stringtranslate.com

Таверна Апачи

Apache Taverna был программным инструментом с открытым исходным кодом для проектирования и выполнения рабочих процессов , изначально созданным проектом myGrid под названием Taverna Workbench , затем проектом в рамках Apache incubator. Taverna позволял пользователям интегрировать множество различных программных компонентов, включая веб-сервисы WSDL SOAP или REST , например, предоставляемые Национальным центром биотехнологической информации , Европейским институтом биоинформатики , банком данных ДНК Японии (DDBJ) , SoapLab, BioMOBY и EMBOSS . Набор доступных сервисов не был конечным, и пользователи могли импортировать новые описания сервисов в Taverna Workbench. [1] [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8]

Taverna Workbench предоставляла среду для разработки на рабочем столе и движок для научных рабочих процессов. Движок рабочего процесса Taverna также был доступен отдельно, как Java API, инструмент командной строки или как сервер.

Taverna использовалась пользователями во многих областях, таких как биоинформатика , [9] [10] химическая информатика , [11] медицина , астрономия , [12] социальные науки , музыка и цифровое сохранение . [13]

Некоторые из сервисов для использования в рабочих процессах Taverna можно найти через BioCatalogue — публичный, централизованный и курируемый реестр веб-сервисов Life Science. Рабочие процессы Taverna также можно было бы делить с другими людьми через социальный веб- сайт myExperiment для ученых. [14] BioCatalogue и myExperiment — еще два продукта от консорциума myGrid .

Taverna использовалась в более чем 350 организациях по всему миру, как академических, так и коммерческих. По состоянию на 2011 год было более 80 000 загрузок Taverna в различных версиях.

20 февраля 2020 года Apache Incubator закрыл проект и удалил код со своего веб-сайта. [15]

Возможности

Рабочие процессы Taverna могут вызывать общие веб-сервисы SOAP / WSDL или REST , а также более конкретные веб-сервисы SADI, BioMart, BioMoby и SoapLab. Он также может вызывать статистические сервисы R , локальный код Java, внешние инструменты на локальных и удаленных машинах (через ssh ), выполнять XPath и другие текстовые манипуляции, импортировать электронную таблицу и включать подпроцессы.

Taverna Workbench включает в себя возможность контролировать выполнение рабочего процесса и проверять происхождение полученных данных, раскрывая детали выполнения рабочего процесса в виде графика происхождения W3C PROV -O RDF [16] в структурированном ZIP- файле пакета Research Object [17] , который включает входные данные, выходные данные, промежуточные значения и определение выполненного рабочего процесса; вместе этот формат называется TavernaProv . [18]

Taverna включает возможность поиска служб, описанных в BioCatalogue, для вызова из рабочих процессов. Однако службы не обязательно должны быть описаны в BioCatalogue, чтобы быть включенными в рабочие процессы, поскольку их можно добавить из описания веб-службы WSDL или ввести как шаблон REST URI .

Taverna также включает возможность поиска рабочих процессов на myExperiment . Taverna Workbench может загружать, изменять и запускать рабочие процессы, обнаруженные на myExperiment, а также загружать созданные рабочие процессы, чтобы делиться ими с другими, используя социальные аспекты myExperiment.

Рабочие процессы Taverna не обязательно должны выполняться в Taverna Workbench. Рабочие процессы также могут быть запущены:

Taverna позволяет конвейеризацию и потоковую передачу данных. [19] Это означает, что службы, расположенные ниже по потоку в рабочем процессе, могут запускаться, как только будет получен первый элемент данных, не дожидаясь, пока весь список данных станет доступен из служб и итераций верхнего потока. Службы Taverna выполняются параллельно, когда это возможно, поскольку рабочие процессы Taverna в первую очередь управляются данными, а не управлением. [20]

Заставка Taverna Workbench 2.1

Сообщество разработчиков ПО с открытым исходным кодом

Taverna является проектом с открытым исходным кодом с 2003 года [21] , в котором принимают участие участники из множества академических и отраслевых учреждений. В октябре 2014 года Taverna стала независимым проектом-инкубатором Apache [15] и сменила название на Apache Taverna (инкубация) . Проект разрабатывает Apache Taverna 3.x [22], лицензия которого была изменена с LGPL 2.1 на Apache License 2.0 .

