции, мутации все же происходят; мутация со сдвигом рамки считывания — не единственный тип. Существует по крайней мере два других типа распознаваемых точечных мутаций, в частности, миссенс-мутация и нонсенс-мутация . [1] Мутация со сдвигом рамки считывания может радикально изменить кодирующую способность (генетическую информацию) сообщения. [1] Небольшие вставки или делеции (менее 20 пар оснований) составляют 24% мутаций, которые проявляются в распознаваемых в настоящее время генетических заболеваниях. [10]

Мутации со сдвигом рамки считывания, как оказалось, чаще встречаются в повторяющихся областях ДНК. Причиной этого является проскальзывание фермента полимеразы в повторяющихся областях, что позволяет мутациям проникать в последовательность . [15] Эксперименты могут быть проведены для определения частоты мутации со сдвигом рамки считывания путем добавления или удаления заранее заданного количества нуклеотидов. Эксперименты проводились путем добавления четырех пар оснований, называемых экспериментами +4, но группа из Университета Эмори рассмотрела разницу в частоте мутации как путем добавления, так и путем удаления пары оснований. Было показано, что не было никакой разницы в частоте между добавлением и удалением пары оснований. Однако есть разница в результате белка. [15]

Болезнь Хантингтона является одним из девяти нарушений повторения кодонов, вызванных мутациями полиглутаминовой экспансии, которые включают спино-церебеллярную атаксию (SCA) 1, 2, 6, 7 и 3, спинобульбарную мышечную атрофию и дентаторубально-паллидолуизианотрофию. Может существовать связь между заболеваниями, вызванными мутациями полиглутамина и полиаланина, как сдвиг рамки исходного продукта гена SCA3, кодирующего CAG/полиглутамины, на GCA/полиаланины. Рибосомное проскальзывание во время трансляции белка SCA3 было предложено как механизм, приводящий к сдвигу с рамки, кодирующей полиглутамин, на рамку, кодирующую полиаланин. Делеция динуклеотида или вставка одного нуклеотида в полиглутаминовый тракт экзона 1 хантингтина сместит CAG, кодирующую рамку полиглутамина, на +1 (сдвиг рамки +1) к GCA, кодирующей рамку полиаланина, и введет новый эпитоп в C-конец экзона 1 Htt ​​(APAAAPAATRPGCG). [16]

Заболевания

Несколько заболеваний имеют мутации со сдвигом рамки считывания как по крайней мере часть причины. Знание распространенных мутаций также может помочь в диагностике заболевания. В настоящее время предпринимаются попытки использовать мутации со сдвигом рамки считывания с пользой для лечения заболеваний, изменяя рамку считывания аминокислот.

Частота мутаций гена BRCA1 на хромосоме 17
Частота мутаций гена BRCA2 на хромосоме 13

Рак

Известно, что мутации со сдвигом рамки являются фактором колоректального рака, а также других видов рака с нестабильностью микросателлитов . Как было сказано ранее, мутации со сдвигом рамки чаще возникают в области повторяющейся последовательности. Когда репарация несоответствий ДНК не фиксирует добавление или удаление оснований, эти мутации с большей вероятностью будут патогенными. Это может быть отчасти связано с тем, что опухоль не получает команду прекратить рост. Эксперименты на дрожжах и бактериях помогают выявить характеристики микросателлитов, которые могут способствовать дефектному репарированию несоответствий ДНК. К ним относятся длина микросателлита , состав генетического материала и чистота повторов. Согласно экспериментальным результатам, более длинные микросателлиты имеют более высокую частоту мутаций со сдвигом рамки. Фланговая ДНК также может способствовать мутациям со сдвигом рамки. [17] При раке предстательной железы мутация со сдвигом рамки изменяет открытую рамку считывания (ORF) и предотвращает возникновение апоптоза . Это приводит к нерегулируемому росту опухоли . Хотя существуют факторы окружающей среды, которые способствуют прогрессированию рака простаты , есть также и генетический компонент. Во время тестирования кодирующих областей для выявления мутаций было обнаружено 116 генетических вариантов, включая 61 мутацию со сдвигом рамки считывания. [18] Существует более 500 мутаций на хромосоме 17, которые, по-видимому, играют роль в развитии рака груди и яичников в гене BRCA1, многие из которых являются мутациями со сдвигом рамки считывания. [19]

болезнь Крона

Болезнь Крона связана с геном NOD2. Мутация представляет собой вставку цитозина в положение 3020. Это приводит к преждевременному стоп-кодону, укорачивая белок, который должен транскрибироваться. Когда белок способен нормально формироваться, он реагирует на бактериальные липосахариды, где мутация 3020insC не позволяет белку реагировать. [20]

