stringtranslate.com

Марк Б. Герштейн

Марк Бендер Герштейн — американский учёный, работающий в области биоинформатики и науки о данных . С 2009 года он является содиректором Йельской программы вычислительной биологии и биоинформатики.

Марк Герштейн — профессор биомедицинской информатики Альберта Л. Уильямса , профессор молекулярной биофизики и биохимии , профессор статистики и науки о данных и профессор компьютерных наук в Йельском университете . [8] В 2018 году Герштейн был назначен содиректором Йельского центра биомедицинских данных. [9]

Образование

После окончания Гарвардского колледжа с отличием со степенью бакалавра искусств по физике в 1989 году Герштейн защитил докторскую диссертацию под руководством Рут Линден-Белл [5] в Кембриджском университете и Сайруса Чотиа в Лаборатории молекулярной биологии по конформационным изменениям. в области белков, получив высшее образование в 1993 году. [10] Затем он продолжил постдокторские исследования в области биоинформатики в Стэнфордском университете с 1993 по 1996 год под руководством нобелевского лауреата Майкла Левитта .

Исследовать

Герштейн занимается исследованиями в области биоинформатики . [3] [11] [12] Это предполагает применение ряда вычислительных подходов к решению проблем молекулярной биологии , включая интеллектуальный анализ данных и машинное обучение, молекулярное моделирование и проектирование баз данных. Его исследовательская группа занимается рядом направлений, включая аннотирование генома человека, [13] персональную геномику , геномику рака , создание инструментов для поддержки технологий генома (таких как секвенирование следующего поколения), анализ молекулярных сетей и моделирование макромолекулярных движений. Известные базы данных и инструменты, разработанные группой, включают Базу данных макромолекулярных движений , [6] [7] , которая классифицирует конформационные изменения макромолекул ; tYNA, [14] который помогает анализировать молекулярные сети; PubNet, [15] который анализирует сети публикаций; PeakSeq, [16] который идентифицирует области генома, связанные с определенными факторами транскрипции; и CNVnator, [17] , который классифицирует варианты блоков в геноме. Герштейн также много писал о том, как общие проблемы науки о данных влияют на геномику, в частности, в отношении конфиденциальности [18] и структурирования научной коммуникации. [19]

Работа Герштейна была опубликована в рецензируемых научных журналах [20] [21] [22] и ненаучных публикациях на более популярных форумах. [23] Его работа получила высокую оценку: балл H превышает 100. [3] Он входит в состав ряда редакционных и консультативных советов, в том числе советов PLoS по вычислительной биологии , исследованиям генома , биологии генома и биологии молекулярных систем . Его цитировали в New York Times, [24] [25] [26] , в том числе на первой полосе, [13] и в других крупных газетах. [27]

Награды и отличия

В дополнение к награде «Выдающиеся молодые ученые» Фонда В.М. Кека [28] Герштейн получил награды от ВМС США , IBM , Фармацевтических исследований и производителей Америки и Фонда Донахью. [29] Он является членом AAAS . [1] Другие награды включают стипендию Герчела-Смита в поддержку его докторской работы в колледже Эммануэль в Кембридже и постдокторскую стипендию Фонда исследования рака Дэймона Раньона . Он является участником ряда научных консорциумов, включая ENCODE , [30] modENCODE , [31] [32] [33] 1000 Genomes Project , Brainspan, [34] и DOE Kbase. [ нужна ссылка ] В 2015 году он стал членом Международного общества вычислительной биологии. [2]

