stringtranslate.com

Стивен А. Беннер

Стивен Альберт Беннер (родился 23 октября 1954 года) — американский химик . Он был профессором Гарвардского университета , ETH Zurich и совсем недавно — Флоридского университета , где он был почетным профессором химии имени VT и Луизы Джексон. В 2005 году он основал Вестхаймерский институт науки и технологий (TWIST) и Фонд прикладной молекулярной эволюции. Беннер также основал компании EraGen Biosciences и Firebird BioMolecular Sciences LLC.

Беннер и его коллеги были первыми, кто синтезировал ген, положив начало области синтетической биологии . Он сыграл важную роль в создании области палеогенетики . Он интересуется происхождением жизни и химическими условиями и процессами, необходимыми для производства РНК . Беннер работал с NASA над разработкой детекторов для инопланетных генетических материалов, используя определение жизни, разработанное рабочей группой по экзобиологии NASA в 1992 году, «самоподдерживающаяся химическая система, способная к дарвиновской эволюции». [2] [3] [4] [5]

Образование

Беннер учился в Йельском университете , получив степень бакалавра наук/магистра наук по молекулярной биофизике и биохимии в 1976 году. Затем он поступил в Гарвардский университет , получив степень доктора наук по химии в 1979 году. [6] Он работал под руководством Роберта Бернса Вудворда , завершив свою диссертацию с Фрэнком Вестхаймером после смерти Вудворда. Его докторская диссертация была посвящена абсолютной стереохимии ацетоацетатдекарбоксилазы, бетаин-гомоцистеинтрансметилазы и 3-гидроксибутиратдегидрогеназы. [7]

Карьера

Окончив Гарвардский университет , Беннер стал научным сотрудником Гарварда, получив в 1982 году премию Дрейфуса для молодых преподавателей. С 1982 по 1986 год он был доцентом кафедры химии Гарвардского университета. [8]

В 1986 году Беннер перешёл в ETH Zurich , Швейцарский федеральный технологический институт в Цюрихе. [9] Он занимал должности доцента биоорганической химии с 1986 по 1993 год и профессора биоорганической химии с 1993 по 1996 год. [8]

К 1996 году [10] Беннер присоединился к факультету в Университете Флориды , как профессор химии и клеточной и молекулярной биологии. Он был назначен VT & Louise Jackson Distinguished Professor of Chemistry на кафедре химии Университета Флориды в 2004 году. [11]

Беннер покинул Университет Флориды в конце декабря 2005 года, чтобы основать Вестхаймерский институт науки и технологий (TWIST) в честь Фрэнка Вестхаймера . Он является частью Фонда прикладной молекулярной эволюции (FfAME) в Алачуа, Флорида , который Беннер основал в 2001 году. [12]

Беннер основал EraGen Biosciences в 1999 году. Компания была приобретена Luminex в 2011 году. [13] [14] Он основал Firebird BioMolecular Sciences LLC в 2005 году. [12] [15] [16]

Исследовать

Исследования Беннера делятся на четыре основные области:

  1. расширение генетического алфавита путем синтеза искусственных структур
  2. добиологическая химия, воссоздание химического происхождения жизни
  3. палеогенетика, изучение древних белков давно вымерших видов
  4. обнаружение внеземной жизни [17]

Лаборатория Беннера является создателем области « синтетической биологии », которая стремится генерировать с помощью химического синтеза молекулы, воспроизводящие сложное поведение живых систем, включая их генетику, наследование и эволюцию. Некоторые важные моменты прошлых работ в области химической генетики перечислены ниже.