Внешние ссылки

Ссылки

  1. ^ Belhajjame K, Wolstencroft K, Corcho O, Oinn T, Tanoh F, William A, Goble C (2008). «Управление метаданными в системе рабочего процесса Taverna». Восьмой международный симпозиум IEEE 2008 года по кластерным вычислениям и Grid (CCGRID) . стр. 651–656. doi :10.1109/CCGRID.2008.17. ISBN 9780769531564. S2CID  9996653.
  2. ^ Li P, Castrillo JI, Velarde G, Wassink I, Soiland-Reyes S, Owen S и др. (август 2008 г.). «Выполнение статистического анализа количественных данных в рабочих процессах Taverna: пример использования R и maxdBrowse для идентификации дифференциально экспрессируемых генов из данных микрочипов». BMC Bioinformatics . 9 : 334. doi : 10.1186/1471-2105-9-334 . PMC 2528018 . PMID  18687127. 
  3. ^ Oinn T, Addis M, Ferris J, Marvin D, Senger M, Greenwood M и др. (Ноябрь 2004 г.). «Taverna: инструмент для составления и внедрения рабочих процессов биоинформатики». Биоинформатика . 20 (17): 3045–54. doi : 10.1093/bioinformatics/bth361 . PMID  15201187.
  4. ^ Oinn T, Greenwood M, Addis M, Alpdemir MN, Ferris J, Glover K и др. (2006). "Taverna: Lessons in Creating a Workflow Environment for the Life Sciences" (PDF) . Параллелизм и вычисления: практика и опыт . 18 (10): 1067–1100. doi :10.1002/cpe.993. S2CID  10219281.
  5. ^ Hull D, Wolstencroft K, Stevens R , Goble C , Pocock MR, Li P, Oinn T (июль 2006 г.). "Taverna: инструмент для создания и запуска рабочих процессов служб". Nucleic Acids Research . 34 (выпуск Web Server): W729-32. doi :10.1093/nar/gkl320. PMC 1538887. PMID  16845108 .  Значок открытого доступа
  6. ^ Кавас Э., Сенгер М., Уилкинсон М. Д. (ноябрь 2006 г.). «Расширения BioMoby для программного обеспечения управления и принятия рабочих процессов Taverna». BMC Bioinformatics . 7 : 523. doi : 10.1186/1471-2105-7-523 . PMC 1693925. PMID  17137515 . 
  7. ^ Срока Дж., Качор Г., Тышкевич Дж., Кержек А.М. (май 2006 г.). «XQTav: процессор XQuery для среды Taverna». Биоинформатика . 22 (10): 1280–1. doi : 10.1093/биоинформатика/btl101 . ПМИД  16551662.
  8. ^ Wolstencroft K, Haines R, Fellows D, Williams A, Withers D, Owen S и др. (июль 2013 г.). «The Taverna workflow suite: designing and executing workflows of Web Services on the desktop, web or in the cloud» (Набор рабочих процессов Taverna: проектирование и выполнение рабочих процессов веб-сервисов на рабочем столе, в сети или в облаке). Nucleic Acids Research . 41 (выпуск веб-сервера): W557-61. doi :10.1093/nar/gkt328. PMC 3692062. PMID 23640334  . 
  9. ^ Стивенс RD , Робинсон AJ, Гобл CA (2003). "myGrid: персонализированная биоинформатика в информационной сетке" . Биоинформатика . 19 (Приложение 1): i302-4. doi : 10.1093/bioinformatics/btg1041 . PMID  12855473.
  10. ^ Stevens RD , Tipney HJ, Wroe CJ, Oinn TM, Senger M, Lord PW и др. (август 2004 г.). «Изучение синдрома Уильямса-Бойрена с использованием myGrid». Биоинформатика . 20 (Приложение 1): i303-10. doi : 10.1093/bioinformatics/bth944 . PMID  15262813.
  11. ^ Truszkowski A, Jayaseelan KV, Neumann S, Willighagen EL, Zielesny A, Steinbeck C (декабрь 2011 г.). "Новые разработки в среде открытого рабочего процесса хемоинформатики CDK-Taverna". Journal of Cheminformatics . 3 : 54. doi : 10.1186/1758-2946-3-54 . PMC 3292505 . PMID  22166170. 
  12. ^ Хук Р.Н., Романиелло М., Уллгрин М., Ярвелайнен П., Майсала С., Оиттинен Т. и др. (2008). «ESO Reflex: графический механизм рабочего процесса для выполнения рецептов». Семинар по калибровке приборов ESO 2007 г. Астрофизические симпозиумы ESO Европейская Южная обсерватория. стр. 169–175. дои : 10.1007/978-3-540-76963-7_23. ISBN 978-3-540-76962-0.
  13. ^ Радич М., Шларб С., Молдруп-Далум П., Меджкун Л. (2012). «Рабочие процессы веб-контента для экспериментального выполнения» (PDF) .
  14. ^ Goble CA, Bhagat J, Aleksejevs S, Cruickshank D, Michaelides D, Newman D и др. (июль 2010 г.). "myExperiment: репозиторий и социальная сеть для обмена рабочими процессами биоинформатики". Nucleic Acids Research . 38 (выпуск веб-сервера): W677-82. doi :10.1093/nar/gkq429. PMC 2896080. PMID  20501605 . 
  15. ^ ab "Статус инкубации проекта Taverna". Apache Incubator . Apache Software Foundation . Получено 28 января 2015 г.
  16. ^ Белхаджаме К., Чжао Дж., Гарихо Д., Гарридо А., Сойланд-Рейес С., Альпер П., Корчо О. (2013). «Технологический ПРОВ-корпус на базе Таверны и Крыльев». Материалы совместных семинаров EDBT/ICDT 2013 по EDBT '13 . п. 331. дои : 10.1145/2457317.2457376. ISBN 9781450315999.
  17. ^ Soiland-Reyes S, Gamble M, Haines R (5 ноября 2014 г.). "Research Object Bundle 1.0" (Спецификация) . researchobject.org . doi :10.5281/zenodo.12586 . Получено 28 января 2015 г. .
  18. ^ Сойланд-Рейес, Стиан; Альпер, Пинар; Гобл, Кэрол (11 мая 2016 г.). «Отслеживание выполнения рабочего процесса с помощью TavernaProv». zenodo.org . doi : 10.5281/zenodo.51314 .
  19. ^ "Неявная итерация". Руководство пользователя Taverna 2.5 . myGrid. 9 сентября 2014 г. Архивировано из оригинала 22 марта 2015 г. Получено 28 января 2015 г.
  20. ^ Soiland-Reyes S (13 декабря 2010 г.). "Параллельные вызовы служб". The Taverna Knowledge Blog . knowledgeblog.org . Получено 28 января 2015 г. .
  21. ^ Soiland-Reyes S, Sufi S, Seaborne S (23 сентября 2014 г.). "Taverna Proposal". Incubator Wiki . Apache Software Foundation . Получено 28 января 2015 г.
  22. ^ "Загрузить Apache Taverna". Apache Software Foundation . Получено 28 января 2015 г.