2003–04 Кипрский второй дивизион был 49-м сезоном Кипрской футбольной лиги второго уровня. Неа Саламина выиграла свой 4-й титул.
Четырнадцать команд приняли участие в 2003–04 Кипрском втором дивизионе. Все команды играли друг против друга дважды, один раз дома и один раз на выезде. Команда с наибольшим количеством очков в конце сезона становилась чемпионом. Первые три команды были повышены до 2004–05 Кипрского первого дивизиона , а последние три команды были понижены до 2004–05 Кипрского третьего дивизиона .
Команды, вышедшие в первый дивизион Кипра 2003–04
Команды, выбывшие из кипрского Первого Дивизиона 2002–03
Команды, вышедшие из третьего дивизиона Кипра 2002–03 гг.
Команды, вылетевшие в третий дивизион Кипра 2003–04