stringtranslate.com

База данных метаболома человека

База данных метаболома человека (HMDB) [1] [2] [3] [4] — это комплексная, высококачественная, свободно доступная онлайн-база данных о метаболитах малых молекул, обнаруженных в организме человека. Она была создана в рамках проекта «Метаболом человека», финансируемого Genome Canada [5], и является одной из первых специализированных баз данных по метаболомике . HMDB облегчает исследования метаболомики человека, включая идентификацию и характеристику метаболитов человека с использованием ЯМР-спектроскопии , ГХ-МС -спектрометрии и ЖХ/МС- спектрометрии. Чтобы помочь в этом процессе открытия, HMDB содержит три вида данных: 1) химические данные, 2) клинические данные и 3) данные молекулярной биологии / биохимии (рис. 1–3). Химические данные включают 41 514 структур метаболитов с подробными описаниями, а также почти 10 000 спектров ЯМР, ГХ-МС и ЖХ/МС.

Клинические данные включают информацию о >10 000 концентраций метаболитов- биожидкостей и информацию о концентрации метаболитов при более чем 600 различных заболеваниях человека . Биохимические данные включают 5 688 последовательностей белков (и ДНК ) и более 5 000 биохимических реакций , связанных с этими записями метаболитов. [5] Каждая запись метаболита в HMDB содержит более 110 полей данных, из которых 2/3 посвящены химическим/клиническим данным, а оставшаяся 1/3 посвящена ферментативным или биохимическим данным. Многие поля данных имеют гиперссылки на другие базы данных ( KEGG , MetaCyc , PubChem , Protein Data Bank , ChEBI , Swiss-Prot и GenBank ) и различные приложения для просмотра структуры и путей. База данных HMDB поддерживает обширный поиск по тексту, последовательности, спектру, химической структуре и реляционным запросам . Он широко используется в метаболомике, клинической химии , открытии биомаркеров и общем образовании в области биохимии.

Четыре дополнительные базы данных, DrugBank, [6] [7] [8] T3DB, [9] SMPDB [10] и FooDB также являются частью набора баз данных HMDB. DrugBank содержит эквивалентную информацию о ~1600 лекарственных средствах и метаболитах лекарственных средств, T3DB содержит информацию о 3100 распространенных токсинах и загрязнителях окружающей среды , SMPDB содержит схемы путей для 700 путей метаболизма и болезней человека, в то время как FooDB содержит эквивалентную информацию о ~28 000 пищевых компонентов и пищевых добавок .

История версий

Первая версия HMDB была выпущена 1 января 2007 года [1] , за ней последовали две последующие версии: 1 января 2009 года (версия 2.0), [2] 1 августа 2009 года (версия 2.5), 18 сентября 2012 года (версия 3.0) [4] и 1 января 2013 года (версия 3.5), [11] 2017 года (версия 4.0). [12] , 2022 года (версия 5.0). [11] Подробная информация о каждой из основных версий HMDB (до версии 5.0) приведена в Таблице 1.

Область применения и доступ

Все данные в HMDB не являются собственностью или получены из источника, не являющегося собственностью. Они находятся в свободном доступе и доступны любому. Кроме того, почти каждый элемент данных полностью прослеживается и явно ссылается на исходный источник. Данные HMDB доступны через публичный веб-интерфейс и загрузки.