Синтез генов

В 1984 году лаборатория Беннера в Гарварде первой сообщила о химическом синтезе гена, кодирующего фермент, [18] [19] [20] после синтеза Кораной более короткого гена для тРНК в 1970 году. [21] Это был первый спроектированный ген любого рода, новаторское достижение, заложившее основу для белковой инженерии . [22] Стратегии проектирования, представленные в этом синтезе, в настоящее время широко используются для поддержки белковой инженерии. [23]

Искусственные генетические системы

Попытки достичь цели создания искусственных генетических систем были впервые представлены Беннером и его коллегами в 1989 году, когда они разработали первую неестественную пару оснований . [24] [25] [26] [27] С тех пор Беннер и его коллеги разработали шестибуквенную искусственно расширенную генетическую информационную систему под названием « Искусственно расширенная генетическая информационная система» (AEGIS), которая включает два дополнительных нестандартных нуклеотида (Z и P) в дополнение к четырем стандартным нуклеотидам (G, A, C и T). [28] [29] [30] [31] AEGIS имеет свою собственную поддерживающую молекулярную биологию. [5] Она позволяет синтезировать белки с более чем 20 естественно кодируемыми аминокислотами и дает представление о том, как нуклеиновые кислоты образуют дуплексные структуры, как белки взаимодействуют с нуклеиновыми кислотами, [32] и как альтернативные генетические системы могут появиться во внеземной жизни. [33]

Беннер — один из многих исследователей, среди которых Эрик Т. Кул, Флойд Э. Ромесберг, Ичиро Хирао, Мицухико Шионойя и Эндрю Эллингтон, которые создали расширенный алфавит синтетических оснований, которые могут быть включены в ДНК (а также в РНК) с использованием связей Уотсона-Крика (а также не-Уотсона-Крика). Хотя большинство этих синтетических оснований являются производными оснований A, C, G, T, некоторые отличаются. Хотя некоторые находятся в парах Уотсона-Крика (A/T, C/G), некоторые являются самодополняющими (X/X). Таким образом, генетический алфавит был расширен. [15] [25] [27] [34] [35] [36] [37] [38] : 88–98 

Число возможных триплетов нуклеотидов, или кодонов , доступных в синтезе белка, зависит от числа доступных нуклеотидов. Стандартный алфавит (G, A, C и T) дает 4 3 = 64 возможных кодона, в то время как расширенный алфавит ДНК с 9 основаниями ДНК будет иметь 9 3 = 729 возможных кодонов, многие из которых являются синтетическими кодонами. Для того, чтобы эти кодоны были полезны, была создана аминоацил-тРНК-синтетаза таким образом, что тРНК может кодировать возможно синтетическую аминокислоту, которая будет связана с ее соответствующим синтетическим антикодоном. Беннер описал такую ​​систему, которая использует синтетическую ДНК изо-C/изо-G, которая использует синтетический кодон ДНК [изо-C/A/G], который он называет 65-м кодоном. Синтетическая мРНК с синтетическим антикодоном [изо-G/U/C] с синтетической аминоацил-тРНК-синтетазой приводит к эксперименту in vivo , который может кодировать синтетическую аминокислоту, включенную в синтетические полипептиды (синтетическая протеомика ). [38] : 100–106 

Модель «второго поколения» для нуклеиновых кислот

Беннер использовал синтетическую органическую химию и биофизику для создания модели «второго поколения» для структуры нуклеиновой кислоты. Модель ДНК первого поколения была предложена Джеймсом Уотсоном и Фрэнсисом Криком на основе кристаллизованных рентгеновских структур, изучаемых Розалинд Франклин . Согласно модели двойной спирали , ДНК состоит из двух комплементарных цепей нуклеотидов, закрученных вокруг друг друга. [39] Модель Беннера подчеркивает роль сахарного и фосфатного остова в событии генетического молекулярного распознавания. Полианионный остов важен для создания расширенной структуры, которая помогает ДНК реплицироваться. [40] [41] [42]

В 2004 году Беннер сообщил о первой успешной попытке создать искусственную молекулу, похожую на ДНК, способную воспроизводить себя. [22]

