Тип бактерий
Nitrospirota — это тип бактерий. Он включает в себя несколько родов, таких как Nitrospira , самый большой. Первый член этого типа, Nitrospira marina , был открыт в 1985 году. [2] Второй член, Nitrospira moscoviensis , был открыт в 1995 году. [3] [4]
Nitrospirota содержит нитрифицирующие таксоны , которые окисляют нитрит до нитрата (нитритокисляющие бактерии, NOB [5] ), и бактерии- коммамокс Nitrospira inopinata, обнаруженные в 2015 году [6] [7] и культивируемые в 2017 году. [8]
Филогения
Таксономия
Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих постоянное место в номенклатуре (LSPN) [15] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI). [4]
- Тип " Nitrospirota " Гаррити и Холт 2021
- Род « Candidatus Magnetocorallium» Zhao et al. 2023 год
- Вид " Ca. M. paracelense" Чжао и др. 2023
- Род « Candidatus Magnetomicrobium» Zhang et al. 2021 год
- Вид « Ca. M. cryptolimnococcus» Чжан и др. 2021
- Род « Candidatus Nitrobium» Аршад и др. 2017 год
- Вид " Ca. N. universal" Аршад и др. 2017
- Род « Candidatus Thermomagnetovibrio» Lefèvre et al. 2010 год
- Вид « Ca. T. paiutensis» Lefèvre et al. 2010 год
- Класс " Лептоспириллы "
- Заказать " Leptospirillales "
- Семейство "Leptospirillaceae" Кавалер-Смит 2020
- Род Leptospirillum Markosyan 1972 ex Hippe 2000.
- Вид " L. ferrodiazotrophum " Тайсон и др. 2005
- Вид L. ferriphilum Coram & Rawlings 2002
- Вид L. Ferrooxydans Markosyan 1972 ex Hippe 2000
- Вид « L.rubarum » Алиага Гольцман и др. 2009 год
- Вид L. thermoferrooxydans Hippe 2000.
- Класс Nitrospiria Oren et al. 2015 год
- Заказать " Нитроспиралес " Гаррити и Холт 2001
- Семейство " Nitrospiraceae " Гаррити и Холт 2001
- Род « Candidatus Nitronereus» Mueller et al. 2023 год
- Вид « Ca. N. thalassa» Mueller et al. 2023 год
- Род « Candidatus Porinitrospira» Taylor et al. 2022 год
- Вид " Ca. P. cymbastela" Тейлор и др. 2022
- Род Nitrospira Watson et al. 1986 г.
- Вид " Ca. N. alkalitolerans" Daebeler et al. 2020
- Вид « Ca. N. bockiana» Лебедева с соавт. 2008 год
- Вид N.calida Лебедева и др. 2011 г.
- Вид N. defluvii Nowka et al. 2015 год
- Вид « Ca. N. inopinata » Daims et al. 2015 год
- Вид N. japonica Ushiki et al. 2013 год
- Вид " Ca. N. kreftii" Sakoula et al. 2021 год
- Вид N. lenta Nowka et al. 2015 год
- Вид N. marina Уотсон и др. 1986 (тип sp.)
- Вид N. moscoviensis Ehrich et al. 1995 год
- Вид " Ca. N. nitrificans" ван Кессель и др. 2015
- Вид « Ca. N. nitrosa» по Кесселю и др. 2015 год
- Вид « Ca. N. salsa» Haaijer et al. 2013 год
- Заказ " Troglogleales " Ю и др. 2022
- Род Candidatus Troglogloea исправлен. Костаньсек и др. 2013 год
- Вид " Ca. T. absolonii" корриг. Костаньсек и др. 2013 год
- Семейство "Manganitrophaceae" Ю и др. 2022
- Род « Candidatus Manganitropus» Yu & Leadbetter 2020
- Вид " Ca. M. morganii" Ю и др. 2022
- Вид " Ca. M. noduliformans" Ю и Лидбеттер 2020
- Класс Thermodesulfovibrionia Умезава и др. 2021
- Орден « Mariimomonadales » Yoon et al. 2023 год
- Семейство "Mariimomonadaceae" Yoon et al. 2023 год
- Род» Ca. Mariimomonas Yoon et al. 2023.
- Вид " Ca. M. ferrooxydans" Юн и др. 2023
- Заказать « Термодесульфовибрионы » Умезава и др. 2021 г.