Муковисцидоз

Муковисцидоз (МВ) — это заболевание, в основе которого лежат мутации в гене регулятора трансмембранной проводимости МВ (CFTR). Выявлено более 1500 мутаций, но не все они вызывают заболевание. [21] Большинство случаев муковисцидоза являются результатом мутации ∆F508, которая удаляет всю аминокислоту. Две мутации со сдвигом рамки считывания представляют интерес для диагностики МВ: CF1213delT и CF1154-insTC. Обе эти мутации обычно встречаются в тандеме по крайней мере с одной другой мутацией. Они обе приводят к небольшому снижению функции легких и встречаются примерно у 1% обследованных пациентов. Эти мутации были идентифицированы с помощью секвенирования по Сэнгеру. [22]

ВИЧ

CCR5 является одним из сопутствующих факторов проникновения в клетку, связанных с ВИЧ, чаще всего вовлеченным в несинцитий-индуцирующие штаммы, наиболее очевиден у пациентов с ВИЧ, в отличие от пациентов со СПИДом. Делеция 32 пар оснований в CCR5 была идентифицирована как мутация, которая сводит на нет вероятность заражения ВИЧ. Этот регион на открытой рамке считывания ORF содержит мутацию сдвига рамки, приводящую к преждевременному стоп-кодону. Это приводит к потере функции корецептора ВИЧ in vitro. CCR5-1 считается диким типом, а CCR5-2 считается мутантным аллелем. Те, у кого была гетерозиготная мутация для CCR5, были менее восприимчивы к развитию ВИЧ. В исследовании, несмотря на высокую подверженность вирусу ВИЧ, не было ни одного гомозиготного по мутации CCR5, который дал бы положительный результат на ВИЧ. [3]

Болезнь Тея-Сакса

Болезнь Тея-Сакса — это смертельное заболевание, поражающее центральную нервную систему. Чаще всего встречается у младенцев и маленьких детей. Прогрессирование заболевания начинается в утробе матери, но симптомы не проявляются до возраста примерно 6 месяцев. Лечения этой болезни не существует. [23] Известно, что мутации в гене β-гексозаминидазы A (Hex A) влияют на начало болезни Тея-Сакса, описано 78 мутаций различных типов, 67 из которых, как известно, вызывают заболевание. Большинство наблюдаемых мутаций (65/78) представляют собой замены одного основания или SNP, 11 делеций, 1 большую и 10 малых, и 2 вставки. 8 из наблюдаемых мутаций представляют собой сдвиг рамки считывания, 6 делеций и 2 вставки. Вставка 4 пар оснований в экзоне 11 наблюдается в 80% случаев болезни Тея-Сакса среди еврейской популяции ашкенази . Мутации сдвига рамки считывания приводят к раннему стоп-кодону, который, как известно, играет роль в заболевании у младенцев. Задержка начала заболевания, по-видимому, вызвана 4 различными мутациями, одна из которых представляет собой делецию 3 пар оснований. [24]

Синдром Смита–Магениса

Синдром Смита-Магениса (СМС) — сложный синдром , включающий в себя интеллектуальные нарушения, нарушение сна, поведенческие проблемы и различные черепно-лицевые, скелетные и висцеральные аномалии. Большинство случаев СМС имеют общую делецию размером ~3,5 Мб, которая охватывает ген, индуцированный ретиноевой кислотой-1 ( RAI1 ). Другие случаи иллюстрируют изменчивость фенотипа СМС , ранее не показанную для мутации RAI1, включая потерю слуха, отсутствие самооскорбительного поведения и легкие глобальные задержки. Секвенирование RAI1 выявило мутацию гептамерного C-тракта (CCSC) в экзоне 3, что приводит к мутациям со сдвигом рамки считывания. Из семи зарегистрированных мутаций со сдвигом рамки считывания, происходящих в поли C-трактах в RAI1, четыре случая (~57%) происходят в этом гептамерном C-тракте. Результаты показывают, что этот гептамерный С-тракт представляет собой предпочтительный участок рекомбинации с вставками/делециями (SNindels) и, следовательно, является основной целью для анализа у пациентов с подозрением на мутации в RAI1. [25]