Секвенирование генома и прогнозирование структуры белка

В конце 1980-х годов Беннер осознал потенциал проектов по секвенированию генома для создания миллионов последовательностей и предоставления исследователям возможности проводить обширное картирование молекулярных структур в органической химии. В начале 1990-х годов Беннер встретился с Гастоном Гонне , положив начало сотрудничеству, которое применило инструменты Гонне для поиска текста к управлению белковыми последовательностями. [43] [44] В 1990 году в сотрудничестве с Гастоном Гонне лаборатория Беннера представила биоинформатическую рабочую среду DARWIN. DARWIN (Data Analysis and Retrieval With Indexed Nucleic acid-peptide sequences) была высокоуровневой средой программирования для изучения геномных последовательностей. Она поддерживала сопоставление геномных последовательностей в базах данных и генерировала информацию, которая показывала, как природные белки могут дивергентно эволюционировать в условиях функциональных ограничений, накапливая мутации, вставки и делеции. [45] Основываясь на Дарвине, лаборатория Беннера предоставила инструменты для прогнозирования трехмерной структуры белков из данных о последовательностях. Информация об известных структурах белков была собрана и продана в виде коммерческой базы данных, Мастер-каталога, стартапом Беннера EraGen. [45]

Использование информации о множественных последовательностях для предсказания вторичной структуры белков стало популярным в результате работы Беннера и Герлоффа. [46] [47] [48] Предсказания вторичной структуры белка Беннером и его коллегами достигли высокой точности. [49] Стало возможным моделировать складки белка, обнаруживать отдаленные гомологи, проводить структурную геномику и объединять последовательность белка, структуру и функцию. Кроме того, эта работа предложила ограничения для предсказания структуры по гомологии, определив, что можно и что нельзя делать с помощью этой стратегии. [45]

Практические инструменты генотипирования

Подход Беннера открыл новые перспективы в отношении того, как работают нуклеиновые кислоты, а также инструменты для диагностики и нанотехнологий. FDA одобрило продукты, которые используют ДНК AEGIS в диагностике человека. Они отслеживают нагрузку вируса у пациентов, инфицированных гепатитом B , гепатитом C и ВИЧ . [50] AEGIS стал основой для разработки инструментов для мультиплексного обнаружения генетических маркеров, таких как раковые клетки [51] и полиморфизмы отдельных нуклеотидов в образцах пациентов. Эти инструменты позволят персонализировать медицину, используя генетический анализ « по месту оказания помощи », [52], а также исследовательские инструменты, которые измеряют уровень отдельных молекул мРНК в отдельных процессах отдельных живых нейронов. [53]

Интерпретативная протеомика

Интерпретируя геномные данные и проецируя их обратно к общему генетическому предку, «Луке», лаборатория Беннера представила инструменты, которые анализируют закономерности сохранения и изменения с использованием структурной биологии, изучают изменения в этих закономерностях в разных ветвях эволюционного дерева и соотносят события в генетической записи с событиями в истории биосферы, известными из геологии и ископаемых. Из этого появились примеры, показывающие, как роли биомолекул в современной жизни могут быть поняты с помощью моделей исторического прошлого. [54] [55]

Экспериментальная палеогенетика

Беннер был основателем области экспериментальной палеогенетики , где гены и белки древних организмов воскрешаются с использованием биоинформатики и технологии рекомбинантной ДНК. [56] Экспериментальная работа с древними белками проверила гипотезы об эволюции сложных биологических функций, включая биохимию пищеварения жвачных животных, [57] [58] : 209  термофилию древних бактерий и взаимодействие между растениями, фруктами и грибами во время мелового вымирания . [58] : 17  Они развивают наше понимание биологического поведения, которое простирается от молекулы до клетки , организма, экосистемы и планеты, иногда называемое планетарной биологией. [58] : 221 

Астробиология

Беннер глубоко интересуется происхождением жизни и условиями, необходимыми для поддержки модели мира РНК , в которой самореплицирующаяся РНК является предшественником жизни на Земле. Он определил кальций , борат и молибден как важные для успешного образования углеводов и стабилизации РНК. [59] Он предположил, что на планете Марс могли быть более желательные условия, чем на Земле, для первоначального производства РНК, [60] [61] но совсем недавно согласился, что модели ранней Земли, показывающие сушу и прерывистую воду, разработанные Стивеном Мойзисом, представляют достаточные условия для развития РНК. [12]