- Семейство Dissulfurispiraceae Umezawa et al. 2021 год
- Род Dissulfurispira Umezawa et al. 2021 год
- Вид D. thermophila Умезава и др. 2021
- Семейство Thermodesulfovibrionaceae Умезава и др. 2021
- Род « Candidatus Magnetobacterium» Spring et al. 1993 год
- Вид " Ca. M. bavaricum " Спринг и др. 1993
- Вид " Ca. M. casence" исправлено Лин и др. 2014
- Род « Candidatus Magnetominusculus» Lin et al. 2017 год
- Вид " Ca. M. xianensis" Линь и др. 2017
- Род « Candidatus Magnetovum» исправлен. Лефевр и др. 2011 г.
- Вид " Ca. M. chiemensis" Колинко 2014
- Вид " Ca. M. mohavensis" Лефевр и др. 2011
- Род « Candidatus Sulfobium» Zecchin et al. 2018 год
- Вид " Ca.S. mesophilum" Zecchin et al. 2018 год
- Род Thermodesulfovibrio Henry et al. 1994 г., поправки. Секигути и др. 2008 год
- Вид T. aggregans Sekiguchi et al. 2008 год
- Вид T. hydrogeniphilus Хауари и др. 2009
- Вид T. islandicus Зонне-Хансен и Аринг 2000
- Вид T. thiophilus Sekiguchi et al. 2008 год
- Вид T. yellowstonii Henry et al. 1994 (тип sp.)
Смотрите также
Ссылки
- ^ Oren A, Garrity GM (2021). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот». Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID 34694987.
- ^ Уотсон SW, Бок E, Валуа FW, Уотербери JB, Шлоссер U (1986). «Nitrospira marina gen. nov. sp. nov.: хемолитотрофная нитрит-окисляющая бактерия». Arch Microbiol . 144 (1): 1–7. doi :10.1007/BF00454947. S2CID 29796511.
- ^ Эрих С., Беренс Д., Лебедева Е., Людвиг В., Бок Е. (июль 1995 г.). «Новая облигатно хемолитоавтотрофная, окисляющая нитрит бактерия Nitrospira moscoviensis sp. nov. и ее филогенетическая связь». Архив микробиологии . 164 (1): 16–23. doi :10.1007/BF02568729. PMID 7646315. S2CID 2702110.
- ^ ab Sayers. "Nitrospirae". База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 20.03.2016 .
- ^ Daims H, Nielsen JL, Nielsen PH, Schleifer KH, Wagner M (ноябрь 2001 г.). «Характеристика in situ Nitrospira-подобных нитрит-окисляющих бактерий, активных в очистных сооружениях». Applied and Environmental Microbiology . 67 (11): 5273–84. Bibcode :2001ApEnM..67.5273D. doi :10.1128/AEM.67.11.5273-5284.2001. PMC 93301 . PMID 11679356.
- ^ Daims H, Lebedeva EV, Pjevac P, Han P, Herbold C, Albertsen M и др. (декабрь 2015 г.). «Полная нитрификация бактериями Nitrospira». Nature . 528 (7583): 504–9. Bibcode :2015Natur.528..504D. doi :10.1038/nature16461. PMC 5152751 . PMID 26610024.
- ^ van Kessel MA, Speth DR, Albertsen M, Nielsen PH, Op den Camp HJ, Kartal B, et al. (декабрь 2015 г.). «Полная нитрификация одним микроорганизмом». Nature . 528 (7583): 555–9. Bibcode :2015Natur.528..555V. doi :10.1038/nature16459. PMC 4878690 . PMID 26610025.
- ^ Kits KD, Sedlacek CJ, Lebedeva EV, Han P, Bulaev A, Pjevac P и др. (сентябрь 2017 г.). «Кинетический анализ полного нитрификатора выявляет олиготрофный образ жизни». Nature . 549 (7671): 269–272. Bibcode :2017Natur.549..269K. doi :10.1038/nature23679. PMC 5600814 . PMID 28847001.
- ^ "The LTP" . Получено 20 ноября 2023 г. .
- ^ "Дерево LTP_all в формате newick" . Получено 20 ноября 2023 г. .
- ^ "LTP_08_2023 Release Notes" (PDF) . Получено 20 ноября 2023 г.
- ^ "GTDB release 08-RS214". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
- ^ "bac120_r214.sp_label". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
- ^ "История таксона". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
- ^ Euzéby JP. ""Nitrospirae"". Список названий прокариот, имеющих место в номенклатуре (LPSN) . Получено 20.03.2016 .
Дальнейшее чтение
- Lefèvre CT, Frankel RB, Abreu F, Lins U, Bazylinski DA (февраль 2011 г.). "Культурально-независимая характеристика нового некультивируемого магнитотактического представителя типа Nitrospirae" . Environmental Microbiology . 13 (2): 538–49. doi :10.1111/j.1462-2920.2010.02361.x. PMID 20977572.
Внешние ссылки