Гипертрофическая кардиомиопатия

Гипертрофическая кардиомиопатия является наиболее распространенной причиной внезапной смерти у молодых людей, включая тренированных спортсменов, и вызывается мутациями в генах, кодирующих белки сердечного саркомера. Мутации в гене тропонина C ( TNNC1 ) являются редкой генетической причиной гипертрофической кардиомиопатии. Недавнее исследование показало, что мутация со сдвигом рамки считывания (c.363dupG или p.Gln122AlafsX30) в тропонине C стала причиной гипертрофической кардиомиопатии (и внезапной сердечной смерти) у 19-летнего мужчины. [26]

Лекарства

Найти лекарство от болезней, вызванных мутациями со сдвигом рамки, удается редко. Исследования в этой области продолжаются. Одним из примеров является первичный иммунодефицит (ПИД), наследственное состояние, которое может привести к увеличению числа инфекций. Существует 120 генов и 150 мутаций, которые играют роль в первичных иммунодефицитах. Стандартным лечением в настоящее время является генная терапия , но это очень рискованное лечение и часто может приводить к другим заболеваниям, таким как лейкемия. Процедуры генной терапии включают модификацию белка слияния нуклеазы цинковой каймы, расщепление обоих концов мутации, что, в свою очередь, удаляет ее из последовательности. Пропуск экзона , опосредованный антисмысловыми олигонуклеотидами, является еще одной возможностью для мышечной дистрофии Дюшенна . Этот процесс позволяет обойти мутацию, так что остальная часть последовательности остается в рамке, а функция белка остается нетронутой. Однако это не излечивает болезнь, а только лечит симптомы и имеет смысл только в структурных белках или других повторяющихся генах. Третья форма репарации — ревертантный мозаицизм , который естественным образом происходит путем создания обратной мутации или мутации на втором сайте, которая корректирует рамку считывания. Эта реверсия может произойти посредством внутригенной рекомбинации , митотической генной конверсии, проскальзывания ДНК на втором сайте или сайт-специфической реверсии. Это возможно при нескольких заболеваниях, таких как тяжелый комбинированный иммунодефицит, сцепленный с Х-хромосомой (SCID), синдром Вискотта-Олдрича и синдром Блума . Не существует лекарств или других фармакогеномных методов, которые помогают при ПИД. [27]