Группа Беннера работала над выявлением молекулярных структур, которые, вероятно, являются универсальными чертами живых систем независимо от их происхождения, а не продуктами небиологических процессов. Это « биосигнатуры », как для земной жизни, так и для «странных» форм жизни. [3] [62] [63]

Один из таких универсальных идентификаторов жизни был предложен в Полиэлектролитной теории гена . Эта идея предполагает, что для того, чтобы линейный генетический биополимер, растворенный в воде, такой как ДНК , подвергся дарвиновской эволюции где-либо во Вселенной, он должен быть полиэлектролитом , полимером , содержащим повторяющиеся ионные заряды. [64] Эта концепция была связана Беннером с представлением о гене как о «апериодическом кристалле», предложенным в книге Эрвина Шредингера « Что такое жизнь? », чтобы создать надежный универсально обобщаемый взгляд на генетическую биомолекулу. [65] Эта идея была предложена в качестве основы, с помощью которой ученые могут искать жизнь на других солнечных телах, помимо Земли. [66]

Ссылки

  1. ^ "Беннер, Стивен А. (Стивен Альберт), 1954-". Записи Библиотеки Конгресса . Получено 30 июня 2016 г.
  2. ^ Маллен, Лесли (1 августа 2013 г.). «Определение жизни: вопросы и ответы с ученым Джеральдом Джойсом». Журнал Astrobiology . Получено 5 июля 2016 г.
  3. ^ ab Benner, Steven A. (декабрь 2010 г.). «Определение жизни». Астробиология . 10 (10): 1021–1030. Bibcode :2010AsBio..10.1021B. doi :10.1089/ast.2010.0524. PMC 3005285 . PMID  21162682. 
  4. ^ Клотц, Ирен (27 февраля 2009 г.). «Синтетическая форма жизни растёт в лаборатории во Флориде». Наука . Архивировано из оригинала 13 января 2016 г. Получено 5 июля 2016 г.
  5. ^ ab Lloyd, Robin (14 февраля 2009 г.). "Новая искусственная ДНК указывает на инопланетную жизнь". LiveScience . Получено 5 июля 2016 г.
  6. ^ Impey, Chris Impey; Spitz, Anna H.; Stoeger, William, ред. (2013). Встреча с жизнью во вселенной: этические основы и социальные последствия астробиологии. Тусон: University of Arizona Press. стр. 259. ISBN 978-0-8165-2870-7. Получено 30 июня 2016 г.
  7. ^ "Стивен А. Беннер". Chemistry Tree . Получено 30 июня 2016 г.
  8. ^ ab "События в Райсе". Университет Райса . Архивировано из оригинала 19 сентября 2016 года . Получено 1 июля 2016 года .
  9. ^ Квок, Роберта (21 ноября 2012 г.). «Химическая биология: новый алфавит ДНК». Nature . 491 (7425): 516–518. Bibcode :2012Natur.491..516K. doi : 10.1038/491516a . PMID  23172197.
  10. ^ Беннер, Стивен А. «Нестандартные пары оснований как инструменты биомедицинских исследований». Grantome . Получено 1 июля 2016 г.
  11. ^ "Участники". Инициатива скромного подхода . Получено 1 июля 2016 г.
  12. ^ abc Кларк, Энтони (24 марта 2016 г.). «Местная команда возглавит поиск стоимостью 5,4 миллиона долларов по изучению происхождения жизни на Земле». The Gainesville Sun. Получено 30 июня 2016 г.
  13. ^ Wyzan, Andrew (12 июля 2011 г.). «Бывшая биотехнологическая компания Gainesville продана за 34 миллиона долларов». The Gainesville Sun. Получено 1 июля 2016 г.
  14. ^ Кэрролл, Джон. "Luminex приобретает EraGen Biosciences за 34 млн долларов". Fierce Biotech . Получено 22 июня 2011 г.