Рекомендации

  1. ^ ab «Ученые Йельского университета получили стипендию AAAS» .
  2. ^ ab «Знакомьтесь с классом стипендиатов ISCB 2015 года» . Международное общество вычислительной биологии . Архивировано из оригинала 20 февраля 2015 г.
  3. ^ abc Публикации Марка Б. Герштейна, проиндексированные Google Scholar
  4. ^ Герштейн, М .; Чотия, К. (1991). «Анализ замыкания белковой петли. Два типа шарниров производят одно движение в лактатдегидрогеназе». Журнал молекулярной биологии . 220 (1): 133–149. дои : 10.1016/0022-2836(91)90387-Л. ПМИД  2067013.
  5. ^ ab Марк Б. Герштейн в проекте «Математическая генеалогия»
  6. ^ аб Кребс, Вернер Г. (2002). База данных движений макромолекул: стандартизированная система для анализа и визуализации движений макромолекул в рамках базы данных (кандидатская диссертация). Йельский университет. ОСЛК  54626123.
  7. ^ аб Герштейн, М; Кребс, В. (1998). «База данных макромолекулярных движений». Исследования нуклеиновых кислот . 26 (18): 4280–90. дои : 10.1093/нар/26.18.4280. ПМЦ 147832 . ПМИД  9722650. 
  8. ^ Публикации Марка Б. Герштейна, индексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
  9. ↑ Сюн, Эми (9 февраля 2018 г.). «Йельский университет создает центр биомедицинских данных» . yaledailynews.com . Проверено 27 сентября 2020 г.
  10. ^ Герштейн, Марк (1993). Распознавание белков: поверхности и конформационные изменения (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  11. ^ Дурбин, РМ ; Абекасис, Греция ; Альтшулер, Р.М.; Аутон, Гарда; Брукс, доктор медицинских наук; Дурбин, А.; Гиббс, AG; Херлс, Ф.С.; Маквин, FM; Доннелли, П.; Эгхольм, М.; Фличек, П.; Габриэль, С.Б.; Гиббс, РА; Кнопперс, Б.М.; Ландер, ЕС; Лерах, Х.; Мардис, скорая помощь; Маквин, Джорджия; Никерсон, Д.А.; Пелтонен, Л.; Шафер, Эй Джей; Шерри, Сент-Луис; Ван, Дж.; Уилсон, РК; Гиббс, РА; Дейрос, Д.; Мецкер, М.; Музный, Д.; и другие. (2010). «Карта вариаций генома человека по результатам популяционного секвенирования». Природа . 467 (7319): 1061–1073. Бибкод : 2010Natur.467.1061T. дои : 10.1038/nature09534. ПМК 3042601 . ПМИД  20981092. 
  12. ^ Ван, З.; Герштейн, М.; Снайдер, М. (2009). «RNA-Seq: революционный инструмент для транскриптомики». Обзоры природы Генетика . 10 (1): 57–63. дои : 10.1038/nrg2484. ПМЦ 2949280 . ПМИД  19015660. 
  13. ↑ ab Джина Колата, (5 сентября 2012 г.) «Кусочки загадочной ДНК, вдали от мусора, играют решающую роль», NY Times
  14. ^ Йип, Кентукки; Ю, Х; Ким, премьер-министр; Шульц, М; Герштейн, М. (2006). «Платформа tYNA для сравнительной интерактивности: веб-инструмент для управления, сравнения и анализа нескольких сетей». Биоинформатика . 22 (23): 2968–70. doi : 10.1093/биоинформатика/btl488 . ПМИД  17021160.
  15. ^ Дуглас, С.М.; Монтелионе, GT; Герштейн, М. (2005). «PubNet: гибкая система для визуализации сетей, основанных на литературе». Геномная биология . 6 (9): 80 рандов. дои : 10.1186/gb-2005-6-9-r80 . ПМЦ 1242215 . ПМИД  16168087. 
  16. ^ Розовский, Дж; Ойскирхен, Г; Ауэрбах, РК; Чжан, З.Д.; Гибсон, Т; Бьёрнсон, Р; Каррьеро, Н.; Снайдер, М; Герштейн, МБ (2009). «Peak Seq позволяет систематически оценивать эксперименты ChIP-seq по сравнению с контролем». Природная биотехнология . 27 (1): 66–75. дои : 10.1038/nbt.1518. ПМЦ 2924752 . ПМИД  19122651. 
  17. ^ Абызов, А; Урбан, AE; Снайдер, М; Герштейн, М (2011). «CNVnator: подход к обнаружению, генотипированию и характеристике типичных и атипичных CNV на основе секвенирования семейного и популяционного генома». Геномные исследования . 21 (6): 974–84. дои : 10.1101/гр.114876.110. ПМК 3106330 . ПМИД  21324876. 
  18. ^ Гринбаум, Д; Сбонер, А; Му, XJ; Герштейн, М (2011). «Геномика и конфиденциальность: последствия новой реальности закрытых данных для этой области». PLOS Вычислительная биология . 7 (12): e1002278. Бибкод : 2011PLSCB...7E2278G. дои : 10.1371/journal.pcbi.1002278 . ПМЦ 3228779 . ПМИД  22144881. 