Европейский патент (EP1369126A1) 2003 года, выданный Bork, описывает метод, используемый для профилактики рака и для радикального лечения рака и предраковых заболеваний, таких как спорадические опухоли с дефицитом репарации несоответствий ДНК (MMR) и опухоли, ассоциированные с HNPCC. Идея заключается в использовании иммунотерапии с комбинаторными смесями пептидов, полученных из мутаций сдвига рамки считывания, специфичных для опухоли, для вызова цитотоксического ответа Т-клеток, направленного конкретно против опухолевых клеток. [28]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ abcdefghij Лосик, Ричард; Уотсон, Джеймс Д.; Бейкер, Таня А.; Белл, Стивен; Ганн, Александр; Левин, Майкл У. (2008). Молекулярная биология гена (6-е изд.). Сан-Франциско: Pearson/Benjamin Cummings. ISBN 978-0-8053-9592-1.
  2. ^ "ДНК постоянно меняется в процессе мутации". Nature . Получено 17 мая 2019 .
  3. ^ ab Zimmerman PA, Buckler-White A, Alkhatib G, Spalding T, Kubofcik J, Combadiere C, Weissman D, Cohen O, Rubbert A, Lam G, Vaccarezza M, Kennedy PE, Kumaraswami V, Giorgi JV, Detels R, Hunter J, Chopek M, Berger EA, Fauci AS, Nutman TB, Murphy PM (январь 1997 г.). «Наследственная устойчивость к ВИЧ-1, обусловленная инактивирующей мутацией в рецепторе хемокина CC 5: исследования в популяциях с контрастными клиническими фенотипами, определенным расовым фоном и количественным риском». Молекулярная медицина . 3 (1): 23–36. PMC 2230106 . PMID  9132277. 
  4. ^ Negoro S, Ohki T, Shibata N, Mizuno N, Wakitani Y, Tsurukame J, Matsumoto K, Kawamoto I, Takeo M, Higuchi Y (ноябрь 2005 г.). "Рентгеноструктурный анализ 6-аминогексаноат-димерной гидролазы: молекулярная основа для рождения фермента, разрушающего нейлоновые олигомеры". J Biol Chem . 280 (47): 39644–52. doi : 10.1074/jbc.m505946200 . PMID  16162506.
  5. ^ Чжан, Дж. (август 2004 г.). «РНК-полимераза II хозяина вносит минимальный вклад в мутации со сдвигом рамки считывания ретровирусов». Журнал общей вирусологии . 85 (ч. 8): 2389–95. doi : 10.1099/vir.0.80081-0 . PMID  15269381.
  6. ^ Кокс, Майкл; Нельсон, Дэвид Р.; Ленингер, Альберт Л. (2008). Принципы биохимии Ленингера . Сан-Франциско: WH Freeman. ISBN 978-0-7167-7108-1.
  7. ^ Sagher, Daphna; Turkington, Edith; Acharya, Sonia; Strauss, Bernard (июль 1994 г.). «Производство мутаций со сдвигом рамки считывания, вызванных УФ-излучением, in vitro ДНК-полимеразами, дефицитными по 3′ → 5′ экзонуклеазной активности». Журнал молекулярной биологии . 240 (3): 226–242. doi :10.1006/jmbi.1994.1437. PMID  8028006.
  8. ^ Джонсон, Нил П.; Вальтер А. Баазе; Питер Х. фон Хиппель (март 2004 г.). «Низкоэнергетический круговой дихроизм 2-аминопурин динуклеотида как зонд локальной конформации ДНК и РНК». Proc Natl Acad Sci USA . 101 (10): 3426–31. Bibcode : 2004PNAS..101.3426J. doi : 10.1073/pnas.0400591101 . PMC 373478. PMID  14993592 . 
  9. ^ Baase, Walter A.; Davis Jose; Benjamin C. Ponedel; Peter H. von Hippel; Neil P. Johnson (2009). «ДНК-модели делеций со сдвигом рамки считывания тринуклеотидов: образование петель и выступов на стыке праймера и матрицы». Nucleic Acids Research . 37 (5): 1682–9. doi :10.1093/nar/gkn1042. PMC 2655659. PMID  19155277 . 
  10. ^ ab Hu, J; Ng, PC (9 февраля 2012 г.). «Предсказание эффектов инделей со сдвигом рамки считывания». Genome Biology . 13 (2): R9. doi : 10.1186/gb-2012-13-2-r9 . PMC 3334572 . PMID  22322200. 
  11. ^ Такер, Трейси; Марра, Марко; Фридман, Ян М. (2009). «Массовое параллельное секвенирование: следующее большое событие в генетической медицине». Американский журнал генетики человека . 85 (2): 142–154. doi :10.1016/j.ajhg.2009.06.022. PMC 2725244. PMID  19679224 . 
  12. ^ Уолш, Т.; Касадей, С.; Ли, МК; Пеннил, СС; Норд, А.С.; Торнтон, АМ; Роеб, В.; Агню, К.Дж.; Стрей, СМ; Викраманаяке, А.; Норквист, Б.; Пеннингтон, КП; Гарсия, Р.Л.; Кинг, М.-К.; Суишер, Э.М. (2011). «С обложки: мутации в 12 генах наследственной карциномы яичников, фаллопиевых труб и брюшины, выявленные с помощью массивного параллельного секвенирования». Proc Natl Acad Sci USA . 108 (44): 18032–7. Bibcode : 2011PNAS..10818032W. doi : 10.1073/pnas.1115052108 . PMC 3207658. PMID  22006311 . 