  15. ^ ab Howgego, Josh (25 февраля 2014 г.). «О странных нуклеотидах». Chemistry World . Получено 1 июля 2016 г.
  16. ^ "Firebird BioMolecular Sciences LLC".
  17. ^ "President's Dream Colloquium". Университет Саймона Фрейзера . Получено 1 июля 2016 г.
  18. ^ Гросс, Майкл (август 2011 г.). «Что такое синтетическая биология?». Current Biology . 21 (16): R611–R614. Bibcode : 2011CBio...21.R611G. doi : 10.1016/j.cub.2011.08.002 .
  19. ^ Nambiar, K.; Stackhouse, J; Stauffer, D.; Kennedy, W.; Eldredge, J.; Benner, S. (23 марта 1984 г.). «Полный синтез и клонирование гена, кодирующего белок рибонуклеазы S» (PDF) . Science . 223 (4642): 1299–1301. Bibcode :1984Sci...223.1299N. doi :10.1126/science.6322300. PMID  6322300 . Получено 5 июля 2016 г. .
  20. ^ D'Alessio, Giuseppe; Riordan, James F. (1997). Структура и функции рибонуклеаз. Сан-Диего: Academic Press. стр. 214. ISBN 9780125889452. Получено 5 июля 2016 г.
  21. ^ Корана, ХГ; Агарвал, КЛ; Бючи, Х.; Карутерс, Миннесота; Гупта, Северная Каролина; Клбппе, К.; Кумар, А.; Оцука, Э.; РаджБхандари, UL; ван де Санде, Дж. Х.; Сгарамелла, В.; Тебао, Т.; Вебер, Х.; Ямада, Т. (декабрь 1972 г.). «CIII. Полный синтез структурного гена рибонуклеиновой кислоты, переносящей аланин, из дрожжей». Журнал молекулярной биологии . 72 (2): 209–217. дои : 10.1016/0022-2836(72)90146-5. ПМИД  4571075.
  22. ^ ab Gramling, Carolyn (2005). «Для профессора химии Стивена Беннера жизнь, как мы ее знаем, может быть не единственной альтернативой». Amazing Science . 10 (1) . Получено 9 июля 2016 г. .
  23. ^ Кёрер, Кэролайн; РаджБхандари, Уттам Л., ред. (2009). Белковая инженерия. Берлин: Шпрингер. стр. 274–281, 297. ISBN. 978-3-540-70941-1. Получено 5 июля 2016 г.
  24. ^ Файкс, Брэдли Дж. (8 мая 2014 г.). «Жизнь, созданная с помощью расширенного генетического кода». San Diego Union Tribune . Получено 5 июля 2016 г.
  25. ^ ab Matsuda, Shigeo; Fillo, Jeremiah D.; Henry, Allison A.; Rai, Priyamrada; Wilkens, Steven J.; Dwyer, Tammy J.; Geierstanger, Bernhard H.; Wemmer, David E.; Schultz, Peter G.; Spraggon, Glen; Romesberg, Floyd E. (август 2007 г.). «Усилия по расширению генетического алфавита: структура и репликация неестественных пар оснований». Журнал Американского химического общества . 129 (34): 10466–10473. doi :10.1021/ja072276d. PMC 2536688. PMID  17685517 . 
  26. ^ Свитцер, Кристофер; Морони, Саймон Э.; Беннер, Стивен А. (октябрь 1989 г.). «Ферментативное включение новой пары оснований в ДНК и РНК». Журнал Американского химического общества . 111 (21): 8322–8323. doi :10.1021/ja00203a067.
  27. ^ ab Piccirilli, Joseph A.; Benner, Steven A.; Krauch, Tilman; Moroney, SimonE.; Benner, Steven A. (4 января 1990 г.). «Ферментативное включение новой пары оснований в ДНК и РНК расширяет генетический алфавит». Nature . 343 (6253): 33–37. Bibcode :1990Natur.343...33P. doi :10.1038/343033a0. PMID  1688644. S2CID  4363955.
  28. ^ Беннер, СА; Хаттер, Д; Сисмур, АМ (2003). «Синтетическая биология с искусственно расширенными генетическими информационными системами. От персонализированной медицины до внеземной жизни». Nucleic Acids Research. Приложение . 3 (3): 125–6. doi :10.1093/nass/3.1.125. PMID  14510412.