  19. ^ Герштейн, М; Серингхаус, М; Филдс, С. (2007). «Структурированная цифровая аннотация упрощает анализ текста». Природа . 447 (7141): 142. Бибкод : 2007Natur.447..142G. дои : 10.1038/447142а . ПМИД  17495904.
  20. ^ Марк Герштейн на библиографическом сервере DBLP
  21. ^ Публикации Марка Б. Герштейна, индексированные Microsoft Academic.
  22. ^ Гиавер, Г.; Чу, AM; Ни, Л.; Коннелли, К.; Райлз, Л.; Веронно, С.; Доу, С.; Лукау-Данила, А.; Андерсон, К.; Андре, Б.; Аркин, АП; Астромов А.; Эль-Баккури, М.; Бангэм, Р.; Бенито, Р.; Брачат, С.; Кампанаро, С.; Кёртисс, М.; Дэвис, К.; Дойчбауэр, А.; Энтиан, К.Д.; Флаэрти, П.; Фури, Ф.; Гарфинкель, диджей; Герштейн, М.; Готте, Д.; Гюльденер, У.; Хегеманн, Дж. Х.; Хемпель, С.; Герман, З. (2002). «Функциональное профилирование генома Saccharomyces cerevisiae». Природа . 418 (6896): 387–391. Бибкод : 2002Natur.418..387G. дои : 10.1038/nature00935. PMID  12140549. S2CID  4400400.
  23. ^ «Список нетехнических произведений Марка Герштейна». gersteinlab.org. Архивировано из оригинала 17 октября 2013 г.
  24. ^ Колата, Джина (16 июня 2013 г.). «Дыры в генетической конфиденциальности». Нью-Йорк Таймс . ISSN  0362-4331 . Проверено 18 января 2016 г.
  25. ^ Циммер, Карл (1 сентября 2014 г.). «Крошечные, огромные окна в ДНК человека». Нью-Йорк Таймс . ISSN  0362-4331 . Проверено 18 января 2016 г.
  26. ^ «Мысли о генах». Нью-Йорк Таймс . 10 ноября 2008 г. ISSN  0362-4331 . Проверено 18 января 2016 г.
  27. ^ «Ученые раскрывают новую схему того, как работает геном человека» . Курант.com . Проверено 18 января 2016 г.
  28. ^ Мервис, Джеффри (16 июля 1999 г.). «Кек помогает пяти карьерам с помощью грантов в 1 миллион долларов». Наука . 285 (5426): 312–3. дои : 10.1126/science.285.5426.312b. PMID  10438290. S2CID  33084600.
  29. ^ «Фонд Донахью выбирает пять следователей для долгосрочной поддержки» . Medicine.yale.edu . Проверено 27 сентября 2020 г.
  30. ^ Консорциум проекта ENCODE; Бирни Э ; Стаматояннопулос Х.А .; Дутта А ; Гиго Р; Гингерас ТР; Маргулис Э.Х.; Вэн З; Снайдер М; Дермицакис ET; и другие. (2007). «Идентификация и анализ функциональных элементов в 1% генома человека в рамках пилотного проекта ENCODE». Природа . 447 (7146): 799–816. Бибкод : 2007Natur.447..799B. дои : 10.1038/nature05874. ПМК 2212820 . ПМИД  17571346. 
  31. ^ Ландт, С.Г.; Маринов, Г.К.; Кундае, А.; Херадпур, П.; Паули, Ф.; Бацоглу, С.; Бернштейн, Бельгия; Бикель, П.; Браун, Дж. Б.; Кейтинг, П.; Чен, Ю.; Десальво, Г.; Эпштейн, К.; Фишер-Эйлор, штат Кентукки; Ойскирхен, Г.; Герштейн, М.; Герц, Дж.; Хартеминк, AJ; Хоффман, ММ; Айер, ВР; Юнг, Ю.Л.; Кармакар, С.; Келлис, М.; Харченко П.В.; Ли, К.; Лю, Т.; Лю, XS; Ма, Л.; Милосавлевич А.; Майерс, РМ (2012). «Руководство и практика ChIP-seq консорциумов ENCODE и modENCODE». Геномные исследования . 22 (9): 1813–1831. дои : 10.1101/гр.136184.111. ПМЦ 3431496 . ПМИД  22955991. 
  32. ^ Ченг, К.; Ян, К.К.; Йип, Кентукки; Розовский Дж.; Александр, Р.; Шоу, К.; Герштейн, М. (2011). «Статистическая основа для моделирования экспрессии генов с использованием функций хроматина и применения к наборам данных modENCODE». Геномная биология . 12 (2): Р15. дои : 10.1186/gb-2011-12-2-r15 . ПМК 3188797 . ПМИД  21324173. 
  33. ^ Герштейн М.Б., Лу З.Дж., Ван Ностранд Э.Л., Ченг С., Аршинофф Б.И., Лю Т., Ип К.Ю., Робилотто Р., Рехтштайнер А. и др. (2010). «Интегративный анализ генома Caenorhabditis elegans в рамках проекта modENCODE». Наука . 330 (6012): 1775–1787. Бибкод : 2010Sci...330.1775G. дои : 10.1126/science.1196914. ПМЦ 3142569 . ПМИД  21177976. 
  34. ^ Ли, Минфэн; Санпере, Габриэль; Кавасава, Юка Имамура; Евграфов Олег Владимирович; Гулден, Форрест О.; Почаредди, Сириша; Санкин, Сьюзен М.; Ли, Чжэнь; Шин, Юраэ; Чжу, Ин; Соуза, Андре ММ (14 декабря 2018 г.). «Интегративный функциональный геномный анализ развития мозга человека и нервно-психических рисков». Наука . 362 (6420): eaat7615. Бибкод : 2018Sci...362.7615L. doi : 10.1126/science.aat7615. ISSN  0036-8075. ПМК 6413317 . ПМИД  30545854. 

Внешние ссылки

У Схолии есть профиль Марка Бендера Герштейна (Q6766711).