  13. ^ Уолш, Т.; Ли, МК; Касадей, С.; Торнтон, АМ; Стрей, СМ; Пеннил, К.; Норд, А.С.; Манделл, Дж.Б.; Суишер, Э.М.; Кинг, М.-К. (2010). «Обнаружение наследуемых мутаций при раке груди и яичников с использованием геномного захвата и массового параллельного секвенирования». Proc Natl Acad Sci USA . 107 (28): 12629–33. Bibcode : 2010PNAS..10712629W. doi : 10.1073/pnas.1007983107 . PMC 2906584. PMID  20616022 . 
  14. ↑ Патент США 5,958,684 (28 сентября 1999 г.) «Диагностика нейродегенеративных заболеваний» Лиувена и др.
  15. ^ ab Harfe, BD; Jinks-Robertson, S (июль 1999). «Удаление промежуточных продуктов сдвига рамки считывания белками репарации несоответствий в Saccharomyces cerevisiae». Молекулярная и клеточная биология . 19 (7): 4766–73. doi : 10.1128 /MCB.19.7.4766. PMC 84275. PMID  10373526. 
  16. ^ Дэвис, Дж. Э.; Рубинштейн, Д. К. (2006). «Продукты сдвига рамки считывания полиаланина и полисерина при болезни Хантингтона». Журнал медицинской генетики . 43 (11): 893–896. doi :10.1136/jmg.2006.044222. PMC 2563184. PMID  16801344 . 
  17. ^ Шмольдт, А.; Бенте, Х.Ф.; Хаберланд, Г. (1 сентября 1975 г.). «Метаболизм дигитоксина микросомами печени крысы». Биохимическая фармакология . 24 (17): 1639–41. doi :10.1016/0006-2952(75)90094-5. hdl : 10033/333424 . PMID  10.
  18. ^ Сюй, Сяолинь; Чжу, КайЧанг; Лю, Фэн; Ван, Юэ; Шен, Цзяньго; Джин, Цзичжун; Ван, Чжун; Чен, Линь; Ли, Цзядун; Сюй, Мин (май 2013 г.). «Идентификация соматических мутаций при раке простаты человека с помощью RNA-Seq». Джин . 519 (2): 343–7. дои : 10.1016/j.gene.2013.01.046. ПМИД  23434521.
  19. ^ "Cancer Genomics". Национальный институт рака при Национальном институте здравоохранения. Архивировано из оригинала 18 марта 2013 года . Получено 24 марта 2013 года .
  20. ^ Ogura Y, Bonen DK, Inohara N, Nicolae DL, Chen FF, Ramos R, Britton H, Moran T, Karaliuskas R, Duerr RH, Achkar JP, Brant SR, Bayless TM, Kirschner BS, Hanauer SB, Nuñez G, Cho JH (31 мая 2001 г.). "Мутация сдвига рамки считывания в NOD2, связанная с восприимчивостью к болезни Крона" (PDF) . Nature . 411 (6837): 603–6. Bibcode :2001Natur.411..603O. doi :10.1038/35079114. hdl : 2027.42/62856 . PMID  11385577. S2CID  205017657.
  21. ^ Farrell PM, Rosenstein BJ, White TB, Accurso FJ, Castellani C, Cutting GR, Durie PR, Legrys VA, Massie J, Parad RB, Rock MJ, Campbell PW (2008). «Руководство по диагностике кистозного фиброза у новорожденных и пожилых людей: консенсусный отчет Фонда кистозного фиброза». Журнал педиатрии . 153 (2): S4–S14. doi :10.1016/j.jpeds.2008.05.005. PMC 2810958. PMID  18639722 . 
  22. ^ Iannuzzi, MC; Stern, RC; Collins, FS; Hon, CT; Hidaka, N; Strong, T; Becker, L; Drumm, ML; White, MB; Gerrard, B (февраль 1991 г.). «Две мутации сдвига рамки считывания в гене кистозного фиброза». American Journal of Human Genetics . 48 (2): 227–31. PMC 1683026 . PMID  1990834. 
  23. ^ "Изучение болезни Тея-Сакса". Национальный институт исследований генома человека . Получено 24 марта 2013 г.
  24. ^ Myerowitz, R (1997). "Мутации, вызывающие болезнь Тея-Сакса, и нейтральные полиморфизмы в гене Hex A". Human Mutation . 9 (3): 195–208. doi : 10.1002/(SICI)1098-1004(1997)9:3<195::AID-HUMU1>3.0.CO;2-7 . PMID  9090523.
  25. ^ Truong, Hoa T; Dudding, Tracy; Blanchard, Christopher L.; Elsea, Sarah H (2010). «Очаг мутации сдвига рамки считывания, выявленный при синдроме Смит-Магенис: отчет о случае и обзор литературы». BMC Medical Genetics . 11 (1): 142. doi : 10.1186/1471-2350-11-142 . PMC 2964533 . PMID  20932317. 
  26. ^ Chung WK, Kitner C, Maron BJ (июнь 2011 г.). «Новая мутация сдвига рамки считывания в тропонине C (TNNC1), связанная с гипертрофической кардиомиопатией и внезапной смертью». Cardiol Young . 21 (3): 345–8. doi :10.1017/S1047951110001927. PMID  21262074. S2CID  46682245.
  27. ^ Ху, Хайлян; Гатти, Ричард А. (2008). «Новые подходы к лечению первичных иммунодефицитов: исправление мутаций с помощью химикатов». Current Opinion in Allergy and Clinical Immunology . 8 (6): 540–6. doi :10.1097/ACI.0b013e328314b63b. PMC 2686128. PMID  18978469 . 
  28. ^ Европейский патент [1] (10 декабря 2003 г.) «Использование пептидов, полученных с помощью мутации сдвига рамки кодирования микросателлитной области, для лечения рака» Борка и др.

Дальнейшее чтение

Внешние ссылки

На Викискладе есть медиафайлы по теме «Мутация сдвига рамки считывания» .