  29. ^ Yang, Z; Hutter, D; Sheng, P; Sismour, AM; Benner, SA (2006). «Искусственно расширенная генетическая информационная система: новая пара оснований с альтернативным паттерном водородных связей». Nucleic Acids Research . 34 (21): 6095–101. doi :10.1093/nar/gkl633. PMC 1635279. PMID  17074747 . 
  30. ^ Ян, Цзуньи; Чен, Фэй; Альварадо, Дж. Брайан; Беннер, Стивен А. (28 сентября 2011 г.). «Усиление, мутация и секвенирование шестибуквенной синтетической генетической системы». Журнал Американского химического общества . 133 (38): 15105–15112. doi :10.1021/ja204910n. PMC 3427765. PMID  21842904 . 
  31. ^ Мерритт, Кристен К; Брэдли, Кевин М; Хаттер, Дэниел; Мацуура, Марико Ф; Роуолд, Дайан Дж; Беннер, Стивен А (9 октября 2014 г.). «Автономная сборка синтетических олигонуклеотидов, построенных из расширенного алфавита ДНК. Полный синтез гена, кодирующего устойчивость к канамицину». Beilstein Journal of Organic Chemistry . 10 : 2348–2360. doi :10.3762/bjoc.10.245. PMC 4222377. PMID  25383105 . 
  32. ^ Лаос, Роберто; Томсон, Дж. Майкл; Беннер, Стивен А. (31 октября 2014 г.). «ДНК-полимеразы, разработанные путем направленной эволюции для включения нестандартных нуклеотидов». Frontiers in Microbiology . 5 : 565. doi : 10.3389/fmicb.2014.00565 . PMC 4215692. PMID  25400626 . 
  33. ^ Комитет по пределам органической жизни в планетарных системах, Комитет по происхождению и эволюции жизни; Совет по космическим исследованиям, Отделение инженерных и физических наук; Совет по наукам о жизни, Отделение наук о Земле и жизни; Национальный исследовательский совет национальных академий (2007). "4. Альтернативы земной биохимии в воде". Пределы органической жизни в планетарных системах . Вашингтон, округ Колумбия: Издательство National Academies Press. ISBN 978-0-309-10484-5.{{cite book}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  34. ^ Поллак, Эндрю (24 июля 2001 г.). «Ученые начинают добавлять буквы в алфавит жизни». The New York Times . Получено 30 июня 2016 г.
  35. ↑ Сингер, Эмили (10 июля 2015 г.). «Новые буквы добавлены в генетический алфавит». Журнал Quanta . Получено 30 июня 2016 г.
  36. ^ Switzer, CY; Moroney, SE; Benner, SA (5 октября 1993 г.). «Ферментативное распознавание пары оснований между изоцитидином и изогуанозином». Биохимия . 32 (39): 10489–96. CiteSeerX 10.1.1.690.1426 . doi :10.1021/bi00090a027. PMID  7691174. 
  37. ^ Такезава, Юсукэ; Шионоя, Мицухико (18 декабря 2012 г.). «Спаривание оснований ДНК с помощью металлов: альтернативы водородно-связанным парам оснований Уотсона–Крика». Accounts of Chemical Research . 45 (12): 2066–2076. doi :10.1021/ar200313h. PMID  22452649.
  38. ^ ab Саймон, Мэтью (2005). Новые вычисления, подчеркивающие биоинформатику . Нью-Йорк: AIP Press/Springer Science+Business Media. ISBN 978-0-387-27270-2.
  39. ^ Уотсон Дж. Д., Крик Ф. Х. (1953). «Структура ДНК». Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol . 18 : 123–31. doi :10.1101/SQB.1953.018.01.020. PMID  13168976.
