Департамент Миссури был командным эшелоном армии США в XIX веке и подразделением Военной дивизии Миссури , функционировавшим во время индейских войн .
После успешного завершения мексикано-американской войны , управление армией Соединенных Штатов теоретически направлялось, под руководством президента Соединенных Штатов, военным министром и главнокомандующим . На практике военный министр и главы штабных агентств армии, которые подчинялись ему напрямую (генерал-адъютант, генеральный интендант, генеральный комиссар, генеральный инспектор, генеральный кассир, генеральный хирург, главный инженер, полковник топографических инженеров и полковник артиллерийского вооружения), осуществляли всю полноту власти, оставляя главнокомандующего номинальным главой. При отсутствии центрального руководства политика и стратегия фактически разрабатывались командующими пронумерованных географических департаментов и тремя штабами дивизий. После 31 октября 1853 года эшелон дивизий был ликвидирован, и шесть западных департаментов были объединены в четыре (департаменты Техаса , Нью-Мексико , Запада и Тихого океана ), чьи командующие департаментами использовали свои войска по своему усмотрению. Система вернулась к шести департаментам в 1858 году, когда в январе был создан департамент Юты, а в сентябре департамент Тихого океана разделился на департаменты Калифорнии и Орегона.
Военная деятельность, затрагивающая один департамент, часто зарождалась в другом департаменте, что мешало эффективному использованию ограниченных людских ресурсов и координации усилий. Трения между военными министрами и главнокомандующими, и особенно между Джефферсоном Дэвисом и Уинфилдом Скоттом , препятствовали реформам в кадровой системе, которые могли бы обеспечить единство командования и гражданский контроль над армией . Расширение армии во время Гражданской войны привело к увеличению числа географических департаментов и подчиненных им округов, часто меняющих названия и территории под их индивидуальным контролем, некоторые департаменты были ликвидированы или переименованы, только чтобы быть воссозданными снова в измененном виде.
Департамент Миссури возник в результате реорганизации и распада Департамента Запада 9 ноября 1861 года после того, как Авраам Линкольн уволил Джона К. Фремонта, когда тот не отменил свой приказ об освобождении рабов Миссури и введении военного положения в штате. Дэвид Хантер недолгое время служил последним командующим Департамента Запада. Новый департамент включал Миссури , Арканзас , Иллинойс , Кентукки к западу от реки Камберленд и иногда Канзас . Он ненадолго объединился с Департаментом Миссисипи в 1862 году, но был воссоздан 19 сентября, теперь состоящий из Миссури, Арканзаса, Канзаса и Индейской территории . Колорадо и Небраска были добавлены 11 октября 1862 года, и департамент стал общеизвестным как Департамент Миссури. С 1862 по 1865 год департамент был в основном занят борьбой с конфедератами в Миссури и Арканзасе.
Департамент Канзаса был создан в третий раз 1 января 1864 года, что вывело основные районы из-под военной юрисдикции Департамента Миссури. Новый командующий Департаментом Канзаса, генерал-майор Сэмюэл Р. Кертис , имел два округа (Колорадо и Небраска), полностью вовлеченных в индейскую войну, но Кертис был поглощен борьбой с конфедератами на Индейской территории и бушвакерами в Канзасе, предоставив другим своим округам, в частности Колорадо, полную автономию. Губернатор Джон Эванс и командующий округом Колорадо полковник Джон М. Чивингтон воспользовались этим отсутствием надзора, чтобы агрессивно атаковать деревни шайеннов в апреле 1864 года, разжигая крупную индейскую войну в июле . Кертис создал новый округ Верхний Арканзас, чтобы вести войну, но он был совершенно неспособен обнаружить своих противников. В другом его округе, Небраске, военные действия были еще более интенсивными, но тамошние силы были слишком слабы, чтобы с ними справиться.