stringtranslate.com

Джмол

Jmol — это компьютерное программное обеспечение для молекулярного моделирования химических структур в трехмерном пространстве . [2] Jmol возвращает трехмерное представление молекулы , которое может использоваться в качестве учебного пособия [3] или для исследований, например, в области химии и биохимии .

Программное обеспечение

Jmol написан на языке программирования Java , поэтому он может работать в операционных системах Windows , macOS , Linux и Unix , если установлена ​​Java. Это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом , выпущенное под лицензией GNU Lesser General Public License (LGPL) версии 2.0. Существуют отдельное приложение и комплект для разработки программного обеспечения (SDK), которые можно интегрировать в другие приложения Java, такие как Bioclipse и Taverna .

Популярной функцией является апплет, который может быть интегрирован в веб-страницы для отображения молекул различными способами. Например, молекулы могут быть отображены как шаростержневые модели , модели заполнения пространства , ленточные диаграммы и т. д. [4] Jmol поддерживает широкий спектр форматов химических файлов , включая Protein Data Bank (pdb), Crystallographic Information File (cif), MDL Molfile (mol) и Chemical Markup Language (CML). Существует также версия только для JavaScript ( HTML5 ), JSmol , которая может использоваться на компьютерах без Java. [5]

Апплет Jmol, среди прочих возможностей, предлагает альтернативу подключаемому модулю Chime , [3], который больше не находится в активной разработке. Хотя Jmol имеет много функций, которых нет в Chime, он не претендует на воспроизведение всех функций Chime, в частности, режима Sculpt . Chime требует установки подключаемого модуля и Internet Explorer 6.0 или Firefox 2.0 в Microsoft Windows или Netscape Communicator 4.8 в Mac OS 9. Jmol требует установки Java и работает на самых разных платформах. Например, Jmol полностью функционален в Mozilla Firefox , Internet Explorer , Opera , Google Chrome и Safari .

Скриншоты

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Переводы Jmol
  2. ^ Чен, Джим X. (2008), Springer (ред.), Руководство по графическим программным инструментам, стр. 471, ISBN 978-1-84800-900-4
  3. ^ ab Herráez, A (2006), «Биомолекулы в компьютере: Jmol спешит на помощь», Биохимия и образование в области молекулярной биологии , 34 (4): 255–61, doi : 10.1002/bmb.2006.494034042644 , PMID  21638687, S2CID  36319720
  4. ^ Herráez, A (2007), Lulu (ред.), Как использовать Jmol для изучения и представления молекулярных структур, том 1, стр. 21, ISBN 978-1-84799-259-8
  5. ^ "JSmol". Архивировано из оригинала 2018-01-01 . Получено 2015-11-02 .

Внешние ссылки

На Викискладе есть медиафайлы по теме Jmol .