  40. ^ Комитет по пределам органической жизни в планетарных системах, Комитет по происхождению и эволюции жизни; Совет по космическим исследованиям, Отделение инженерных и физических наук; Совет по наукам о жизни, Отделение наук о Земле и жизни; Национальный исследовательский совет национальных академий (2007). "4. Альтернативы земной биохимии в воде". Пределы органической жизни в планетарных системах . Вашингтон, округ Колумбия: Издательство National Academies Press. ISBN 978-0-309-10484-5.{{cite book}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  41. ^ Беннер, Стивен (2004). «Анализ генома на основе эволюции: альтернатива анализу сворачивания и функции белков». В Вестхоф, Э.; Харди, Н. (ред.). Сворачивание и самосборка биологических и макромолекул: труды deuxièmes Entretiens de Bures, Бюр-сюр-Иветт, Франция, 27 ноября - 1 декабря 2001 г. Сингапур: World Scientific. стр. 1–42. ISBN 978-981-238-500-0. Получено 6 июля 2016 г.
  42. ^ Беннер, Стивен А.; Хаттер, Дэниел (февраль 2002 г.). «Фосфаты, ДНК и поиск неземной жизни: модель второго поколения для генетических молекул» (PDF) . Биоорганическая химия . 30 (1): 62–80. doi :10.1006/bioo.2001.1232. PMID  11955003 . Получено 6 июля 2016 г. .
  43. ^ "Проф. Гастон Гонне: когда технология является ключом к эволюции". ETH Zurich . Получено 9 июля 2016 г.
  44. ^ Gonnet, GH; Cohen, MA; Benner, SA (5 июня 1992 г.). "Исчерпывающее соответствие всей базы данных последовательностей белков" (PDF) . Science . 256 (5062): 1443–5. Bibcode :1992Sci...256.1443G. doi :10.1126/science.1604319. PMID  1604319 . Получено 9 июля 2016 г. .
  45. ^ abc "Genomics Meets Geology". Журнал AstroBiology . 10 сентября 2001 г. Получено 1 июля 2016 г.
  46. ^ Джонс, Дэвид Т. (1999). "Предсказание вторичной структуры белка на основе матриц оценки, специфичных для позиции" (PDF) . Журнал молекулярной биологии . 292 (2): 195–202. doi :10.1006/jmbi.1999.3091. PMID  10493868. Архивировано из оригинала (PDF) 2016-08-18 . Получено 6 июля 2016 .
  47. ^ Беннер, СА; Герлофф, Д (1991). «Закономерности расхождения гомологичных белков как индикаторы вторичной и третичной структуры: предсказание структуры каталитического домена протеинкиназ». Advances in Enzyme Regulation . 31 : 121–81. doi :10.1016/0065-2571(91)90012-b. PMID  1877385.
  48. ^ Gonnet, Gaston H.; Korostensky, Chantal; Benner, Steve (февраль 2000 г.). «Меры оценки множественных выравниваний последовательностей». Journal of Computational Biology . 7 (1–2): 261–276. CiteSeerX 10.1.1.48.4250 . doi :10.1089/10665270050081513. PMID  10890401. 
  49. ^ Рассел, Р. Б.; Стернберг, М. Дж. Э. (май 1995 г.). «Предсказание структуры: насколько мы хороши?». Current Biology . 5 (5): 488–490. Bibcode : 1995CBio....5..488R. doi : 10.1016/S0960-9822(95)00099-6 . PMID  7583096.
  50. ^ Спото, Джузеппе; Коррадини, Роберто, ред. (2012). Обнаружение неамплифицированной геномной ДНК. Дордрехт: Спрингер. п. 104. ИСБН 978-94-007-1226-3. Получено 6 июля 2016 г.
  51. ^ Дамброт, Стюарт Мейсон (24 января 2014 г.). «Связи, которые связывают: воссоздание дарвиновской эволюции лигандов in vitro». Phys.org . Получено 6 июля 2016 г. .
  52. ^ Джаннетто, Пол Дж.; Лалели-Сахин, Элван; Вонг, Стивен Х. (1 января 2004 г.). «Методологии фармакогеномного генотипирования». Клиническая химия и лабораторная медицина . 42 (11): 1256–64. doi :10.1515/CCLM.2004.246. PMID  15576288. S2CID  34338787.
