stringtranslate.com

Список бактериальных отрядов

В этой статье перечислены порядки бактерий . Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих статус в номенклатуре (LPSN) [1] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI) [2] , а филогения основана на 16S рРНК-основанном LTP-релизе 132 проекта All-Species Living Tree Project . [3]

Филогения

Таксономия Национального центра биотехнологической информации (NCBI) изначально использовалась для оформления геномного дерева через tax2tree. Таксономия Greengenes на основе 16S рРНК используется для дополнения таксономии, особенно в областях дерева без культивируемых представителей. Список названий прокариот со стоянием в номенклатуре (LPSN) используется в качестве основного таксономического органа для установления приоритетов именования. Таксономические ранги нормализуются с использованием филоранга, а таксономия вручную курируется для удаления полифилетических групп. [4] [5] [6] [7] [8]

Кладограмма взята из выпуска GTDB 08-RS214 (28 апреля 2023 г.). [9] [10] [11]

КладТеррабактерии

ФилумХлорофлексота

Филюм Dormiibacterota

ФилумАрматимонадота

Тип Eremiobacterota

КладФирмикуты

Firmicutes incertae sedis

Тип Bacillota E

Тип Bacillota G

Филум "Галанаэробиаэота"

Тип Bacillota D

Филум "Селенобактерии"

Тип "Desulfotomaculota"

Тип Bacillota A

)

Филум "Бациллота"

ФилумАктиномицеты

Клада Cyanoprokaryota

Филум "Margulisiibacteriota"

Филум "Цианобактериоты"

Клада "Термотогида"

ФилумАтрибактериота

ФилумСинергистота

Тип "Lithacetigenota"

ФилумДиктиогломота

Тип "Термодесульфобиота"

ФилумКопротермобактериота

Филум "Кальдисерикота"

ФилумТермотогота

Клад

Клада "Fusobacterida"

Тип "Muiribacteriota"

Тип "Rifleibacteriota"

Филум "Macinerneyibacteriota"

ФилумФузобактериоты

КладКандидат Фила Радиация

Тип "Элулота"

Филум "Патескибактерии"

Клад

Тип "Bipolaricaulota"

ФилумДейнококкота

Клада Hydrobacterida

Клад

Филум "Goldiibacteriota"

ФилумЭлусимикробиота

Тип "Аэрофоботы"

Тип "Auribacterota"

Филум "Омнитрофота"

Клада Spirochaetobacteriobiontes

Тип "Babelota"

ФилумСпирохеты

КладПланктобактерии

ФилумПланктомицеты

ФилумХламидиоты

ФилумВеррукомикробиота

Клад

Тип "Saltatorellota"

Тип "Hinthialibacterota"

Тип "Sumerlaeota"

Тип "Poribacteriota"

Тип "Hydrogendentota"

КладГруппа ФКБ

Тип "Heilongiota"

Филум "Neomarinimicrobiota"

Филум "Tianyaibacteriota"

Тип "Fermentibacterota"

Тип "Latescibacterota"

Филум "Krumholzibacteriota"

ФилумGemmatimonadota

Тип "Hydrothermota"

Тип "Cloacimonadota"

ФилумФибробактериота

Тип "Электронеота"

Тип "Marinisomatota"

Тип "Космополиты"

ФилумКалдитрихота

ФилумБактероидота

КладПротеобактерии

Тип "Canglongiota"

ФилумАцидобактериота

Тип SAR324

ФилумBdellovibrionota

Тип Lernaellota

Тип "Бинатота"

ФилумМиксокококки

Тип "Deferrisomatota"

Филум «Деферримикробиота»

Тип "Moduliflexota"

Тип "Methylomirabilaeota"

Филум «Тектимикробиота»

ФилумНитроспинота

ФилумНитроспирота

Тип Desulfobacterota F

ФилумТермодесульфобактериота

Тип "Calescibacteriota"

Тип Desulfobacterota G

Тип Acidulodesulfobacteriota

Тип "Thermosulfidibacterota"

Филум "Хризиогенота"

ФилумДеферрибактериота

ФилумАкуификота

ФилумКампилобактеро́та

Тип Leptospirillaeota

ФилумПсевдомонадоты

Список кандидатов на филы

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ JP Euzéby. "Бактерии". Список названий прокариот, имеющих место в номенклатуре (LPSN) . Получено 27.06.2021 .
  2. ^ Sayers; et al. "Бактерии". База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 2021-03-20 .
  3. ^ Проект All-Species Living Tree . "Выпуск LTP на основе 16S рРНК 132". Комплексная база данных рибосомальной РНК Silva . Получено 20 августа 2020 г.
  4. ^ Паркс, Д. Х.; Чувочина, М.; Уэйт, Д. В.; Ринке, К.; Скаршевски, А.; Шомейл, ПА; Хугенхольц, П. (ноябрь 2018 г.). «Стандартизированная бактериальная таксономия, основанная на филогении генома, существенно пересматривает древо жизни». Nature Biotechnology . 36 (10): 996–1004. bioRxiv 10.1101/256800 . doi :10.1038/nbt.4229. PMID  30148503. S2CID  52093100. 
  5. ^ Паркс, Д. Х.; Чувочина, М.; Шомейл, ПА; Ринке, К.; Муссиг, А. Дж.; Хугенхольц, П. (сентябрь 2020 г.). «Полная таксономия от домена к виду для бактерий и архей». Nature Biotechnology . 38 (9): 1079–1086. bioRxiv 10.1101/771964 . doi :10.1038/s41587-020-0501-8. PMID  32341564. S2CID  216560589. 
  6. ^ Chaumeil, PA; Mussig, AJ; Hugenholtz, P; Parks, DH (15 ноября 2019 г.). «GTDB-Tk: набор инструментов для классификации геномов с помощью базы данных таксономии генома». Биоинформатика . 36 (6): 1925–1927. doi : 10.1093/bioinformatics/btz848 . PMC 7703759. PMID  31730192 . 
  7. ^ Алмейда, Александр; Найфах, Стивен; Боланд, Мигель; Строцци, Франческо; Беракочеа, Мартин; Ши, Чжоу Джейсон; Поллард, Кэтрин С.; Сахарова, Екатерина; Паркс, Донован Х.; Хугенхольц, Филипп; Сегата, Никола; Кирпидес, Никос К.; Финн, Роберт Д. (20 июля 2020 г.). «Унифицированный каталог 204 938 референтных геномов из микробиома кишечника человека». Nature Biotechnology . 39 (1): 105–114. doi : 10.1038/s41587-020-0603-3 . PMC 7801254 . PMID  32690973. 
  8. ^ Nayfach, Stephen; et al. (9 ноября 2020 г.). «Геномный каталог микробиомов Земли». Nature Biotechnology . 39 (4): 499–509. doi : 10.1038 /s41587-020-0718-6 . PMC 8041624. PMID  33169036. 
  9. ^ abcdefghijklmnopqrstu vwxyz aa ab ac "GTDB release 08-RS214". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
  10. ^ abcdefghijklmnopqrstu vwxyz aa ab ac "bac120_r214.sp_label". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
  11. ^ abcdefghijklmnopqrstu vwxyz aa ab ac "История таксона". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.