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ abc Wishart, David S.; Tzur, Dan; Knox, Craig; Eisner, Roman; Guo, An Chi; Young, Nelson; Cheng, Dean; Jewell, Kevin; Arndt, David; Sawhney, Summit; Fung, Chris; Nicholas, Lisa; Lewis, Mike; Coutouly, Marie-Aude; Forsythe, Ian J.; Tang, Peter; Shrivastava, Savita; Jeroncic, Kevin; Stothard, Paul; Amegbey, Godwin; Block, David; Hau, David D.; Wagner, James; Miniaci, Jessica; Clements, Melisa; Gebremedhin, Mulu; Guo, Natalie; Zhang, Ying; Duggan, Gavin E.; Macinnis, Glen D.; Weljie, Alim M.; Dowlatabadi, Reza; Bamforth, Fiona; Клайв, Деррик; Грейнер, Расс; Ли, Лян; Марри, Том; Сайкс, Брайан Д.; Фогель, Ханс Дж.; Кверенгессер, Лори (1 января 2007 г.). "HMDB: база данных метаболитов человека". Nucleic Acids Research . 35 (D1): D521–D526. doi :10.1093/nar/gkl923. PMC  1899095 . PMID  17202168.
  2. ^ ab Wishart, David S.; Knox, Craig; Guo, An Chi; Eisner, Roman; Young, Nelson; Gautam, Bijaya; Hau, David D.; Psychogios, Nick; Dong, Edison; Bouatra, Souhaila; Mandal, Rupasri; Sinelnikov, Igor; Xia, Jianguo; Jia, Leslie; Cruz, Joseph A.; Lim, Emilia; Sobsey, Constance A.; Shrivastava, Savita; Huang, Paul; Liu, Philip; Fang, Lydia; Peng, Jun; Fradette, Ryan; Cheng, Dean; Tzur, Dan; Clements, Melisa; Lewis, Avalyn; de Souza, Andrea; Zúñiga, Azaret; Dawe, Margot; Xiong, Yeping; Clive, Derrick; Greiner, Russ; Назырова, Алсу; Шайхутдинов, Рустем; Ли, Лян; Фогель, Ханс Дж.; Форсайт, Ян Дж. (1 января 2009 г.). "HMDB: база знаний по человеческому метаболому". Nucleic Acids Research . 37 (D1): D603–D610. doi :10.1093/nar/gkn810. PMC 2686599. PMID  18953024 . 
  3. ^ Форсайт, Ян Дж.; Уишарт, Дэвид С. (1 марта 2009 г.). «Исследование метаболитов человека с использованием базы данных метаболома человека». Current Protocols in Bioinformatics . 25 : 14.8.1–14.8.45. doi :10.1002/0471250953.bi1408s25. ISBN 978-0471250951. PMID  19274632. S2CID  24291704.
  4. ^ аб Уишарт, Дэвид С.; Джуисон, Тимоти; Го, Ань Чи; Уилсон, Майкл; Нокс, Крейг; Лю, Ифэн; Джомбу Феунанг, Янник; Мандал, Рупасри; Азиат, Фарид; Донг, Эдисон; Буатра, Сухайла; Синельников Игорь; Арндт, Дэвид; Ся, Цзяньго; Лю, Филип; Яллу, Файзат; Бьорндаль, Трент; Перес Пинейро, Роландо; Эйснер, Роман; Аллен, Фелисити; Невё, Ванесса; Грейнер, Расс; Скальберт, Огюстен (1 января 2013 г.). «HMDB 3.0 — База данных метаболизма человека в 2013 году». Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Д1): Д801–Д807. doi : 10.1093/nar/gks1065. PMC 3531200. PMID  23161693 . 
  5. ^ ab "Human Metabolome Project" . Получено 13 февраля 2013 г.
  6. ^ Wishart, David S.; Knox, Craig; Guo, An Chi; Shrivastava, Savita; Hassanali, Murtaza; Stothard, Paul; Chang, Zhan; Woolsey, Jennifer (1 января 2006 г.). «DrugBank: всеобъемлющий ресурс для обнаружения и исследования лекарств in silico». Nucleic Acids Research . 34 (D1): D668–D672. doi :10.1093/nar/gkj067. PMC 1347430 . PMID  16381955. 
  7. ^ Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (январь 2008 г.). «DrugBank: база знаний по наркотикам, действиям с наркотиками и целям наркотиков». Nucleic Acids Research . 36 (выпуск базы данных): D901-6. doi :10.1093/nar/gkm958. PMC 2238889. PMID  18048412 . 
  8. ^ Knox, C; Law, V; Jewison, T; Liu, P; Ly, S; Frolkis, A; Pon, A; Banco, K; Mak, C; Neveu, V; Djoumbou, Y; Eisner, R; Guo, AC; Wishart, DS. (Январь 2011 г.). "DrugBank 3.0: всеобъемлющий ресурс для 'omics' исследований наркотиков". Nucleic Acids Research . 39 (выпуск базы данных): D1035-41. doi :10.1093/nar/gkq1126. PMC 3013709 . PMID  21059682. 
  9. ^ Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Январь 2010 г.). "T3DB: всесторонне аннотированная база данных распространенных токсинов и их целей". Nucleic Acids Research . 38 (выпуск базы данных): D781-6. doi :10.1093/nar/gkp934. PMC 2808899. PMID  19897546 . 
  10. ^ Frolkis, A; Knox, C; Lim, E; Jewison, T; Law, V; Hau, DD; Liu, P; Gautam, B; Ly, S; Guo, AC; Xia, J; Liang, Y; Shrivastava, S; Wishart, DS. (Январь 2010 г.). "SMPDB: База данных путей малых молекул". Nucleic Acids Research . 38 (Выпуск базы данных): D480-7. doi :10.1093/nar/gkp1002. PMC 2808928. PMID  19948758 . 
  11. ^ ab «Заметки о выпуске базы данных метаболома человека».
  12. ^ Уишарт, Дэвид С.; Джомбу Феунанг, Янник; Марку, Ана; Го, Ань Чи; Лян, Кевин; Васкес Фресно, Роза; Саджед, Танвир; Джонсон, Дэниел; Ли, Карин; Кару, Наама; Сайида, Зинат; Ло, Элвис; Асемпур, Назанин; Бержанский, Марк; Сингхал, Сандип; Арндт, Дэвид; Лян, Ёнджи; Бадран, Хасан; Грант, Джейсон; Серра Каюэла, Арнау; Лю, Ифэн; Мандал, Рупа; Невё, Ванесса; Пон, Эллисон; Нокс, Крейг; Уилсон, Майкл; Манах, Клодин; Скальберт, Огюстен (4 января 2018 г.). «HMDB 4.0: база данных метаболомов человека на 2018 год». Исследования нуклеиновых кислот . 46 (D1): D608–D617. doi :10.1093/nar/gkx1089. PMC 5753273. PMID  29140435 .