Класс бактерий
Campylobacterota — это тип грамотрицательных бактерий . [3] Было охарактеризовано всего несколько родов, включая изогнутые до спириллоидных Wolinella , Helicobacter и Campylobacter . До пересмотра бактериальной таксономии ICSP в 2021 году [ 4 ] весь тип был классифицирован в составе Proteobacteria (синоним Pseudomonadota ) как Epsilonproteobacteria . [5]
Большинство известных видов обитают в пищеварительном тракте животных и служат симбионтами ( Wolinella spp. у крупного рогатого скота ) или патогенами ( Helicobacter spp. в желудке, Campylobacter spp. в двенадцатиперстной кишке). Однако многочисленные экологические последовательности и изоляты Campylobacterota были извлечены из гидротермальных источников и мест обитания холодных просачиваний . Примерами изолятов являются Sulfurimonas autotrophica , [6] Sulfurimonas paralvinellae , [7] Sulfurovum lithotrophicum [8] и Nautilia profundicola . [9] Член типа Campylobacterota встречается как эндосимбионт в больших жабрах глубоководной морской улитки Alviniconcha hessleri . [10]
Многие Campylobacterota подвижны и имеют жгутики. [11] Campylobacterota, обнаруженные в глубоководных гидротермальных источниках, характеризуются хемолитотрофией, удовлетворяя свои энергетические потребности путем окисления восстановленной серы, формиата или водорода в сочетании с восстановлением нитрата или кислорода. [12] Автотрофные Campylobacterota используют обратный цикл Кребса для фиксации углекислого газа в биомассе, путь, который изначально считался не имеющим большого экологического значения. Чувствительность этого пути к кислороду согласуется с их микроаэрофильной или анаэробной нишей в этих средах и их вероятной эволюцией в мезопротерозойских океанах, [13] которые, как полагают, были сульфидными с низким уровнем кислорода, доступным из фотосинтеза цианобактерий. [14]
Филогения
Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих постоянное место в номенклатуре (LPSN) [15] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI) [16].
Смотрите также
Ссылки
- ^ Oren A, Garrity GM (2021). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот». Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID 34694987. S2CID 239887308.
- ^ Уэйт, Дэвид В.; Ванвонтергем, Инка; Ринке, Кристиан; Паркс, Донован Х.; Чжан, Ин; Такай, Кен; Зиверт, Стефан М.; Саймон, Йорг; Кэмпбелл, Барбара Дж.; Хансон, Томас Э.; Войке, Таня; Клотц, Мартин Г.; Хугенхольц, Филипп (2017). "Сравнительный геномный анализ класса Epsilonproteobacteria и предлагаемая реклассификация в Epsilonbacteraeota (phyl. nov.)". Frontiers in Microbiology . 8 : 682. doi : 10.3389/fmicb.2017.00682 . ISSN 1664-302X. PMC 5401914. PMID 28484436 .
- ^ "www.ncbi.nlm.nih.gov" . Получено 2009-03-19 .
- ^ Робицки, Дэн. «Недавно переименованные типы прокариот вызвали переполох». The Scientist . LabX Media Group . Получено 17 февраля 2024 г.
- ^ Берман, Жюль (2019). Таксономическое руководство по инфекционным заболеваниям (2-е изд.). Elsevier. стр. 39–119 . Получено 17 февраля 2024 г.
- ^ Инагаки, Ф. (2003-11-01). "Sulfurimonas autotrophica gen. nov., sp. nov., новая сероокисляющая -протеобактерия, выделенная из гидротермальных осадков в Среднеокинавском желобе". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (6): 1801–1805. doi :10.1099/ijs.0.02682-0. ISSN 1466-5026. PMID 14657107.
- ^ Takai, K. (2006-08-01). "Sulfurimonas paralvinellae sp. nov., новый мезофильный, окисляющий водород и серу хемолитоавтотроф в пределах Epsilonproteobacteria, выделенный из гнезда полихет глубоководного гидротермального источника, переклассификация Thiomicrospira denitrificans в Sulfurimonas denitrificans comb. nov. и исправленное описание рода Sulfurimonas". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (8): 1725–1733. doi : 10.1099/ijs.0.64255-0 . ISSN 1466-5026. PMID 16901999.