  53. ^ "Award Abstract #0304569 Nanoscale Arrays for Direct RNA Profiling in Single Cells and their Compartments". Национальный научный фонд . Получено 6 июля 2016 г.
  54. ^ Plaxco, Kevin W.; Gross, Michael (2006). Астробиология: краткое введение. Балтимор: Johns Hopkins University Press. С. 165–170. ISBN 978-0801883675. Получено 6 июля 2016 г.
  55. ^ Беннер, Стивен А. (июнь 2003 г.). «Интерпретативная протеомика — поиск биологического смысла в базах данных генома и протеома» (PDF) . Достижения в регуляции ферментов . 43 (1): 271–359. CiteSeerX 10.1.1.104.7549 . doi :10.1016/S0065-2571(02)00024-9. PMID  12791396 . Получено 6 июля 2016 г. . 
  56. ^ Jermann, TM; Opitz, JG; Stackhouse, J; Benner, SA (2 марта 1995 г.). «Реконструкция эволюционной истории суперсемейства рибонуклеаз парнокопытных» (PDF) . Nature . 374 (6517): 57–9. Bibcode :1995Natur.374...57J. doi :10.1038/374057a0. PMID  7532788. S2CID  4315312 . Получено 6 июля 2016 г. .
  57. ^ Беннер, SA; Карако, MD; Томсон, JM; Гоше, EA (3 мая 2002 г.). «Планетарная биология — палеонтологическая, геологическая и молекулярная история жизни». Science . 296 (5569): 864–8. Bibcode :2002Sci...296..864B. doi :10.1126/science.1069863. PMID  11988562. S2CID  2316101.
  58. ^ abc Liberles, David A. (2007). Реконструкция предковой последовательности. Оксфорд: Oxford University Press. стр. 221. ISBN 9780199299188.
  59. ^ Уорд, Питер; Киршвинк, Джо (2014). Новая история жизни: Радикальные новые открытия о происхождении и эволюции жизни на Земле. США: Bloomsbury. С. 55–60. ISBN 978-1608199075. Получено 6 июля 2016 г.
  60. ^ Циммер, Карл (26 июня 2004 г.). «Что было до ДНК?». Discover . ISSN  0274-7529.
  61. ^ Циммер, Карл (12 сентября 2013 г.). «Далеко идущая возможность происхождения жизни». The New York Times . Получено 1 июля 2016 г.
  62. ^ Boyd, Robert S. (11 ноября 2002 г.). "ANY BEING OUT THERE? Extreme Earth environments test astrobiology ideas". Philadelphia Inquirer . Архивировано из оригинала 17 августа 2016 г. Получено 6 июля 2016 г.
  63. ^ Гринвуд, Вероник (9 ноября 2009 г.). «Что жизнь оставляет после себя, что мы знаем: поиск жизни за пределами нашей бледно-голубой точки чреват разбитыми надеждами. Будут ли химические и минеральные отпечатки земных организмов применяться в других мирах?». Seed Magazine . Архивировано из оригинала 15 ноября 2009 г. Получено 6 июля 2016 г.{{cite journal}}: CS1 maint: неподходящий URL ( ссылка )
  64. ^ Беннер, Стивен А.; Хаттер, Дэниел (2002-02-01). «Фосфаты, ДНК и поиск неземной жизни: модель второго поколения для генетических молекул». Биоорганическая химия . 30 (1): 62–80. doi :10.1006/bioo.2001.1232. PMID  11955003.
  65. ^ Беннер, Стивен А. (2023-02-27). «Переосмысление нуклеиновых кислот от их происхождения до их применения». Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 378 (1871). doi :10.1098/rstb.2022.0027. ISSN  0962-8436. PMC 9835595. PMID 36633284  . 
  66. ^ Шпачек, Ян; Беннер, Стивен А. (2022-10-01). «Agnostic Life Finder (ALF) для крупномасштабного скрининга марсианской жизни во время дозаправки на месте». Астробиология . 22 (10): 1255–1263. Bibcode : 2022AsBio..22.1255S. doi : 10.1089/ast.2021.0070. ISSN  1531-1074. PMID  35796703.