- ^ Инагаки, Фумио; Кен Такай; Кеннет Х. Нилсон; Коки Хорикоши (01.09.2004). «Sulfurovum lithotrophicum gen. nov., sp. nov., новый сероокисляющий хемолитоавтотроф среди ε-протеобактерий, выделенных из гидротермальных осадков Окинавского желоба». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 54 (5): 1477–1482. doi : 10.1099/ijs.0.03042-0 . ISSN 1466-5026. PMID 15388698.
- ^ Джули Л. Смит; Барбара Дж. Кэмпбелл; Томас Э. Хансон; Чуанлун Л. Чжан; С. Крейг Кэри (2008). " Nautilia profundicola sp. nov., термофильная, восстанавливающая серу эпсилонпротеобактерия из глубоководных гидротермальных источников". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 58 (7): 1598–1602. doi :10.1099/ijs.0.65435-0. PMID 18599701. S2CID 12751566.
- ^ Suzuki, Yohey; Sasaki, Takenori; Suzuki, Masae; Nogi, Yuichi; Miwa, Tetsuya; Takai, Ken; Nealson, Kenneth H.; Horikoshi, Koki (2005). "Новый хемоавтотрофный эндосимбиоз между представителем Epsilonproteobacteria и гидротермальным брюхоногим моллюском Alviniconcha aff. hessleri (Gastropoda: Provannidae) из Индийского океана". Applied and Environmental Microbiology . 71 (9): 5440–5450. Bibcode :2005ApEnM..71.5440S. doi :10.1128/AEM.71.9.5440-5450.2005. PMC 1214688 . PMID 16151136.
- ^ Beeby, M (декабрь 2015 г.). «Подвижность эпсилон-протеобактерий». Current Opinion in Microbiology . 28 : 115–21. doi : 10.1016/j.mib.2015.09.005. hdl : 10044/1/27763 . PMID 26590774.
- ^ Takai, Ken; et al. (2005). «Ферментативная и генетическая характеристика углеродного и энергетического метаболизма глубоководными гидротермальными хемолитоавтотрофными изолятами Epsilonproteobacteria». Applied and Environmental Microbiology . 71 (11): 7310–7320. Bibcode : 2005ApEnM..71.7310T. doi : 10.1128/aem.71.11.7310-7320.2005. PMC 1287660. PMID 16269773.
- ^ Кэмпбелл, Барбара Дж.; Энджел, Аннет Саммерс ; Портер, Меган Л.; Такай, Кен (2006-05-02). «Универсальные ε-протеобактерии: ключевые игроки в сульфидных местообитаниях». Nature Reviews Microbiology . 4 (6): 458–468. doi :10.1038/nrmicro1414. ISSN 1740-1526. PMID 16652138. S2CID 10479314.
- ^ Anbar, AD; AH Knoll (2002-08-16). «Протерозойская океаническая химия и эволюция: бионеорганический мост?». Science . 297 (5584): 1137–1142. Bibcode :2002Sci...297.1137A. CiteSeerX 10.1.1.615.3041 . doi :10.1126/science.1069651. PMID 12183619. S2CID 5578019.
- ^ AC Parte; et al. "Campylobacterota". Список названий прокариот со стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 09.09.2023 .
- ^ Sayers; et al. "Campylobacterota". База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 2023-09-09 .
- ^ "The LTP" . Получено 20 ноября 2023 г. .
- ^ "Дерево LTP_all в формате newick" . Получено 20 ноября 2023 г.
- ^ "LTP_08_2023 Release Notes" (PDF) . Получено 20 ноября 2023 г.
- ^ "GTDB release 08-RS214". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
- ^ "bac120_r214.sp_label". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
- ^ "История таксона". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
Внешние ссылки